genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65706892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  61  of  218  ( 26060 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18471284--18471318	11	3.2	11	88	11	54	62	0	37	0	0.95
18471263--18471326	14	4.6	14	84	7	78	67	0	32	0	0.91
18471465--18471609	21	7.1	21	74	13	133	28	0	13	57	1.42
18471464--18471655	19	10.2	19	70	24	131	28	0	14	56	1.42
18471579--18471641	29	2.2	29	97	0	117	25	1	14	58	1.45
18471647--18471769	60	2.0	60	89	3	185	30	1	13	54	1.48
18480182--18480219	19	2.0	20	84	5	51	21	2	2	73	1.07
18480758--18480786	2	14.5	2	100	0	58	48	0	51	0	1.00
18484112--18484707	61	9.8	61	82	0	609	29	25	15	30	1.95
18484334--18484505	32	5.6	32	67	20	132	28	27	15	27	1.96
18484367--18484527	29	5.3	29	69	19	105	27	26	18	27	1.98
18504435--18504635	51	3.8	51	71	8	141	39	11	25	22	1.89
18507977--18508033	16	3.6	16	92	0	78	29	0	35	35	1.58
18508008--18508046	16	2.4	16	91	0	60	35	2	30	30	1.71
18508279--18508313	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
18514433--18514509	38	2.0	39	82	14	97	38	1	7	51	1.39
18531261--18531315	23	2.4	23	78	6	58	65	3	0	30	1.10
18531949--18531983	18	1.9	18	94	0	61	28	14	11	45	1.79
18565270--18565308	10	3.9	10	82	0	51	25	2	23	48	1.63
18567080--18567220	69	2.0	69	95	0	255	36	9	14	40	1.78
18569181--18569220	19	2.2	19	86	4	55	17	22	30	30	1.97
18574066--18574116	23	2.2	23	89	0	75	41	19	9	29	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18576480--18576523	23	1.9	23	90	0	70	34	6	18	40	1.77
18577249--18577420	27	6.4	26	82	4	173	20	18	17	43	1.88
18577251--18577410	54	3.0	54	86	3	214	20	19	18	42	1.89
18577724--18577785	27	2.3	27	80	0	70	19	33	29	17	1.95
18577868--18577903	10	3.5	10	88	3	54	72	0	27	0	0.85
18577866--18577907	10	3.7	11	79	17	50	71	0	28	0	0.86
18577939--18577988	22	2.3	23	79	10	59	18	0	10	72	1.12
18582768--18583946	285	4.1	285	94	1	2037	31	12	6	50	1.64
18582768--18583946	568	2.1	570	93	2	2032	31	12	6	50	1.64
18584190--18584235	23	2.0	23	87	4	67	39	10	6	43	1.66
18584325--18584438	30	3.7	31	81	12	128	0	32	0	67	0.91
18584362--18584457	10	9.3	10	68	17	54	0	30	0	69	0.88
18584420--18584454	18	1.9	18	88	0	52	0	31	0	68	0.90
18585161--18585200	10	4.0	10	86	0	62	65	2	32	0	1.06
18585161--18585209	15	3.3	15	82	0	62	67	2	30	0	1.02
18585153--18585203	20	2.7	18	88	8	75	62	1	35	0	1.06
18585152--18585210	13	4.5	13	74	16	50	62	1	35	0	1.05
18600572--18600747	27	6.6	27	81	6	169	30	27	15	26	1.96
18606720--18606852	24	5.4	25	82	9	105	30	21	22	25	1.98
18606723--18606864	48	2.9	49	84	5	153	31	19	23	24	1.98
18606720--18606864	25	5.9	24	81	11	152	31	20	23	24	1.98
18627695--18627760	20	3.3	19	68	16	53	34	13	33	18	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18627678--18627774	40	2.4	40	81	6	124	34	13	31	20	1.91
18630082--18630212	51	2.6	51	85	1	156	27	25	19	28	1.98
18637586--18637764	50	3.6	50	79	8	186	28	26	17	27	1.98
18637590--18637720	47	2.7	47	83	9	138	28	26	18	26	1.98
18638030--18638070	13	2.9	15	75	17	52	65	4	0	29	1.13
18649155--18649296	73	1.9	74	86	1	205	20	19	16	43	1.88
18651720--18651833	24	4.6	25	72	18	87	26	22	20	30	1.98
18651706--18651853	49	3.0	49	84	1	197	26	22	20	31	1.98
18651769--18651878	25	4.4	25	77	14	102	23	21	22	31	1.98
18651718--18651878	49	3.3	49	83	4	180	26	20	21	31	1.98
18652030--18652091	31	2.1	29	82	17	74	46	8	16	29	1.75
18658697--18658744	24	2.1	23	85	11	64	54	0	14	31	1.41
18659219--18659374	41	3.8	41	89	6	235	28	20	22	28	1.98
18659589--18659686	33	2.9	33	84	7	108	30	10	22	36	1.87
18666324--18666371	24	2.1	23	85	11	64	54	0	14	31	1.41
18666848--18667003	41	3.8	41	89	6	235	28	20	22	28	1.98
