genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65706892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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This is table  63  of  218  ( 26060 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19062008--19062052	24	1.9	24	90	4	74	73	11	0	15	1.10
19062645--19062674	15	2.0	15	93	0	51	50	23	0	26	1.50
19062978--19063012	6	5.7	6	89	3	52	77	2	17	2	1.02
19064482--19064566	40	2.1	41	91	2	136	32	3	0	63	1.11
19067142--19067166	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
19068426--19068528	41	2.5	40	87	9	138	28	26	20	25	1.99
19068466--19068543	41	1.9	40	84	10	104	29	25	19	25	1.98
19084094--19084571	50	9.6	50	72	5	295	32	23	21	22	1.98
19084082--19084616	99	5.4	99	81	5	578	32	23	20	22	1.98
19084082--19084622	199	2.7	199	84	4	682	32	23	20	23	1.98
19084094--19084573	149	3.2	149	72	9	413	31	23	21	22	1.98
19085318--19085352	17	2.1	17	89	10	54	60	0	0	40	0.97
19086032--19086176	41	3.5	40	78	11	132	27	24	20	28	1.99
19086114--19086191	41	1.9	40	84	10	104	29	24	19	26	1.98
19093873--19094017	41	3.5	40	79	11	141	27	24	20	27	1.99
19094842--19094883	18	2.3	18	100	0	84	16	23	11	47	1.80
19096070--19096141	24	3.0	24	78	17	71	6	16	6	69	1.33
19097077--19097160	43	2.0	43	82	11	104	36	14	0	48	1.44
19098920--19098971	23	2.3	22	80	9	59	38	0	7	53	1.30
19101795--19101824	14	2.1	14	93	0	51	50	10	6	33	1.62
19102250--19102315	34	2.0	32	85	5	87	39	4	3	53	1.37
19102288--19102335	21	2.3	20	83	13	62	33	4	2	60	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19106510--19106540	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
19107065--19107108	20	2.3	19	80	4	52	59	0	2	38	1.10
19113810--19113859	22	2.3	22	96	0	91	68	14	8	10	1.40
19118356--19118507	44	3.5	44	90	3	252	50	9	1	37	1.47
19118389--19118502	22	5.2	22	66	17	67	50	10	1	37	1.47
19118555--19118629	22	3.2	22	71	20	71	60	1	16	22	1.43
19118551--19118878	26	13.5	26	67	23	119	61	0	13	24	1.38
19118578--19118644	21	2.9	21	69	23	53	64	0	16	19	1.30
19118551--19118876	96	3.4	95	88	4	485	61	0	13	24	1.37
19118551--19118876	47	6.8	47	89	4	465	61	0	13	24	1.37
19118728--19118775	21	2.3	21	79	17	55	62	0	12	25	1.30
19118794--19118876	21	3.8	21	73	15	62	61	1	9	27	1.35
19118867--19118923	5	10.6	5	87	7	69	57	0	22	19	1.40
19118867--19118923	27	2.1	27	93	0	96	57	0	22	19	1.40
19118867--19118923	22	2.6	21	91	5	87	57	0	22	19	1.40
19118943--19118979	16	2.3	16	95	0	65	18	35	35	10	1.86
19120213--19120263	19	2.9	17	78	16	59	13	3	5	76	1.11
19120485--19120550	3	22.0	3	86	6	89	28	1	1	68	1.08
19126432--19126489	24	2.4	24	94	2	98	34	13	24	27	1.93
19126791--19126989	88	2.3	88	81	0	245	30	17	23	29	1.97
19127228--19127271	21	2.1	21	91	0	70	40	6	31	20	1.79
19127252--19127392	52	2.7	52	82	1	167	30	17	25	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19127411--19127850	44	9.8	44	72	10	291	29	19	21	29	1.97
19127411--19127796	89	4.3	89	71	11	311	29	19	21	29	1.98
19129330--19129380	19	2.9	17	78	16	59	13	3	5	76	1.11
19129578--19129637	3	20.0	3	84	6	77	28	1	1	68	1.09
19130452--19130492	21	2.0	21	85	9	57	60	0	7	31	1.24
19130541--19130579	16	2.5	16	87	4	53	64	0	12	23	1.28
19130654--19130742	28	3.2	28	93	3	144	49	0	17	32	1.47
19130682--19130732	17	3.4	17	65	30	51	47	0	17	35	1.48
19130789--19130832	18	2.4	18	88	7	63	63	4	15	15	1.46
19130866--19130926	22	2.8	22	87	2	88	57	0	18	24	1.40
19130654--19130929	5	52.4	5	68	21	72	55	1	15	27	1.49
19139988--19140042	13	4.3	12	83	4	56	74	0	7	18	1.04
19139989--19140032	17	2.6	17	82	10	54	75	0	6	18	1.02
19140416--19140452	17	2.2	17	100	0	74	27	21	5	45	1.73
19141740--19141783	17	2.6	17	81	0	61	40	15	4	38	1.68
