genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.40.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65706892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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This is table  40  of  218  ( 26060 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12514278--12514322	24	1.9	23	82	13	56	40	0	0	60	0.97
12514891--12514925	17	2.0	18	88	5	54	62	5	0	31	1.18
12518774--12519067	154	1.9	154	98	1	572	31	18	16	33	1.93
12524859--12524902	4	10.5	4	82	7	52	68	4	4	22	1.27
12524920--12524950	16	1.9	16	93	0	53	32	9	22	35	1.87
12527040--12527082	21	2.0	21	95	0	77	32	16	2	48	1.58
12529146--12529192	19	2.4	19	75	10	51	51	4	2	42	1.33
12538935--12538972	19	2.0	20	89	5	60	39	0	0	60	0.97
12541256--12541305	15	2.9	17	80	17	50	54	0	4	42	1.19
12541340--12541525	43	4.3	43	86	0	239	22	16	33	27	1.95
12542995--12543311	44	7.2	44	65	11	148	28	22	19	29	1.98
12542883--12543375	132	3.7	132	88	2	706	27	23	19	30	1.98
12542888--12543375	263	1.9	263	89	2	757	27	22	19	30	1.98
12543276--12543456	96	1.9	95	88	3	274	29	24	17	28	1.97
12543487--12543601	44	2.6	46	78	12	139	24	22	24	28	1.99
12543819--12543954	44	3.1	44	68	8	114	26	22	22	27	1.99
12543847--12543981	44	3.1	43	68	12	112	27	23	22	25	2.00
12543553--12544504	87	10.9	87	90	0	1375	24	21	23	30	1.99
12544947--12545142	108	1.8	108	88	0	302	46	11	16	25	1.80
12545971--12546025	25	2.2	25	84	9	69	5	1	9	83	0.86
12545982--12546026	11	4.0	11	88	2	63	6	0	11	82	0.84
12555701--12555734	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12559656--12559728	9	7.7	9	80	10	65	36	1	4	57	1.26
12559656--12559739	9	8.6	10	78	15	61	35	2	3	58	1.28
12559656--12559739	19	4.3	19	78	7	80	35	2	3	58	1.28
12559779--12559854	10	8.1	10	73	16	56	31	2	1	64	1.15
12562538--12562666	45	2.9	45	84	1	179	33	20	22	23	1.97
12564097--12564126	15	2.0	15	93	0	51	83	0	16	0	0.65
12568321--12568345	12	2.1	12	100	0	50	52	24	8	16	1.70
12573237--12573291	12	4.8	12	71	8	51	1	25	0	72	0.94
12581084--12581134	16	3.2	16	88	0	75	25	27	3	43	1.72
12585171--12585285	45	2.6	45	81	4	144	28	24	14	32	1.95
12585161--12585939	143	5.4	143	88	0	1063	28	21	18	31	1.97
12585645--12585868	44	4.8	44	67	11	124	27	24	19	28	1.99
12586095--12586171	38	2.0	40	89	5	122	63	1	2	32	1.16
12586130--12586210	26	3.0	27	84	13	114	70	0	2	27	1.00
12586389--12586811	143	3.0	143	91	1	670	27	23	19	29	1.98
12587694--12587732	20	2.0	20	90	10	62	0	12	5	82	0.83
12590309--12590348	19	2.1	19	86	9	55	42	12	22	22	1.87
12595889--12595932	19	2.2	20	88	4	63	56	0	2	40	1.11
12596274--12596373	44	2.2	45	87	1	139	51	3	5	41	1.39
12596326--12596395	32	2.2	31	87	5	95	54	2	2	40	1.30
12596724--12596754	16	1.9	16	93	0	53	70	0	0	29	0.87
12604865--12604944	25	3.2	25	87	0	115	25	28	15	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12604865--12604962	50	2.0	50	85	0	133	27	27	15	29	1.96
12608966--12609143	40	4.4	39	77	9	160	23	16	28	30	1.96
12608966--12609146	81	2.2	82	84	4	224	24	17	28	30	1.97
12608987--12609142	41	3.8	39	77	9	152	23	16	28	32	1.96
12615198--12615258	25	2.4	25	76	10	63	40	3	0	55	1.16
12639736--12639769	13	2.6	13	82	17	52	8	23	5	61	1.47
12641810--12641857	18	2.7	18	78	9	62	41	2	16	39	1.60
12645541--12645607	34	2.0	33	82	8	82	31	8	23	35	1.86
12645806--12645953	6	24.7	6	86	5	128	20	10	14	53	1.71
12645812--12645959	18	8.2	18	78	8	142	20	10	14	54	1.70
12646232--12646368	62	2.2	61	94	1	238	23	9	21	45	1.80
12648204--12648285	26	3.1	25	85	7	92	29	8	15	46	1.76
12648174--12648352	95	1.9	95	96	0	331	27	8	18	45	1.78
12648299--12648350	26	2.0	26	96	0	95	28	11	13	46	1.78
12648230--12648419	67	2.8	67	89	3	265	26	8	18	46	1.77
