genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.172.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65706892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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This is table  172  of  218  ( 26060 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52037319--52037485	43	3.9	43	87	3	228	25	22	19	32	1.97
52037319--52037485	86	1.9	86	89	2	255	25	22	19	32	1.97
52037627--52037652	13	2.0	13	100	0	52	15	0	0	84	0.62
52038709--52038760	7	7.7	7	83	16	58	15	15	1	67	1.32
52038709--52038767	14	4.5	13	80	16	52	15	15	1	67	1.31
52038719--52038766	6	7.7	6	88	11	62	14	14	2	68	1.30
52038719--52038766	11	3.8	12	86	13	62	14	14	2	68	1.30
52039759--52039814	6	8.7	6	84	7	58	14	3	12	69	1.31
52039750--52039790	8	5.5	8	86	13	61	9	0	12	78	0.98
52039750--52039796	22	2.2	21	92	3	76	10	2	10	76	1.10
52043809--52043848	20	2.0	20	90	9	64	47	0	12	40	1.41
52049341--52049380	13	3.2	13	85	3	55	47	2	0	50	1.14
52049445--52049469	13	1.9	13	100	0	50	72	0	24	4	1.02
52050333--52050387	25	2.2	25	86	0	74	18	27	20	34	1.95
52050379--52050435	22	2.6	23	86	8	82	12	26	19	42	1.86
52051893--52052044	27	5.7	27	83	3	182	19	14	22	44	1.86
52051891--52052044	54	2.9	54	85	1	213	18	14	23	43	1.87
52056252--52056405	27	5.8	27	81	4	188	22	16	18	42	1.89
52056241--52056394	52	2.9	53	84	5	197	21	17	19	41	1.90
52056251--52056405	53	2.9	53	85	4	190	22	16	18	42	1.89
52065266--52065300	18	2.0	17	88	5	52	60	17	5	17	1.55
52065656--52065708	26	2.0	24	82	13	61	54	0	9	35	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52065911--52065948	14	2.7	14	91	0	58	57	2	2	36	1.26
52084321--52084357	19	1.9	19	88	0	56	62	0	5	32	1.18
52085702--52085970	43	6.3	43	90	0	367	20	30	20	27	1.98
52086476--52086537	25	2.4	26	89	2	90	40	1	14	43	1.55
52086476--52086546	17	4.2	17	72	13	56	39	1	14	45	1.53
52086667--52086823	46	3.3	46	72	15	154	35	1	17	46	1.56
52086673--52086728	17	3.1	17	74	18	58	37	0	14	48	1.44
52086748--52086819	21	3.2	21	74	14	72	34	0	16	48	1.47
52089288--52089889	199	3.0	199	90	0	900	29	24	15	30	1.96
52090006--52090104	47	2.1	48	86	1	137	43	1	10	45	1.44
52090089--52090139	19	2.6	20	78	12	61	17	1	3	76	1.03
52090134--52090173	9	4.6	9	90	6	64	32	7	0	60	1.25
52090145--52090178	8	4.2	8	89	10	52	35	8	0	55	1.31
52090136--52090178	17	2.6	16	92	3	68	34	6	0	58	1.25
52090167--52090221	21	2.7	20	71	23	51	41	7	1	49	1.41
52090270--52090584	89	3.6	88	85	8	428	42	26	1	28	1.66
52090308--52090577	83	3.2	82	84	9	337	42	28	1	27	1.66
52090627--52090652	12	2.2	12	100	0	52	30	50	0	19	1.48
52090627--52090665	19	2.0	20	90	5	62	30	51	0	17	1.46
52090612--52090664	26	2.1	25	85	3	70	32	45	0	22	1.53
52091286--52091835	114	4.8	114	89	0	814	28	26	22	23	1.99
52092696--52092755	22	2.8	21	75	12	59	38	3	8	50	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52093152--52093201	24	2.1	24	81	7	57	76	2	12	10	1.11
52096521--52096606	43	2.0	43	95	0	154	29	22	20	27	1.99
52096613--52096661	23	2.1	23	92	0	80	32	12	16	38	1.86
52098252--52098508	21	12.4	20	69	8	79	45	15	21	17	1.85
52098271--52098509	42	5.7	42	82	4	250	46	15	20	17	1.84
52098252--52098509	84	3.1	84	84	3	326	46	15	20	17	1.84
52100645--52100812	71	2.4	71	85	6	207	30	27	13	27	1.94
52105652--52105744	6	14.8	6	78	7	78	78	6	4	10	1.07
52105664--52105734	18	3.9	18	86	1	88	80	7	5	7	1.03
52107393--52107461	28	2.5	29	75	17	83	72	0	5	21	1.05
52114437--52114486	24	2.0	25	81	11	59	40	8	16	36	1.77
52118560--52118592	16	2.1	16	100	0	66	69	0	30	0	0.88
52119527--52119570	22	2.0	21	91	4	70	54	4	13	27	1.58
52126692--52126778	37	2.4	37	92	1	149	40	27	13	18	1.88
52132443--52132483	15	2.7	15	84	0	55	17	4	36	41	1.71
