genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.112.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65706892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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This is table  112  of  218  ( 26060 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33070674--33070857	101	1.8	101	88	4	282	24	17	26	31	1.97
33071083--33071114	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
33076129--33076160	16	2.0	16	93	0	55	40	6	9	43	1.62
33076390--33076576	50	3.7	49	73	13	175	24	17	26	31	1.97
33076385--33076568	101	1.8	101	88	4	282	23	17	26	31	1.97
33076783--33076814	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
33079322--33079352	3	10.7	3	93	6	55	32	32	0	35	1.58
33092680--33092770	44	2.1	44	100	0	182	29	17	27	25	1.97
33099307--33099344	17	2.3	17	81	4	51	47	0	2	50	1.15
33120705--33120747	20	2.2	20	86	0	59	23	23	0	53	1.46
33127346--33127380	11	3.2	11	100	0	70	25	0	8	65	1.21
33127775--33127849	24	3.5	24	64	27	67	42	6	17	33	1.75
33127779--33127858	40	2.0	40	100	0	160	45	7	15	32	1.74
33129661--33129720	20	3.1	19	77	11	68	13	26	0	60	1.34
33131503--33131540	16	2.2	18	90	9	62	50	5	5	39	1.48
33133392--33133423	17	1.9	17	93	6	57	40	0	3	56	1.15
33136082--33136554	239	2.0	239	86	3	666	27	16	17	38	1.91
33142480--33142548	16	4.2	16	92	3	120	24	0	36	39	1.56
33142480--33142548	33	2.1	32	94	2	120	24	0	36	39	1.56
33142534--33142619	44	1.9	45	85	2	120	27	8	29	34	1.86
33142784--33142820	19	2.0	19	85	15	51	54	0	0	45	1.00
33142862--33143047	59	3.1	58	69	19	157	51	3	2	42	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33142764--33143053	120	2.4	120	89	3	456	49	4	2	43	1.35
33146540--33146580	20	2.0	21	85	4	57	48	2	4	43	1.37
33147459--33147523	31	2.1	31	85	0	85	24	3	23	49	1.64
33150428--33150464	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
33150518--33150548	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
33150784--33150826	20	2.2	20	83	8	52	32	6	9	51	1.61
33151674--33152157	84	5.6	86	78	7	265	34	13	10	41	1.78
33151930--33152261	84	3.9	84	84	3	382	32	11	11	44	1.76
33169527--33169649	40	3.1	40	85	0	165	36	17	29	16	1.92
33171667--33171703	17	2.1	18	90	10	58	51	5	0	43	1.24
33175541--33175812	102	2.7	101	86	5	384	30	26	19	23	1.98
33175747--33175828	43	1.9	42	85	2	110	34	25	13	26	1.93
33175838--33176174	101	3.3	101	85	6	376	30	27	17	23	1.97
33175982--33176174	57	3.6	56	85	10	223	30	27	19	22	1.98
33175890--33176175	158	1.8	152	91	4	473	30	27	18	23	1.98
33178693--33178837	75	1.9	75	88	5	222	16	26	17	39	1.91
33187043--33187274	43	5.5	42	82	3	225	27	25	19	26	1.99
33187090--33187183	42	2.2	42	88	0	134	30	23	21	24	1.99
33187192--33187295	43	2.4	43	82	9	122	21	28	18	31	1.96
33187641--33187690	21	2.4	21	93	0	82	4	46	16	34	1.65
33193157--33193552	9	45.4	9	69	16	228	34	2	21	41	1.64
33193172--33193314	25	5.6	25	78	7	121	32	2	22	41	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33193157--33193552	34	11.6	35	68	18	212	34	2	21	41	1.64
33193332--33193397	16	4.3	16	78	16	68	36	1	18	43	1.59
33193411--33193476	16	4.6	15	69	21	52	30	1	22	45	1.62
33193409--33193550	25	5.6	25	78	12	91	30	1	21	45	1.61
33193612--33193662	13	3.9	13	92	0	75	43	1	9	45	1.48
33193571--33193696	66	1.9	66	80	0	144	45	3	9	42	1.52
33195338--33195457	60	2.0	59	91	1	195	43	25	7	24	1.80
33196198--33196665	233	2.0	233	85	4	633	29	19	15	35	1.92
33196431--33196997	270	2.1	270	85	2	755	32	18	14	34	1.91
33196431--33197079	270	2.4	270	83	3	707	32	18	14	34	1.92
33197431--33197500	14	4.8	14	74	13	61	35	34	0	30	1.58
33198592--33198722	41	3.2	41	78	5	147	33	27	21	17	1.96
33198592--33198783	83	2.3	82	79	11	187	35	26	18	19	1.95
33198777--33199147	123	3.0	124	81	4	403	27	22	18	32	1.97
