genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65706892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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This is table  76  of  218  ( 26060 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22711944--22711987	18	2.5	17	92	7	79	52	0	6	40	1.28
22711998--22712056	21	2.8	21	73	2	64	59	0	3	37	1.14
22715779--22715935	43	3.7	43	73	10	133	23	18	28	29	1.98
22718324--22718460	30	4.6	29	81	5	132	25	25	22	26	2.00
22718324--22718455	60	2.2	60	83	5	160	25	25	22	27	2.00
22722063--22722122	20	3.0	21	78	14	72	55	0	0	45	0.99
22722083--22722129	20	2.5	18	83	12	67	63	0	0	36	0.94
22722085--22722143	21	2.8	22	80	12	70	66	0	0	33	0.92
22724476--22724546	27	2.6	27	79	0	97	28	33	29	8	1.86
22724616--22724673	3	20.0	3	72	13	50	65	0	32	1	1.03
22724649--22724677	14	2.0	15	93	6	51	58	0	34	6	1.25
22724703--22724759	20	2.8	21	84	10	66	68	0	28	3	1.06
22724962--22725095	42	3.3	41	72	16	118	36	3	10	49	1.55
22725069--22725093	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
22727973--22728014	8	5.4	8	85	5	59	23	0	26	50	1.50
22728752--22728810	25	2.3	25	82	8	66	59	10	6	23	1.54
22730815--22731473	158	4.2	158	93	3	1088	28	8	8	54	1.61
22731639--22731783	33	4.3	34	75	19	128	61	6	6	24	1.46
22731670--22731721	7	7.6	7	83	12	72	71	1	0	26	0.97
22731713--22731783	30	2.4	30	85	4	90	57	8	9	23	1.58
22731769--22731849	39	2.1	39	81	6	101	60	3	6	29	1.38
22732044--22732152	3	36.3	3	69	14	55	1	36	1	59	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22732103--22732152	11	4.5	11	80	14	59	4	34	0	62	1.14
22732174--22732244	27	2.6	27	78	8	90	9	26	35	28	1.88
22732433--22732497	30	2.2	30	85	0	85	23	4	12	60	1.51
22732619--22732652	12	2.8	12	90	0	50	67	0	0	32	0.91
22733355--22733431	31	2.6	29	81	6	91	53	6	2	37	1.41
22735407--22735443	7	5.3	7	90	0	56	27	29	5	37	1.79
22735355--22735590	57	4.2	58	86	8	319	30	22	12	34	1.91
22735414--22735590	51	3.4	51	86	6	230	30	23	12	32	1.92
22736649--22736736	30	2.9	30	87	1	131	34	10	18	37	1.84
22736710--22736921	103	2.0	104	83	1	264	29	8	25	35	1.87
22746457--22746481	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
22751897--22751964	24	2.8	24	81	0	82	30	22	30	16	1.95
22751784--22751976	24	7.9	24	67	6	75	34	19	25	19	1.96
22766545--22766592	25	1.9	25	83	8	62	54	2	8	35	1.42
22767308--22767397	45	2.0	44	82	2	108	33	5	26	34	1.80
22767549--22767728	51	3.2	51	64	24	117	50	5	1	43	1.34
22767545--22767893	120	2.9	120	96	0	635	48	6	2	42	1.40
22769128--22769185	3	19.3	3	96	0	107	67	1	0	31	1.01
22770814--22771354	44	12.6	43	69	11	239	28	22	19	29	1.98
22770802--22770962	86	1.9	87	84	3	218	26	23	21	29	1.99
22783943--22784000	3	19.3	3	96	0	107	67	1	0	31	1.01
22785372--22785435	35	1.9	33	90	3	85	48	3	0	48	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22785367--22785458	15	5.8	16	71	18	59	51	3	0	45	1.17
22788672--22788697	13	2.0	13	100	0	52	53	7	0	38	1.30
22790516--22790578	30	2.1	30	93	0	108	55	17	14	12	1.69
22798739--22798785	24	2.0	23	84	12	60	36	4	4	55	1.39
22799422--22799456	18	1.9	18	88	0	52	45	0	2	51	1.16
22817577--22817602	6	4.3	6	100	0	52	50	0	15	34	1.45
22823907--22823963	23	2.5	23	88	2	80	52	1	1	43	1.21
22823939--22823978	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
22823945--22824168	59	3.6	64	77	17	247	42	4	7	45	1.52
22824234--22824276	23	1.9	22	90	4	68	60	2	0	37	1.10
22831376--22831452	3	25.3	3	73	10	50	9	64	0	25	1.22
22837528--22837583	21	2.7	21	85	0	76	28	8	33	28	1.87
22841131--22841211	39	2.1	39	97	0	153	20	14	9	54	1.69
22841522--22841706	32	6.2	29	83	9	193	38	11	1	48	1.49
22841545--22841708	53	2.8	55	83	12	197	40	10	1	47	1.47
