genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65706892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  70  of  218  ( 26060 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20930663--20930939	81	3.4	81	83	4	303	23	23	18	34	1.96
20930880--20931007	27	4.8	28	80	6	140	21	17	18	42	1.89
20930872--20931007	53	2.5	55	77	9	154	21	18	18	41	1.90
20936091--20936125	17	2.0	17	88	5	52	11	22	42	22	1.85
20936317--20936560	27	9.1	27	84	2	278	43	20	15	20	1.88
20936608--20936680	24	3.0	24	89	0	119	26	5	20	47	1.71
20936864--20937034	32	5.4	32	90	0	236	21	19	20	38	1.94
20939503--20939531	5	5.8	5	100	0	58	20	0	0	79	0.74
20940813--20940853	19	2.3	17	87	8	55	75	0	7	17	1.02
20942151--20942207	24	2.4	23	81	16	64	8	3	14	73	1.20
20942871--20943129	44	5.9	44	80	3	200	31	21	16	30	1.96
20942728--20943120	88	4.5	85	72	12	265	29	20	17	32	1.96
20943110--20943219	50	2.2	50	93	0	184	31	24	17	26	1.97
20944442--20944494	23	2.3	23	90	0	88	30	28	20	20	1.98
20962591--20962621	13	2.4	13	94	0	53	61	0	12	25	1.32
20967953--20968253	6	50.2	6	98	0	548	31	0	18	49	1.48
20969553--20969655	44	2.4	43	78	14	104	31	25	19	24	1.98
20971173--20971272	42	2.4	42	83	9	116	18	27	33	22	1.96
20972946--20972992	24	1.9	24	86	4	67	36	0	38	25	1.56
20973661--20973743	27	3.1	27	82	0	103	42	16	20	20	1.90
20973678--20973966	27	10.8	27	78	7	257	35	18	21	24	1.96
20973730--20973966	53	4.4	54	80	8	277	34	18	21	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20973680--20973984	80	3.8	80	76	6	280	34	18	21	25	1.96
20974014--20974067	24	2.3	24	83	3	65	14	7	25	51	1.68
20974031--20974082	24	2.2	24	82	6	61	19	11	25	44	1.84
20974155--20974214	27	2.2	27	82	11	70	23	25	20	31	1.98
20974168--20974220	27	2.0	27	81	7	63	24	26	18	30	1.98
20974258--20974497	32	7.5	32	75	10	161	19	20	22	37	1.94
20974384--20974504	64	1.9	63	94	0	197	20	19	23	36	1.95
20974574--20974624	26	2.0	26	84	0	66	19	25	19	35	1.95
20985593--20985629	18	2.0	19	89	5	58	5	43	0	51	1.24
21000104--21000143	20	2.0	21	90	5	64	42	0	0	57	0.98
21011046--21011205	46	3.5	46	91	2	254	34	14	23	28	1.94
21016374--21016413	3	13.3	3	100	0	80	35	0	0	65	0.93
21018430--21018480	4	12.8	4	75	8	50	27	1	0	70	0.98
21018426--21018548	29	4.3	27	77	13	106	23	6	0	69	1.17
21020305--21020361	6	9.0	6	88	11	87	19	0	1	78	0.83
21020975--21021003	14	2.1	14	100	0	58	20	20	6	51	1.70
21026440--21026465	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
21027030--21027074	22	2.0	22	86	4	63	37	17	6	37	1.76
21027053--21027163	19	5.8	19	89	0	177	37	13	9	39	1.76
21027053--21027156	38	2.7	38	98	0	199	38	12	8	40	1.74
21028037--21028097	31	2.0	31	83	6	79	57	6	9	26	1.55
21031562--21031703	70	2.0	70	95	0	257	31	14	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21036899--21037019	60	2.0	60	95	0	215	31	26	5	36	1.80
21037149--21037196	25	2.0	24	95	4	87	41	0	0	58	0.98
21040965--21041024	27	2.3	27	80	8	70	50	6	5	38	1.51
21045938--21046031	44	2.1	44	100	0	188	37	13	6	42	1.70
21045956--21046026	22	3.2	22	63	21	58	42	12	7	38	1.70
21046010--21046053	22	2.0	22	86	4	63	40	11	4	43	1.61
21046330--21046383	24	2.3	24	80	3	65	51	0	1	46	1.11
21046962--21047021	30	2.0	31	83	3	77	18	41	0	40	1.50
21047779--21047804	5	5.2	5	100	0	52	19	19	19	42	1.90
21047828--21047878	13	3.9	13	86	0	75	41	23	9	25	1.85
21054213--21054242	8	3.9	8	91	8	53	26	26	20	26	1.99
21054213--21054243	15	2.1	15	100	0	62	25	25	19	29	1.99
21054805--21054851	8	6.1	8	97	2	80	53	25	0	21	1.46
21062038--21062081	23	1.9	23	85	0	61	63	0	4	31	1.14
21062661--21062699	20	1.9	21	84	5	53	61	2	5	30	1.31
