genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.96.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65706892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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This is table  96  of  218  ( 26060 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27695457--27695505	1	49.0	1	79	0	53	89	0	6	4	0.57
27695495--27695536	22	2.0	20	86	9	57	71	0	14	14	1.15
27697192--27697410	44	4.8	44	72	16	174	32	19	21	26	1.97
27697188--27697543	142	2.5	142	96	0	642	32	18	21	27	1.97
27699459--27699506	10	4.9	10	80	14	55	35	6	0	58	1.23
27700639--27700701	25	2.5	25	84	5	74	31	17	14	36	1.90
27701030--27701082	18	2.9	17	80	5	61	37	18	1	41	1.62
27706470--27706506	18	2.1	18	90	10	58	29	5	0	64	1.15
27721012--27721050	20	1.9	21	84	5	53	35	10	15	38	1.81
27721915--27721970	22	2.5	22	76	0	58	39	19	7	33	1.79
27724207--27724244	19	2.0	20	89	5	60	73	5	21	0	1.02
27724778--27724831	24	2.2	25	83	3	65	62	3	1	31	1.23
27725665--27725699	14	2.5	14	90	0	52	48	11	14	25	1.77
27727334--27727707	44	8.2	44	73	10	198	29	20	16	33	1.95
27727496--27727707	88	2.4	88	80	3	223	28	21	16	33	1.95
27739428--27739457	5	6.2	5	92	7	53	80	0	0	20	0.72
27739418--27739457	14	2.9	14	85	10	55	80	0	2	17	0.83
27739549--27739573	12	2.1	12	100	0	50	60	0	16	24	1.36
27741784--27741867	42	2.0	43	88	2	125	28	30	16	23	1.96
27741780--27741879	42	2.3	42	81	3	119	33	28	17	22	1.96
27747283--27747323	21	1.9	22	85	5	57	39	39	0	21	1.54
27747514--27747555	16	2.5	17	92	7	68	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27747663--27747726	21	3.0	21	82	11	76	35	42	0	21	1.54
27747663--27747787	35	3.6	35	80	10	105	40	34	0	24	1.61
27747804--27747854	22	2.3	23	77	16	63	45	25	1	27	1.64
27748199--27748387	41	4.7	41	82	3	213	31	27	22	19	1.97
27750982--27751024	14	3.1	14	82	0	50	65	0	0	34	0.93
27750987--27751034	22	2.2	22	85	7	62	64	0	0	35	0.94
27752446--27752495	24	2.0	25	84	3	66	64	4	0	32	1.12
27753946--27753985	20	2.0	20	85	9	55	62	0	0	37	0.95
27755394--27755440	20	2.4	20	89	3	69	68	0	0	31	0.90
27755410--27755452	19	2.3	18	81	14	52	62	0	0	37	0.95
27768475--27768544	35	2.2	30	85	14	88	25	10	15	48	1.76
27769755--27769811	21	2.8	21	94	2	98	26	14	14	45	1.82
27769884--27769927	20	2.2	20	91	0	70	29	6	13	50	1.68
27773924--27774043	40	3.0	40	97	0	222	50	15	20	15	1.79
27774751--27774794	18	2.3	20	76	11	56	18	15	38	27	1.91
27776431--27776621	50	3.7	50	77	9	161	28	18	27	26	1.98
27776883--27776953	32	2.2	32	100	0	142	52	2	29	15	1.57
27776884--27776936	16	3.3	16	70	19	56	50	1	30	16	1.56
27776900--27776952	16	3.3	16	70	19	56	50	3	30	15	1.61
27783802--27783839	13	2.7	14	84	12	51	39	7	0	52	1.31
27790776--27790822	11	4.4	11	75	5	51	4	4	25	65	1.29
27790782--27790829	22	2.2	22	88	3	71	6	6	22	64	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27790798--27790844	22	2.1	22	84	0	58	10	6	19	63	1.47
27800388--27800429	15	2.9	15	85	3	50	57	2	14	26	1.50
27805097--27805137	21	2.0	21	85	0	55	41	9	12	36	1.76
27806637--27806662	13	2.0	13	100	0	52	30	38	0	30	1.58
27808260--27808301	17	2.6	16	85	10	59	73	2	7	16	1.15
27810764--27810788	13	1.9	13	100	0	50	24	24	32	20	1.98
27816732--27816781	24	2.1	24	100	0	100	38	22	20	20	1.94
27817890--27817944	22	2.5	22	96	0	101	60	25	3	10	1.47
27833320--27833483	29	5.6	29	76	13	158	21	27	13	37	1.91
27833320--27833504	58	3.2	58	81	10	209	22	27	12	37	1.90
27838143--27838186	14	3.1	15	90	6	65	0	29	4	65	1.12
27846205--27846254	18	2.9	16	77	13	55	78	4	4	14	1.05
27847597--27847621	8	3.1	8	100	0	50	88	0	0	12	0.53
27849026--27849089	34	1.9	34	87	3	94	31	18	21	28	1.97
27849562--27849839	27	10.3	27	82	0	331	17	15	23	44	1.86
