genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65706892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  74  of  218  ( 26060 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22110413--22110456	22	2.0	22	100	0	88	40	9	18	31	1.81
22116341--22116393	26	2.0	26	86	13	74	16	22	33	26	1.96
22116370--22116604	43	5.6	43	75	11	209	22	16	25	35	1.95
22116367--22116602	85	2.8	85	88	2	332	23	15	25	35	1.94
22119446--22119579	66	2.0	65	84	5	171	13	26	17	41	1.87
22129686--22129940	27	9.4	27	82	0	276	35	22	18	23	1.95
22129682--22129956	81	3.4	80	83	3	320	37	21	18	23	1.94
22129973--22130021	24	2.0	24	84	0	62	28	8	20	42	1.80
22130099--22130163	27	2.4	27	80	14	73	21	24	21	32	1.98
22130205--22130362	32	4.9	32	83	1	147	21	20	20	37	1.95
22130205--22130362	64	2.5	64	84	2	183	21	20	20	37	1.95
22133622--22133902	81	3.5	80	79	4	314	33	19	23	23	1.97
22133623--22133902	27	10.4	27	80	3	278	33	19	23	23	1.97
22133919--22133981	24	2.6	24	84	0	81	28	4	19	47	1.69
22134065--22134129	27	2.4	27	78	14	73	21	23	21	33	1.97
22134083--22134135	27	2.0	27	81	7	63	22	26	20	30	1.98
22134117--22134171	26	2.1	26	89	0	83	20	20	21	38	1.94
22134172--22134350	96	1.9	96	90	2	288	18	19	21	39	1.92
22134172--22134350	32	5.6	32	89	1	261	18	19	21	39	1.92
22134172--22134379	64	3.2	64	88	1	274	21	19	20	38	1.93
22134172--22134407	96	2.5	96	84	3	280	22	19	19	38	1.93
22136512--22136587	40	1.9	40	88	0	116	17	25	17	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22144596--22144660	28	2.3	27	74	7	67	29	24	26	20	1.99
22144898--22145137	32	7.5	32	74	10	145	38	20	18	22	1.93
22144898--22145106	96	2.2	96	79	6	244	38	21	18	22	1.94
22144898--22145125	64	3.6	64	75	10	198	38	21	18	22	1.94
22145360--22145711	27	13.1	27	88	0	445	22	20	20	36	1.95
22147529--22147560	14	2.3	14	100	0	64	40	6	28	25	1.79
22167066--22167100	16	2.1	17	89	5	54	42	11	0	45	1.40
22169354--22169518	41	4.0	41	84	1	206	21	29	16	32	1.95
22170325--22170428	42	2.5	42	96	0	190	20	25	34	19	1.96
22193162--22193196	15	2.4	15	85	4	54	57	0	5	37	1.23
22199767--22199992	27	8.5	26	83	7	258	20	17	20	41	1.91
22199767--22199992	53	4.2	52	82	6	258	20	17	20	41	1.91
22209899--22209930	14	2.3	14	94	0	55	53	12	0	34	1.39
22210750--22210793	17	2.5	18	88	3	72	38	13	6	40	1.71
22212064--22212107	21	2.0	21	86	4	61	38	25	9	27	1.86
22222865--22222892	14	2.0	14	100	0	56	42	0	21	35	1.53
22229675--22229708	16	2.2	15	89	5	50	44	0	0	55	0.99
22239805--22239861	29	2.0	28	83	10	71	42	0	3	54	1.17
22240630--22240654	6	4.2	6	100	0	50	48	0	16	36	1.46
22241777--22241815	17	2.1	19	86	13	55	20	0	7	71	1.10
22249061--22249330	113	2.4	112	83	2	281	34	16	22	26	1.95
22249264--22249405	75	1.9	75	88	0	212	34	14	22	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22249247--22249422	75	2.3	74	79	5	183	32	16	24	26	1.96
22249337--22249786	114	3.9	114	76	9	427	32	18	23	26	1.97
22249356--22249782	229	1.9	228	86	4	610	31	18	22	27	1.97
22249383--22249926	229	2.4	227	81	4	603	31	18	22	27	1.97
22250677--22250740	24	2.7	24	81	13	62	48	0	1	50	1.10
22251364--22251457	44	2.1	44	94	0	161	22	35	8	34	1.84
22253090--22253153	19	3.4	19	70	12	69	31	3	1	64	1.19
22253092--22253175	37	2.3	35	91	4	132	33	4	2	59	1.31
22253202--22253279	9	8.7	9	73	16	63	44	15	1	38	1.55
22253197--22253275	16	5.0	16	76	13	74	44	16	1	37	1.56
22253300--22253337	19	2.0	20	89	5	60	44	0	2	52	1.14
22253339--22253402	23	3.0	22	72	21	64	46	20	1	31	1.60
22253456--22253548	34	2.6	36	75	10	93	53	16	3	26	1.58
22253534--22253585	12	4.3	12	92	0	86	48	17	0	34	1.48
22253527--22253580	24	2.4	21	90	9	81	46	18	0	35	1.50
22253463--22253843	92	3.9	95	81	10	412	49	17	3	29	1.62
