genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.99.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65706892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  99  of  218  ( 26060 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28597380--28597546	41	4.1	41	81	0	190	32	13	29	23	1.93
28597386--28597546	82	2.0	82	89	0	250	33	12	29	24	1.92
28597380--28597581	41	4.9	41	79	2	183	34	13	28	23	1.93
28597410--28597581	82	2.1	82	82	2	202	34	12	28	24	1.91
28598105--28598135	13	2.4	13	94	0	53	67	9	9	12	1.41
28604671--28604810	41	3.4	41	79	5	167	33	11	32	22	1.90
28608366--28608440	26	3.0	24	80	9	78	21	25	20	33	1.97
28615115--28615159	22	2.1	21	83	4	54	33	0	17	48	1.48
28615490--28615549	25	2.4	25	82	0	66	20	26	23	30	1.98
28616732--28616763	12	2.7	12	90	0	55	28	18	37	15	1.92
28619154--28619290	72	1.9	72	95	0	247	32	11	15	40	1.83
28623131--28623215	41	2.1	41	100	0	170	54	9	4	31	1.53
28629783--28629914	67	2.0	67	90	0	210	28	31	18	21	1.97
28632802--28632947	49	2.9	49	89	2	220	32	28	14	25	1.95
28635600--28635800	51	4.0	51	81	10	259	29	28	17	24	1.97
28635608--28635790	101	1.8	102	92	3	316	30	27	17	25	1.97
28635600--28635790	102	1.9	102	91	3	314	29	27	17	25	1.98
28639224--28639449	51	4.5	49	79	8	206	30	12	26	30	1.93
28639229--28639311	26	3.2	26	65	27	68	30	12	25	32	1.92
28644328--28644410	44	1.9	43	85	4	114	26	21	20	31	1.98
28644343--28644720	44	8.7	44	71	15	170	27	22	20	29	1.99
28644334--28644731	216	1.8	217	92	1	683	27	22	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28644750--28644867	44	2.6	45	78	13	127	28	25	17	27	1.98
28644593--28644878	147	1.9	147	92	0	482	27	23	18	30	1.98
28657334--28657380	23	2.1	22	84	11	60	55	0	10	34	1.35
28658338--28658363	12	2.2	12	100	0	52	23	7	19	50	1.73
28658791--28658849	30	1.9	31	86	3	84	28	20	3	47	1.66
28666710--28666742	16	2.1	16	94	0	57	24	21	0	54	1.45
28667470--28667524	27	2.0	27	100	0	110	32	29	7	30	1.84
28667721--28667760	18	2.2	19	90	4	64	55	0	0	45	0.99
28672536--28672564	8	3.6	8	100	0	58	75	0	0	24	0.80
28677783--28677818	17	2.1	17	89	0	54	19	30	25	25	1.98
28680905--28680947	18	2.3	18	88	4	59	55	2	0	41	1.12
28699099--28699123	12	2.1	12	100	0	50	28	8	0	64	1.22
28708451--28708505	28	2.0	28	92	0	92	27	23	25	23	2.00
28708610--28708686	26	3.0	26	82	0	100	44	23	16	15	1.86
28708854--28709170	27	11.7	27	76	11	145	18	17	19	44	1.87
28708868--28709170	54	5.6	53	76	8	261	18	17	18	45	1.86
28708884--28709170	81	3.6	79	80	7	299	17	17	19	45	1.86
28711860--28711942	26	3.2	26	74	6	87	46	24	14	14	1.81
28712111--28712424	27	11.6	27	79	4	278	18	17	19	43	1.88
28714962--28715016	28	2.0	28	88	0	83	27	23	25	23	2.00
28715122--28715172	26	2.0	26	92	0	84	43	21	19	15	1.88
28715356--28715714	27	13.3	27	82	0	333	17	16	20	44	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28715356--28715714	81	4.4	81	84	1	389	17	16	20	44	1.86
28715356--28715714	54	6.7	54	83	2	375	17	16	20	44	1.86
28724726--28724752	13	2.1	13	100	0	54	70	0	7	22	1.12
28730747--28730877	61	2.1	61	83	2	165	34	8	16	41	1.78
28730990--28731087	41	2.4	41	91	3	153	30	20	18	30	1.96
28736694--28736732	21	1.9	21	89	5	62	33	12	23	30	1.92
28742375--28742535	87	1.9	87	91	0	268	40	15	11	31	1.83
28744607--28744660	24	2.2	24	90	0	81	11	11	11	66	1.45
28750501--28750705	27	7.6	27	86	3	259	30	27	15	26	1.96
28763628--28763698	22	3.0	23	75	6	63	45	1	2	50	1.25
28763957--28763981	12	2.1	12	100	0	50	64	0	0	36	0.94
28765739--28765867	63	2.0	64	96	1	242	22	13	21	41	1.88
28768818--28768871	2	27.0	2	96	0	99	0	51	0	48	1.00
28768927--28769012	43	2.0	43	100	0	172	18	13	20	46	1.83
28773515--28773541	5	5.4	5	100	0	54	0	18	0	81	0.69
