genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.141.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65706892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  141  of  218  ( 26060 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43023640--43023785	49	3.0	48	87	5	220	31	28	13	26	1.94
43024839--43024920	40	2.0	40	97	0	155	37	18	7	36	1.79
43026398--43026536	50	2.8	50	84	3	163	30	28	18	22	1.97
43026337--43026529	102	1.9	101	85	1	269	30	25	18	25	1.98
43026347--43026533	51	3.7	50	77	5	187	30	25	18	25	1.98
43026337--43026564	102	2.2	102	81	3	253	30	27	17	25	1.97
43028822--43028846	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
43031539--43031569	4	7.8	4	100	0	62	22	0	0	77	0.77
43031808--43031851	22	2.0	22	95	0	79	36	25	4	34	1.76
43035159--43035293	41	3.2	40	73	16	114	32	3	13	50	1.59
43035159--43035273	42	2.9	40	75	18	98	34	4	12	48	1.60
43036939--43037022	28	2.9	29	68	16	75	39	7	2	51	1.42
43037018--43037635	159	3.9	158	76	11	582	31	10	6	51	1.63
43037020--43037661	316	2.0	316	91	2	1047	30	10	6	52	1.61
43037999--43038132	18	6.9	20	63	20	52	0	32	0	67	0.96
43038002--43038134	10	13.7	10	67	19	68	0	32	0	66	0.97
43037996--43038135	38	3.6	37	81	11	165	0	32	0	67	0.96
43038188--43038253	27	2.4	27	92	0	114	15	37	30	16	1.90
43044761--43044910	43	3.5	43	92	0	255	22	31	18	28	1.97
43044761--43044947	43	4.4	42	85	4	232	24	29	18	27	1.98
43044875--43044970	42	2.3	43	81	3	106	32	23	15	28	1.95
43047631--43048282	9	71.7	9	66	19	141	36	3	17	43	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43047632--43047739	44	2.4	47	84	7	134	37	1	18	42	1.61
43047631--43047795	56	3.4	47	75	17	149	36	2	18	41	1.64
43047670--43047804	56	2.4	56	85	4	200	34	2	20	41	1.68
43047670--43047895	125	1.8	121	92	3	380	35	2	19	42	1.65
43047778--43048157	199	1.9	200	95	0	690	36	4	16	42	1.67
43047940--43048282	56	6.3	56	78	12	336	35	2	17	44	1.63
43047940--43048082	51	2.7	51	81	11	146	36	2	18	42	1.65
43048018--43048282	110	2.4	110	89	3	390	35	2	17	45	1.61
43048216--43048358	76	1.9	75	89	2	225	30	1	20	48	1.58
43048387--43048438	27	1.9	27	88	0	77	26	0	21	51	1.47
43048188--43048490	132	2.3	129	87	7	418	32	0	19	47	1.56
43048457--43048493	9	4.2	9	89	3	58	32	0	21	45	1.52
43048139--43048438	18	16.5	18	65	20	81	32	1	20	47	1.57
43049222--43049246	13	1.9	13	100	0	50	52	24	8	16	1.70
43050573--43050612	19	2.0	20	85	4	55	27	2	45	25	1.66
43051009--43051050	18	2.2	20	83	8	52	42	0	4	52	1.22
43051538--43051575	20	1.9	20	88	0	58	47	31	2	18	1.62
43052009--43052050	14	3.1	14	80	16	52	33	45	0	21	1.52
43052065--43052099	15	2.4	14	86	9	52	40	37	0	22	1.55
43052482--43052721	41	5.9	41	78	0	237	28	29	18	23	1.98
43052490--43052719	123	1.9	123	80	1	273	28	29	17	24	1.97
43052770--43052863	40	2.4	39	82	10	111	23	21	18	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43052800--43052875	40	1.9	40	83	0	98	22	18	21	38	1.94
43057390--43057435	20	2.3	22	75	21	55	47	2	0	50	1.13
43057397--43057434	10	3.9	10	82	3	51	55	2	0	42	1.14
43057744--43057784	19	2.2	19	90	0	64	53	17	0	29	1.44
43063112--43063247	20	6.8	20	70	12	55	16	30	20	32	1.95
43063092--43063189	40	2.5	40	87	0	133	19	30	20	29	1.97
43063120--43063216	20	4.8	20	76	9	90	19	28	20	30	1.97
43069257--43069428	40	4.3	40	78	2	166	17	29	20	31	1.96
43069274--43069400	20	6.3	20	72	7	96	19	30	20	29	1.97
43069307--43069419	60	1.9	60	81	3	138	19	31	19	29	1.96
43072104--43072351	9	26.0	9	70	16	126	62	3	3	31	1.27
43072103--43072259	28	5.5	28	77	9	122	64	3	3	28	1.24
43072143--43072233	38	2.4	38	85	5	114	63	4	3	28	1.29
43072209--43072350	29	4.9	29	75	14	107	62	2	2	32	1.21
43072899--43073021	20	5.8	20	68	24	65	39	1	2	56	1.22
