genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.216.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65706892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  216  of  218  ( 26060 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64926876--64926900	8	3.1	8	100	0	50	48	0	0	52	1.00
64934413--64934855	221	2.0	219	98	0	850	39	20	10	30	1.85
64947976--64948066	32	2.8	31	80	6	101	46	13	16	24	1.82
64954678--64954703	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
64959716--64959748	17	1.9	17	88	11	50	57	6	3	33	1.38
64965212--64965246	18	2.0	17	88	5	52	31	20	25	22	1.98
64968315--64968389	31	2.4	31	100	0	150	32	25	24	18	1.97
64968803--64968847	20	2.2	20	80	0	54	13	6	2	77	1.05
64976429--64976479	16	3.2	16	83	5	68	43	3	27	25	1.72
64976668--64976878	57	3.8	57	76	16	221	51	5	0	42	1.30
64976678--64976874	107	1.8	110	91	4	328	50	5	1	43	1.32
64976703--64976872	20	8.0	20	65	20	53	50	4	1	43	1.30
64980640--64980713	36	2.0	37	92	2	123	37	4	32	25	1.75
64981572--64981602	15	2.1	15	93	0	53	48	22	16	12	1.80
64982413--64982461	24	2.0	24	100	0	98	40	8	20	30	1.81
64985505--64985669	23	7.2	23	74	7	138	55	4	6	33	1.47
64985505--64985669	47	3.6	46	79	7	165	55	4	6	33	1.47
64985508--64985646	70	2.0	70	81	5	165	55	5	6	32	1.49
64991690--64991732	15	2.8	16	82	10	54	46	9	0	44	1.35
64992171--64992208	18	2.1	18	90	0	58	34	0	5	60	1.19
64992291--64992365	21	3.5	21	70	20	66	68	0	1	30	0.98
64992497--64992526	5	6.0	5	96	0	51	43	40	16	0	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65001988--65002076	37	2.4	37	78	0	106	46	17	22	13	1.83
65003852--65003933	35	2.3	36	79	6	87	25	9	26	37	1.87
65003900--65003939	21	1.9	21	84	0	53	20	10	30	40	1.85
65018822--65018856	16	2.2	16	89	0	52	51	17	8	22	1.72
65024813--65024855	21	2.1	21	86	4	61	39	6	4	48	1.51
65026876--65027059	87	2.1	87	90	0	287	38	14	21	26	1.91
65027261--65027356	35	2.8	34	77	12	106	46	14	9	29	1.76
65029555--65029740	87	2.1	87	87	2	257	36	15	23	25	1.93
65029908--65029995	34	2.6	34	83	8	108	42	18	10	29	1.83
65029937--65030037	35	2.9	34	80	5	105	47	16	8	26	1.76
65029908--65030037	69	1.9	69	82	6	165	45	16	9	28	1.78
65029907--65030036	34	3.8	34	72	13	97	44	16	10	28	1.80
65030804--65030879	31	2.5	30	81	10	84	34	7	15	42	1.76
65035040--65035070	16	1.9	16	93	0	53	54	19	3	22	1.58
65041812--65041841	6	5.0	6	91	0	51	36	63	0	0	0.95
65049454--65049510	28	2.0	28	100	0	114	28	10	12	49	1.73
65049454--65049527	28	2.7	28	87	6	71	31	12	10	45	1.76
65051010--65051095	45	1.9	45	87	0	127	20	19	16	43	1.88
65054095--65054151	29	2.0	29	100	0	114	38	21	12	28	1.89
65056288--65056347	27	2.3	26	91	8	95	63	0	1	35	1.05
65056305--65056362	30	2.0	29	83	12	75	63	0	3	32	1.11
65056348--65056373	11	2.4	11	100	0	52	53	0	7	38	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65056937--65056993	27	2.1	27	87	6	80	50	3	12	33	1.57
65058110--65058266	72	2.2	73	82	1	190	42	8	18	29	1.81
65058114--65058237	36	3.4	36	75	0	113	41	8	19	29	1.81
65058718--65058830	49	2.3	49	79	13	133	38	17	21	22	1.93
65059254--65059511	81	3.2	81	79	3	252	34	27	14	22	1.93
65062696--65062819	62	2.0	61	96	1	230	33	16	27	23	1.95
65064940--65065225	121	2.3	121	89	5	412	30	12	20	35	1.91
65065147--65065489	147	2.3	147	88	0	499	28	15	20	35	1.93
65067567--65067612	20	2.3	20	89	10	69	58	6	0	34	1.24
65069672--65069752	42	1.9	42	89	0	126	38	13	32	16	1.87
65070465--65070506	21	1.9	23	85	9	61	11	28	19	40	1.87
65083158--65083253	50	1.9	50	86	0	138	26	11	14	47	1.78
65086998--65087047	26	1.9	26	95	0	91	36	8	20	36	1.82
65087261--65087303	21	2.0	21	90	0	68	11	13	27	46	1.78
65087374--65087728	42	8.4	42	86	3	419	32	21	20	25	1.97
