genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65706892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  5  of  218  ( 26060 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1684487--1684549	31	2.0	31	84	0	81	44	11	9	34	1.73
1685618--1685679	29	2.1	30	85	8	83	38	24	14	22	1.91
1696666--1696691	7	3.7	7	100	0	52	46	11	0	42	1.40
1698460--1698502	17	2.5	17	82	10	52	39	9	4	46	1.57
1719194--1719263	23	3.0	23	91	2	113	45	11	1	41	1.49
1719199--1719262	13	5.4	13	69	27	61	48	10	1	39	1.48
1726369--1726405	19	1.9	19	88	0	56	67	5	5	21	1.31
1729698--1729756	31	1.9	31	96	0	109	32	11	13	42	1.81
1733636--1733668	15	2.2	15	89	10	50	33	3	0	63	1.10
1742932--1742978	24	2.0	24	91	0	76	29	0	4	65	1.11
1752485--1752515	6	5.0	6	96	4	53	64	3	16	16	1.42
1752556--1752580	13	1.9	13	100	0	50	20	8	0	72	1.10
1753411--1753451	13	3.1	14	85	3	50	39	21	9	29	1.86
1753419--1753451	13	2.5	13	95	0	57	45	24	9	21	1.80
1761644--1761683	20	2.0	20	85	14	55	27	17	10	45	1.80
1767553--1767597	20	2.1	22	88	8	67	62	6	2	28	1.33
1767748--1767803	19	2.8	21	78	13	73	26	8	0	64	1.23
1769851--1769883	15	2.1	16	88	5	50	33	0	15	51	1.43
1772889--1772930	23	1.9	21	85	9	57	45	0	2	52	1.13
1778791--1778830	20	2.0	20	100	0	80	50	15	10	25	1.74
1779370--1779403	16	2.1	17	88	5	52	26	2	17	52	1.58
1779676--1779750	21	3.4	21	76	14	62	30	1	4	64	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1804854--1804882	6	4.8	6	100	0	58	48	34	0	17	1.47
1806994--1807143	49	3.1	49	65	24	127	46	18	14	21	1.83
1806976--1807168	96	2.0	96	96	0	359	45	18	13	22	1.84
1812175--1812349	87	2.0	88	86	1	244	32	12	14	41	1.83
1814214--1814240	12	2.2	12	100	0	54	51	14	0	33	1.43
1814212--1814246	16	2.2	16	94	0	61	51	14	0	34	1.42
1825229--1825259	3	10.3	3	100	0	62	67	0	32	0	0.91
1826100--1826152	16	3.2	16	94	5	97	24	0	37	37	1.56
1826133--1826223	45	2.0	45	85	6	123	26	6	29	37	1.82
1826386--1826420	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
1826425--1826622	66	3.2	64	69	20	186	48	6	3	41	1.45
1826364--1826660	120	2.5	121	92	3	494	49	5	2	42	1.38
1826484--1826535	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
1832604--1832660	19	3.1	19	71	14	57	35	5	5	54	1.46
1839758--1839782	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
1840508--1840547	20	2.1	19	85	4	53	50	0	5	45	1.23
1852745--1852816	37	2.0	35	86	10	101	58	4	4	33	1.36
1862592--1862633	18	2.3	18	87	0	57	45	30	21	2	1.65
1862722--1862754	3	11.0	3	100	0	66	33	33	0	33	1.58
1866562--1866601	21	1.9	21	85	10	55	32	7	0	60	1.25
1868597--1868649	26	2.0	28	88	7	83	26	11	13	49	1.75
1869484--1869950	213	2.2	215	87	2	688	18	12	20	47	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1875169--1875253	28	3.0	28	100	0	170	50	17	17	14	1.78
1878293--1878344	27	2.0	27	88	3	79	48	1	1	48	1.24
1878463--1878526	26	2.5	25	73	14	58	48	7	3	40	1.48
1880025--1880068	24	1.9	22	86	9	61	63	2	0	34	1.07
1887004--1887399	184	2.1	183	81	5	447	37	19	16	25	1.93
1887267--1887554	155	1.9	155	85	2	400	36	20	17	26	1.94
1890109--1890159	27	2.0	27	88	7	79	39	3	11	45	1.59
1892792--1892932	54	2.7	53	80	9	155	26	16	20	36	1.93
1892951--1893184	108	2.2	107	90	1	308	25	20	23	30	1.99
1892978--1893149	54	3.2	52	70	15	143	26	20	23	28	1.99
1893016--1893182	54	3.1	53	71	13	160	25	21	25	27	1.99
1900519--1900564	24	1.9	24	86	8	67	65	0	2	32	1.05
1906067--1906110	21	2.1	21	87	8	63	4	34	25	36	1.76
1906100--1906259	46	3.6	45	78	7	125	26	23	21	28	1.99
1906400--1907354	88	10.9	88	93	1	1428	25	24	21	28	1.99
