genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65706892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  69  of  218  ( 26060 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20614845--20614926	40	2.0	40	86	9	114	80	2	4	12	0.97
20615756--20615851	50	1.9	51	89	2	149	47	18	18	14	1.82
20615800--20615973	84	2.1	84	97	0	330	55	13	19	10	1.67
20617336--20617634	44	6.8	44	87	1	395	29	18	25	26	1.98
20617637--20618303	50	13.7	50	69	8	219	33	20	19	26	1.97
20617639--20618280	49	13.2	49	70	7	423	33	20	19	26	1.97
20617639--20618297	97	6.8	97	86	5	816	33	20	19	26	1.97
20618014--20618297	90	3.1	90	84	8	379	35	21	17	26	1.95
20623242--20623448	113	1.8	114	85	3	292	55	16	2	25	1.56
20632141--20632186	20	2.3	20	92	0	74	28	4	15	52	1.61
20640210--20640234	6	4.2	6	100	0	50	64	0	36	0	0.94
20646051--20646096	24	1.9	24	90	0	74	76	6	13	4	1.14
20650162--20650217	27	2.1	27	82	0	67	46	5	16	32	1.69
20653336--20653435	50	2.0	50	84	3	130	20	29	16	35	1.94
20653344--20653435	25	3.7	25	82	2	114	20	28	16	34	1.94
20653372--20653451	25	3.2	25	87	0	79	20	26	18	35	1.95
20653346--20653451	50	2.1	50	80	3	115	21	27	17	33	1.96
20659249--20659362	56	2.0	56	96	0	210	27	15	28	28	1.96
20660780--20660849	25	2.8	25	95	0	122	15	30	20	34	1.93
20662756--20662881	45	2.8	45	81	0	144	23	21	12	42	1.87
20662985--20663033	17	2.9	17	76	14	57	53	8	0	38	1.31
20666764--20666794	15	2.1	15	100	0	62	32	19	12	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20667560--20667602	11	3.9	11	81	9	52	2	11	9	76	1.10
20667560--20667602	21	2.0	22	86	4	61	2	11	9	76	1.10
20668345--20668389	18	2.5	17	79	10	54	42	20	0	37	1.52
20673729--20673780	17	3.2	16	78	10	52	3	13	23	59	1.50
20674039--20674084	22	2.1	22	87	0	65	10	0	30	58	1.32
20677394--20677442	25	2.0	25	84	8	64	34	18	12	34	1.88
20685081--20685191	46	2.4	47	86	6	154	33	1	5	59	1.31
20686927--20687048	58	2.1	59	89	3	185	42	7	20	29	1.79
20690629--20690663	16	2.2	16	89	0	52	37	5	0	57	1.23
20690650--20690765	61	2.0	61	87	5	175	43	3	4	49	1.39
20695062--20695099	18	2.1	19	90	5	60	60	0	23	15	1.35
20697494--20697560	30	2.3	28	87	5	89	34	16	2	46	1.62
20698424--20698464	20	2.0	20	85	0	55	46	2	9	41	1.50
20698833--20699193	179	2.0	180	95	1	654	26	15	15	42	1.87
20706871--20706911	3	13.7	3	100	0	82	65	0	34	0	0.93
20706988--20707022	10	3.2	11	88	11	54	57	0	42	0	0.99
20708957--20708991	14	2.5	14	85	0	52	34	17	5	42	1.73
20712124--20712175	22	2.4	21	87	6	68	0	25	3	71	1.03
20712565--20712653	33	2.7	34	77	3	83	22	41	12	23	1.87
20712912--20713102	49	3.8	49	88	4	249	44	12	10	31	1.77
20712963--20713115	48	3.2	48	88	0	198	48	11	8	31	1.70
20716424--20716499	27	2.8	26	80	4	98	25	26	26	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20720950--20721295	172	2.0	172	99	0	683	31	14	23	31	1.94
20724356--20724402	22	2.1	22	100	0	94	48	12	8	29	1.71
20733406--20733444	14	2.5	16	84	15	55	35	2	0	61	1.10
20733436--20733503	30	2.2	33	84	10	90	39	0	7	52	1.29
20734472--20734515	22	2.0	23	86	4	63	65	2	0	31	1.05
20734471--20734520	22	2.4	21	77	9	57	66	2	0	32	1.03
20735124--20735166	22	2.0	22	85	0	59	53	0	0	46	1.00
20735187--20735228	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
20735191--20735227	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
20736705--20736730	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
20738535--20738565	2	16.0	2	93	6	55	51	0	0	48	1.00
20738803--20738837	16	2.1	17	94	5	63	65	0	0	34	0.93
20745697--20745738	19	2.2	20	91	4	68	28	0	2	69	1.01
20752955--20754409	488	3.0	488	99	0	2865	33	23	12	30	1.91
20766723--20766795	27	2.6	26	79	12	65	57	5	4	32	1.41
