genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.203.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65706892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   

This is table  203  of  218  ( 26060 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60040893--60040962	33	2.1	33	100	0	140	52	8	0	38	1.32
60041620--60041726	40	2.7	41	75	4	110	23	19	17	39	1.92
60043677--60043716	21	1.9	21	85	10	55	55	20	5	20	1.62
60048155--60048194	21	1.9	21	85	10	55	55	20	5	20	1.62
60054230--60054277	21	2.2	22	85	3	62	33	27	27	12	1.92
60055707--60055785	34	2.4	33	82	6	88	43	0	6	50	1.27
60060101--60060233	41	3.1	45	84	9	186	31	6	13	48	1.66
60060096--60060231	45	3.2	42	84	9	166	30	6	13	50	1.67
60063902--60063927	13	2.0	13	100	0	52	23	23	23	30	1.99
60091814--60091873	24	2.5	24	91	0	93	38	5	10	46	1.59
60097612--60097673	32	1.9	32	96	0	115	38	22	9	29	1.86
60098983--60099048	34	1.9	34	93	0	114	37	18	4	39	1.71
60099831--60099879	21	2.3	23	79	13	59	55	4	0	40	1.19
60102107--60102184	15	5.2	15	70	11	61	46	7	20	25	1.77
60102103--60102184	30	2.7	30	90	0	128	47	7	20	24	1.75
60106769--60106846	15	5.2	15	67	11	61	44	7	20	26	1.78
60106765--60106846	30	2.7	30	92	0	128	46	7	20	25	1.76
60107592--60107652	23	2.7	23	82	5	70	59	3	3	34	1.30
60107915--60107954	18	2.1	20	86	9	57	70	0	7	22	1.12
60108694--60108726	17	1.9	17	93	0	57	27	6	27	39	1.80
60108694--60108732	17	2.3	17	86	0	51	25	5	30	38	1.78
60114700--60114730	16	1.9	16	93	0	53	58	0	6	35	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60117231--60117293	32	2.0	30	84	12	81	46	12	6	34	1.68
60121809--60121941	43	3.1	43	65	8	110	30	26	20	23	1.98
60127910--60128016	13	8.1	13	75	17	55	29	3	1	64	1.21
60127933--60127994	3	21.3	3	76	18	60	32	1	3	62	1.20
60127923--60127997	11	6.6	11	75	20	59	32	2	2	62	1.23
60127933--60127991	8	6.9	8	75	21	57	32	1	3	62	1.21
60130816--60130907	44	2.1	44	83	6	114	32	6	27	33	1.82
60131355--60131579	41	5.5	41	84	0	297	18	25	24	30	1.98
60131355--60131579	123	1.8	123	88	3	346	18	25	24	30	1.98
60135572--60136102	23	23.3	23	77	11	466	29	6	24	39	1.81
60135574--60136043	137	3.4	137	88	3	619	29	6	23	39	1.80
60135649--60136102	183	2.5	183	92	2	745	30	6	24	39	1.79
60136958--60137337	43	8.9	43	84	1	467	20	15	32	31	1.94
60141521--60141559	20	2.0	20	94	0	69	48	0	2	48	1.15
60142161--60142185	12	2.1	12	100	0	50	44	32	16	8	1.76
60142220--60142263	22	2.0	22	90	0	70	11	20	25	43	1.85
60142228--60142275	22	2.2	22	81	7	53	14	27	25	33	1.94
60142311--60142516	43	4.8	43	84	2	263	31	31	15	22	1.94
60144199--60144230	6	5.3	6	96	0	55	3	12	50	34	1.56
60145923--60145956	14	2.4	14	95	0	59	29	47	0	23	1.52
60145912--60145988	21	3.7	21	75	3	66	36	41	0	22	1.54
60147055--60147369	41	7.7	41	90	2	438	32	27	20	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60147426--60147542	40	2.9	41	82	3	141	23	21	19	35	1.96
60149146--60149200	24	2.2	24	87	3	74	41	3	12	41	1.60
60153134--60153211	15	5.2	15	64	11	52	44	6	20	28	1.76
60153130--60153211	30	2.7	30	88	0	119	46	6	20	26	1.74
60153961--60154021	23	2.7	23	82	5	70	59	3	3	34	1.30
60154284--60154326	19	2.1	21	87	8	63	69	0	6	23	1.12
60155066--60155098	17	1.9	17	93	0	57	27	6	27	39	1.80
60155066--60155104	17	2.3	17	86	0	51	25	5	30	38	1.78
60160944--60161072	62	2.1	63	88	1	188	42	13	10	32	1.80
60161514--60161556	21	2.1	21	86	4	61	25	4	16	53	1.62
60177018--60177113	34	2.9	32	81	6	120	53	5	8	33	1.53
60177231--60177262	3	11.0	3	93	6	57	68	0	0	31	0.90
60179127--60179792	44	15.0	43	70	13	391	26	24	18	31	1.97
60179084--60179841	89	8.5	89	83	6	822	25	24	18	31	1.98
60179132--60179857	181	4.1	178	85	5	903	25	24	18	31	1.98