65088171--65088221	21	2.4	21	81	12	68	1	37	23	37	1.66
65093743--65094064	9	36.6	9	74	9	211	32	4	15	48	1.64
65093850--65094064	54	3.8	54	81	10	250	33	2	12	51	1.53
65098030--65098241	115	1.8	115	80	4	257	29	22	17	30	1.97
65108719--65108789	29	2.4	29	86	4	90	28	11	15	45	1.80
65111937--65111972	17	2.1	18	89	5	56	50	0	2	47	1.15
65112520--65112737	109	2.0	109	99	0	427	31	16	14	37	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65113758--65113803	21	2.2	21	84	7	58	39	0	17	43	1.49
65114347--65114394	24	2.0	23	88	4	69	16	22	20	39	1.92
65115189--65115237	19	2.6	19	96	0	89	20	4	26	48	1.67
65119135--65119178	22	2.0	22	81	4	52	38	11	6	43	1.67
65121062--65121095	16	2.1	17	88	5	52	50	0	0	50	1.00
65123909--65123943	16	2.2	16	94	0	61	31	14	5	48	1.67
65127599--65127689	29	3.0	29	79	7	76	47	7	8	36	1.63
65127599--65127656	30	2.0	30	83	10	75	50	5	6	37	1.52
65127609--65127689	29	2.7	30	80	5	83	46	7	8	37	1.63
65130076--65130100	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
65131449--65131490	10	4.3	10	80	17	52	19	2	7	71	1.20
65131449--65131490	19	2.2	19	86	0	57	19	2	7	71	1.20
65150433--65150509	34	2.3	34	90	0	118	44	11	9	35	1.73
65157850--65157917	31	2.2	30	84	7	84	48	8	19	23	1.76
65161215--65161329	56	2.0	57	93	1	196	32	24	12	31	1.92
65168850--65169171	109	3.0	108	85	5	418	34	18	17	29	1.94
65169381--65169459	39	2.0	39	82	0	95	62	3	5	29	1.34
65171351--65171493	43	3.4	43	73	15	136	25	19	23	32	1.98
65171389--65171533	40	3.5	40	78	5	164	28	18	22	31	1.97
65171358--65171581	83	2.7	83	88	2	306	25	20	21	32	1.97
65171644--65172070	90	4.8	88	76	11	359	27	24	19	28	1.99
65171568--65171978	44	9.2	44	71	11	235	27	23	20	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65171546--65171978	224	1.9	224	95	0	776	28	24	19	27	1.99
65171687--65172164	134	3.6	134	90	2	536	27	24	20	28	1.99
65171525--65172023	224	2.2	222	90	2	750	27	23	20	28	1.99
65173380--65173426	7	7.0	7	85	9	71	14	17	0	68	1.22
65173383--65173425	13	3.3	13	87	6	61	13	16	0	69	1.19
65173380--65173426	20	2.3	20	96	0	85	14	17	0	68	1.22
65174341--65174439	28	3.1	33	75	22	113	12	8	8	71	1.30
65174368--65174408	21	2.0	21	85	4	57	7	4	7	80	1.02
65174349--65174438	6	15.8	6	75	15	50	13	6	8	71	1.31
65174337--65174449	33	3.4	33	72	12	97	10	9	7	72	1.28
65177836--65178144	109	2.9	108	87	2	426	34	19	16	29	1.94
65178353--65178414	18	3.3	18	71	20	54	64	3	4	27	1.29
65181010--65181086	40	1.9	40	83	0	100	28	16	20	33	1.95
65181117--65181148	12	2.7	12	90	0	55	15	21	34	28	1.94
65182572--65182635	4	15.2	4	74	18	51	71	4	21	1	1.12
65182600--65182637	20	1.9	20	89	10	60	68	5	26	0	1.11
65182596--65182628	15	2.1	17	88	11	52	72	6	21	0	1.05
65198850--65198896	19	2.5	19	85	0	58	48	8	8	34	1.64
65199213--65199277	7	9.7	7	93	6	109	72	0	0	27	0.85
65199495--65199594	31	3.3	30	70	16	80	35	14	16	35	1.88
65199501--65199645	60	2.4	60	83	0	173	35	15	15	34	1.89
65200595--65200632	3	12.7	3	100	0	76	0	31	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65202313--65202466	48	3.3	48	75	10	147	29	32	10	27	1.90
65207042--65207074	17	1.9	17	93	0	57	51	12	3	33	1.54
65213830--65213877	16	3.0	16	75	9	53	27	0	4	68	1.07
65217339--65217403	4	16.2	4	100	0	130	50	24	0	24	1.49
65234404--65234656	129	2.0	129	91	0	416	32	13	20	33	1.91
65235595--65235673	35	2.2	36	88	4	115	31	8	1	58	1.37
65235609--65235684	35	2.1	35	80	7	82	34	9	3	52	1.52
65243039--65243070	16	1.9	17	93	6	57	59	0	0	40	0.97
65245333--65245479	74	2.0	74	95	0	267	44	20	14	20	1.86
65246068--65246097	1	30.0	1	93	0	51	0	96	0	3	0.21

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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