genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65706892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  16  of  218  ( 26060 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5647234--5647357	46	2.7	46	84	0	167	20	35	1	41	1.62
5647466--5647499	12	2.8	12	95	4	59	5	8	26	58	1.51
5649334--5649398	34	1.9	34	87	0	94	35	3	0	61	1.12
5649360--5649428	27	2.5	27	81	13	86	40	1	0	57	1.07
5649523--5649646	9	13.8	9	70	18	55	47	20	0	30	1.56
5649522--5649557	18	2.0	18	100	0	72	50	27	0	22	1.50
5649535--5649718	43	4.3	45	79	14	149	45	17	2	34	1.61
5649567--5649718	43	3.6	43	82	8	197	45	17	2	34	1.62
5649542--5649718	82	2.2	81	88	3	266	45	17	2	34	1.61
5649589--5649718	39	3.4	37	81	11	131	45	16	3	34	1.64
5655209--5655258	21	2.4	21	93	0	91	44	18	38	0	1.50
5655569--5655730	43	3.8	42	84	3	216	27	21	22	28	1.99
5655570--5655729	86	1.9	86	93	2	277	28	21	21	28	1.99
5657133--5657180	23	2.1	23	100	0	96	41	4	12	41	1.62
5659715--5659782	28	2.4	28	76	14	68	38	14	0	47	1.45
5660207--5660245	18	2.1	18	85	4	51	23	2	2	71	1.10
5672889--5672928	20	2.0	20	85	0	53	27	2	2	67	1.16
5678209--5678235	10	2.7	10	100	0	54	29	14	0	55	1.40
5684355--5684391	12	3.0	13	84	11	51	29	40	18	10	1.85
5692526--5692598	38	1.9	38	94	5	130	28	12	20	38	1.89
5705212--5705250	12	3.2	12	85	3	51	69	7	0	23	1.14
5713203--5713294	19	4.8	19	87	0	121	40	9	11	38	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5713854--5713931	26	2.9	26	72	14	61	35	5	2	56	1.35
5713908--5713956	20	2.5	20	82	0	62	38	6	0	55	1.25
5713897--5714052	46	3.2	46	74	21	147	35	8	2	53	1.45
5713898--5714052	48	3.1	49	73	19	158	36	8	2	52	1.45
5713854--5714058	100	2.1	99	87	3	299	35	7	2	54	1.43
5713980--5714023	16	2.9	15	83	9	54	40	6	2	50	1.42
5714013--5714050	20	1.9	20	88	0	58	31	13	0	55	1.38
5720943--5721090	57	2.5	57	85	8	190	30	21	25	22	1.99
5723332--5723513	44	4.1	45	66	6	113	29	19	22	28	1.98
5723763--5724197	44	9.9	45	63	13	125	28	18	23	29	1.98
5723217--5724507	132	9.8	132	93	0	2147	28	18	23	29	1.98
5724834--5724925	19	4.8	19	83	0	121	40	8	13	38	1.75
5724841--5724932	38	2.5	38	89	3	143	41	7	13	38	1.72
5724904--5724948	23	2.0	23	86	4	65	40	4	15	40	1.67
5724916--5724958	22	1.9	23	85	4	61	34	4	13	46	1.65
5725511--5725553	16	2.5	17	81	7	52	34	6	4	53	1.49
5725547--5725592	20	2.3	20	84	0	65	36	8	0	54	1.32
5725482--5725698	104	2.1	105	92	1	364	34	7	4	53	1.49
5725616--5725665	16	3.1	16	77	13	57	38	6	4	52	1.45
5725653--5725690	20	1.9	20	88	0	58	31	13	0	55	1.38
5725528--5725698	56	3.2	56	71	20	175	35	8	4	52	1.52
5752258--5752967	142	5.0	142	92	0	1105	28	21	17	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5755705--5755751	20	2.4	19	80	13	51	23	6	6	63	1.41
5769776--5770403	69	9.1	69	77	0	554	38	18	23	20	1.93
5784342--5784605	135	1.9	136	86	3	372	34	14	14	37	1.86
5798369--5798485	51	2.3	51	95	2	209	27	23	14	35	1.93
5800054--5800146	23	4.0	23	84	5	125	31	27	19	21	1.97
5800058--5800146	46	1.9	46	90	0	142	31	28	20	20	1.97
5806823--5806867	2	22.5	2	100	0	90	0	48	0	51	1.00
5809235--5809444	6	35.0	6	84	1	170	32	8	0	59	1.28
5809563--5809625	6	10.7	6	70	16	51	15	4	3	76	1.09
5809566--5809642	11	6.7	11	74	14	59	16	5	3	74	1.16
5809563--5809625	17	3.6	17	81	12	74	15	4	3	76	1.09
5809541--5809621	40	2.0	41	80	7	94	17	3	4	74	1.15
5810827--5810902	27	2.8	27	91	0	134	17	25	38	19	1.93
5810919--5810959	19	2.2	19	86	0	55	29	2	19	48	1.61
5811069--5811109	21	1.9	22	95	5	75	56	7	0	36	1.27