27852115--27852168	26	2.0	27	82	10	67	20	12	12	53	1.71
27852752--27852786	15	2.3	15	90	5	52	77	5	5	11	1.12
27853234--27853259	11	2.4	11	100	0	52	26	0	0	73	0.84
27863998--27864031	17	1.9	18	88	5	52	58	8	8	23	1.56
27871312--27871342	10	3.1	10	90	0	53	22	0	9	67	1.19
27875003--27875035	17	2.0	17	88	5	50	60	18	0	21	1.36
27878817--27878858	22	1.9	22	85	0	57	45	11	19	23	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27878875--27879025	32	4.7	32	86	4	182	35	23	21	18	1.95
27879028--27879081	26	2.1	26	85	0	72	37	24	20	18	1.94
27879295--27879680	27	14.3	27	80	4	307	24	18	19	37	1.94
27885144--27885365	39	5.6	39	82	9	224	24	27	22	25	2.00
27885144--27885366	78	2.8	80	84	9	271	25	26	22	25	2.00
27893057--27893280	79	2.8	78	84	6	281	25	27	22	24	2.00
27893057--27893280	40	5.7	40	87	6	280	25	27	22	24	2.00
27896452--27896494	21	2.0	21	82	8	52	20	18	18	41	1.90
27896875--27896905	4	8.0	4	92	7	55	0	0	22	77	0.77
27900937--27900970	6	5.7	6	100	0	68	50	14	0	35	1.44
27902111--27902187	32	2.4	32	82	0	100	14	9	49	27	1.73
27904971--27905023	27	2.0	27	85	7	72	30	20	24	24	1.99
27905115--27905178	24	2.7	24	80	7	76	46	18	6	28	1.73
27905224--27905489	27	9.9	27	79	6	191	20	17	19	43	1.88
27905293--27905501	81	2.6	80	78	5	240	20	17	18	44	1.87
27905307--27905489	27	6.8	27	82	7	219	20	18	17	43	1.89
27907585--27907615	15	2.0	16	93	6	55	35	12	6	45	1.68
27910458--27910489	13	2.5	13	94	0	55	25	25	37	12	1.91
27912625--27912655	16	1.9	16	93	0	53	6	12	0	80	0.89
27912624--27912671	22	2.1	23	84	3	62	4	14	2	79	0.98
27919155--27919182	14	2.0	14	100	0	56	35	7	0	57	1.26
27919633--27919670	19	2.0	19	85	10	51	21	42	0	36	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27924982--27925060	3	27.3	3	75	7	65	29	2	3	64	1.24
27925076--27925166	27	3.4	27	78	16	109	30	8	6	53	1.57
27932636--27932685	18	2.8	18	81	0	64	38	18	2	42	1.61
27942163--27942421	85	3.0	85	85	2	315	31	13	14	40	1.84
27942417--27942651	78	3.0	77	79	6	278	31	16	11	40	1.83
27942659--27942963	84	3.7	84	81	7	306	32	10	10	46	1.72
27955262--27955897	328	1.9	327	87	6	930	47	8	8	35	1.65
27961032--27961093	23	2.5	24	79	10	72	64	6	11	17	1.46
27962951--27963443	132	3.7	132	90	0	754	27	22	18	31	1.97
27963247--27963487	44	5.5	44	72	13	190	26	22	18	31	1.97
27963502--27963780	101	3.0	90	87	9	330	27	22	20	30	1.98
27963672--27964145	50	9.5	50	68	6	154	23	22	23	31	1.99
27963621--27963797	51	3.5	51	66	7	135	28	25	18	28	1.98
27963670--27964838	99	11.8	99	88	1	1493	23	21	23	32	1.98
27963823--27964869	50	21.1	49	67	10	222	23	21	23	32	1.98
27964868--27965451	88	6.6	88	92	1	904	24	23	24	28	2.00
27966528--27966647	42	2.8	42	87	1	159	27	28	15	29	1.96
27966723--27966759	15	2.6	14	91	4	56	13	13	0	72	1.11
27967568--27967602	14	2.4	15	85	9	54	0	22	0	77	0.78
27971010--27971057	23	2.0	24	88	4	71	62	8	10	18	1.52
27971187--27971216	10	3.0	10	100	0	60	40	0	20	40	1.52
27975572--27975650	21	3.7	22	80	12	78	36	8	16	37	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27975572--27975627	19	2.8	19	94	5	94	37	10	16	35	1.83
27975573--27975650	19	3.6	24	80	16	75	37	8	15	38	1.79
27976183--27976272	40	2.2	39	77	13	92	34	8	0	56	1.30
27976316--27976359	23	2.0	22	90	4	70	34	6	2	56	1.38
27979034--27979280	40	6.2	40	89	1	327	29	28	19	22	1.98
27987472--27987762	40	7.3	40	87	5	358	29	27	19	23	1.98
27992131--27992175	17	2.6	18	82	7	56	84	4	11	0	0.76
27992144--27992176	11	3.0	11	91	8	50	81	0	18	0	0.68
27992131--27992173	22	2.0	22	85	0	59	83	4	11	0	0.78
27993263--27993398	44	3.1	44	70	4	112	25	20	25	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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