genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65706892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   

This is table  2  of  218  ( 26060 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
465076--465109	17	2.1	16	88	5	50	2	14	5	76	1.09
465098--465148	14	3.6	14	76	7	50	17	13	0	68	1.21
465298--465334	14	2.4	17	86	13	53	51	0	0	48	1.00
470266--470308	21	2.0	21	82	8	52	23	20	4	51	1.66
471351--471443	39	2.5	37	80	7	98	27	29	22	20	1.98
471798--471841	3	15.0	3	80	4	54	61	4	0	34	1.16
472101--472134	17	2.1	16	88	5	50	2	14	5	76	1.09
472123--472173	14	3.6	14	76	7	50	17	13	0	68	1.21
472323--472359	14	2.4	17	86	13	53	51	0	0	48	1.00
483428--483489	30	2.1	30	93	0	106	12	17	51	17	1.76
485382--485483	49	2.1	50	84	1	134	61	2	5	29	1.34
488553--488602	26	1.9	27	84	8	68	62	4	20	14	1.47
495697--495726	15	2.0	15	100	0	60	26	6	0	66	1.16
497150--497191	19	2.3	19	84	12	52	73	2	4	19	1.12
531721--531797	29	2.5	32	75	14	81	36	6	9	48	1.61
533963--534017	29	1.9	28	85	3	74	20	0	9	70	1.13
537246--537333	36	2.4	36	92	0	140	30	21	13	34	1.92
537242--537334	18	5.2	18	82	0	114	30	22	13	33	1.93
543423--543456	16	2.1	17	88	5	52	52	5	0	41	1.25
545283--545330	16	3.1	15	90	6	69	64	2	2	31	1.16
545279--545334	24	2.3	24	81	6	69	66	1	1	30	1.12
545279--545330	8	6.5	8	82	8	61	65	1	1	30	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
545446--545502	19	2.8	20	73	7	62	56	5	7	31	1.49
545481--545545	25	2.8	24	83	6	80	52	6	7	33	1.55
545534--545593	30	2.0	29	83	3	75	58	3	5	33	1.36
545564--545697	25	5.6	25	69	16	70	58	2	4	34	1.34
546212--546387	30	5.8	30	87	1	253	23	3	47	25	1.69
546212--546375	61	2.7	61	94	2	278	23	3	47	25	1.68
547099--547278	76	2.4	74	89	3	265	32	21	16	30	1.95
547301--548080	81	10.7	72	79	17	782	34	21	16	27	1.95
547559--547586	13	2.2	13	100	0	56	64	7	14	14	1.48
547415--547997	153	3.9	153	85	13	751	34	20	17	27	1.95
547706--547739	13	2.5	14	90	9	61	61	5	14	17	1.52
547724--548070	66	5.0	66	80	16	361	34	21	16	27	1.95
547720--548070	134	2.6	138	82	15	417	34	21	16	27	1.95
547940--548062	65	1.9	65	94	3	221	32	25	17	24	1.97
547798--548070	146	1.9	137	87	10	397	34	21	16	27	1.95
547966--548204	122	2.0	116	85	6	318	38	22	14	25	1.92
548084--548258	70	2.5	70	85	4	212	33	22	14	28	1.94
556294--556329	12	3.0	12	95	0	63	41	5	25	27	1.77
556938--556994	19	2.8	20	73	7	62	56	5	7	31	1.49
556973--557037	25	2.8	24	83	6	80	52	6	7	33	1.55
557026--557093	30	2.3	29	84	2	82	58	4	4	32	1.37
557143--557188	25	1.9	25	86	8	69	60	0	4	34	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
557703--557878	30	5.8	30	89	1	271	22	3	48	25	1.68
557703--557878	61	2.9	60	94	1	307	22	3	48	25	1.68
558411--558453	23	1.9	22	90	4	68	62	0	2	34	1.08
562608--562647	19	2.0	20	85	4	55	17	7	0	75	1.03
571811--571858	3	16.0	3	100	0	96	33	0	0	66	0.92
572467--572515	23	2.2	23	85	3	64	59	8	2	30	1.38
572498--572540	23	1.9	22	85	4	59	60	0	2	37	1.10
579561--579640	6	13.3	6	95	0	142	16	48	0	35	1.46
591510--591604	11	9.4	11	73	22	59	60	0	3	36	1.13
591588--591621	17	2.0	17	94	0	59	61	0	0	38	0.96
591589--591627	17	2.2	17	86	4	51	66	0	0	33	0.92
591589--591634	18	2.6	17	82	3	56	60	0	0	39	0.97
595233--595267	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
596737--596768	15	2.1	15	94	0	55	75	0	3	21	0.95
596779--596842	28	2.3	28	81	5	76	29	3	3	64	1.24