1909539--1909568	8	3.6	8	95	4	51	13	0	13	73	1.10
1916730--1916754	12	2.1	12	100	0	50	40	28	8	24	1.83
1917258--1917314	28	2.0	28	100	0	114	66	10	3	19	1.36
1921944--1922464	275	1.9	276	91	1	857	38	19	9	31	1.84
1925255--1925368	60	1.9	60	83	7	151	27	16	14	42	1.86
1936792--1936847	27	2.1	27	87	6	80	73	3	0	23	0.99
1936799--1936847	4	13.2	4	75	16	52	75	2	0	22	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1936799--1936847	7	6.6	8	86	4	52	75	2	0	22	0.90
1938276--1938317	14	3.1	13	78	21	50	38	2	2	57	1.25
1945292--1945391	48	2.1	48	100	0	200	33	22	16	29	1.95
1948035--1948102	29	2.3	29	85	7	84	44	11	19	25	1.84
1950730--1950794	31	2.1	30	83	8	78	47	13	12	26	1.78
1957192--1957239	21	2.3	21	100	0	96	39	14	10	35	1.80
1967883--1967926	18	2.4	18	80	3	52	63	15	6	13	1.49
1969297--1969353	28	2.0	29	93	3	98	31	21	5	42	1.75
1970932--1970963	15	2.1	16	94	5	57	37	0	0	62	0.95
1970953--1971016	21	3.0	21	75	13	67	54	1	0	43	1.09
1979134--1979716	197	2.9	196	83	6	737	34	21	15	27	1.94
1992166--1992217	24	2.2	24	92	0	86	34	1	7	55	1.39
1996569--1996604	16	2.2	16	100	0	72	22	19	38	19	1.93
1997321--1997610	120	2.4	120	91	3	485	42	3	4	50	1.37
1997451--1997506	15	4.1	14	78	14	55	41	0	0	58	0.98
1997382--1997568	61	3.1	61	67	20	183	40	3	6	49	1.44
1997562--1997596	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
1997555--1997772	67	3.1	67	65	25	176	46	2	3	46	1.34
1997550--1997817	146	1.8	147	96	0	502	46	2	3	47	1.33
1997708--1997742	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
1997904--1997998	45	2.1	45	86	1	129	33	26	5	34	1.79
1997979--1998030	16	3.2	16	91	0	77	36	34	0	28	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2000623--2000658	12	3.0	12	91	0	54	2	22	63	11	1.39
2010877--2011020	57	2.5	57	96	0	261	29	40	6	23	1.81
2010853--2011043	24	7.2	24	71	17	112	29	39	7	23	1.82
2010828--2011050	30	8.0	30	71	15	158	28	39	8	22	1.84
2016956--2017029	18	4.1	17	73	13	58	32	2	1	63	1.17
2016962--2017030	36	1.9	36	85	5	95	31	1	1	65	1.11
2020493--2020570	27	2.9	27	84	3	104	29	20	29	20	1.98
2020645--2020714	19	3.7	19	82	3	97	37	10	0	52	1.35
2020650--2020720	37	1.9	37	100	0	142	39	11	0	49	1.39
2020915--2020973	19	3.2	18	80	4	73	38	10	0	50	1.36
2020923--2020973	18	2.7	19	81	3	68	37	11	0	50	1.39
2020970--2021016	18	2.6	19	83	6	53	53	0	10	36	1.36
2020985--2021025	19	2.1	19	86	4	55	53	0	9	36	1.34
2021092--2021169	27	2.9	27	90	0	120	16	30	21	30	1.96
2025179--2025236	30	1.9	31	82	10	75	20	15	25	37	1.92
2026744--2026786	21	2.1	20	86	4	59	25	0	0	74	0.82
2026850--2026880	16	2.0	15	93	6	53	67	0	0	32	0.91
2026823--2026889	10	6.8	10	73	20	52	56	2	0	40	1.14
2026837--2026889	26	2.0	27	85	10	74	60	1	0	37	1.08
2029471--2029530	28	2.1	28	81	0	66	41	31	5	21	1.75
2039467--2039515	22	2.1	23	85	7	64	51	0	0	48	1.00
2039908--2040075	9	18.9	9	84	8	211	41	2	0	55	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2043282--2043350	31	2.3	31	94	2	122	34	23	1	40	1.64
2048054--2048109	28	2.0	28	86	6	78	50	7	12	30	1.67
2048569--2048703	70	1.9	70	95	0	243	41	14	17	27	1.87
2060536--2060574	18	2.2	18	90	0	60	51	7	28	12	1.67
2061046--2061118	38	1.9	38	86	5	103	24	9	17	47	1.77
2070323--2070369	24	2.0	23	87	4	67	40	0	10	48	1.38
2074077--2074142	5	13.2	5	84	6	62	53	0	0	46	1.00
2074076--2074142	14	4.5	15	77	15	68	52	0	0	47	1.00
2093972--2094034	31	2.0	30	82	11	74	33	9	12	44	1.75
2094389--2094418	15	2.0	15	100	0	60	40	6	26	26	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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