genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.21.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65706892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  21  of  218  ( 26060 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7001885--7001909	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
7007094--7007169	33	2.3	33	88	6	111	35	43	2	18	1.64
7007103--7007163	19	3.5	19	70	21	60	31	47	3	18	1.64
7007982--7008223	41	5.9	41	89	3	380	27	28	23	19	1.98
7009886--7009928	20	2.2	19	83	4	50	30	2	9	58	1.42
7009933--7009967	16	2.1	17	89	5	54	31	2	0	65	1.07
7009977--7010023	17	2.7	17	83	9	51	23	0	12	63	1.28
7010955--7011445	247	2.0	247	88	0	741	31	16	19	32	1.94
7015527--7015619	46	2.0	46	100	0	186	21	12	21	44	1.86
7019213--7019264	26	2.0	25	81	7	59	46	13	1	38	1.54
7022695--7022900	63	3.1	63	66	17	157	34	21	10	33	1.87
7022515--7023011	134	3.7	134	82	1	557	30	21	13	34	1.91
7023911--7024210	134	2.2	134	78	5	313	31	19	11	38	1.86
7024287--7024328	16	2.5	17	80	7	50	64	0	0	35	0.94
7024286--7024349	21	3.4	18	72	21	51	62	0	1	35	1.05
7025178--7025230	18	2.9	18	83	10	65	33	0	1	64	1.05
7030029--7030083	17	3.3	16	76	5	56	78	0	12	9	0.97
7042727--7042852	60	2.1	61	82	10	152	41	15	15	26	1.88
7042846--7042883	20	1.9	20	88	0	58	36	18	13	31	1.89
7044818--7044884	12	5.7	11	77	22	66	19	1	1	77	0.92
7044818--7044876	5	9.8	6	81	18	54	18	1	1	77	0.93
7044824--7044884	26	2.4	25	78	10	79	19	1	1	77	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7047418--7047460	18	2.5	17	85	10	61	13	4	6	74	1.19
7047570--7048050	219	2.2	218	93	0	827	31	14	19	34	1.92
7047570--7048050	109	4.4	109	94	0	827	31	14	19	34	1.92
7049780--7049830	24	2.1	24	88	0	75	43	17	19	19	1.89
7050569--7050834	103	2.6	104	90	3	419	19	20	29	29	1.97
7052106--7052164	26	2.3	26	84	0	73	47	23	15	13	1.81
7052429--7052468	19	2.0	19	85	9	53	65	5	0	30	1.14
7054168--7054204	18	2.1	18	94	0	65	45	40	8	5	1.56
7055215--7055421	42	4.9	42	80	8	206	29	25	16	28	1.97
7062190--7062373	91	2.0	91	96	0	341	40	15	16	27	1.89
7062659--7063166	96	5.4	95	79	9	549	34	16	19	30	1.94
7062704--7063293	51	12.4	48	70	17	301	33	17	19	29	1.95
7062681--7063167	181	2.6	182	85	5	613	34	16	19	29	1.94
7064753--7064777	10	2.5	10	100	0	50	36	0	0	64	0.94
7064940--7065018	39	2.0	39	87	4	115	26	3	2	67	1.21
7064936--7065009	36	2.1	35	85	7	96	25	4	2	67	1.21
7064940--7064995	3	18.7	3	81	7	69	28	1	1	67	1.10
7066321--7066351	13	2.4	13	100	0	62	45	29	6	19	1.75
7068709--7068742	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
7068858--7068903	18	2.6	16	81	18	56	45	0	8	45	1.34
7076809--7076919	49	2.3	49	81	6	118	28	11	22	36	1.89
7082542--7082601	23	2.8	21	84	5	75	38	3	1	56	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7082542--7082635	44	2.1	44	80	7	102	39	2	1	57	1.18
7082611--7082665	18	3.0	19	75	17	62	38	0	0	61	0.96
7082542--7082660	21	5.6	21	72	22	88	41	1	0	56	1.15
7089202--7089289	23	4.0	23	71	11	94	44	6	27	21	1.77
7089219--7089302	42	2.0	42	95	0	150	44	9	23	22	1.82
7092938--7093141	101	2.0	101	100	0	408	27	12	22	37	1.91
7099423--7099456	15	2.3	15	89	0	50	64	2	0	32	1.08
7104550--7104586	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
7104771--7104830	30	2.0	31	86	3	86	18	38	1	41	1.60
7104914--7104944	16	1.9	16	93	0	53	22	35	0	41	1.54
7109594--7109635	21	2.0	21	95	0	75	26	14	21	38	1.91
7110848--7111167	160	2.0	160	97	0	604	45	7	24	21	1.78
7112113--7112171	29	2.0	29	93	0	100	28	10	25	35	1.89
7114177--7114242	31	2.2	30	84	13	82	43	0	0	56	0.99