596815--596860	18	2.5	18	83	13	58	28	4	6	60	1.40
601165--601198	13	2.5	14	85	9	52	44	0	29	26	1.55
602366--602461	48	2.0	48	95	0	174	31	15	9	43	1.78
609183--609531	84	4.2	83	84	6	372	18	30	8	42	1.79
614962--615004	22	2.0	22	86	4	61	16	0	4	79	0.90
619066--619109	23	2.0	23	86	4	63	43	2	0	54	1.12
619077--619128	21	2.3	22	83	9	61	36	1	0	61	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
619517--619543	7	3.9	7	100	0	54	40	0	0	59	0.98
620318--620537	92	2.4	92	81	1	264	31	11	13	42	1.81
638598--638624	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
642973--642999	4	6.8	4	100	0	54	48	25	0	25	1.52
643146--643201	27	2.1	27	89	0	85	33	8	7	50	1.61
646153--646371	120	1.8	122	85	5	309	36	19	13	30	1.90
646701--646963	126	2.1	126	79	7	284	37	28	12	21	1.90
647286--647311	6	4.3	6	100	0	52	15	0	46	38	1.46
650501--650537	19	2.0	20	89	10	60	13	5	2	78	1.03
650994--651175	63	3.0	63	88	4	241	50	21	25	2	1.62
650994--651175	30	6.0	30	88	3	247	50	21	25	2	1.62
651007--651175	93	1.8	93	89	0	266	50	20	26	2	1.62
668962--669088	57	2.2	58	84	1	157	53	11	11	22	1.70
691016--691091	37	2.1	37	100	0	152	36	15	18	28	1.92
697848--697936	30	2.8	32	83	11	96	48	8	14	28	1.74
697848--697936	33	2.8	32	81	8	94	48	8	14	28	1.74
698819--698863	22	2.0	22	100	0	90	26	8	8	55	1.60
704446--705068	139	4.4	140	69	14	391	33	16	12	36	1.87
704918--704944	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
705006--705129	61	2.0	61	84	0	158	29	21	16	32	1.95
714153--714846	182	3.9	181	81	6	816	34	20	11	33	1.88
720765--720821	4	14.5	4	73	23	50	49	26	0	24	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
720765--720821	15	3.7	15	72	23	55	49	26	0	24	1.51
723700--723737	18	2.1	18	100	0	76	31	10	26	31	1.90
723955--724016	24	2.6	24	86	0	88	37	6	3	53	1.43
724384--724428	23	2.0	23	90	0	72	44	2	0	53	1.13
726494--726542	17	2.9	17	90	0	71	48	6	20	24	1.72
738472--738501	15	2.0	15	93	0	51	70	0	0	30	0.88
741530--741558	12	2.5	12	94	5	51	44	0	0	55	0.99
742350--742389	20	2.0	20	85	9	55	42	2	7	47	1.45
742338--742417	19	4.2	19	72	12	56	42	1	6	50	1.35
744162--744201	9	4.4	9	84	9	55	20	0	25	55	1.44
744162--744201	18	2.2	18	95	0	71	20	0	25	55	1.44
744315--744756	124	3.5	124	87	4	600	29	16	23	30	1.97
745424--745655	21	10.6	21	74	11	162	25	2	31	40	1.67
745421--745564	43	3.3	43	85	2	191	27	2	28	42	1.67
745539--746081	27	22.0	27	71	18	341	21	0	34	42	1.59
745524--746110	49	12.0	49	82	7	708	21	0	34	42	1.59
745424--746111	49	14.5	42	72	21	211	22	1	33	42	1.61
745424--745911	22	20.9	21	69	20	251	22	1	34	41	1.64
745932--745998	29	2.2	30	86	5	91	20	0	28	50	1.48
745966--746111	22	6.2	22	72	17	105	23	0	31	45	1.53
746583--747403	414	2.0	414	91	0	1322	22	22	28	25	1.99
747943--747980	20	1.9	20	84	10	51	55	7	2	34	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
748918--749018	51	2.0	52	82	9	127	49	1	22	25	1.60
748976--749025	22	2.2	23	85	7	66	48	2	24	26	1.62
748976--749025	12	4.3	12	80	10	59	48	2	24	26	1.62
754243--754297	25	2.2	26	87	9	78	56	0	10	32	1.34
766416--766596	102	1.8	99	81	3	227	23	17	18	40	1.91
767043--767117	36	2.1	36	94	0	132	28	16	16	40	1.89
769204--769253	22	2.2	22	82	10	57	44	8	0	48	1.32
770083--770182	50	2.0	51	98	2	193	33	8	8	51	1.61
773163--773196	14	2.4	14	100	0	68	44	14	11	29	1.81
773507--773553	14	3.4	14	82	8	53	80	2	12	4	0.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218