22253643--22253681	12	3.2	12	85	0	60	48	17	0	33	1.48
22253731--22253776	12	4.2	11	79	15	51	43	17	2	36	1.61
22253733--22253848	25	4.7	26	75	12	86	45	18	1	34	1.59
22253764--22253852	34	2.6	34	85	0	133	46	20	1	32	1.58
22255453--22255495	19	2.3	19	95	0	77	18	34	20	25	1.96
22259332--22259396	21	3.1	21	86	0	85	33	20	43	3	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22259381--22259408	12	2.3	12	100	0	56	39	17	42	0	1.50
22259869--22260137	43	6.3	43	76	6	203	23	21	20	34	1.97
22259869--22260077	85	2.4	85	88	2	303	24	22	18	34	1.96
22259846--22260139	128	2.3	127	81	8	330	24	22	20	32	1.97
22259869--22260141	85	3.2	86	83	6	272	23	21	19	35	1.96
22259845--22260158	43	7.3	43	75	8	193	25	22	20	32	1.98
22260302--22260334	16	2.1	16	94	0	57	21	15	18	45	1.85
22261791--22261819	10	2.9	10	100	0	58	10	20	17	51	1.74
22278565--22278608	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
22278654--22278741	45	2.0	45	93	0	149	32	20	19	27	1.97
22287491--22287521	13	2.4	13	94	0	53	41	29	0	29	1.56
22288952--22288983	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
22299025--22299209	101	1.8	102	91	5	313	23	17	28	30	1.97
22299022--22299216	51	3.9	49	81	4	221	23	17	28	30	1.97
22299131--22299211	26	3.2	26	65	28	73	22	14	29	33	1.94
22299235--22299284	26	1.9	26	95	0	91	16	22	32	30	1.95
22299263--22299397	33	3.8	34	73	21	123	20	20	27	31	1.97
22301683--22301707	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
22306613--22306676	31	2.1	31	100	0	128	29	21	17	31	1.96
22308211--22308297	22	4.0	22	84	0	111	11	25	19	43	1.84
22312096--22312156	33	1.9	31	90	6	95	63	8	0	27	1.22
22313587--22313639	16	3.2	17	81	10	65	33	1	1	62	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22313844--22313968	58	2.0	60	91	8	200	29	17	8	44	1.77
22320673--22320903	51	4.5	51	86	3	272	23	18	26	31	1.97
22323495--22323568	34	2.2	33	90	2	112	32	4	1	62	1.22
22323507--22323571	15	4.1	15	79	13	76	30	3	1	64	1.18
22324210--22324254	12	3.8	12	87	0	54	42	0	28	28	1.56
22324211--22324250	18	2.2	18	86	8	55	40	0	30	30	1.57
22324946--22324995	24	2.1	24	100	0	100	56	12	4	28	1.54
22332036--22332077	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
22337594--22337658	27	2.5	26	80	9	78	30	7	16	44	1.76
22339164--22339415	27	9.3	27	87	0	342	34	17	23	24	1.96
22339445--22339522	24	3.2	24	77	10	79	29	10	19	41	1.84
22339717--22339859	32	4.5	32	81	0	142	23	18	18	39	1.93
22343868--22343962	39	2.5	39	80	1	102	32	6	18	42	1.76
22348014--22348059	17	2.7	17	79	0	65	30	23	4	41	1.74
22352604--22352636	17	1.9	17	100	0	66	24	27	6	42	1.78
22356596--22356649	27	2.0	27	100	0	108	18	18	11	51	1.74
22371522--22371550	12	2.5	12	94	5	51	41	0	17	41	1.49
22387302--22387326	8	3.1	8	100	0	50	28	0	24	48	1.52
22391057--22391113	30	1.9	30	100	0	114	56	3	7	33	1.43
22395921--22395972	11	4.5	11	79	13	52	34	0	0	65	0.93
22404081--22404153	20	3.2	20	73	26	74	43	26	0	30	1.55
22404084--22404142	28	2.1	28	100	0	118	42	25	0	32	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22411014--22411086	23	3.2	23	88	0	110	30	27	20	21	1.98
22425670--22426115	44	9.8	44	66	16	133	32	18	20	28	1.96
22425572--22426083	142	3.6	141	90	2	789	33	18	20	28	1.96
22428428--22428461	18	1.9	18	88	5	52	55	11	8	23	1.63
22435436--22435467	17	1.9	16	93	6	55	9	12	3	75	1.16
22437338--22437363	6	4.3	6	100	0	52	34	30	19	15	1.93
22446224--22446260	4	9.2	4	93	0	65	24	0	2	72	0.97
22446844--22446890	15	3.2	15	87	3	60	34	2	12	51	1.52
22453319--22453366	13	3.7	13	77	8	53	18	45	14	20	1.85
22453318--22453368	26	2.0	26	88	7	77	19	45	13	21	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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