genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.193.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65706892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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This is table  193  of  218  ( 26060 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57084302--57084346	17	2.7	16	78	21	56	66	2	2	28	1.15
57086127--57086573	114	3.9	114	84	2	567	32	21	18	27	1.97
57086474--57086619	74	2.0	73	81	8	170	30	19	21	28	1.97
57087368--57087409	21	2.0	21	85	0	57	40	7	2	50	1.43
57088148--57088198	19	2.7	19	84	9	68	27	41	0	31	1.56
57089159--57089184	5	5.2	5	100	0	52	42	19	19	19	1.90
57090112--57090170	30	2.0	30	83	3	75	47	0	32	20	1.50
57090213--57090249	9	4.1	9	85	0	56	32	10	10	45	1.74
57090824--57090907	30	2.8	30	88	1	123	42	14	3	39	1.63
57090885--57090970	9	9.3	9	74	13	77	45	12	1	40	1.50
57090855--57090970	48	2.4	48	94	1	198	43	13	1	40	1.54
57095993--57096409	43	9.7	43	84	2	403	34	21	19	24	1.97
57096999--57097120	48	2.6	47	80	1	145	28	22	14	34	1.94
57110270--57110321	17	2.9	18	74	5	61	44	1	17	36	1.60
57112624--57112799	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
57112621--57112792	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
57120118--57120291	46	3.8	46	78	14	198	20	21	29	28	1.98
57120115--57120284	93	1.8	91	93	2	295	21	21	29	27	1.99
57122722--57122859	69	2.0	69	92	0	231	46	20	17	15	1.84
57125265--57125319	24	2.3	24	81	6	67	41	5	12	40	1.66
57134866--57134913	21	2.3	22	78	7	55	29	29	25	16	1.97
57136325--57136455	47	2.7	49	76	5	140	28	14	20	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57148693--57148896	44	4.6	44	66	7	126	26	23	19	30	1.98
57148626--57148963	132	2.6	132	94	1	581	28	23	19	28	1.98
57148979--57149079	44	2.3	44	89	0	148	30	20	18	29	1.97
57149137--57149224	44	2.0	45	81	2	106	27	28	17	27	1.97
57149280--57149786	44	11.4	44	67	9	258	26	24	18	30	1.98
57149326--57149575	45	5.6	44	72	7	182	26	24	18	31	1.98
57149298--57149831	89	6.0	88	87	5	574	25	24	19	30	1.98
57151165--57151255	47	2.0	47	88	2	139	12	26	16	45	1.82
57151167--57151266	47	2.1	47	83	0	119	12	28	15	45	1.81
57165268--57165298	10	3.0	10	95	4	53	38	29	3	29	1.73
57166946--57166992	23	2.0	23	83	0	58	55	10	0	34	1.35
57167483--57167528	21	2.2	22	84	7	60	63	4	4	28	1.33
57171574--57172127	50	11.1	50	73	4	418	24	20	23	32	1.98
57171549--57172120	100	5.7	100	86	3	751	24	20	22	32	1.98
57172133--57172544	46	9.2	46	80	6	380	29	19	17	33	1.95
57172293--57172670	44	8.6	45	71	12	200	29	20	17	31	1.96
57172288--57172684	175	2.3	175	91	0	668	29	20	17	31	1.96
57175101--57175168	16	4.2	16	71	12	50	72	4	4	19	1.19
57176492--57177064	100	5.7	100	85	0	725	24	20	22	33	1.97
57176514--57177064	301	1.8	300	85	0	778	24	20	22	32	1.98
57176492--57177053	50	11.2	50	73	3	439	24	19	22	33	1.97
57177326--57177613	44	6.6	45	71	12	190	29	21	18	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57177327--57177613	88	3.3	88	75	13	329	29	21	18	31	1.97
57177073--57177487	46	9.2	46	79	8	399	29	19	18	32	1.95
57177232--57177625	175	2.3	175	92	1	666	29	21	17	31	1.96
57177277--57177564	87	3.3	88	71	15	260	29	21	17	31	1.96
57178848--57178890	21	2.0	22	90	4	70	13	13	2	69	1.28
57184882--57184909	8	3.5	8	100	0	56	89	0	0	10	0.49
57191334--57191657	44	7.4	44	81	2	285	35	16	19	29	1.93
57191366--57191657	132	2.2	132	82	1	343	35	16	18	28	1.93
57193105--57193134	4	7.5	4	92	0	51	23	3	0	73	0.98
57195131--57195197	34	1.9	35	96	3	127	32	10	11	44	1.75
57207278--57207321	21	2.1	21	83	8	54	43	2	4	50	1.35
57211119--57211207	28	3.2	28	100	0	178	29	13	17	39	1.88
57213091--57213116	6	4.3	6	100	0	52	15	15	38	30	1.88