20766743--20766800	30	1.9	31	86	10	84	58	3	3	34	1.32
20766837--20766888	26	2.0	25	85	10	70	65	0	5	28	1.16
20766958--20767001	17	2.6	17	85	3	63	47	0	11	40	1.39
20767130--20767168	3	13.0	3	88	0	60	64	2	2	30	1.21
20767485--20767582	21	4.7	21	87	8	121	40	15	8	35	1.77
20770726--20770774	22	2.2	23	88	3	73	28	30	6	34	1.82
20771161--20771201	20	2.2	20	86	8	59	29	9	12	48	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20772859--20772892	8	4.2	8	84	0	50	35	47	0	17	1.48
20783303--20783744	44	10.0	44	65	10	195	26	24	19	29	1.98
20783216--20783744	132	4.0	132	96	0	961	26	24	19	29	1.98
20783322--20783726	88	4.6	89	66	9	227	27	24	20	28	1.99
20783754--20784822	100	10.7	100	94	0	1773	25	24	20	29	1.99
20790609--20790637	15	1.9	15	100	0	58	65	0	0	34	0.93
20797670--20797964	151	2.0	149	83	5	371	44	9	5	40	1.60
20800355--20800396	17	2.5	16	81	11	57	78	0	4	16	0.91
20800350--20800414	27	2.4	27	80	12	73	70	1	12	15	1.23
20804443--20804476	2	17.0	2	100	0	68	0	50	0	50	1.00
20811671--20811696	6	4.3	6	100	0	52	84	0	0	15	0.62
20812482--20812537	23	2.4	23	100	0	112	28	50	3	17	1.63
20820011--20820048	14	2.8	14	84	4	51	73	2	2	21	1.07
20823490--20823549	24	2.4	26	86	5	79	51	5	3	40	1.40
20833022--20833081	30	2.0	31	86	3	86	21	31	1	45	1.62
20837220--20837295	40	1.9	40	100	0	152	39	5	26	28	1.78
20838155--20838225	16	4.4	16	81	0	88	40	7	25	26	1.81
20838207--20838299	44	2.1	44	90	6	143	36	4	22	36	1.74
20838406--20838522	55	2.1	54	81	7	128	51	4	1	42	1.31
20841644--20841698	25	2.2	25	86	3	74	45	7	34	12	1.70
20841652--20841701	25	2.0	25	100	0	100	36	8	36	20	1.82
20843612--20843713	51	2.0	51	96	0	186	11	17	21	49	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20843978--20844182	21	9.5	21	70	13	123	20	8	13	57	1.62
20847111--20847243	29	4.6	29	80	0	149	24	31	24	19	1.98
20852135--20852188	20	2.8	20	71	23	51	42	1	9	46	1.46
20852948--20853017	36	1.9	36	88	0	104	35	10	24	30	1.88
20860123--20860149	12	2.2	12	100	0	54	44	7	18	29	1.77
20861177--20861248	22	3.4	22	68	12	60	50	2	4	43	1.36
20862792--20863038	122	2.0	122	94	0	431	40	14	15	29	1.87
20864214--20864265	27	1.9	27	88	0	77	51	1	1	44	1.23
20864360--20864400	19	2.1	20	86	13	59	75	0	24	0	0.80
20864359--20864400	15	2.9	15	83	16	61	76	0	23	0	0.79
20865110--20865204	23	4.2	22	65	30	58	40	1	18	40	1.58
20865085--20865220	67	2.0	67	100	0	272	37	1	19	41	1.60
20865126--20865219	23	4.2	23	62	32	60	37	1	20	41	1.59
20866341--20866735	196	2.0	198	98	2	760	26	21	27	24	1.99
20867596--20867632	18	2.1	18	90	5	58	45	5	16	32	1.70
20875953--20875987	18	1.9	18	88	0	52	71	8	2	17	1.23
20883483--20883521	13	3.2	13	89	10	57	48	0	15	35	1.45
20883901--20883956	29	1.9	30	85	7	80	44	0	0	55	0.99
20884322--20884391	16	4.4	16	87	0	95	32	1	34	31	1.67
20884322--20884391	32	2.2	32	92	0	113	32	1	34	31	1.67
20884602--20884643	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
20884611--20884652	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20884740--20884776	16	2.2	17	86	13	51	54	0	2	43	1.14
20884819--20884878	28	2.2	28	85	5	79	51	3	0	45	1.17
20884793--20885091	91	3.3	91	93	1	492	46	4	3	45	1.40
20884872--20885026	44	3.5	44	71	11	134	46	4	3	45	1.42
20898499--20898567	34	2.0	34	97	0	129	33	11	13	42	1.80
20930245--20930380	32	4.3	32	84	4	168	37	19	19	22	1.94
20930259--20930380	64	1.9	64	89	3	192	36	19	20	23	1.95
20930575--20930639	24	2.7	25	88	4	89	38	21	9	30	1.85
20930658--20930885	27	8.4	27	86	0	267	25	25	18	31	1.98
20930664--20930913	54	4.6	54	81	4	191	24	23	18	32	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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