genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.19.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65706892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6551826--6551917	33	2.8	33	80	3	105	17	43	10	28	1.82
6553469--6553742	35	8.1	34	84	6	326	41	17	22	18	1.90
6553469--6553702	67	3.5	66	90	3	328	40	17	23	18	1.91
6553479--6553742	102	2.6	102	92	1	417	40	17	23	18	1.91
6553479--6553742	67	3.9	65	88	5	314	40	17	23	18	1.91
6560880--6561014	25	5.4	25	76	7	98	33	18	27	20	1.96
6563583--6563639	9	6.2	9	80	11	62	56	17	0	26	1.41
6563570--6563637	28	2.5	28	92	2	111	52	16	1	29	1.52
6563583--6563630	14	3.4	14	76	21	55	56	18	0	25	1.42
6563570--6563647	28	2.8	28	88	5	97	52	17	1	28	1.53
6563551--6563681	68	1.9	67	87	4	192	51	19	0	29	1.52
6563625--6563681	27	2.2	25	82	17	71	50	19	0	29	1.47
6569508--6569554	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
6575355--6575411	24	2.4	23	85	8	71	21	8	1	68	1.26
6575491--6575564	38	1.9	39	83	8	98	36	1	6	55	1.35
6575498--6575561	18	3.6	17	75	6	65	39	1	7	51	1.40
6576567--6576640	37	2.0	37	97	0	139	20	18	21	39	1.93
6578179--6578208	15	2.0	15	100	0	60	66	0	6	26	1.16
6578183--6578217	15	2.3	15	90	0	52	71	0	8	20	1.11
6578178--6578217	18	2.2	18	86	8	55	70	0	7	22	1.12
6588043--6588220	46	3.9	46	83	0	203	31	21	20	26	1.98
6591120--6591170	23	2.2	23	85	0	66	33	7	15	43	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6600509--6600568	9	6.7	9	84	7	77	46	20	6	26	1.75
6605108--6605198	31	3.0	31	81	12	125	27	17	12	42	1.85
6605119--6605198	29	2.7	29	86	11	101	28	18	10	42	1.83
6611838--6611885	17	2.7	18	78	12	55	66	4	2	27	1.21
6611903--6611937	18	1.9	18	88	0	52	74	11	0	14	1.08
6611986--6612030	23	2.0	24	82	8	58	66	2	8	22	1.30
6613531--6613565	19	1.9	17	88	11	52	68	0	11	20	1.20
6615706--6615747	19	2.2	20	86	4	59	45	4	0	50	1.23
6615938--6616046	44	2.5	44	89	0	164	40	24	0	34	1.56
6617622--6617674	21	2.4	21	78	6	61	11	5	1	81	0.94
6617793--6617905	49	2.3	49	78	0	109	37	10	4	47	1.58
6630597--6630641	9	5.1	9	82	15	58	44	0	2	53	1.13
6630987--6631018	17	2.0	17	88	11	50	62	15	21	0	1.32
6633993--6634086	47	2.0	47	100	0	188	44	14	14	25	1.84
6638893--6638955	26	2.4	26	83	2	81	60	1	0	38	1.07
6641148--6641260	20	5.7	21	70	20	75	19	15	7	56	1.64
6641148--6641276	20	6.6	18	70	20	50	20	14	7	56	1.63
6641148--6641274	40	3.2	41	70	24	103	21	14	7	55	1.64
6641065--6641275	81	2.7	75	79	14	194	19	14	9	56	1.65
6641357--6641398	22	2.0	22	90	9	70	21	9	14	54	1.68
6641804--6641915	56	2.0	58	83	3	147	49	11	19	19	1.79
6643912--6643961	26	1.9	26	95	0	91	30	32	24	14	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6643937--6644118	77	2.4	76	90	4	287	31	28	19	20	1.97
6644443--6644507	30	2.2	29	81	8	76	30	27	6	35	1.81
6644450--6644507	30	1.9	30	85	0	80	31	24	6	37	1.82
6645739--6645964	33	6.9	31	73	14	152	45	13	23	16	1.84
6645757--6645966	66	3.2	66	85	4	289	46	14	23	16	1.83
6645773--6645968	33	5.9	33	77	4	191	45	14	24	15	1.84
6645944--6646023	28	2.9	28	76	0	88	37	15	26	21	1.92
6645944--6646039	28	3.4	28	75	5	86	34	16	29	19	1.94
6647569--6647613	22	2.1	21	83	4	54	33	4	17	44	1.69
6649557--6649626	24	2.8	25	82	2	88	34	21	24	20	1.97
6649561--6649775	25	8.7	25	67	18	85	36	21	23	18	1.95
6652520--6652593	31	2.5	30	86	4	105	47	10	6	35	1.65
6655329--6655353	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
6659471--6659616	41	3.5	41	85	0	193	24	28	18	28	1.98
6659964--6660732	114	6.8	114	97	1	1424	41	14	3	40	1.63
