genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65706892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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This is table  89  of  218  ( 26060 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25797670--25798259	132	4.5	132	95	0	1054	31	18	24	25	1.98
25798584--25798630	14	3.4	14	100	0	94	31	29	19	19	1.96
25798925--25798975	15	3.1	16	86	10	68	19	5	1	72	1.15
25800112--25800136	12	2.1	12	100	0	50	32	8	0	60	1.26
25800401--25800590	98	1.9	98	92	2	319	27	11	23	37	1.89
25810603--25811041	195	2.3	185	82	7	483	31	8	14	45	1.76
25818276--25818369	27	3.5	27	77	2	91	29	25	12	31	1.93
25822116--25822165	26	1.9	26	91	0	82	28	12	14	46	1.79
25824499--25824556	20	3.0	20	82	2	64	36	0	17	46	1.48
25831547--25831593	16	3.0	16	90	3	69	17	17	36	29	1.92
25831992--25832032	20	2.0	20	85	4	55	29	7	17	46	1.74
25849383--25849428	23	2.0	22	83	4	56	41	17	2	39	1.62
25855767--25855907	76	1.9	76	81	3	176	24	19	20	35	1.96
25855777--25855943	36	4.5	36	71	5	109	22	20	22	34	1.97
25855779--25855992	112	1.9	112	82	0	266	23	21	21	33	1.97
25860275--25860351	6	13.0	6	98	1	147	15	0	16	67	1.23
25866111--25866151	21	2.0	21	95	0	73	24	19	2	53	1.57
25867581--25867621	20	2.0	20	90	0	64	48	4	14	31	1.65
25870664--25870997	163	2.0	162	95	1	596	42	8	21	27	1.81
25872796--25872979	101	1.8	101	85	4	264	35	17	16	30	1.92
25874158--25874382	85	2.7	83	79	7	254	21	25	31	21	1.98
25874158--25874408	85	3.0	83	79	6	252	20	26	31	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25878393--25878657	131	2.0	131	92	0	440	44	11	14	29	1.80
25888288--25888374	28	3.1	28	69	17	74	43	1	2	52	1.21
25888466--25888678	67	3.2	66	64	19	159	46	3	4	46	1.40
25888422--25888687	137	1.9	138	91	2	437	46	4	4	44	1.42
25888428--25888840	137	2.9	137	83	9	409	46	4	4	44	1.43
25888552--25888836	156	1.8	156	97	0	543	45	5	4	45	1.45
25888726--25888774	15	2.9	18	80	20	61	44	0	0	55	0.99
25888726--25888780	15	3.4	16	80	16	53	43	0	1	54	1.10
25888919--25889009	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
25888990--25889058	16	4.2	16	96	3	129	37	37	0	24	1.56
25888990--25889058	33	2.1	32	97	2	129	37	37	0	24	1.56
25890707--25891336	75	8.4	75	82	1	663	37	17	22	22	1.94
25890707--25891336	224	2.8	224	81	3	701	37	17	22	22	1.94
25891302--25891425	61	2.0	61	81	6	144	37	18	19	25	1.94
25896679--25896829	75	2.0	75	100	0	302	31	22	15	30	1.95
25898001--25898044	3	14.7	3	100	0	88	68	31	0	0	0.90
25913289--25913350	31	2.0	31	100	0	124	16	32	19	32	1.94
25917412--25917497	37	2.3	37	82	9	113	38	31	16	13	1.88
25920500--25920547	21	2.3	21	85	3	62	27	6	8	58	1.51
25920981--25921005	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
25920964--25921036	20	3.6	21	76	12	80	43	0	0	56	0.99
25922799--25922834	16	2.2	16	100	0	72	33	5	0	61	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25923971--25924046	31	2.5	29	77	12	82	53	5	3	36	1.42
25927513--25928561	347	3.0	347	98	0	2026	49	14	17	19	1.80
25930243--25930290	25	2.0	24	83	4	60	58	0	4	37	1.18
25932121--25932172	24	2.2	24	85	0	68	38	3	7	50	1.50
25934717--25934789	35	2.1	35	89	0	110	61	9	12	16	1.56
25938144--25938290	43	3.5	43	76	8	149	28	23	15	31	1.95
25944068--25944203	50	2.7	51	86	5	195	22	29	23	25	1.99
25954647--25954762	61	1.9	58	86	5	160	50	4	3	42	1.39
25954808--25954840	17	2.0	17	88	5	50	48	0	0	51	1.00
25955119--25955186	19	3.5	19	78	11	66	19	25	16	39	1.91
25956637--25956732	49	2.0	49	93	0	165	25	26	6	42	1.78
25957936--25958093	73	2.2	73	94	0	271	31	24	8	36	1.85
25963249--25963404	72	2.2	72	92	0	258	30	24	7	37	1.83
25965747--25965814	19	3.5	19	78	11	66	19	25	16	39	1.91
25967264--25967359	49	2.0	49	93	0	165	25	26	6	42	1.78
