genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.36.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65706892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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This is table  36  of  218  ( 26060 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11258010--11258094	34	2.6	34	86	3	111	43	18	3	34	1.68
11263996--11264205	43	4.9	43	70	4	136	25	17	26	30	1.97
11264003--11264205	86	2.3	86	79	5	196	24	17	26	31	1.97
11264217--11264312	43	2.2	43	83	0	111	32	28	18	20	1.97
11264233--11264331	43	2.3	43	82	3	128	26	30	22	21	1.99
11265709--11265750	21	2.0	21	100	0	84	33	28	19	19	1.96
11266217--11266257	20	2.0	20	95	0	73	36	26	17	19	1.94
11267329--11267376	11	4.4	11	97	0	78	31	41	8	18	1.80
11271751--11272181	27	16.0	27	86	2	501	44	19	18	18	1.87
11277894--11278194	27	11.1	27	78	3	266	46	16	17	18	1.85
11277903--11278194	81	3.6	81	84	2	345	45	17	18	18	1.85
11298369--11298394	12	2.2	12	100	0	52	15	19	15	50	1.79
11301371--11301414	21	2.0	21	82	4	52	29	11	20	38	1.87
11301607--11301650	22	1.9	24	86	9	65	40	13	2	43	1.57
11302241--11302395	78	2.0	78	88	2	229	35	18	18	28	1.94
11302242--11302401	40	4.1	40	86	2	225	35	18	18	28	1.94
11306011--11306044	11	3.1	11	88	12	52	23	0	0	76	0.79
11329400--11329554	43	3.7	43	77	10	174	23	17	27	31	1.97
11341454--11341650	41	4.8	41	97	1	360	26	19	23	30	1.98
11341454--11341692	82	2.9	82	90	3	322	27	20	23	28	1.99
11341454--11341692	123	1.9	123	87	5	349	27	20	23	28	1.99
11344155--11344355	27	7.4	27	85	3	242	30	26	14	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11345568--11345594	14	1.9	14	100	0	54	0	7	3	88	0.61
11350020--11350062	19	2.2	20	84	8	54	9	16	6	67	1.40
11363390--11363433	24	1.9	23	86	9	63	45	6	4	43	1.51
11370325--11370389	28	2.4	28	92	2	105	40	10	1	47	1.48
11370678--11370742	28	2.4	28	92	2	105	40	10	1	47	1.48
11371382--11371440	19	3.2	19	82	4	84	40	10	0	49	1.37
11371655--11371719	19	3.5	18	78	14	78	50	1	9	38	1.44
11372027--11372103	27	2.9	27	98	0	145	19	32	23	24	1.97
11378718--11378773	18	3.1	18	80	15	62	60	1	0	37	1.07
11379127--11379351	86	2.6	87	78	7	221	42	10	12	34	1.76
11379708--11379756	17	2.8	18	81	12	57	59	0	0	40	0.98
11395994--11396042	23	2.1	23	84	3	62	59	0	6	34	1.22
11397945--11398132	61	3.1	61	75	5	164	30	1	29	39	1.64
11403961--11404002	17	2.3	18	80	8	50	38	7	14	40	1.73
11407542--11407595	10	5.6	9	78	12	54	33	1	1	62	1.16
11407749--11407785	15	2.5	15	87	12	58	64	2	0	32	1.07
11411617--11411660	15	2.9	15	86	0	52	56	0	9	34	1.31
11411745--11411774	15	2.0	15	93	0	51	60	3	6	30	1.39
11412514--11412553	20	2.0	20	90	0	62	65	5	0	30	1.14
11415685--11415760	25	3.0	25	79	9	82	40	18	15	25	1.90
11415712--11415791	26	3.0	27	78	8	85	40	22	16	21	1.91
11415749--11415811	27	2.4	27	83	2	83	39	26	15	17	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11419018--11420660	819	2.0	819	99	0	3277	28	15	18	36	1.92
11425912--11425976	25	2.6	25	79	16	71	64	0	1	33	1.03
11425911--11425981	18	3.9	18	72	7	63	63	0	1	35	1.03
11430048--11430079	3	10.7	3	100	0	64	34	0	31	34	1.58
11430118--11430204	23	3.8	23	77	8	72	25	3	6	64	1.34
11430499--11430538	18	2.1	20	90	9	66	47	0	0	52	1.00
11434428--11434528	23	4.2	25	79	12	113	43	21	15	18	1.88
11434423--11434539	46	2.5	46	81	5	119	42	20	17	19	1.89
11434461--11434538	23	3.4	22	82	7	93	43	20	19	16	1.88
11435879--11436185	151	2.0	153	86	2	431	30	20	16	32	1.95
11444720--11444771	25	2.1	25	85	0	68	59	3	5	30	1.39
11444733--11444794	23	2.6	22	78	12	61	54	6	4	33	1.47
11444821--11444856	3	12.0	3	88	11	56	69	0	0	30	0.89
11444825--11444856	16	2.0	16	100	0	64	68	0	0	31	0.90