21073215--21073250	18	2.0	18	100	0	72	27	16	5	50	1.68
21074914--21074945	12	2.7	12	95	0	55	31	15	3	50	1.60
21079837--21080033	98	2.0	98	93	0	340	39	23	8	28	1.84
21081448--21081526	22	3.7	21	74	16	63	40	17	5	36	1.72
21081448--21081505	22	2.6	22	81	7	64	41	18	3	36	1.68
21081495--21081538	21	2.1	21	95	0	79	38	11	9	40	1.73
21081484--21081539	21	2.8	19	84	10	76	37	14	8	39	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21082966--21083025	10	5.6	10	75	13	57	18	5	5	71	1.23
21082992--21083022	16	1.9	16	93	0	53	22	3	6	67	1.28
21087578--21087659	30	2.7	31	79	5	87	36	8	18	36	1.81
21088036--21088083	23	2.1	23	84	3	62	43	0	4	52	1.20
21088582--21088626	21	2.1	21	91	0	72	26	31	0	42	1.56
21096163--21096499	51	6.7	50	80	6	349	25	18	26	29	1.98
21096165--21096499	152	2.2	152	82	5	392	25	18	26	29	1.98
21096167--21096499	101	3.3	100	83	4	452	25	18	26	29	1.98
21110293--21110330	20	1.9	19	89	5	58	39	0	2	57	1.12
21116720--21116755	16	2.2	17	90	5	56	61	0	5	33	1.19
21116932--21116995	31	2.1	30	85	2	83	32	7	10	48	1.67
21125942--21126050	51	2.1	51	96	0	200	29	24	14	31	1.95
21134639--21134700	21	3.0	21	75	0	70	16	20	17	45	1.86
21134590--21134700	42	2.7	42	82	9	113	15	20	17	46	1.83
21145221--21145259	18	2.2	18	90	0	60	74	0	0	25	0.82
21145229--21145261	10	3.7	9	84	15	50	78	0	0	21	0.75
21147898--21148019	36	3.4	35	84	6	147	42	30	11	15	1.82
21152307--21152347	20	2.0	20	85	0	55	14	14	24	46	1.82
21153271--21153313	20	2.2	20	95	0	77	30	11	34	23	1.90
21153507--21153531	13	1.9	13	100	0	50	60	16	8	16	1.58
21157588--21158062	236	2.0	236	94	0	833	33	16	18	31	1.93
21158324--21158373	24	2.1	23	82	10	57	36	2	2	60	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21158347--21158500	61	2.6	59	81	10	170	41	0	3	53	1.24
21158688--21158736	16	3.1	16	87	0	71	30	32	0	36	1.58
21170415--21170796	49	7.8	49	82	2	401	24	25	16	33	1.96
21170431--21170796	147	2.5	147	82	0	446	24	25	16	33	1.96
21170415--21170769	98	3.6	98	87	0	485	23	26	15	34	1.95
21172788--21172830	21	2.0	21	100	0	86	39	27	9	23	1.85
21173842--21173886	24	1.9	23	81	4	54	60	22	6	11	1.54
21175513--21175541	9	3.3	9	90	9	51	79	0	0	20	0.74
21177723--21177760	19	2.0	20	94	5	69	26	13	5	55	1.59
21177946--21178020	20	3.7	20	79	10	89	16	18	13	52	1.75
21177946--21177995	21	2.5	20	93	3	82	18	16	14	52	1.76
21182724--21182756	17	2.0	17	88	5	50	30	6	0	63	1.18
21184436--21184595	29	5.5	28	78	9	151	33	18	6	41	1.77
21184518--21184564	14	3.3	14	72	16	51	31	10	6	51	1.62
21184437--21184578	29	4.9	28	78	9	160	31	19	7	41	1.78
21184956--21184994	3	12.7	3	86	5	51	69	0	28	2	1.02
21184955--21185029	22	3.2	24	73	21	79	73	0	25	1	0.91
21184959--21185029	21	3.2	21	76	21	74	73	0	25	1	0.92
21184990--21185016	14	1.9	14	100	0	54	77	0	22	0	0.76
21185262--21185350	9	9.0	9	75	20	54	79	0	17	2	0.83
21185265--21185350	8	10.8	8	74	10	70	80	0	17	2	0.82
21185266--21185335	34	2.1	34	89	7	110	81	0	15	2	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21197616--21198441	81	10.3	79	83	6	927	28	15	18	37	1.92
21197638--21198443	164	5.0	162	87	5	1054	29	15	18	35	1.92
21201379--21201517	59	2.4	58	86	1	179	36	17	5	41	1.71
21201379--21201544	29	5.6	30	80	5	169	34	18	6	41	1.75
21201379--21201539	59	2.7	59	83	3	173	35	16	5	42	1.71
21201966--21202035	35	2.0	35	100	0	140	34	8	17	40	1.80
21202095--21202145	16	2.9	18	74	11	52	76	9	9	3	1.14
21202109--21202139	15	2.1	15	93	0	53	83	6	9	0	0.79
21202205--21202259	28	2.0	28	85	0	74	21	45	25	7	1.77
21202305--21202361	7	7.9	7	81	13	53	82	0	17	0	0.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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