genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65706892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  66  of  218  ( 26060 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19930540--19930634	45	2.1	44	84	1	118	27	22	27	23	1.99
19931164--19931206	20	2.3	18	84	8	50	62	18	4	13	1.48
19936702--19936879	94	1.9	94	89	0	275	33	19	20	26	1.97
19937213--19937255	20	2.2	20	88	8	63	62	20	2	13	1.42
19937403--19937432	16	1.9	16	93	6	53	53	13	26	6	1.64
19939715--19939756	21	2.0	21	100	0	84	28	19	28	23	1.98
19944079--19944108	9	3.3	9	90	0	51	36	6	0	56	1.26
19944432--19944487	29	1.9	29	85	0	76	33	5	3	57	1.39
19947138--19947369	113	2.1	113	90	3	369	37	9	22	30	1.85
19948105--19948157	18	3.0	17	91	5	79	39	1	1	56	1.21
19949374--19949444	25	2.8	25	77	10	81	39	11	16	32	1.84
19951758--19951800	20	2.1	22	83	12	56	46	16	4	32	1.67
19955294--19955859	124	4.5	124	86	2	740	29	16	23	30	1.96
19959025--19959457	22	20.0	22	83	5	517	24	0	30	45	1.53
19959025--19959457	43	10.0	43	84	4	480	24	0	30	45	1.53
19959025--19959457	65	6.7	63	81	6	492	24	0	30	45	1.53
19960877--19960914	20	1.9	20	84	10	51	55	7	2	34	1.43
19961817--19961850	16	2.1	16	88	0	50	47	0	0	52	1.00
19961898--19961963	12	5.9	11	74	22	66	45	0	27	27	1.54
19961898--19961959	22	2.9	21	83	7	79	45	0	25	29	1.54
19970084--19970125	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
19974980--19975011	16	2.0	16	93	0	55	25	0	3	71	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19975759--19975809	15	3.4	15	75	0	57	52	0	0	47	1.00
19977359--19977394	15	2.5	14	86	8	54	44	8	0	47	1.33
19981286--19981368	33	2.4	33	82	9	96	39	12	10	37	1.78
19984820--19984932	19	5.8	19	85	4	145	39	11	14	34	1.82
19984821--19984927	40	2.7	40	89	2	164	40	12	13	34	1.81
19985739--19985765	12	2.2	12	100	0	54	25	7	0	66	1.17
19985697--19985756	25	2.5	24	83	5	84	30	6	3	60	1.39
19986429--19986625	98	2.0	98	92	0	331	28	9	24	37	1.87
19992922--19993238	44	7.2	44	63	15	145	30	20	23	25	1.99
19992809--19993393	264	2.2	264	88	2	800	30	20	24	24	1.98
19992810--19993330	132	3.9	132	93	0	889	30	20	24	24	1.99
19993401--19993923	44	11.9	43	77	12	462	28	21	25	25	1.99
19993322--19993877	173	3.2	172	91	2	828	28	21	24	26	1.99
19993401--19993928	89	6.0	89	79	11	604	28	21	25	25	1.99
19994094--19994206	19	5.8	19	83	4	145	40	11	14	33	1.81
19994095--19994202	40	2.8	40	87	5	159	40	12	12	34	1.81
19994962--19995010	25	2.0	25	95	0	89	30	8	4	57	1.47
19995689--19995879	98	1.9	98	93	0	328	28	9	23	38	1.87
19997098--19997157	3	20.0	3	96	0	111	31	0	1	66	1.01
19997598--19997624	7	3.9	7	100	0	54	29	14	0	55	1.40
19997653--19997690	18	2.0	20	90	10	62	50	2	0	47	1.15
19998355--19998398	23	1.9	23	85	0	61	38	4	15	40	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20005909--20005954	16	2.9	16	84	12	60	39	15	6	39	1.73
20006493--20006552	28	2.2	27	81	3	66	46	0	5	48	1.24
20006525--20006594	32	2.2	32	82	12	83	47	0	4	48	1.21
20006663--20006695	16	2.0	17	88	5	50	39	0	0	60	0.97
20007043--20007079	14	2.7	13	88	12	56	81	0	16	2	0.81
20007948--20008017	27	2.6	27	90	4	106	30	34	20	15	1.93
20008029--20008120	43	2.1	43	95	0	166	27	30	20	21	1.98
20013744--20013811	34	2.0	34	82	0	82	35	39	0	25	1.56
20013768--20013811	20	2.2	20	88	12	63	36	45	0	18	1.49
20013792--20013924	70	1.9	69	84	7	180	44	25	0	29	1.60
20013779--20013939	69	2.3	71	80	6	186	42	28	1	27	1.63
20014380--20014422	19	2.3	19	80	11	52	65	4	4	25	1.32
20014431--20014625	41	4.8	41	92	0	309	29	24	20	25	1.99
20018166--20018191	9	2.9	9	100	0	52	76	0	0	23	0.78
20018471--20018575	40	2.7	40	80	11	126	35	24	19	20	1.96