52135597--52135687	25	3.8	26	76	16	106	8	17	28	45	1.78
52135624--52135690	22	2.9	22	75	12	71	11	17	26	43	1.84
52135599--52135782	47	4.0	47	77	6	180	11	16	26	45	1.81
52137272--52137337	23	2.9	22	76	13	62	25	21	16	36	1.94
52138671--52138705	19	1.9	17	88	11	52	25	2	5	65	1.28
52138671--52138711	18	2.2	19	83	12	50	26	4	4	63	1.35
52150156--52150241	25	3.4	25	72	12	77	31	32	16	19	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52150224--52150290	26	2.6	26	83	4	73	31	31	14	22	1.94
52150239--52150290	26	2.0	26	88	3	77	34	26	13	25	1.93
52154816--52155188	27	13.9	27	81	5	333	18	16	21	42	1.89
52154816--52155188	54	6.9	54	81	3	376	18	16	21	42	1.89
52154826--52155188	81	4.5	80	82	4	415	18	16	21	43	1.88
52155870--52155911	12	3.5	12	75	12	50	23	40	0	35	1.55
52158990--52159044	16	3.5	16	76	18	62	38	0	1	60	1.08
52158989--52159099	30	3.7	32	78	10	108	39	0	5	54	1.30
52164058--52164100	22	2.0	22	90	4	70	25	0	20	53	1.46
52169274--52169298	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
52174997--52175056	30	2.0	31	83	9	79	38	1	40	20	1.62
52185566--52185605	19	2.1	19	95	0	71	50	0	2	47	1.14
52185798--52185832	18	1.9	18	88	0	52	68	2	0	28	1.04
52188178--52188316	70	2.0	70	97	0	260	25	10	18	44	1.82
52188761--52188799	17	2.2	17	86	4	51	66	2	2	28	1.18
52192300--52192326	3	9.0	3	100	0	54	33	33	0	33	1.58
52192421--52192448	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
52198237--52198287	13	4.2	13	74	20	56	23	0	0	76	0.79
52198235--52198281	8	6.0	8	85	11	62	25	0	0	74	0.82
52198237--52198288	16	3.7	14	83	14	63	23	0	0	76	0.78
52200479--52200535	22	2.7	21	79	15	71	33	0	35	31	1.58
52208866--52208901	18	2.0	18	100	0	72	33	11	5	50	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52208870--52208910	18	2.3	18	87	8	57	36	9	4	48	1.58
52208956--52208993	15	2.5	15	91	4	58	34	10	13	42	1.78
52213592--52213616	6	4.2	6	100	0	50	68	0	0	32	0.90
52215814--52216098	125	2.3	123	85	3	385	43	15	9	31	1.78
52215786--52216087	31	9.7	31	86	2	385	43	15	9	31	1.79
52218068--52218113	21	2.3	20	85	7	58	39	4	0	56	1.19
52224853--52224896	18	2.4	18	92	7	72	70	2	0	27	0.99
52226019--52226065	23	2.0	23	83	0	58	68	2	2	27	1.13
52228783--52228826	11	4.0	11	77	11	54	52	0	0	47	1.00
52228785--52228826	16	2.6	16	84	3	57	54	0	0	45	0.99
52233280--52233305	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
52235299--52235341	19	2.1	21	83	8	54	74	6	13	4	1.19
52235714--52235915	70	2.9	68	74	11	183	35	13	3	47	1.60
52236014--52236068	23	2.4	23	84	6	67	34	18	0	47	1.49
52261525--52261578	24	2.2	25	81	12	67	79	1	16	1	0.91
52261525--52261578	28	2.0	27	82	10	65	79	1	16	1	0.91
52273214--52273343	41	3.2	41	76	0	125	35	30	17	16	1.92
52287662--52287692	7	4.4	7	91	0	53	83	3	12	0	0.75
52287803--52287851	18	2.7	18	84	15	73	75	0	8	16	1.03
52287810--52287851	9	4.7	9	91	8	68	76	0	9	14	1.02
52305426--52305460	15	2.2	16	90	5	54	51	0	5	42	1.25
52305435--52305474	19	2.0	20	90	4	64	50	0	7	42	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52305437--52305488	11	5.1	10	79	9	52	46	1	7	44	1.43
52306582--52306770	30	6.3	29	83	2	207	33	9	18	38	1.83
52306582--52306778	89	2.2	89	85	0	259	33	10	17	38	1.84
52308702--52308742	18	2.2	18	86	4	55	48	9	0	41	1.36
52309164--52309229	20	3.2	20	76	19	57	53	9	0	37	1.33
52311000--52311080	25	3.2	25	75	3	74	39	13	16	30	1.87
52319117--52319340	104	2.2	104	93	1	378	31	31	19	17	1.95
52319669--52319732	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
52319676--52319732	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
52326580--52326631	26	2.0	26	92	0	86	28	34	21	15	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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