genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.204.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65706892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  204  of  218  ( 26060 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60318657--60318694	20	1.9	20	84	10	51	7	2	50	39	1.46
60318772--60318808	17	2.2	17	90	0	56	40	10	21	27	1.86
60322400--60322437	20	1.9	20	94	0	67	31	0	5	63	1.17
60322436--60322497	33	1.9	32	93	3	106	19	17	22	40	1.91
60325970--60326007	4	9.5	4	100	0	76	76	0	0	23	0.79
60326337--60326373	17	2.2	17	90	0	56	40	10	21	27	1.86
60327424--60327461	20	1.9	20	94	0	67	31	0	5	63	1.17
60327915--60327952	16	2.4	17	82	13	53	60	0	7	31	1.25
60328715--60328757	16	2.7	16	86	10	61	44	0	2	53	1.13
60334512--60334699	103	1.8	104	87	3	281	31	12	24	31	1.92
60339771--60339813	20	2.2	20	84	8	54	39	0	2	58	1.11
60343049--60343082	15	2.2	16	89	5	52	2	23	2	70	1.15
60355720--60355772	20	2.5	22	76	17	58	37	7	3	50	1.49
60362520--60362595	31	2.5	30	83	8	91	28	5	13	52	1.61
60362660--60362693	18	1.9	17	88	5	50	44	2	0	52	1.16
60362648--60362739	28	3.3	27	76	10	78	44	2	2	51	1.25
60362660--60362753	46	2.0	48	81	8	113	45	2	3	48	1.30
60363193--60363261	28	2.4	27	74	25	63	37	4	2	55	1.35
60363209--60363281	9	7.8	10	68	17	50	41	1	1	56	1.16
60363231--60363336	55	1.9	55	83	9	137	36	3	1	57	1.28
60366576--60366674	25	3.7	26	80	12	89	32	5	4	58	1.38
60373925--60373959	11	3.2	11	87	0	52	68	2	0	28	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60373918--60373959	22	2.0	20	86	9	57	64	4	0	30	1.14
60376803--60376832	14	2.1	14	93	0	51	56	6	0	36	1.26
60385652--60385686	17	2.0	18	88	5	54	48	2	0	48	1.16
60387219--60387255	17	2.2	17	90	0	56	56	2	0	40	1.13
60387715--60387763	24	2.0	24	96	0	89	22	36	12	28	1.90
60389925--60390110	61	3.0	61	92	3	327	38	4	18	38	1.71
60395824--60395858	11	3.1	11	88	8	52	48	2	11	37	1.54
60398271--60398352	32	2.6	32	84	0	110	51	18	2	28	1.59
60406827--60406858	4	8.0	4	100	0	64	25	0	0	75	0.81
60413040--60413078	9	4.3	9	83	9	53	43	0	2	53	1.14
60413107--60413164	29	2.0	30	86	3	82	32	1	1	63	1.14
60431179--60431225	21	2.2	22	88	3	69	21	36	19	23	1.95
60435854--60436304	228	1.9	231	89	5	696	41	6	13	38	1.71
60438745--60438798	23	2.3	23	80	0	63	3	25	0	70	1.04
60443501--60443532	15	2.1	15	100	0	64	18	6	18	56	1.62
60449980--60450004	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
60451594--60451631	18	2.1	18	95	0	67	21	21	31	26	1.98
60451795--60451829	18	1.9	18	88	0	52	28	20	31	20	1.97
60451473--60451987	201	2.6	198	88	2	746	28	17	29	24	1.97
60452861--60452915	20	2.7	21	80	11	69	36	3	21	38	1.71
60457872--60457901	15	2.0	15	93	0	51	50	13	30	6	1.67
60458940--60459070	36	3.6	36	75	8	138	55	0	5	38	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60458874--60459067	74	2.6	74	90	1	280	54	0	6	38	1.31
60461214--60461265	16	3.2	16	91	0	77	28	0	34	36	1.58
60461246--60461340	45	2.1	44	86	1	127	34	5	26	33	1.79
60461502--60461536	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
60461460--60461532	27	2.7	27	76	8	76	52	2	0	45	1.15
60461649--60461683	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
60461421--60461695	147	1.9	149	95	1	500	46	3	2	47	1.33
60461751--60461802	16	3.4	17	73	26	53	55	0	0	44	0.99
60461748--60461808	29	2.1	29	82	11	72	54	1	0	44	1.10
60461629--60461922	119	2.5	119	93	2	482	50	4	2	43	1.35
60465021--60465064	22	2.0	22	90	0	70	11	20	25	43	1.85
60465136--60465298	43	3.8	43	89	0	236	29	31	16	22	1.96
60468690--60468726	14	2.6	14	91	0	56	35	40	0	24	1.55
60468682--60468750	21	3.2	21	75	2	66	37	40	0	21	1.54
60469824--60470015	41	4.7	40	89	4	251	32	27	21	18	1.97