20018643--20018774	41	3.2	41	91	0	210	24	22	26	26	2.00
20019198--20019230	14	2.3	15	94	5	59	30	0	33	36	1.58
20019918--20020019	50	2.0	50	98	0	195	30	12	15	41	1.85
20023051--20023128	39	2.0	39	85	5	104	39	15	20	24	1.91
20023163--20023528	41	9.0	41	85	1	475	19	21	27	31	1.97
20023738--20023784	14	3.3	15	79	8	53	29	0	29	40	1.57
20023803--20023861	7	8.1	7	74	7	55	22	0	45	32	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20023796--20023851	14	3.9	14	73	13	51	23	0	44	32	1.53
20023750--20023832	42	2.0	42	82	0	103	27	0	36	36	1.57
20023796--20023849	21	2.5	21	87	3	72	24	0	42	33	1.55
20023803--20023849	22	2.2	21	88	3	67	23	0	44	31	1.54
20024033--20024069	15	2.5	15	91	4	58	27	0	37	35	1.57
20024553--20024598	19	2.5	19	89	3	67	78	2	2	17	0.96
20028415--20028771	43	8.4	43	83	6	377	23	17	30	29	1.97
20028457--20028771	127	2.5	130	82	7	378	24	17	30	27	1.97
20030076--20030174	43	2.3	43	96	0	180	19	17	33	30	1.94
20033160--20033185	8	3.2	8	100	0	52	23	26	0	50	1.50
20038813--20038878	32	2.1	32	100	0	132	27	12	21	39	1.88
20039628--20039707	30	2.8	28	83	7	97	37	18	5	38	1.73
20039624--20039719	29	3.3	30	82	4	115	41	16	5	36	1.71
20039624--20039739	29	3.9	30	76	8	78	37	17	6	37	1.76
20040090--20040145	10	5.5	10	81	10	69	69	0	28	1	0.98
20040092--20040144	24	2.3	23	84	12	72	69	0	28	1	0.99
20040086--20040145	21	3.0	21	83	9	72	68	0	30	1	0.99
20040090--20040139	14	3.1	17	72	19	52	68	0	30	2	1.01
20041423--20041453	15	2.1	15	100	0	62	25	6	6	61	1.45
20049497--20050625	78	14.6	77	85	6	1241	28	17	20	33	1.95
20049491--20050662	156	7.6	154	83	5	1403	28	17	20	34	1.95
20050793--20050942	58	2.6	59	78	7	171	36	21	3	38	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20050790--20050942	29	5.2	28	78	8	137	37	20	3	38	1.69
20051292--20051339	19	2.5	20	82	6	71	68	0	31	0	0.90
20051576--20051629	28	1.9	28	92	0	90	29	40	24	5	1.77
20056549--20056645	41	2.4	41	92	0	158	31	20	19	27	1.97
20056549--20056660	41	2.7	41	87	2	127	33	21	19	25	1.97
20056803--20056964	65	2.4	65	81	10	175	40	15	9	35	1.79
20056846--20056977	71	1.9	69	84	6	176	42	14	8	34	1.76
20063927--20063970	17	2.6	16	83	13	54	79	2	18	0	0.83
20065284--20065327	17	2.6	16	83	13	54	79	2	18	0	0.83
20066308--20066578	138	2.0	138	88	4	413	46	12	23	17	1.83
20078269--20078303	15	2.3	15	90	0	52	37	34	5	22	1.78
20086069--20086215	75	2.0	75	93	0	249	35	19	19	25	1.95
20087506--20087533	14	2.0	14	100	0	56	21	7	0	71	1.09
20089665--20089724	27	2.2	27	96	0	111	20	23	23	33	1.97
20094891--20094950	30	2.0	31	86	3	86	41	0	38	20	1.52
20095128--20095188	28	2.2	27	82	11	70	44	0	21	34	1.53
20095430--20095469	12	3.2	12	83	13	53	37	0	0	62	0.95
20096857--20096922	31	2.1	31	86	8	89	62	0	1	36	1.05
20101309--20101339	15	2.1	15	93	0	53	32	16	6	45	1.72
20102199--20102317	63	1.9	63	96	0	220	29	27	17	25	1.98
20102398--20102448	21	2.4	21	80	6	59	31	19	11	37	1.88
20107946--20107972	6	4.5	6	100	0	54	51	14	0	33	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20108493--20108545	25	2.2	24	82	3	61	26	3	15	54	1.57
20108681--20108756	22	2.9	28	66	24	65	26	0	23	50	1.50
20110385--20110500	21	5.4	21	80	14	130	41	0	2	56	1.13
20110584--20110628	18	2.4	19	85	3	56	22	0	2	75	0.91
20110605--20110642	20	2.0	20	89	5	60	36	0	0	63	0.95
20110564--20110643	30	2.6	32	71	15	78	33	0	2	63	1.08
20110515--20110763	117	2.1	114	85	6	331	36	2	4	56	1.33
20110680--20110766	30	3.0	27	79	17	79	42	1	1	55	1.15
20110707--20110752	15	3.1	15	77	22	53	41	0	0	58	0.98
20110760--20110810	21	2.3	23	83	10	61	49	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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