genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.94.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65706892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27117196--27117551	85	4.2	85	87	5	454	32	20	20	26	1.97
27117967--27118021	12	4.4	12	78	17	58	1	36	18	43	1.61
27117977--27118062	15	6.1	15	73	17	69	2	40	17	39	1.62
27123573--27123894	9	35.9	9	74	10	223	32	4	14	48	1.63
27123569--27123665	25	3.8	25	70	15	81	30	6	19	43	1.76
27125301--27125348	23	2.1	22	88	7	69	37	16	16	29	1.91
27125307--27125349	23	1.9	22	95	4	77	34	16	16	32	1.91
27128919--27129049	63	2.1	63	100	0	262	29	16	19	34	1.94
27131750--27132222	9	53.7	9	82	4	563	33	0	17	48	1.52
27132217--27132309	29	3.1	29	69	22	93	31	3	13	51	1.57
27132231--27132348	31	3.9	29	70	14	87	33	3	11	50	1.56
27132204--27132340	60	2.3	60	88	5	222	31	2	13	52	1.55
27132407--27132440	17	1.9	18	88	5	52	55	0	5	38	1.24
27133925--27134723	336	2.4	334	80	5	826	34	16	18	31	1.93
27134298--27134927	336	1.9	336	81	3	764	32	17	18	30	1.94
27136441--27136639	73	2.7	73	80	3	211	31	25	19	24	1.98
27136671--27136909	114	2.1	113	82	3	284	27	25	22	24	2.00
27139124--27139157	17	1.9	18	94	5	61	41	11	0	47	1.40
27142397--27142437	21	2.0	21	85	0	55	68	7	4	19	1.32
27143106--27143139	2	17.5	2	87	6	52	0	2	50	47	1.16
27154593--27154617	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
27154800--27154849	22	2.3	22	89	0	73	40	14	10	36	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27156108--27156767	31	21.6	30	71	8	157	44	16	5	33	1.71
27156078--27156217	61	2.3	61	90	2	210	45	18	5	31	1.71
27156139--27156812	92	7.3	92	93	0	1141	44	15	5	33	1.71
27160575--27160628	19	2.8	19	94	0	90	40	11	14	33	1.82
27161467--27161583	24	5.0	24	73	12	100	33	5	5	55	1.46
27161462--27161625	68	2.4	69	80	8	183	34	4	5	55	1.44
27161696--27161740	23	2.0	23	90	0	72	31	6	4	57	1.44
27163231--27163265	16	2.2	16	89	0	52	17	17	22	42	1.88
27168428--27168461	12	3.1	11	88	12	52	73	0	23	2	0.97
27170334--27171524	395	3.0	395	96	0	2199	26	15	19	38	1.91
27172375--27172409	11	3.1	11	88	8	52	74	0	20	5	1.02
27172375--27172412	12	3.2	12	92	3	60	73	0	21	5	1.02
27173962--27173986	12	2.1	12	100	0	50	24	32	8	36	1.84
27174741--27175703	253	3.8	255	87	3	1323	29	21	25	24	1.99
27174724--27175691	132	7.5	131	84	7	1128	29	21	25	24	1.99
27175725--27175903	50	3.6	50	93	1	288	35	21	14	29	1.93
27175723--27175933	50	4.2	50	90	3	273	36	20	15	27	1.93
27176332--27176385	19	2.8	19	97	0	99	38	11	16	33	1.84
27176332--27176408	19	3.7	22	87	6	76	38	9	16	35	1.81
27177228--27177477	24	10.7	24	70	15	148	33	5	4	56	1.44
27177187--27177467	69	4.1	68	75	10	200	34	5	4	55	1.45
27177526--27177570	23	2.0	23	90	0	72	31	6	4	57	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27189323--27189471	74	2.0	76	82	10	182	55	9	6	29	1.56
27189687--27189760	33	2.2	33	80	0	85	27	10	44	17	1.82
27189704--27189854	33	4.6	32	82	1	122	25	11	45	17	1.83
27189686--27189846	66	2.4	66	79	2	171	26	12	44	16	1.84
27200842--27200987	67	2.3	61	78	12	159	54	19	1	24	1.52
27200731--27200919	105	1.8	102	85	10	267	55	16	1	27	1.48
27203675--27203735	25	2.6	24	71	7	63	47	9	9	32	1.70
27205068--27205154	31	2.8	31	86	5	106	27	12	14	44	1.82
27207891--27208032	27	5.2	27	88	2	196	42	17	19	20	1.90
27213841--27213872	17	1.9	17	93	6	57	0	28	0	71	0.86
27215276--27215412	32	4.3	32	85	3	177	40	22	18	18	1.92
27215561--27215637	24	3.2	24	83	0	91	51	20	2	24	1.60
27215573--27215669	48	2.0	48	84	7	126	49	20	4	25	1.67
27215582--27215671	24	3.8	24	82	8	103	47	22	4	25	1.69
27215689--27216097	27	15.2	27	80	1	408	25	19	19	35	1.95