60470053--60470187	40	3.4	38	78	8	126	20	20	20	37	1.94
60470072--60470188	40	2.9	41	82	3	141	23	21	19	35	1.96
60473623--60473692	28	2.6	28	81	4	72	58	2	10	28	1.45
60475883--60475920	17	2.2	17	90	0	58	52	5	2	39	1.38
60476930--60478590	832	2.0	832	100	0	3322	31	17	20	30	1.96
60489422--60489473	23	2.4	22	81	9	61	30	0	0	69	0.89
60491939--60491987	19	2.6	18	84	9	62	51	2	2	44	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60492259--60492292	14	2.3	15	95	5	61	14	0	0	85	0.60
60492257--60492294	20	1.9	20	89	10	60	15	0	0	84	0.63
60492259--60492292	15	2.4	14	90	5	50	14	0	0	85	0.60
60493705--60493755	6	8.2	6	91	8	84	47	1	0	50	1.12
60500423--60500495	23	3.2	23	92	0	128	30	24	21	23	1.99
60500582--60500610	8	3.6	8	100	0	58	34	27	13	24	1.93
60500729--60500767	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
60510034--60510062	5	5.8	5	100	0	58	82	0	0	17	0.66
60510212--60510241	14	2.1	15	93	6	53	33	0	6	60	1.23
60514193--60514227	3	11.7	3	88	11	54	68	0	2	28	1.04
60515840--60516168	46	7.6	42	73	12	188	26	21	21	31	1.98
60515876--60516168	46	6.7	45	72	12	220	26	21	20	31	1.98
60528895--60528967	3	24.3	3	86	5	103	64	1	2	31	1.16
60529449--60529476	12	2.3	12	100	0	56	0	42	35	21	1.53
60542963--60543046	19	4.1	19	79	14	80	52	7	0	40	1.29
60548636--60548666	15	2.1	15	93	0	53	25	3	19	51	1.62
60560094--60560135	3	13.3	3	90	9	66	33	0	4	61	1.17
60562482--60562516	11	3.2	11	100	0	70	25	0	0	74	0.82
60567984--60568026	18	2.4	18	84	0	50	46	23	2	27	1.64
60569181--60569227	3	15.7	3	100	0	94	68	0	0	31	0.90
60574337--60574362	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
60574954--60574990	12	2.9	13	84	8	58	56	8	0	35	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60576307--60576336	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
60578172--60578209	19	2.1	19	95	5	69	65	0	0	34	0.93
60580670--60580706	19	1.9	19	88	0	56	51	0	0	48	1.00
60580795--60580833	16	2.3	17	91	8	62	43	0	0	56	0.99
60580878--60580910	13	2.4	14	85	10	50	45	0	0	54	0.99
60586060--60586102	17	2.6	17	81	3	52	60	0	4	34	1.17
60588219--60588299	28	2.8	28	90	3	126	55	2	4	37	1.35
60588220--60588312	28	3.2	28	83	11	86	52	5	5	36	1.47
60588690--60588717	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
60588907--60589167	42	6.2	42	85	2	301	32	21	20	24	1.97
60590414--60590448	14	2.5	14	95	0	61	45	25	8	20	1.79
60590673--60590729	25	2.4	24	76	5	62	43	1	0	54	1.10
60593700--60593754	25	2.3	24	75	6	58	45	0	0	54	0.99
60595808--60595857	24	2.1	23	88	3	73	10	24	26	40	1.86
60598560--60598602	18	2.3	18	80	11	52	48	20	0	30	1.50
60599592--60599721	56	2.3	56	97	0	242	36	10	21	31	1.87
60601365--60601441	31	2.6	30	75	6	75	37	14	9	38	1.78
60601579--60601637	29	2.0	30	90	3	93	47	15	8	28	1.74
60601589--60601656	29	2.3	29	85	10	84	42	16	8	32	1.79
60602234--60602267	13	2.5	13	85	4	50	38	0	0	61	0.96
60602301--60602331	16	1.9	16	100	0	62	51	0	0	48	1.00
60602290--60602331	16	2.5	17	88	11	61	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60609585--60609611	13	2.1	13	100	0	54	62	0	7	29	1.22
60612384--60612438	25	2.3	24	75	6	58	45	0	0	54	0.99
60617774--60617814	20	2.0	20	90	4	64	48	7	2	41	1.44
60618135--60618191	27	2.1	27	81	12	64	66	5	7	21	1.36
60636805--60636919	55	2.1	54	87	4	160	26	11	6	56	1.57
60638382--60638419	15	2.4	16	86	4	51	78	2	18	0	0.86
60643992--60644041	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
60648591--60648640	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
60665805--60665839	18	1.9	18	100	0	70	5	22	8	62	1.45
60671115--60671173	23	2.6	22	82	10	75	44	20	3	32	1.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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