18667218--18667315	33	2.9	33	84	7	108	30	10	22	36	1.87
18670903--18670950	7	6.9	7	97	0	87	27	12	29	31	1.93
18687045--18687165	63	1.9	64	82	1	154	34	21	15	28	1.94
18694464--18694495	15	2.1	15	100	0	64	59	28	0	12	1.34
18699051--18699092	21	2.0	22	85	4	59	28	0	19	52	1.46
18699394--18699450	26	2.2	26	83	0	69	22	22	19	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18699444--18699491	23	2.1	23	84	0	60	20	27	20	31	1.98
18699392--18699537	25	5.8	25	67	16	70	23	25	19	31	1.98
18699602--18699688	25	3.4	25	78	10	86	19	27	21	31	1.98
18709163--18709347	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
18709164--18709347	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
18709216--18709380	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
18717128--18717311	78	2.3	81	85	6	243	23	22	27	25	2.00
18717128--18717311	40	4.7	40	83	8	225	23	22	27	25	2.00
18717181--18717344	78	2.1	77	85	5	213	25	21	27	25	1.99
18722641--18722795	79	2.0	80	92	1	258	36	16	1	45	1.58
18722668--18722795	27	4.8	27	68	11	84	36	16	1	45	1.57
18722639--18722804	13	12.5	13	74	11	115	36	16	1	45	1.58
18722638--18722804	40	4.2	40	82	4	212	36	16	1	44	1.59
18722860--18722923	25	2.5	25	87	2	83	32	25	18	23	1.97
18723996--18724029	17	1.9	18	88	5	52	55	5	0	38	1.24
18731412--18731471	31	1.9	32	82	3	77	45	8	10	36	1.68
18736775--18736805	16	1.9	16	93	0	53	48	9	6	35	1.62
18736861--18736927	20	3.5	19	74	6	64	31	4	1	62	1.24
18736858--18736925	9	7.3	9	69	18	50	33	4	1	60	1.26
18736934--18736984	20	2.5	20	90	6	77	37	0	5	56	1.23
18737071--18737105	18	1.9	18	88	0	52	20	5	20	54	1.64
18738636--18738676	3	13.7	3	100	0	82	68	0	31	0	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18740993--18741047	24	2.3	25	84	6	69	69	5	7	18	1.32
18743742--18743795	27	2.0	27	85	0	72	31	31	22	14	1.94
18743756--18743809	27	2.0	27	85	0	72	31	25	22	20	1.98
18745170--18745352	38	4.8	37	82	4	159	18	18	26	36	1.94
18745170--18745352	76	2.4	76	83	1	215	18	18	26	36	1.94
18748880--18748960	39	2.1	39	100	0	162	19	14	9	55	1.67
18749272--18749744	29	16.2	29	92	5	769	37	10	0	51	1.40
18749272--18749744	59	8.1	58	91	5	769	37	10	0	51	1.40
18749272--18749744	88	5.4	87	91	5	778	37	10	0	51	1.40
18752647--18752681	18	1.9	18	100	0	70	60	5	0	34	1.21
18752872--18752956	21	4.0	21	84	3	98	52	16	29	1	1.51
18756643--18756887	87	2.8	86	88	3	348	28	15	21	34	1.94
18764678--18764732	4	13.2	4	94	5	92	52	23	0	23	1.47
18765457--18765514	29	2.0	28	86	3	80	44	13	18	22	1.85
18768353--18768404	27	1.9	27	92	0	86	46	7	7	38	1.61
18768664--18768712	25	2.0	25	84	11	66	46	2	6	44	1.39
18768663--18768722	23	2.6	23	80	17	70	46	1	5	46	1.34
18781554--18781582	7	4.1	7	100	0	58	86	0	0	13	0.58
18782646--18782735	44	2.0	44	89	4	137	28	11	12	47	1.75
18783434--18783478	21	2.1	21	84	8	56	44	2	2	51	1.26
18790054--18790115	16	3.9	16	75	8	63	45	1	20	32	1.61
18795596--18795691	23	4.2	23	87	0	138	32	27	19	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18795596--18795691	46	2.1	46	92	0	156	32	27	19	20	1.97
18804397--18804436	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
18804369--18804421	22	2.4	22	87	0	70	52	1	1	43	1.23
18804439--18804558	59	2.1	59	90	1	197	41	5	9	44	1.58
18805227--18805294	12	6.0	12	71	13	63	30	23	0	45	1.53
18805225--18805316	22	4.2	23	86	5	120	29	26	0	44	1.54
18805266--18805368	52	2.0	51	83	9	129	33	32	0	34	1.58
18805318--18805359	22	1.9	22	90	0	66	33	33	0	33	1.58
18805401--18805457	28	2.0	28	93	6	98	40	0	1	57	1.09
18805404--18805464	28	2.1	28	88	8	88	39	0	1	59	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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