43072925--43073211	9	30.9	9	67	20	103	39	2	1	57	1.21
43072907--43073021	9	11.7	10	67	23	50	39	1	1	57	1.19
43073151--43073211	15	3.7	16	80	14	63	37	3	0	59	1.14
43076890--43076937	23	2.1	23	84	7	62	56	10	8	25	1.61
43077651--43077723	32	2.3	32	82	0	92	31	34	19	15	1.92
43086118--43086174	28	2.0	28	83	6	71	54	7	1	36	1.38
43087004--43087036	14	2.4	14	95	5	59	72	0	0	27	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43087610--43087650	17	2.5	17	80	11	50	41	0	2	56	1.13
43087695--43087725	16	2.0	16	93	6	55	38	0	0	61	0.96
43087720--43087777	14	3.9	14	77	16	55	60	1	1	36	1.17
43087831--43087856	6	4.3	6	100	0	52	61	0	0	38	0.96
43090612--43090637	5	5.2	5	100	0	52	38	19	19	23	1.93
43091165--43091194	15	1.9	16	93	6	53	43	0	33	23	1.54
43091142--43091230	31	2.7	33	81	11	103	44	0	31	23	1.54
43091278--43091339	30	2.1	29	81	6	70	41	0	35	22	1.54
43091553--43091588	9	4.0	9	92	0	63	30	11	13	44	1.79
43112725--43112757	17	2.0	16	94	5	57	15	48	0	36	1.45
43126554--43126605	28	1.9	28	84	7	72	48	0	7	44	1.31
43132325--43132387	13	4.8	13	76	2	63	36	9	19	34	1.84
43132330--43132387	26	2.2	27	84	3	73	39	8	20	31	1.83
43133643--43133681	19	2.1	19	95	0	69	53	17	25	2	1.56
43134057--43134099	19	2.3	18	84	11	52	62	6	9	20	1.48
43140190--43140232	22	1.9	23	86	13	63	53	2	2	41	1.26
43141977--43142068	24	3.8	24	84	4	80	47	1	33	17	1.55
43142011--43142070	24	2.5	24	89	5	86	46	0	36	16	1.47
43142183--43142346	89	1.9	88	87	3	240	39	22	10	26	1.87
43142357--43142440	39	2.1	40	80	6	91	63	2	7	27	1.33
43142388--43142468	10	8.3	10	71	14	53	65	1	3	29	1.17
43142364--43142477	59	1.9	59	83	3	149	63	1	5	29	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43142392--43142477	21	4.3	21	71	16	65	61	1	3	33	1.20
43142389--43142515	59	2.2	57	81	8	139	60	1	7	30	1.33
43157237--43157275	14	2.9	14	85	11	55	35	15	0	48	1.45
43160503--43160535	2	16.5	2	93	0	57	0	45	0	54	0.99
43162229--43162286	28	2.1	28	83	0	71	46	15	24	13	1.82
43165539--43165847	138	2.2	137	86	2	424	21	17	26	34	1.96
43165605--43165943	138	2.5	137	82	3	385	23	17	25	33	1.97
43168055--43168097	22	2.0	22	100	0	86	39	4	13	41	1.66
43168851--43168882	11	2.8	12	86	13	50	9	15	15	59	1.60
43171881--43171910	14	2.1	14	100	0	60	20	26	30	23	1.98
43198755--43198785	12	2.6	12	94	0	53	16	19	6	58	1.59
43206976--43207118	50	2.8	51	85	3	182	27	21	28	21	1.99
43214565--43214680	50	2.3	50	80	0	133	30	23	26	19	1.98
43217336--43217368	15	2.2	15	89	10	50	15	3	9	72	1.21
43222498--43222739	42	5.7	42	80	5	211	30	30	16	22	1.95
43222502--43222736	85	2.8	82	78	7	220	30	30	15	22	1.95
43222590--43222766	43	4.1	43	81	5	180	32	31	14	21	1.93
43222590--43222766	85	2.1	86	79	4	196	32	31	14	21	1.93
43232026--43232091	9	7.6	9	75	10	57	34	0	16	48	1.47
43232146--43232171	13	2.0	13	100	0	52	38	7	0	53	1.30
43232803--43232846	20	2.2	21	80	12	56	65	4	2	27	1.23
43232812--43232859	20	2.5	19	76	6	51	70	4	2	22	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43234488--43234542	26	2.1	26	89	0	83	36	20	21	21	1.95
43234684--43234907	27	8.3	26	79	6	207	18	16	20	43	1.88
43234671--43234907	54	4.4	54	82	8	268	19	16	21	42	1.89
43234684--43234907	107	2.1	108	88	5	330	18	16	20	43	1.88
43242350--43242572	27	8.3	27	83	2	263	18	15	21	43	1.87
43242350--43242572	81	2.8	82	84	6	303	18	15	21	43	1.87
43246382--43246460	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79
43246373--43246933	47	11.9	47	95	2	977	32	8	29	29	1.87
43247052--43247130	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
43248344--43248689	40	8.6	40	90	2	507	23	22	28	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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