11445336--11445389	19	2.8	19	94	0	99	37	16	9	37	1.81
11445313--11445389	38	1.9	41	87	10	115	40	16	7	35	1.78
11457680--11457748	29	2.4	29	80	14	72	26	2	11	59	1.46
11459277--11459308	16	2.0	17	88	11	50	65	0	0	34	0.93
11465026--11465060	17	2.1	17	88	0	52	5	14	5	74	1.19
11465252--11465313	30	2.2	28	82	8	72	45	3	0	51	1.17
11468041--11468111	11	6.6	11	75	16	60	61	0	2	35	1.10
11468027--11468128	41	2.5	42	88	7	163	66	0	1	31	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11468094--11468132	19	2.1	19	90	0	60	74	0	0	25	0.82
11469285--11469332	22	2.2	22	84	0	60	60	16	12	10	1.58
11470171--11470208	14	2.8	14	84	4	51	44	10	18	26	1.82
11474914--11474949	4	8.8	4	87	6	54	75	5	0	19	1.00
11475185--11475231	14	3.6	13	80	11	51	70	2	0	27	0.99
11475457--11475513	28	2.0	29	82	3	71	49	0	7	43	1.29
11475547--11475584	15	2.5	15	87	8	51	63	0	2	34	1.09
11477385--11477417	16	2.1	16	88	11	50	54	0	6	39	1.25
11478413--11478473	21	3.0	21	85	7	72	29	1	3	65	1.18
11480036--11480077	21	2.0	21	100	0	84	33	19	14	33	1.91
11480038--11480084	21	2.2	21	92	0	76	36	21	14	27	1.93
11482882--11482914	12	2.8	12	86	4	50	33	0	0	66	0.92
11482917--11482956	18	2.2	18	86	8	55	67	12	0	20	1.22
11491609--11491654	23	2.0	23	86	0	65	17	4	28	50	1.65
11492391--11492415	12	2.1	12	100	0	50	68	0	16	16	1.22
11492737--11492780	20	2.2	20	84	4	63	38	11	0	50	1.39
11493129--11493169	16	2.5	16	88	4	55	60	0	2	36	1.10
11493127--11493167	18	2.3	19	79	12	50	63	0	2	34	1.08
11493162--11493199	6	6.3	6	100	0	76	81	0	0	18	0.69
11493072--11493173	41	2.6	36	75	22	98	55	1	5	36	1.35
11493451--11493484	11	3.0	11	91	4	50	32	0	0	67	0.91
11499685--11499808	55	2.3	55	88	0	176	23	20	35	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11500773--11500801	12	2.3	13	94	5	51	82	0	0	17	0.66
11502469--11502584	57	2.0	57	96	0	214	30	4	19	45	1.70
11503307--11503373	26	2.6	25	81	6	80	25	20	25	28	1.99
11514954--11514993	17	2.4	17	100	0	80	40	12	12	35	1.81
11515654--11515711	29	2.0	29	96	0	107	48	12	3	36	1.57
11519529--11520662	564	2.0	564	91	1	1842	31	17	21	29	1.96
11530462--11530555	46	2.0	46	81	4	109	26	18	25	29	1.98
11531995--11532148	21	7.3	21	65	13	75	13	20	18	48	1.81
11531994--11532234	42	5.7	42	86	1	295	14	21	17	46	1.83
11532070--11532178	21	5.2	21	66	4	85	11	23	19	45	1.82
11532061--11532208	21	7.0	21	61	13	54	12	23	18	45	1.84
11532205--11532251	21	2.4	19	85	7	58	12	21	17	48	1.79
11538278--11538366	30	3.0	29	78	6	90	26	21	28	23	1.99
11538305--11538379	28	2.6	29	85	6	91	26	21	26	25	1.99
11538305--11538392	28	3.1	29	81	6	81	29	19	25	26	1.98
11538500--11538594	26	3.7	26	81	0	118	32	22	25	20	1.97
11538812--11539212	27	14.8	27	80	5	441	23	14	19	42	1.88
11538812--11539215	54	7.4	55	86	5	486	23	14	19	42	1.88
11539866--11539890	13	1.9	13	100	0	50	52	0	40	8	1.31
11544808--11544903	28	3.4	28	88	0	138	31	11	25	32	1.91
11553104--11553143	6	6.3	6	88	11	62	30	2	2	65	1.19
11553183--11553217	17	1.9	19	88	11	56	25	11	5	57	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11554212--11554249	20	1.9	20	84	10	51	52	10	5	31	1.58
11558719--11558752	16	2.2	15	89	5	50	55	0	0	44	0.99
11563578--11563674	42	2.3	42	92	5	162	51	7	34	7	1.57
11574407--11574447	18	2.3	18	95	0	73	41	14	19	24	1.89
11579038--11579091	3	18.0	3	84	0	72	33	40	0	25	1.56
11579042--11579100	6	9.3	6	82	10	64	33	45	0	20	1.51
11596383--11596937	267	2.1	267	89	0	851	27	20	26	25	1.99
11602000--11602280	134	2.1	134	97	1	539	50	14	12	22	1.77
11613283--11613312	6	5.0	6	91	0	51	63	0	3	33	1.11
11630244--11630274	15	2.1	15	94	5	55	22	0	6	70	1.09

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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