57213639--57213699	20	3.3	20	65	21	60	39	9	0	50	1.35
57213641--57213712	35	2.1	35	100	0	144	41	9	0	48	1.36
57214149--57214193	22	2.0	23	82	4	56	60	15	11	13	1.60
57230910--57230950	19	2.2	19	91	8	66	29	4	0	65	1.13
57231356--57231456	40	2.5	40	82	6	116	35	0	5	57	1.30
57231737--57231763	12	2.2	12	100	0	54	29	0	0	70	0.88
57232083--57232127	22	2.0	23	87	12	67	48	0	4	46	1.22
57234573--57234614	21	2.0	22	90	4	68	35	7	0	57	1.26
57238889--57238993	52	2.0	52	86	0	147	32	20	18	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57243356--57243443	15	5.7	16	82	6	110	32	22	3	40	1.71
57243356--57243460	15	6.9	15	78	10	97	31	23	4	40	1.76
57243356--57243460	30	3.4	30	82	10	115	31	23	4	40	1.76
57250878--57250932	23	2.4	23	82	11	76	25	25	5	43	1.76
57251434--57251572	74	1.9	75	92	1	235	42	2	2	52	1.28
57251542--57251575	15	2.2	16	89	5	52	41	0	2	55	1.15
57254268--57254389	54	2.3	54	77	0	136	25	19	25	29	1.99
57255939--57255964	6	4.3	6	100	0	52	19	0	46	34	1.50
57262894--57262926	7	4.7	7	100	0	66	42	15	0	42	1.46
57266360--57266519	86	1.9	86	80	10	193	42	1	1	54	1.19
57266440--57266483	18	2.5	17	82	10	52	40	0	2	56	1.11
57266452--57266520	19	3.5	19	78	13	77	40	0	0	59	0.97
57266455--57266517	18	3.2	19	79	18	67	39	0	0	60	0.97
57267244--57267337	48	2.0	48	87	8	138	40	27	12	19	1.88
57268187--57268223	20	1.9	18	89	10	56	51	0	0	48	1.00
57298973--57299024	22	2.4	22	93	0	86	25	5	26	42	1.77
57300385--57300410	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
57303452--57303506	17	3.3	16	74	20	51	14	1	5	78	1.02
57303450--57303506	15	3.7	15	81	9	53	14	1	7	77	1.06
57303521--57303549	15	1.9	15	100	0	58	31	6	0	62	1.22
57311519--57311547	8	3.6	8	100	0	58	34	0	0	65	0.93
57317242--57317275	14	2.4	14	90	5	50	41	5	5	47	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57317242--57317275	15	2.3	15	90	10	52	41	5	5	47	1.52
57326242--57326281	21	1.9	21	94	0	71	30	17	25	27	1.97
57326723--57326906	6	29.7	6	83	6	197	20	5	14	58	1.57
57330409--57330484	36	2.1	36	87	0	107	50	25	5	19	1.69
57330853--57330914	28	2.2	29	82	8	74	0	27	0	72	0.85
57331487--57331532	17	2.9	15	81	12	56	41	0	0	58	0.98
57334097--57334159	31	2.0	31	84	6	83	44	6	11	38	1.66
57334770--57334796	14	1.9	14	100	0	54	74	0	0	25	0.83
57335554--57335588	17	2.1	17	94	0	61	60	14	0	25	1.35
57335842--57335911	34	2.1	32	86	5	95	57	2	0	40	1.14
57335842--57335945	32	3.2	32	78	10	97	58	1	1	37	1.20
57350590--57350629	20	2.0	20	95	0	71	30	22	15	32	1.94
57358667--57359332	100	6.7	100	91	1	1023	30	20	23	26	1.98
57358671--57359299	50	12.6	50	66	11	295	30	20	23	26	1.99
57359458--57359555	44	2.2	45	89	5	146	29	15	27	27	1.96
57366293--57366368	38	2.0	38	97	2	145	52	0	10	36	1.36
57367697--57367732	18	1.9	19	88	5	56	66	0	2	30	1.06
57367973--57368014	23	1.9	23	85	9	61	21	0	4	73	1.01
57374513--57374537	9	2.8	9	100	0	50	20	0	0	80	0.72
57374527--57374580	22	2.5	22	77	14	58	20	5	1	72	1.14
57374544--57374590	12	3.9	12	76	17	53	23	6	0	70	1.10
57374511--57374582	17	4.1	17	73	16	67	19	4	1	75	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57378557--57378585	12	2.3	13	94	5	51	41	10	0	48	1.37
57379912--57379966	24	2.2	25	87	3	76	3	16	9	70	1.27
57379912--57379973	24	2.6	23	82	10	70	3	17	8	70	1.25
57385689--57385722	6	5.7	6	100	0	68	0	0	50	50	1.00
57385921--57385970	2	25.5	2	91	4	84	46	0	52	2	1.12
57386449--57386492	3	14.7	3	90	0	70	0	27	34	38	1.57
57386446--57386503	12	4.8	12	86	0	71	0	22	32	44	1.53
57386446--57386503	6	9.2	6	78	10	53	0	22	32	44	1.53
57391909--57391952	3	15.0	3	95	4	81	65	0	0	34	0.93
57393497--57393607	58	1.9	58	87	7	163	29	32	7	30	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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