5811170--5811221	19	2.8	19	91	5	81	40	0	9	50	1.35
5811329--5811369	21	1.9	22	90	5	66	53	7	0	39	1.29
5810934--5811426	260	1.9	262	96	0	927	46	9	4	39	1.55
5811385--5811441	27	2.1	27	90	0	87	49	14	1	35	1.53
5811482--5811568	22	3.7	22	82	14	120	33	0	13	52	1.41
5811475--5811615	49	2.9	48	84	11	173	32	0	14	51	1.48
5811749--5811815	27	2.5	27	97	0	125	14	32	20	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5816987--5817038	3	17.7	3	81	18	65	63	1	0	34	1.06
5817914--5817946	11	2.8	12	90	9	59	15	0	6	78	0.93
5821386--5821412	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
5827882--5827934	20	2.6	20	72	3	52	18	18	7	54	1.67
5829388--5829412	13	1.9	13	100	0	50	56	8	12	24	1.62
5836983--5837043	29	2.1	29	90	6	97	42	16	3	37	1.64
5842755--5842781	4	6.8	4	100	0	54	0	0	22	77	0.76
5843180--5843224	22	2.1	21	84	15	58	55	4	0	40	1.20
5843207--5843264	26	2.2	26	90	6	91	68	0	0	31	0.89
5844128--5844166	9	3.9	11	78	21	50	48	0	0	51	1.00
5844385--5844423	17	2.3	17	83	12	53	61	2	0	35	1.10
5844872--5844946	30	2.5	29	78	10	71	49	5	5	40	1.48
5848412--5848451	18	2.2	18	100	0	80	17	5	25	52	1.64
5854929--5854979	13	3.9	13	94	0	93	39	27	9	23	1.86
5855358--5855433	39	1.9	39	83	0	98	60	2	9	27	1.41
5857005--5857040	17	2.1	18	90	10	58	50	0	8	41	1.33
5857045--5857137	45	2.1	45	87	0	132	40	8	18	32	1.81
5859667--5859726	21	2.9	21	84	0	75	18	21	15	45	1.86
5863765--5863914	77	1.9	77	90	2	239	42	8	19	30	1.80
5865176--5865434	33	7.5	33	74	17	206	21	20	26	32	1.97
5865169--5865434	108	2.5	106	87	7	387	22	19	27	31	1.98
5869990--5870412	140	3.0	141	97	0	794	36	15	17	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5872562--5872685	62	2.0	62	100	0	248	41	20	8	29	1.81
5873113--5873141	6	4.8	6	100	0	58	48	0	17	34	1.47
5886021--5886067	22	2.1	22	100	0	94	23	38	14	23	1.92
5887606--5887663	22	2.6	23	77	2	73	41	5	1	51	1.34
5887683--5887950	88	3.1	88	83	5	303	37	19	10	32	1.86
5888157--5888195	19	2.1	19	90	9	62	64	5	2	28	1.28
5888365--5888477	9	12.0	9	68	14	50	30	5	5	59	1.42
5888657--5888835	90	2.0	89	81	9	211	32	10	21	35	1.87
5889158--5889195	20	1.9	20	89	10	60	39	2	13	44	1.57
5892846--5892965	40	3.0	40	78	11	113	20	31	27	20	1.97
5895379--5895415	18	2.0	19	89	5	58	72	0	2	24	0.97
5896419--5896461	15	2.7	16	75	13	52	65	0	4	30	1.13
5901555--5901588	8	4.0	8	85	14	50	58	2	0	38	1.13
5901730--5901762	11	3.0	11	95	0	57	45	12	9	33	1.73
5902666--5902690	7	3.6	7	100	0	50	72	0	0	28	0.86
5910026--5910062	12	3.1	12	92	0	56	67	8	16	8	1.40
5910026--5910059	6	5.7	6	96	0	50	70	8	14	5	1.31
5913849--5913902	27	2.0	27	96	0	99	42	11	5	40	1.64
5914789--5914831	11	3.8	11	80	17	52	30	2	4	62	1.28
5914792--5914835	23	1.9	23	90	0	70	31	2	6	59	1.36
5916923--5916987	32	2.1	32	94	2	114	30	10	12	46	1.76
5917534--5917600	8	8.6	8	70	9	50	82	7	10	0	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5917526--5917600	11	7.0	10	72	15	53	81	8	10	0	0.88
5917529--5917594	22	2.9	23	79	6	71	80	9	10	0	0.91
5917526--5917607	23	3.5	23	80	11	96	80	8	10	0	0.90
5917537--5917621	37	2.3	37	86	8	111	78	9	11	0	0.95
5920761--5920825	32	2.1	32	94	2	114	30	10	12	46	1.76
5924462--5924497	18	2.1	18	89	5	56	38	22	2	36	1.69
5926798--5927045	124	2.0	124	99	0	487	41	11	10	36	1.76
5938221--5938245	11	2.3	11	100	0	50	64	0	0	36	0.94
5940691--5940723	17	1.9	17	93	0	57	48	0	15	36	1.45
5945637--5945711	33	2.3	33	83	0	105	16	46	18	18	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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