27215689--27216097	81	5.1	81	83	2	500	25	19	19	35	1.95
27216318--27216351	17	1.9	17	88	5	50	29	41	17	11	1.85
27218265--27218552	27	10.7	27	83	0	299	43	17	14	23	1.87
27218734--27218837	26	4.0	26	82	3	138	18	23	22	36	1.95
27218734--27218837	52	2.0	52	88	3	156	18	23	22	36	1.95
27218949--27219032	28	2.9	28	89	3	114	22	23	22	30	1.99
27218946--27219060	30	3.9	30	79	10	121	20	25	23	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27220201--27220244	21	2.1	21	100	0	88	43	6	13	36	1.71
27227363--27227392	5	6.0	5	96	0	51	0	20	3	76	0.92
27227824--27228109	156	1.8	155	86	4	416	41	4	9	43	1.58
27238046--27238124	14	5.4	14	74	14	61	77	5	13	3	1.08
27238510--27238980	42	11.2	42	86	0	566	22	16	22	38	1.93
27239810--27240116	157	2.0	156	87	3	447	46	4	9	39	1.57
27241243--27241318	32	2.4	32	93	2	127	31	14	7	46	1.73
27243112--27243370	47	5.6	47	90	0	378	32	8	30	28	1.87
27249437--27249534	42	2.3	42	83	0	124	23	28	22	25	1.99
27249460--27249539	42	1.9	42	94	0	142	22	31	21	25	1.98
27261453--27261559	53	2.0	53	98	0	205	26	11	18	43	1.83
27278357--27278434	38	2.1	38	92	0	129	29	23	6	41	1.79
27278560--27279147	207	2.8	206	81	3	685	28	23	15	33	1.94
27278560--27279395	210	4.0	210	80	3	756	28	22	15	33	1.95
27291793--27291862	19	4.2	18	80	14	71	42	2	0	54	1.15
27291793--27291861	31	2.3	30	82	9	86	42	2	0	55	1.15
27293337--27293366	15	2.0	15	93	0	51	36	3	0	60	1.14
27308135--27308260	28	4.5	28	94	1	209	33	27	11	26	1.92
27316206--27316356	28	5.4	28	91	1	214	33	27	11	26	1.92
27321552--27321593	22	1.9	22	95	0	75	21	26	19	33	1.97
27327117--27327172	28	2.0	28	96	0	103	10	26	0	62	1.28
27329458--27329487	14	2.1	14	93	0	51	76	0	10	13	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27330266--27330301	18	2.0	18	100	0	72	44	38	0	16	1.48
27332298--27332358	25	2.4	25	80	2	68	39	13	4	42	1.65
27337314--27337338	9	2.8	9	100	0	50	56	8	0	36	1.29
27343520--27343569	26	1.9	26	84	8	66	54	6	14	26	1.63
27343694--27343838	76	1.9	77	89	1	229	42	6	4	46	1.49
27345583--27345611	13	2.1	14	93	6	51	31	0	0	68	0.89
27354390--27354431	14	3.0	14	85	0	57	21	0	4	73	1.01
27355186--27355231	21	2.2	21	84	7	58	21	34	23	19	1.96
27359337--27359377	21	2.0	21	85	0	55	29	19	24	26	1.98
27362888--27362939	27	1.9	27	84	0	68	32	30	19	17	1.95
27363388--27363441	18	3.0	18	80	0	72	33	14	20	31	1.93
27368164--27368423	29	9.1	29	77	11	241	25	16	21	37	1.93
27368168--27368423	87	3.0	85	82	8	270	25	16	21	36	1.94
27369216--27369247	15	2.1	15	94	0	55	28	18	9	43	1.81
27384288--27384360	27	2.7	27	82	0	92	27	21	32	17	1.96
27384402--27384551	4	36.0	4	71	21	80	68	0	31	0	0.90
27384428--27384538	33	3.4	33	81	9	147	68	0	31	0	0.90
27384412--27384560	74	2.0	75	88	7	223	67	0	32	0	0.91
27384401--27384565	5	33.6	5	73	9	94	67	0	32	0	0.91
27384973--27385002	15	1.9	16	93	6	53	70	0	0	30	0.88
27385133--27385162	16	1.9	15	93	6	51	70	0	3	26	1.03
27385326--27385379	27	2.0	27	96	0	99	42	14	35	7	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27387861--27387903	14	3.1	14	96	0	77	37	9	0	53	1.33
27391227--27391281	22	2.5	23	80	14	62	69	12	0	18	1.19
27391444--27391521	27	2.9	27	90	0	111	17	35	23	23	1.95
27392435--27392476	20	2.1	20	86	0	57	30	4	0	64	1.14
27394120--27394149	15	2.0	15	100	0	60	33	40	13	13	1.83
27398220--27398247	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
27403228--27403304	9	8.0	9	74	17	66	36	1	1	61	1.13
27403213--27403322	41	2.7	41	84	10	163	34	2	0	61	1.16
27403213--27403322	40	2.7	40	86	8	159	34	2	0	61	1.16
27410459--27410544	38	2.3	38	90	4	131	36	23	11	29	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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