12649125--12649184	18	3.2	18	71	13	57	38	36	13	11	1.81
12649174--12649225	21	2.5	22	84	9	72	34	44	5	15	1.70
12649191--12649245	21	2.5	22	82	11	67	36	41	9	12	1.75
12649637--12649682	24	2.0	24	86	4	67	47	4	21	26	1.69
12650791--12650821	6	5.2	6	100	0	62	16	67	16	0	1.23
12656854--12656914	31	2.0	31	83	0	77	29	19	3	47	1.65
12657133--12657212	39	2.1	39	92	0	133	41	6	28	23	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12658643--12658681	21	1.9	19	85	10	51	41	5	2	51	1.38
12661263--12661341	23	3.5	23	78	1	88	22	18	20	37	1.94
12661295--12661360	22	2.9	22	82	8	62	19	18	18	43	1.88
12665713--12665749	9	4.1	9	85	0	56	29	13	13	43	1.82
12666388--12666625	40	6.1	40	94	3	389	43	2	19	35	1.63
12668695--12668942	50	4.8	50	84	5	284	20	29	24	25	1.99
12668694--12668942	100	2.4	103	86	7	328	20	29	24	25	1.99
12669037--12669068	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
12669280--12669337	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
12675000--12675403	218	1.9	217	83	1	531	32	13	13	41	1.82
12675970--12676051	37	2.2	37	82	8	105	20	32	7	39	1.80
12677093--12677180	37	2.4	37	98	0	167	14	37	2	45	1.58
12678213--12678430	37	5.9	37	71	3	170	21	34	4	39	1.72
12682132--12682326	37	5.3	37	70	8	137	20	33	5	40	1.76
12682131--12682348	73	3.0	73	78	4	240	21	33	5	39	1.76
12684923--12685050	37	3.5	36	83	7	152	21	34	3	41	1.69
12684923--12685098	74	2.4	74	80	8	182	20	32	4	42	1.72
12684923--12685100	37	4.8	37	79	6	125	20	32	4	42	1.72
12686153--12686425	37	7.4	37	78	4	219	18	39	4	37	1.69
12686154--12686423	111	2.4	110	81	6	278	18	39	4	37	1.70
12687263--12687469	37	5.6	38	75	5	140	19	34	5	40	1.75
12687270--12687479	74	2.8	74	78	2	208	20	33	5	41	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12687475--12687647	37	4.7	37	77	5	127	17	37	4	41	1.68
12687448--12687647	111	1.8	111	79	6	235	17	37	4	41	1.70
12687448--12687646	74	2.7	74	80	1	211	17	36	4	41	1.70
12694332--12694380	20	2.5	19	77	6	53	16	14	6	63	1.49
12696337--12696364	8	3.5	8	100	0	56	50	0	0	50	1.00
12697162--12697214	27	2.0	27	85	14	74	41	0	3	54	1.18
12697162--12697220	27	2.1	27	82	14	68	44	0	3	52	1.17
12697783--12697818	3	11.7	3	94	5	63	30	2	0	66	1.06
12698489--12698865	203	1.9	203	91	1	621	30	0	15	53	1.48
12698473--12698902	103	4.2	103	83	9	553	29	0	15	54	1.47
12698879--12698914	15	2.3	16	95	4	65	30	0	5	63	1.17
12700951--12701067	33	3.5	32	77	6	99	15	42	13	28	1.85
12701212--12701442	77	3.1	76	86	5	299	28	6	10	53	1.61
12705074--12705148	19	3.8	19	89	6	123	34	10	18	36	1.86
12705078--12705155	40	2.0	38	92	5	129	34	10	19	35	1.85
12706087--12706135	4	12.5	4	79	12	57	22	0	4	73	1.00
12706087--12706135	22	2.3	21	82	10	55	22	0	4	73	1.00
12706142--12706183	19	2.2	20	82	4	50	30	7	11	50	1.66
12707146--12707212	32	2.1	32	86	5	91	38	10	10	40	1.74
12710891--12710977	31	2.9	30	74	14	81	42	12	10	34	1.77
12710941--12711009	31	2.4	28	79	13	77	37	11	11	39	1.78
12716251--12716320	34	2.1	34	100	0	140	27	17	20	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12723131--12723160	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
12724280--12724435	25	6.4	24	80	13	144	32	19	23	25	1.97
12724264--12724415	50	3.1	49	83	10	161	30	19	23	26	1.98
12724298--12724435	73	1.9	74	87	4	208	33	18	23	24	1.97
12724280--12724435	49	3.2	47	81	13	140	32	19	23	25	1.97
12745407--12745463	25	2.1	28	87	9	84	47	1	5	45	1.35
12745415--12745471	25	2.3	25	78	3	62	50	0	7	42	1.29
12752728--12752842	59	1.9	59	96	0	212	32	21	6	39	1.80
12756523--12756566	19	2.3	19	88	11	63	79	4	9	6	1.04
12756497--12756554	27	2.1	27	84	12	75	81	5	5	8	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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