22844851--22844935	21	4.0	22	80	6	93	52	16	29	1	1.51
22846023--22846260	17	13.2	17	75	13	201	44	10	12	33	1.76
22846023--22846258	36	6.5	36	85	6	275	44	10	11	33	1.76
22846795--22846835	15	3.1	13	83	16	57	0	17	0	82	0.66
22847376--22847519	60	2.4	59	85	3	191	42	5	20	31	1.75
22847355--22847520	30	5.6	29	78	7	165	41	6	19	31	1.78
22847645--22847742	48	2.0	50	82	8	119	34	13	17	34	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22847702--22848675	78	12.3	77	86	5	1195	36	19	15	28	1.92
22853366--22853405	4	10.0	4	94	0	71	47	2	25	25	1.64
22855531--22855711	18	9.9	19	75	13	148	43	11	11	34	1.75
22855598--22855712	38	3.1	36	87	7	160	41	10	10	37	1.74
22855905--22855945	5	8.0	5	97	2	73	78	2	0	19	0.87
22856267--22856306	12	3.4	11	83	16	53	0	20	0	80	0.72
22856267--22856306	13	3.3	12	86	10	55	0	20	0	80	0.72
22856266--22856308	11	3.8	11	79	14	52	0	23	0	76	0.78
22856794--22856960	30	5.7	29	84	5	183	43	4	19	33	1.70
22856795--22856960	59	2.8	59	82	6	201	43	4	19	33	1.70
22861517--22861584	21	3.2	21	93	0	109	26	8	35	29	1.87
22861782--22861849	33	2.0	34	85	2	93	52	1	0	45	1.09
22867572--22867643	33	2.2	33	83	11	87	27	4	19	48	1.67
22872610--22872702	5	18.6	5	100	0	186	39	0	0	60	0.97
22873364--22873409	24	2.0	24	91	4	76	23	0	13	63	1.30
22873872--22873905	17	2.1	16	88	5	50	32	0	5	61	1.20
22882247--22882540	134	2.2	134	79	3	288	34	13	12	39	1.82
22889363--22889462	30	3.3	30	82	12	134	61	0	3	36	1.12
22889399--22889440	19	2.3	18	95	4	75	64	0	2	33	1.07
22889363--22889482	60	2.0	60	90	8	190	60	0	3	36	1.14
22889448--22889473	11	2.4	11	100	0	52	53	0	7	38	1.30
22889363--22889482	30	4.0	29	79	13	127	60	0	3	36	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22892322--22892378	24	2.3	25	87	6	80	54	14	15	15	1.72
22894325--22894390	13	5.5	13	71	20	63	48	7	0	43	1.31
22894325--22894397	23	3.2	22	90	5	110	49	6	0	43	1.29
22903312--22903341	15	2.0	15	93	0	51	43	6	0	50	1.28
22905727--22905830	29	3.6	29	76	3	111	42	19	15	23	1.89
22908520--22908590	25	2.8	25	93	4	115	59	0	2	38	1.12
22912482--22912536	27	2.0	27	96	0	101	40	10	14	34	1.81
22913348--22913539	78	2.5	78	97	0	357	18	10	32	39	1.84
22914143--22914169	13	2.1	13	100	0	54	22	33	0	44	1.53
22917974--22918210	43	5.6	43	82	7	252	23	17	27	31	1.97
22922916--22922990	38	1.9	39	89	2	116	37	8	4	50	1.50
22922928--22923061	20	6.9	20	69	19	79	42	8	3	45	1.51
22923030--22923063	10	3.4	10	83	0	50	44	5	0	50	1.26
22929555--22929583	13	2.2	13	100	0	58	24	6	20	48	1.74
22933860--22933898	16	2.4	16	100	0	78	43	12	7	35	1.72
22935991--22936038	25	2.0	25	87	4	71	68	6	0	25	1.12
22936009--22936049	17	2.5	17	84	4	57	68	7	0	24	1.15
22936226--22936268	10	4.1	10	84	6	50	30	2	0	67	1.03
22936371--22936464	46	2.0	46	81	8	109	31	5	2	60	1.31
22936404--22936462	27	2.2	27	81	6	66	27	5	0	67	1.11
22945400--22945493	41	2.3	41	90	0	143	23	24	26	25	2.00
22946101--22946182	40	2.0	40	81	4	94	41	18	17	23	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22946208--22946471	113	2.4	111	82	5	291	33	21	19	25	1.97
22946931--22946981	21	2.5	20	87	3	66	25	0	23	50	1.49
22946882--22946955	14	5.4	14	72	13	64	22	1	27	48	1.59
22947039--22947094	21	2.7	21	80	5	60	16	1	32	50	1.55
22949399--22949814	16	24.7	16	65	24	89	47	18	0	32	1.56
22949390--22949464	39	1.9	39	97	0	141	52	12	0	36	1.39
22949438--22949848	9	47.2	9	66	20	182	46	20	1	32	1.59
22949452--22949566	12	10.2	12	64	25	56	48	18	2	30	1.61
22949494--22949571	20	4.0	20	69	21	67	51	19	1	28	1.55
22949552--22949848	25	11.5	25	78	8	274	45	20	0	32	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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