19144673--19144710	19	2.0	20	89	5	60	34	5	7	52	1.53
19157281--19157627	44	7.5	44	64	22	120	32	19	21	26	1.97
19157217--19157928	142	5.0	142	95	0	1264	32	18	21	26	1.97
19157642--19157871	44	5.0	44	71	18	173	31	18	22	27	1.97
19157217--19157928	283	2.5	284	96	0	1282	32	18	21	26	1.97
19158383--19158435	27	2.0	27	81	7	63	47	24	5	22	1.73
19159833--19159870	19	2.0	20	89	5	60	34	5	7	52	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19164877--19165537	236	2.8	235	82	5	726	31	21	16	31	1.95
19167512--19167858	145	2.4	147	81	4	407	38	8	8	43	1.68
19167898--19167961	25	2.6	24	82	4	83	28	3	12	56	1.51
19169192--19169216	12	2.1	12	100	0	50	24	0	16	60	1.36
19172766--19172832	25	2.7	25	95	0	116	25	25	25	23	2.00
19179961--19180000	21	1.9	21	85	10	55	82	5	2	10	0.91
19180007--19180048	12	3.6	12	80	3	50	66	7	11	14	1.43
19180974--19181024	7	7.4	7	81	18	63	68	0	15	15	1.21
19180978--19181015	13	2.8	13	96	4	67	73	0	13	13	1.09
19182279--19182642	80	4.5	80	75	11	353	31	19	23	26	1.98
19182439--19182562	43	2.9	43	96	0	221	32	20	22	24	1.98
19182359--19182685	166	2.0	166	92	2	541	31	19	22	25	1.98
19182482--19182724	123	2.0	124	90	1	382	30	20	23	25	1.98
19188013--19188061	24	2.0	24	100	0	98	24	51	0	24	1.49
19191430--19191536	53	2.0	53	100	0	214	31	16	20	30	1.95
19193521--19193578	17	3.1	17	73	26	55	51	3	0	44	1.18
19193499--19193633	49	3.0	48	70	27	150	48	2	0	49	1.13
19203240--19203270	16	1.9	16	93	0	53	58	9	6	25	1.54
19204863--19204902	15	2.7	15	84	7	55	77	5	2	15	1.04
19206727--19206777	13	3.8	13	85	12	68	31	3	0	64	1.11
19206722--19206776	27	2.0	28	89	10	87	32	1	0	65	1.03
19206729--19206786	27	2.1	27	84	6	73	31	5	0	63	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19209520--19209558	13	2.9	14	88	7	62	69	0	20	10	1.17
19210809--19211347	88	6.1	88	87	0	720	25	24	25	24	2.00
19210836--19211224	45	8.8	44	67	8	218	24	24	26	23	2.00
19211340--19211430	44	2.1	44	87	0	128	31	20	23	24	1.98
19210886--19211422	176	3.1	176	83	3	440	26	24	25	23	2.00
19211614--19211726	44	2.6	43	81	2	127	28	18	22	30	1.97
19211745--19211839	44	2.1	45	84	1	120	27	22	26	24	2.00
19211862--19211970	50	2.2	50	84	0	137	35	22	16	25	1.94
19213852--19213900	12	3.8	13	84	12	66	32	4	0	63	1.13
19213847--19213899	26	2.0	27	89	10	83	33	1	0	64	1.05
19213854--19213909	26	2.2	26	83	6	69	32	5	0	62	1.18
19215206--19215272	16	4.4	14	75	15	53	55	0	5	38	1.25
19215232--19215286	17	3.2	17	89	5	83	60	0	3	36	1.15
19218331--19218372	19	2.2	19	86	0	57	85	0	9	4	0.72
19218865--19218894	15	2.0	15	93	0	51	13	0	36	50	1.42
19226976--19227017	12	3.5	12	86	0	57	23	38	26	11	1.90
19229424--19229480	29	2.0	28	83	10	71	36	5	14	43	1.67
19232045--19232077	9	3.8	9	88	8	50	15	6	0	78	0.93
19234144--19234177	12	2.8	12	86	0	50	32	20	29	17	1.96
19236823--19236870	22	2.3	22	85	7	64	60	8	4	27	1.44
19243144--19243171	6	4.7	6	100	0	56	0	0	35	64	0.94
19249164--19249280	46	2.5	46	97	0	216	35	19	17	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19249270--19249295	13	2.0	13	100	0	52	23	15	38	23	1.92
19249307--19249752	44	9.9	44	75	8	331	30	19	21	27	1.98
19249289--19249718	93	4.7	92	75	14	345	31	19	22	26	1.97
19249288--19249718	137	3.1	136	88	4	616	32	19	22	26	1.97
19259869--19259999	39	3.4	38	72	8	113	31	16	16	35	1.91
19259968--19260073	39	2.7	39	86	5	169	26	16	24	32	1.97
19260071--19260098	12	2.3	12	100	0	56	53	0	0	46	1.00
19260206--19260231	13	2.0	13	100	0	52	30	15	0	53	1.42
19263983--19264015	16	1.9	18	88	11	52	54	9	0	36	1.32
19272550--19272590	8	5.2	8	91	2	57	34	2	9	53	1.47

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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