33215358--33215457	13	7.6	13	73	8	62	36	20	1	43	1.59
33215351--33215452	40	2.6	40	81	7	111	36	20	0	42	1.59
33218213--33218334	44	2.8	44	79	9	133	33	21	14	30	1.93
33218213--33218356	44	3.3	44	73	14	127	32	22	13	31	1.92
33218213--33218374	87	1.9	88	81	6	204	32	22	15	29	1.95
33218350--33218638	88	3.3	87	70	13	257	25	24	19	30	1.98
33218438--33218551	44	2.6	44	88	0	156	29	24	16	28	1.97
33218341--33218712	176	2.1	176	88	4	536	26	25	17	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33218649--33218868	44	5.1	43	85	8	297	30	28	15	25	1.96
33218649--33218870	82	2.6	87	89	5	330	30	27	15	26	1.96
33219090--33219416	44	7.5	43	70	12	168	28	21	19	29	1.98
33218953--33219419	217	2.1	217	86	3	636	27	22	19	30	1.98
33219438--33219920	260	1.9	260	92	1	817	26	25	20	27	1.99
33219993--33220165	88	2.0	88	87	0	247	27	26	18	27	1.98
33221416--33221456	19	2.2	19	86	0	55	0	21	0	78	0.76
33221424--33221474	6	8.3	6	85	10	68	0	19	0	80	0.71
33221415--33221476	24	2.6	23	87	5	88	0	24	0	75	0.80
33227566--33227856	41	7.2	41	87	2	435	15	21	30	31	1.95
33227991--33228047	29	1.9	30	83	16	75	63	1	3	31	1.22
33227983--33228048	29	2.3	28	74	23	66	60	1	4	33	1.26
33228257--33228296	14	2.9	14	92	7	64	25	2	22	50	1.62
33228326--33228369	14	3.1	15	80	9	56	15	0	47	36	1.46
33228360--33228401	22	2.0	21	85	4	57	28	0	38	33	1.58
33228731--33228771	21	1.9	22	90	5	66	24	0	36	39	1.56
33235290--33235514	43	5.3	42	77	6	179	21	17	29	31	1.96
33238064--33238142	40	2.0	39	95	2	140	18	15	15	50	1.78
33238067--33238133	23	3.2	23	62	24	56	19	14	16	49	1.80
33238652--33238678	14	1.9	14	100	0	54	59	0	0	40	0.98
33238650--33238689	12	3.2	12	86	10	53	62	0	0	37	0.95
33242782--33242834	23	2.4	22	75	9	54	9	18	1	69	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33242827--33242866	18	2.2	18	86	0	53	7	25	2	65	1.32
33246618--33246661	2	22.0	2	100	0	88	50	0	50	0	1.00
33268881--33268914	13	2.6	13	90	0	50	29	38	5	26	1.80
33284200--33284584	27	14.3	27	85	1	470	42	18	20	19	1.90
33284719--33284995	27	10.3	27	84	5	355	41	18	19	20	1.90
33284309--33285093	410	1.9	410	91	2	1272	37	17	20	24	1.93
33285144--33285243	26	3.8	26	80	9	89	19	22	22	37	1.95
33285350--33285441	28	3.2	28	83	7	112	27	26	19	27	1.99
33285361--33285441	30	2.8	29	85	7	103	25	27	20	25	1.99
33292178--33292561	27	14.2	27	85	2	450	42	19	19	19	1.89
33292742--33292792	26	2.0	26	92	0	84	21	23	17	37	1.94
33292893--33292989	33	3.0	32	77	18	103	25	25	24	23	2.00
33294006--33294040	16	2.2	16	89	0	52	17	8	8	65	1.44
33295646--33295780	68	2.0	69	82	8	168	43	3	4	48	1.41
33316110--33316456	50	6.8	50	83	3	374	26	21	29	21	1.99
33316110--33316457	150	2.3	153	83	5	418	26	21	29	22	1.99
33324858--33325010	61	2.5	61	78	9	161	36	16	23	23	1.94
33335583--33335641	32	1.9	30	89	6	91	35	22	16	25	1.95
33338076--33338915	114	7.4	114	85	1	970	26	22	24	27	2.00
33338076--33338915	229	3.7	227	83	2	972	26	22	24	27	2.00
33343048--33343207	87	1.8	87	85	2	223	41	17	27	13	1.87
33343571--33343839	43	6.3	43	88	0	378	30	18	26	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33344186--33344220	7	5.0	7	100	0	70	28	0	57	14	1.38
33345413--33345454	22	1.9	22	90	0	66	45	23	21	9	1.81
33347030--33347095	25	2.6	25	82	0	87	30	13	21	34	1.92
33347156--33347226	29	2.4	29	92	0	115	43	2	16	36	1.63
33347156--33347348	13	13.9	15	66	20	52	44	3	17	34	1.67
33347185--33347338	81	1.9	81	86	2	218	46	3	17	32	1.66
33347185--33347339	40	3.8	40	86	3	202	45	3	17	32	1.66
33347273--33347334	13	4.7	13	72	18	56	38	4	20	35	1.74
33351961--33352013	28	1.9	27	84	3	70	16	9	7	66	1.43
33361230--33361254	3	8.3	3	100	0	50	64	0	0	36	0.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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