28775702--28775869	30	5.7	30	75	7	137	39	12	25	22	1.89
28775709--28775869	60	2.7	60	74	10	159	39	12	26	21	1.89
28775693--28775899	90	2.3	88	84	3	252	37	14	25	23	1.92
28775857--28775929	30	2.4	30	86	0	92	38	12	21	27	1.89
28778437--28778487	25	2.1	23	82	13	59	50	3	3	41	1.39
28782619--28782708	27	3.4	26	78	6	85	38	3	17	40	1.67
28782907--28782958	24	2.2	23	83	10	61	50	0	1	48	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28784979--28785020	21	2.0	22	90	4	68	28	2	0	69	1.01
28788245--28788428	38	4.7	37	71	17	140	44	1	3	51	1.27
28788227--28788707	120	4.0	120	93	1	734	42	1	5	50	1.33
28788291--28788445	18	9.0	17	65	22	74	42	0	3	53	1.21
28788535--28788586	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
28788526--28788609	43	1.9	43	83	7	107	41	1	2	54	1.21
28788918--28788987	16	4.4	16	94	0	104	34	34	0	31	1.58
28789005--28789054	24	2.1	24	84	0	64	38	4	8	50	1.51
28793413--28793464	24	2.2	24	85	0	68	38	3	7	50	1.50
28797775--28797836	19	3.2	19	76	13	72	19	16	14	50	1.79
28798228--28798279	17	3.1	17	91	0	86	50	1	9	38	1.46
28798385--28798426	13	3.0	14	82	10	50	59	0	0	40	0.97
28798585--28798978	90	4.4	88	85	6	513	32	9	9	48	1.67
28798598--28798954	182	1.9	185	90	3	569	33	8	8	49	1.66
28807369--28807413	15	2.8	17	86	10	67	0	37	2	60	1.09
28808370--28808432	30	2.1	30	93	0	108	25	3	14	57	1.52
28808553--28808580	11	2.5	11	100	0	56	75	0	0	25	0.81
28810480--28810629	62	2.5	61	81	8	157	48	2	2	46	1.30
28810900--28811011	54	2.1	54	100	0	224	24	30	28	16	1.97
28811289--28811346	30	1.9	30	92	0	98	24	6	13	55	1.63
28813898--28813998	19	5.3	19	69	9	53	33	24	21	19	1.97
28813906--28814016	38	2.9	38	73	5	107	30	25	25	18	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28813915--28814013	19	5.2	19	72	9	58	30	25	25	19	1.98
28814209--28814254	21	2.2	21	84	7	58	45	13	2	39	1.55
28815735--28815779	21	2.3	19	80	7	54	46	0	2	51	1.13
28821116--28821164	24	2.0	24	100	0	98	36	26	8	28	1.85
28825761--28825800	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
28838757--28838835	40	1.9	42	82	10	101	36	1	0	62	1.04
28838792--28838835	22	2.0	23	86	4	63	34	0	0	65	0.93
28851566--28851728	42	3.9	42	81	1	148	44	17	20	18	1.87
28853273--28853303	13	2.5	13	94	5	55	25	3	0	70	1.02
28853273--28853303	4	7.5	4	92	7	53	25	3	0	70	1.02
28860914--28860992	25	3.2	25	96	0	140	20	13	50	15	1.77
28862095--28862130	17	2.1	17	100	0	72	27	36	5	30	1.80
28862166--28862770	44	13.8	44	70	11	206	27	23	18	30	1.98
28862112--28862854	176	4.2	176	89	2	1088	27	23	18	30	1.98
28862775--28863517	44	17.0	43	88	2	948	29	24	16	29	1.96
28864815--28864913	50	2.0	50	88	2	146	16	19	18	46	1.84
28865780--28865820	21	2.0	21	95	0	73	12	0	7	80	0.90
28866831--28866896	25	2.6	25	83	9	71	59	4	16	19	1.54
28872085--28872363	27	10.3	27	78	1	236	44	19	15	20	1.87
28872083--28872363	81	3.5	80	79	6	282	44	19	15	20	1.87
28873787--28873842	26	2.1	27	90	3	87	39	14	8	37	1.77
28889821--28890021	40	5.0	40	85	2	287	18	29	18	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28890291--28890334	19	2.3	19	88	0	61	56	27	2	13	1.49
28892741--28892815	4	18.8	4	100	0	150	50	24	0	25	1.49
28893784--28893855	21	3.2	21	72	27	76	45	4	33	16	1.67
28893957--28893990	14	2.4	14	95	0	59	14	2	58	23	1.50
28894067--28894126	29	2.0	30	96	3	113	53	0	10	36	1.35
28896600--28896651	27	1.9	27	84	0	68	30	25	15	28	1.96
28899523--28899561	18	2.2	17	86	4	51	20	5	2	71	1.17
28900636--28900672	13	2.7	14	76	23	51	62	2	0	35	1.10
28908832--28908893	23	2.6	24	79	2	72	66	1	0	32	1.02
28909395--28909468	37	2.0	37	100	0	148	43	5	18	32	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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