genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65706892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  7  of  218  ( 26060 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2505940--2505973	18	1.9	18	88	5	52	29	0	5	64	1.17
2507560--2507587	13	2.2	13	100	0	56	85	0	14	0	0.59
2510505--2510552	20	2.5	19	80	6	51	29	2	0	68	1.01
2537632--2537682	21	2.5	21	80	3	59	66	1	13	17	1.34
2537875--2537920	23	2.0	23	100	0	92	21	30	4	43	1.72
2539570--2539713	69	2.1	69	97	0	270	33	19	30	16	1.94
2540255--2540300	23	2.0	23	100	0	92	21	30	4	43	1.72
2541123--2541249	47	2.6	48	87	7	177	18	26	7	47	1.76
2544987--2545027	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
2548866--2548916	26	2.2	24	78	21	56	60	5	0	33	1.21
2556417--2556532	43	2.7	43	80	4	146	31	25	18	25	1.97
2577218--2577277	5	12.2	5	81	10	61	33	0	5	61	1.17
2578094--2578134	3	13.7	3	84	0	55	34	0	2	63	1.08
2578091--2578150	21	2.9	21	80	2	68	36	0	3	60	1.14
2591651--2592229	212	2.7	211	86	4	793	29	13	19	38	1.89
2596920--2596949	15	2.0	15	93	0	51	3	56	0	40	1.16
2601435--2601495	4	15.2	4	100	0	122	50	24	0	24	1.49
2607964--2607993	15	2.0	15	93	0	51	43	6	10	40	1.64
2613882--2613925	22	2.0	22	100	0	88	45	18	9	27	1.79
2613904--2614371	109	4.4	107	85	11	631	40	13	14	30	1.86
2613904--2614369	208	2.2	211	87	8	669	40	13	15	30	1.86
2615049--2615103	29	1.9	28	85	10	76	60	7	3	29	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2615046--2615112	29	2.3	29	77	10	75	58	7	2	31	1.41
2615647--2615868	89	2.5	88	86	5	302	25	19	16	38	1.92
2615647--2615977	109	3.5	88	77	13	304	26	18	15	39	1.90
2615811--2616299	109	4.5	109	87	8	663	28	15	14	41	1.86
2615970--2616196	119	1.9	117	92	4	386	29	12	13	43	1.81
2615810--2616301	228	2.2	217	86	7	658	28	15	14	41	1.86
2622563--2622618	24	2.3	24	100	0	112	39	3	17	39	1.67
2624191--2624222	16	2.0	16	93	0	55	59	0	0	40	0.97
2624411--2624455	22	2.0	22	83	8	56	33	6	4	55	1.46
2624436--2624462	14	1.9	14	100	0	54	40	14	7	37	1.74
2625940--2626035	48	2.0	48	95	0	174	28	30	20	20	1.98
2627980--2628019	16	2.5	16	87	0	53	50	2	5	42	1.37
2628084--2628127	16	2.7	16	89	3	61	36	0	9	54	1.32
2631161--2631491	64	5.2	64	76	7	343	48	22	13	15	1.80
2631216--2631491	63	4.4	61	77	6	246	48	23	13	14	1.79
2631161--2631491	127	2.6	127	94	0	572	48	22	13	15	1.80
2631519--2631586	16	4.2	16	75	3	57	63	4	1	30	1.23
2631711--2631858	19	7.9	18	73	15	65	57	1	4	36	1.28
2631748--2631860	10	11.8	10	71	19	64	58	0	4	36	1.24
2631754--2631818	19	3.4	19	82	15	73	64	1	4	29	1.22
2633685--2633823	43	3.3	43	82	1	172	29	17	26	25	1.98
2636678--2636812	21	6.6	21	66	10	64	28	0	21	48	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2636731--2636775	14	3.3	13	87	6	54	31	0	20	48	1.49
2640613--2640638	6	4.3	6	100	0	52	84	0	0	15	0.62
2643061--2643120	31	1.9	31	82	0	75	50	5	5	40	1.46
2646420--2646453	18	1.9	18	88	5	52	29	0	5	64	1.17
2650869--2650909	4	10.2	4	94	0	64	0	4	24	70	1.06
2653819--2653923	51	2.1	51	98	0	201	37	6	9	46	1.63
2657638--2657696	31	1.9	31	93	6	102	33	13	8	44	1.74
2659866--2659904	11	3.7	11	80	13	55	66	5	7	20	1.36
2664956--2665027	33	2.2	32	92	4	126	40	6	12	40	1.70
2687063--2687139	39	2.0	39	94	0	136	20	16	27	35	1.95
2691397--2691540	74	1.9	74	95	0	261	32	22	21	22	1.98
2696877--2696907	2	15.5	2	93	0	53	51	3	45	0	1.17
2697388--2697428	22	1.9	21	85	5	55	63	7	0	29	1.21
2700094--2700142	25	2.0	25	84	8	64	46	8	26	18	1.76
2701844--2701887	21	2.1	21	83	8	54	34	0	18	47	1.49
2702346--2702396	26	1.9	27	84	4	68	17	25	15	41	1.89