25968562--25968719	73	2.2	73	94	0	271	31	24	8	36	1.85
25970018--25970050	15	2.2	15	94	0	57	30	6	0	63	1.18
25976121--25976160	22	1.9	21	85	10	55	45	0	0	55	0.99
25976305--25976337	16	1.9	18	88	11	52	54	6	0	39	1.25
25978284--25978319	12	3.0	12	91	0	54	33	5	2	58	1.36
25978517--25978571	9	6.2	9	78	12	53	25	1	1	70	1.06
25981091--25981182	44	2.0	47	89	6	145	44	6	5	43	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25981096--25981182	47	1.9	43	90	6	129	43	4	5	45	1.48
25985580--25985634	3	19.0	3	75	20	55	63	3	0	32	1.12
25985581--25985689	11	9.2	11	72	18	69	65	3	2	28	1.24
25985614--25985695	42	2.1	40	80	15	91	65	2	3	28	1.22
25992840--25992884	22	2.0	22	86	0	63	15	24	22	37	1.93
25996260--25996306	20	2.4	19	76	13	51	59	6	6	27	1.46
25997970--25998078	53	2.0	54	89	1	166	53	9	4	33	1.53
25999453--25999517	22	2.9	21	70	22	51	43	12	12	32	1.79
26000044--26000197	63	2.4	63	84	0	200	24	28	23	23	1.99
26003153--26003188	15	2.5	14	86	8	54	38	0	2	58	1.13
26004407--26004435	15	1.9	15	100	0	58	13	0	0	86	0.58
26008419--26008466	21	2.3	20	85	3	60	31	2	2	64	1.16
26014094--26014130	12	3.0	13	84	11	51	29	40	18	10	1.85
26020342--26020951	105	5.8	105	85	1	749	30	18	16	35	1.92
26020342--26020936	315	1.9	315	87	2	881	30	17	16	35	1.92
26030195--26030223	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
26030811--26030869	29	2.0	30	93	3	102	55	13	3	27	1.54
26031744--26031840	27	3.6	27	72	10	83	71	6	1	21	1.14
26031807--26031840	15	2.4	14	90	9	59	79	5	0	14	0.91
26032079--26032113	18	1.9	18	94	0	61	34	0	5	60	1.21
26032747--26032833	42	2.1	42	100	0	174	29	18	14	36	1.91
26036100--26036152	25	2.2	24	83	10	63	41	24	16	16	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26036129--26036250	64	1.9	64	82	0	154	36	23	19	20	1.95
26046716--26046788	26	2.8	26	83	4	76	42	12	16	28	1.84
26049454--26049641	34	5.5	34	82	0	214	23	11	28	36	1.89
26049454--26049641	68	2.8	67	83	3	241	23	11	28	36	1.89
26054093--26054266	27	6.4	27	84	4	197	29	27	14	27	1.96
26054110--26054265	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
26082684--26082838	26	5.8	26	82	6	161	27	14	28	29	1.95
26082683--26082860	27	6.6	27	81	7	191	28	14	28	29	1.95
26087917--26087985	33	2.1	33	86	0	93	42	15	23	18	1.89
26091733--26091765	16	2.1	16	88	11	50	72	0	0	27	0.85
26091763--26091808	22	2.1	22	88	4	67	60	0	0	39	0.97
26092009--26092256	9	26.2	9	63	19	51	30	4	2	62	1.29
26092077--26092244	10	17.2	10	64	18	61	30	2	2	63	1.22
26092076--26092135	27	2.3	27	80	8	70	25	3	1	70	1.12
26092077--26092167	38	2.4	38	83	7	105	24	2	3	70	1.14
26092845--26092901	30	2.0	28	86	6	78	38	1	21	38	1.64
26092889--26092924	18	1.9	19	88	5	56	38	0	27	33	1.57
26099325--26099385	32	1.9	31	86	3	86	68	6	0	24	1.13
26102001--26102079	39	2.0	39	100	0	158	35	29	17	17	1.93
26106306--26106358	28	1.9	28	81	11	65	49	11	9	30	1.70
26116427--26116530	14	7.3	14	71	10	50	20	1	31	46	1.62
26116462--26116530	7	9.7	7	76	3	66	17	0	34	47	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26116508--26116581	39	1.9	39	83	2	96	17	1	41	39	1.58
26117831--26118109	86	3.2	86	88	1	380	31	7	17	43	1.77
26117831--26118187	86	4.1	85	83	5	351	31	8	17	42	1.80
26118184--26118260	40	1.9	40	89	5	120	33	5	11	49	1.62
26121487--26121861	43	8.7	43	86	4	361	26	17	27	28	1.98
26121507--26121861	86	4.1	86	86	2	446	26	17	28	28	1.98
26121507--26121861	129	2.8	128	85	3	453	26	17	28	28	1.98
26127015--26127090	26	2.9	26	84	7	84	32	17	10	39	1.83
26129012--26129091	26	3.1	26	90	0	124	32	21	16	30	1.95
26131581--26131736	42	3.7	41	73	17	149	25	18	26	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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