7114827--7114864	14	2.7	14	83	0	58	31	15	10	42	1.81
7120258--7120298	18	2.3	18	91	0	64	48	2	4	43	1.37
7124554--7124629	23	3.3	23	92	0	134	22	21	26	30	1.99
7129334--7129378	21	2.3	19	84	7	54	44	20	24	11	1.83
7129420--7129659	101	2.4	101	89	0	345	27	24	16	31	1.96
7131571--7131628	11	5.1	11	79	8	62	65	3	0	31	1.09
7132979--7133122	44	3.3	44	95	0	252	38	6	11	43	1.65
7133054--7133121	21	3.1	21	66	22	59	41	5	5	47	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7139237--7139418	88	2.1	88	81	4	206	34	19	9	36	1.84
7139596--7139786	21	9.6	20	66	14	74	62	1	5	30	1.27
7139567--7139763	10	20.1	10	68	13	88	64	1	4	29	1.20
7139752--7139788	19	1.9	19	88	0	56	54	5	8	32	1.53
7142115--7142202	23	4.0	23	79	5	92	37	22	20	19	1.94
7142525--7142574	25	2.0	25	84	11	66	34	22	0	44	1.53
7161332--7161913	120	4.8	120	93	0	950	43	1	4	50	1.32
7162126--7162163	16	2.4	16	90	0	58	28	34	2	34	1.71
7162318--7162446	56	2.3	56	80	9	145	51	4	0	43	1.28
7173080--7173111	6	5.5	6	96	3	57	0	15	0	84	0.63
7174082--7174142	18	3.5	17	81	16	72	78	1	8	11	1.02
7174085--7174135	25	2.1	24	85	10	68	80	1	5	11	0.97
7179253--7179287	15	2.3	15	90	9	54	51	22	0	25	1.48
7179955--7180236	41	6.9	41	89	3	345	33	28	18	19	1.95
7180351--7180530	64	2.9	61	87	9	247	41	17	8	32	1.79
7180351--7180530	63	2.9	62	89	8	258	41	17	8	32	1.79
7180355--7180550	63	3.1	63	86	9	206	42	17	8	31	1.78
7186204--7186238	15	2.3	15	90	9	54	51	22	0	25	1.48
7186905--7187187	41	6.9	41	89	3	347	33	28	18	19	1.96
7187300--7187480	64	2.9	63	88	8	253	41	17	8	32	1.80
7191225--7191272	24	2.0	24	83	0	60	33	20	20	25	1.97
7191269--7191357	25	3.5	25	71	13	74	33	20	25	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7191269--7191347	27	3.0	27	76	8	76	34	20	27	17	1.95
7191473--7191527	24	2.3	24	83	0	65	29	18	32	20	1.96
7194491--7194549	29	2.0	29	90	0	91	30	27	10	32	1.89
7199522--7199590	31	2.2	31	89	0	102	43	15	5	34	1.71
7200484--7200543	26	2.3	27	97	2	113	41	8	0	50	1.33
7200690--7200742	23	2.3	23	87	6	81	58	1	39	0	1.09
7200705--7200759	18	2.9	18	74	15	58	61	1	36	0	1.06
7201593--7201648	27	2.1	27	93	0	94	42	12	35	8	1.74
7201908--7201937	16	1.9	15	93	6	51	70	0	3	26	1.03
7204387--7204413	11	2.5	11	100	0	54	37	7	14	40	1.74
7206658--7206702	18	2.5	18	88	0	63	15	46	4	33	1.66
7207495--7207535	3	13.7	3	100	0	82	68	31	0	0	0.90
7207664--7207695	11	2.9	11	90	0	55	0	31	0	68	0.90
7207776--7207869	27	3.5	26	80	12	100	17	31	25	25	1.97
7207792--7207876	27	3.1	27	87	0	125	14	34	25	25	1.94
7221968--7222037	29	2.3	29	85	4	86	32	10	14	42	1.78
7221967--7222047	31	2.7	30	82	5	92	30	8	13	46	1.73
7222237--7222303	31	2.3	27	73	14	62	43	10	8	37	1.71
7225020--7225064	20	2.2	20	92	0	72	33	28	4	33	1.77
7232941--7232985	18	2.5	18	85	7	56	15	8	0	75	1.03
7235540--7235573	18	1.9	18	94	5	61	70	0	29	0	0.87
7236180--7236218	16	2.4	16	87	8	53	48	2	25	23	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7236524--7236611	23	4.0	22	79	5	81	21	19	21	37	1.94
7239802--7239869	25	2.6	25	86	4	91	38	7	16	38	1.76
7244830--7244884	28	1.9	29	81	3	67	32	10	23	32	1.90
7245271--7245343	29	2.5	29	84	0	92	42	20	13	23	1.88
7246204--7246300	48	2.0	48	93	0	167	45	18	5	30	1.71
7251536--7251563	9	3.1	9	100	0	56	42	0	21	35	1.53
7253159--7253372	111	1.9	111	99	0	419	36	24	9	28	1.88
7270941--7270984	24	1.9	24	90	9	74	36	0	2	61	1.09
7271051--7271215	59	2.8	59	99	0	321	44	9	5	40	1.59
7271231--7271272	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43

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