2702341--2702499	25	6.4	26	68	11	100	18	25	16	38	1.92
2704139--2704186	21	2.2	22	92	3	80	20	20	18	39	1.92
2715326--2715360	18	1.9	18	88	0	52	57	2	0	40	1.14
2720196--2720250	27	2.0	27	100	0	110	14	40	23	21	1.90
2722953--2723001	18	2.6	19	83	6	64	30	10	14	44	1.78
2725042--2725085	18	2.4	19	81	14	56	59	2	0	38	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2728524--2728553	7	4.1	7	91	8	51	46	0	13	40	1.43
2737359--2737452	40	2.3	40	94	0	161	23	24	27	24	2.00
2744150--2744201	24	2.2	24	85	0	68	53	9	3	32	1.51
2745412--2745632	51	4.3	52	78	5	229	30	27	16	25	1.97
2745860--2745921	18	3.2	21	65	25	64	38	11	3	46	1.56
2745858--2745929	36	2.0	36	100	0	144	41	11	2	44	1.54
2748639--2748755	44	2.7	43	81	9	148	22	18	29	29	1.97
2748785--2748835	23	2.2	23	86	6	68	45	17	5	31	1.72
2749318--2749344	11	2.5	11	100	0	54	25	0	0	74	0.83
2752002--2752057	27	2.1	27	96	0	103	23	1	25	50	1.59
2769338--2769373	3	12.0	3	87	0	54	2	33	0	63	1.08
2773152--2773213	27	2.3	27	82	0	70	27	25	27	19	1.99
2777610--2777645	15	2.4	15	90	0	54	36	38	8	16	1.79
2779107--2779143	3	12.3	3	88	0	56	62	0	5	32	1.18
2788645--2788705	29	2.1	30	96	3	115	24	6	37	31	1.81
2788811--2788863	2	26.5	2	77	7	54	41	3	3	50	1.38
2794371--2794747	89	4.2	89	87	2	504	26	24	17	31	1.97
2794372--2794770	179	2.2	181	87	2	572	28	23	17	30	1.97
2802816--2802855	20	2.0	20	95	0	71	30	12	25	32	1.92
2807198--2807238	20	2.0	21	85	9	57	68	4	7	19	1.32
2813120--2813165	22	2.1	22	84	8	58	30	6	6	56	1.50
2813554--2813585	17	1.9	17	93	6	57	68	0	0	31	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2813751--2813821	32	2.2	32	84	0	88	33	18	8	39	1.81
2820945--2821025	40	2.0	40	95	0	144	38	9	18	33	1.84
2821317--2821409	46	2.0	46	97	0	177	35	7	19	37	1.80
2829668--2829789	59	2.1	59	82	3	147	39	20	13	27	1.89
2830300--2830356	22	2.6	22	94	2	98	47	7	3	42	1.47
2836540--2836570	5	6.2	5	96	0	53	74	0	25	0	0.82
2841164--2841242	31	2.6	30	82	6	88	34	8	10	46	1.69
2842723--2842771	19	2.5	20	77	9	57	46	4	0	48	1.20
2856851--2856911	32	1.9	32	86	0	86	40	4	9	44	1.59
2858185--2858211	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
2865031--2865088	4	14.5	4	100	0	116	25	0	24	50	1.50
2869782--2869820	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
2870046--2870120	23	3.3	23	90	3	125	22	22	25	29	1.99
2880839--2880877	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
2881104--2881177	23	3.3	23	86	3	114	18	21	27	32	1.97
2881105--2881170	22	3.0	22	90	2	105	18	22	27	31	1.97
2885349--2885425	33	2.3	32	80	6	82	33	18	22	25	1.96
2886200--2886245	17	2.7	17	82	0	56	39	0	0	60	0.97
2886238--2886276	20	2.0	20	84	0	51	41	2	0	56	1.13
2896801--2896825	6	4.2	6	100	0	50	84	16	0	0	0.63
2900179--2900229	26	2.0	25	85	11	68	54	0	5	39	1.24
2910679--2910752	34	2.2	34	85	4	98	35	5	5	54	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2910702--2910753	17	3.1	16	75	20	61	32	5	3	57	1.40
2914587--2914642	22	2.6	21	80	5	67	37	1	0	60	1.07
2935225--2935421	98	2.0	98	92	0	331	38	22	9	29	1.86
2936964--2937003	16	2.5	16	84	11	55	77	7	2	12	1.07
2953721--2953795	31	2.4	31	80	4	80	32	12	10	45	1.75
2956345--2956374	14	2.1	14	100	0	60	53	20	0	26	1.46
2961349--2961379	15	2.1	15	93	0	53	22	3	3	70	1.16
2964218--2964255	19	2.0	20	89	5	60	26	0	0	73	0.83
2967341--2967383	6	7.0	6	91	2	68	32	2	2	62	1.20
2975340--2975432	28	3.2	28	72	21	100	50	16	10	22	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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