6660254--6660286	12	2.8	12	90	4	50	51	9	3	36	1.49
6659964--6660732	226	3.4	226	96	2	1429	41	14	3	40	1.63
6660366--6660398	12	2.8	12	90	4	50	51	9	3	36	1.49
6673824--6673864	13	3.1	13	96	3	73	14	17	0	68	1.22
6677247--6677435	59	3.2	59	73	11	204	42	1	2	53	1.22
6677306--6677491	61	3.1	60	72	12	200	43	2	3	50	1.32
6677246--6677491	120	2.0	120	96	0	456	43	1	3	51	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6677283--6677466	59	3.1	59	72	12	203	41	1	4	52	1.31
6677637--6677728	44	2.1	44	85	6	123	36	29	2	31	1.69
6685739--6685806	33	2.1	33	97	0	127	39	0	30	29	1.57
6686759--6686786	13	2.2	13	100	0	56	50	0	7	42	1.30
6695774--6695803	6	5.2	6	92	8	53	53	0	16	30	1.44
6695774--6695803	11	2.6	12	94	5	53	53	0	16	30	1.44
6697503--6697556	27	2.0	28	92	3	92	22	24	27	25	2.00
6697401--6697733	102	3.3	102	93	0	549	20	21	27	30	1.98
6698933--6698958	13	2.0	13	100	0	52	84	0	0	15	0.62
6702345--6703463	150	7.3	151	86	5	1369	52	6	9	31	1.60
6703753--6703797	23	2.0	23	87	12	67	48	0	0	51	1.00
6709888--6709912	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
6711147--6711177	6	5.3	6	92	7	55	64	0	0	35	0.94
6711149--6711173	11	2.3	11	100	0	50	68	0	0	32	0.90
6729293--6729337	23	2.0	23	86	8	65	46	2	2	48	1.26
6729442--6729489	20	2.2	22	82	10	55	8	10	2	79	1.02
6729868--6730167	105	2.9	105	88	1	440	36	8	12	43	1.72
6739206--6739245	19	2.1	19	85	0	53	42	22	5	30	1.75
6741194--6741235	22	1.9	22	90	9	68	47	33	2	16	1.60
6741214--6741283	31	2.3	31	85	7	90	50	27	2	20	1.62
6741308--6741375	28	2.4	28	80	9	75	14	39	23	22	1.91
6742601--6742657	30	1.9	30	85	3	80	36	3	10	49	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6752562--6752591	11	2.7	11	89	0	51	0	50	0	50	1.00
6753418--6753461	22	2.0	22	86	4	63	38	2	6	52	1.41
6770340--6770410	35	2.0	35	100	0	142	29	19	14	36	1.91
6772134--6772174	13	3.1	14	86	6	50	21	7	24	46	1.77
6772231--6772282	25	2.0	26	85	3	70	25	3	21	50	1.65
6773596--6773627	16	2.0	16	100	0	64	56	6	12	25	1.59
6774958--6775051	47	2.0	47	89	0	143	29	14	22	32	1.94
6775543--6775964	9	46.6	9	68	25	141	46	14	0	38	1.47
6775582--6775614	16	2.1	16	94	0	57	45	21	0	33	1.52
6775601--6775916	31	9.5	31	80	13	310	46	14	0	38	1.47
6775589--6775968	137	2.7	140	85	8	493	46	15	0	37	1.48
6775632--6775914	103	2.7	103	90	3	444	46	14	0	38	1.48
6775769--6775969	78	2.7	75	88	6	284	46	15	0	37	1.50
6781606--6781656	21	2.4	21	86	0	66	35	15	43	5	1.71
6781555--6781722	87	1.9	87	87	4	250	39	16	30	13	1.86
6781617--6781657	21	2.0	21	95	0	73	34	14	43	7	1.73
6781706--6781745	21	1.9	21	89	0	62	37	12	42	7	1.71
6782067--6782326	43	6.1	43	86	3	325	21	20	26	31	1.98
6783894--6784026	45	3.0	44	77	13	123	30	27	16	25	1.97
6783865--6784016	41	3.6	42	74	14	125	26	28	17	26	1.98
6793160--6793201	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
6795000--6795046	3	15.7	3	78	8	51	65	2	2	29	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6804595--6804780	96	2.0	91	82	7	221	48	10	16	24	1.78
6807454--6807510	26	2.2	26	84	9	73	43	12	5	38	1.65
6810000--6810078	25	3.2	26	78	10	101	50	10	7	31	1.64
6810009--6810084	24	3.1	25	75	21	72	48	9	9	32	1.67
6810009--6810091	25	3.4	23	77	11	67	49	8	9	32	1.66
6811579--6812248	45	15.0	45	82	1	679	30	24	15	30	1.95
6811579--6812219	133	4.8	133	84	3	745	29	24	15	30	1.95
6813540--6813572	6	5.5	6	92	0	57	0	18	0	81	0.68
6814186--6814228	18	2.4	18	88	0	59	62	6	18	11	1.50
6816119--6816164	19	2.4	20	85	7	60	43	8	19	28	1.80

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