60181175--60181268	48	2.0	47	87	2	134	12	25	14	46	1.80
60181178--60181279	48	2.1	48	81	0	114	12	26	13	47	1.79
60183971--60184010	19	2.0	20	85	4	55	47	7	17	27	1.74
60185925--60186014	34	2.6	34	80	7	92	53	5	7	33	1.53
60186141--60186172	3	11.0	3	93	6	57	68	0	0	31	0.90
60190057--60190112	16	3.6	16	73	9	53	67	1	8	21	1.27
60197710--60197755	6	7.7	6	100	0	92	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60199575--60199608	3	11.0	3	93	6	59	64	0	35	0	0.94
60204515--60204539	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
60209043--60209103	29	2.1	28	85	8	79	44	14	14	26	1.84
60210462--60210542	37	2.2	37	80	10	87	41	0	2	55	1.13
60215989--60216022	17	2.0	18	88	11	54	44	8	0	47	1.34
60219627--60219690	32	2.0	32	84	0	83	43	1	7	46	1.42
60220921--60220979	29	2.0	29	86	0	82	25	8	30	35	1.86
60226603--60226627	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
60230118--60230164	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
60233171--60233203	17	1.9	17	93	0	57	63	0	0	36	0.95
60234549--60234607	23	2.4	26	77	11	70	32	1	5	61	1.28
60241900--60241991	5	18.8	5	95	4	170	40	0	0	59	0.97
60251623--60251664	20	2.1	20	86	0	57	38	0	7	54	1.28
60252442--60252500	30	2.0	30	86	0	82	44	3	3	49	1.36
60256391--60256597	114	1.8	112	82	4	263	33	23	10	32	1.89
60260835--60260903	6	11.0	6	80	14	77	15	0	5	78	0.94
60260838--60260903	25	2.6	27	81	16	86	15	0	6	78	0.93
60260835--60260903	32	2.2	32	87	7	97	15	0	5	78	0.94
60263875--60263912	20	1.9	20	89	10	60	42	0	2	55	1.14
60263923--60263959	18	1.9	18	89	10	56	54	0	5	40	1.24
60265712--60265836	29	4.2	29	76	13	112	36	16	4	43	1.67
60266182--60266280	14	7.0	14	83	8	112	75	0	24	0	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60266195--60266280	7	11.7	7	78	11	84	76	0	23	0	0.78
60266185--60266280	29	3.2	30	73	15	83	76	0	23	0	0.79
60266386--60266435	21	2.4	21	86	6	66	74	6	18	2	1.12
60266568--60266614	14	3.4	13	81	18	51	78	0	21	0	0.75
60267096--60267154	18	3.2	18	74	23	59	27	13	8	50	1.70
60267100--60267142	20	2.1	21	87	12	63	37	13	6	41	1.72
60269338--60269367	15	2.0	15	100	0	60	40	0	6	53	1.27
60269871--60269920	25	2.0	25	88	0	73	24	18	20	38	1.93
60269877--60269931	25	2.2	25	90	0	83	23	16	18	41	1.89
60274835--60274877	11	3.7	11	79	11	50	37	2	13	46	1.57
60274830--60274882	24	2.2	25	93	3	90	37	1	11	49	1.50
60278597--60278639	11	3.7	11	79	11	50	37	2	13	46	1.57
60278587--60278651	24	2.5	26	85	12	82	40	1	9	49	1.44
60278592--60278644	24	2.2	25	93	3	90	37	1	11	49	1.50
60278608--60278652	11	3.9	12	80	16	51	40	0	8	51	1.33
60281051--60281080	6	5.0	6	95	0	51	20	16	0	63	1.31
60291425--60291559	67	2.0	67	95	0	243	27	30	19	22	1.98
60291678--60291795	57	2.1	57	83	3	148	24	22	22	31	1.98
60295461--60295509	21	2.3	23	79	13	59	55	4	0	40	1.19
60297654--60297679	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
60300609--60300902	99	3.0	99	80	4	290	34	18	21	26	1.96
60302623--60302671	6	8.2	6	90	0	80	18	20	44	16	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60308492--60308530	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
60310030--60310544	44	11.8	43	70	11	255	29	21	18	30	1.97
60310083--60310361	85	3.2	85	77	8	337	28	21	18	31	1.97
60310023--60310417	175	2.3	175	95	0	709	28	21	18	31	1.97
60310252--60310591	129	2.6	129	92	0	554	30	21	17	30	1.96
60310656--60311031	88	4.3	88	91	1	567	26	25	22	26	2.00
60310711--60311018	44	7.0	44	68	20	196	25	25	23	26	2.00
60312110--60312156	21	2.2	21	85	7	60	25	36	10	27	1.89
60313196--60313280	41	2.0	41	84	6	109	12	9	3	74	1.19
60313248--60313303	26	2.2	26	87	6	78	16	3	5	75	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218