genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.47.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65706892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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This is table  47  of  218  ( 26060 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14517080--14517112	14	2.3	15	89	5	50	27	30	12	30	1.92
14522240--14522287	3	16.0	3	86	0	69	72	0	0	27	0.84
14522709--14522823	19	5.7	21	83	8	89	40	16	5	37	1.71
14522745--14522836	19	4.8	19	94	0	166	38	16	8	36	1.79
14522738--14522836	38	2.7	38	96	3	184	37	17	8	37	1.79
14524703--14524745	23	1.9	22	85	4	59	30	0	2	67	1.03
14528598--14528628	12	2.6	12	94	0	53	3	16	3	77	1.03
14542076--14542400	87	3.7	87	90	0	445	33	23	20	22	1.97
14542963--14542998	12	3.1	12	88	4	56	5	13	2	77	1.05
14546963--14547023	25	2.4	25	80	0	68	27	24	18	29	1.98
14555753--14555807	22	2.5	24	80	11	64	52	3	0	43	1.18
14556100--14556145	3	15.3	3	95	0	83	65	0	0	34	0.93
14556994--14557062	35	2.0	35	100	0	138	20	11	50	17	1.76
14558111--14558143	12	2.8	12	86	4	50	57	0	0	42	0.98
14561969--14562005	14	2.5	15	84	16	51	35	0	2	62	1.10
14562059--14562099	8	5.4	8	85	8	59	63	0	12	24	1.28
14562059--14562099	15	2.7	15	92	7	66	63	0	12	24	1.28
14563973--14564022	26	2.0	25	84	7	66	60	0	12	28	1.32
14570342--14570370	14	2.1	14	100	0	58	41	34	0	24	1.55
14571187--14571231	22	1.9	24	86	13	67	31	0	2	66	1.04
14571193--14571242	16	3.1	15	81	18	57	30	0	4	66	1.10
14572690--14572909	87	2.5	87	81	2	253	35	17	20	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14584622--14584664	22	2.0	21	90	4	68	30	11	0	58	1.34
14585092--14585132	18	2.3	18	87	4	57	12	0	36	51	1.40
14585171--14585253	32	2.6	32	88	7	116	36	10	10	42	1.75
14587525--14587617	47	2.0	47	95	0	168	44	10	6	38	1.65
14590404--14590491	39	2.3	39	90	4	133	20	23	26	29	1.99
14591817--14591859	22	2.0	22	95	0	77	32	2	0	65	1.06
14600084--14600224	40	3.6	39	75	12	128	33	25	14	26	1.95
14600089--14600224	37	3.5	40	73	12	129	34	26	13	25	1.93
14601181--14601235	28	2.0	27	82	10	67	36	9	0	54	1.32
14607152--14607283	40	3.3	40	76	7	144	31	21	18	28	1.97
14608197--14608261	9	7.5	8	73	21	51	29	4	0	66	1.12
14608197--14608265	22	3.0	23	82	16	72	28	5	0	65	1.16
14608216--14608261	14	3.4	14	76	8	51	32	2	0	65	1.05
14608197--14608264	26	2.6	26	84	13	79	27	5	0	66	1.15
14608219--14608272	26	2.1	25	86	3	72	35	3	0	61	1.14
14608229--14608286	26	2.2	26	81	6	64	39	5	1	53	1.33
14608791--14608816	10	2.6	10	100	0	52	76	7	0	15	0.99
14609240--14609279	20	2.0	20	100	0	80	30	10	15	45	1.78
14610653--14610700	16	3.0	16	71	0	51	58	10	2	29	1.43
14610640--14610700	32	1.9	32	89	0	95	54	13	1	31	1.49
14614312--14614340	14	2.1	14	100	0	58	24	34	0	41	1.55
14614793--14614850	22	2.6	23	83	8	75	46	5	43	5	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14615166--14615197	9	3.4	10	87	12	50	56	0	0	43	0.99
14616537--14616582	22	2.2	20	92	7	74	60	0	0	39	0.97
14618990--14619034	24	1.9	23	82	13	56	48	24	6	20	1.73
14620078--14620128	24	2.1	24	88	0	75	27	23	1	47	1.63
14620134--14620294	33	4.8	32	69	8	106	29	24	14	31	1.95
14620122--14620367	101	2.4	101	91	2	386	29	24	14	31	1.95
14622254--14622322	30	2.3	30	83	14	81	59	4	0	36	1.17
14623244--14623281	16	2.2	18	86	9	53	18	13	7	60	1.56
14624205--14624234	13	2.4	13	94	5	53	33	0	3	63	1.11
14624268--14624292	13	1.9	13	100	0	50	32	0	4	64	1.12
14624351--14624391	19	2.2	19	86	8	57	56	0	2	41	1.13
14624529--14624675	48	3.1	48	66	18	124	44	2	4	48	1.35
14630158--14630232	31	2.4	30	84	8	89	24	20	14	41	1.89
14631533--14631590	19	3.0	19	82	7	55	39	1	12	46	1.51
14631548--14631590	19	2.3	19	88	4	61	39	0	11	48	1.40
14635537--14635593	26	2.2	26	96	3	107	33	10	7	49	1.64
14638951--14639015	32	2.0	32	82	11	80	50	3	12	33	1.55
14640929--14640970	21	2.0	21	100	0	84	38	4	19	38	1.73
14645022--14645064	21	2.0	21	100	0	86	4	32	0	62	1.15
14645226--14645271	25	2.0	24	83	12	60	13	26	10	50	1.74
14646394--14646432	19	2.0	20	90	5	62	17	0	43	38	1.50
14648221--14648353	56	2.3	57	81	10	146	43	0	3	52	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14648311--14648343	11	3.0	11	91	8	50	42	0	0	57	0.98
14648449--14648553	45	2.5	40	79	18	124	32	28	5	33	1.81
14648459--14648555	44	2.2	45	87	5	135	34	27	5	32	1.79
14648535--14648603	16	4.3	16	92	0	120	20	33	5	40	1.76
14648662--14648741	42	1.9	42	100	0	160	41	7	22	28	1.81
14649590--14649900	23	12.7	23	70	12	190	28	13	18	39	1.88
14649590--14649740	23	6.4	24	80	5	191	25	15	19	39	1.92
14649592--14649741	47	3.2	47	94	0	246	25	16	20	38	1.92
14649680--14649902	78	2.9	76	82	4	277	29	12	17	40	1.86
14649850--14649903	24	2.3	24	83	3	65	31	11	16	40	1.84
14653256--14653387	46	3.0	42	75	8	129	40	19	16	23	1.91
14654399--14654449	15	3.5	15	76	15	52	33	7	1	56	1.39
14661088--14661113	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
14664860--14664990	37	3.5	38	73	5	115	35	12	16	34	1.87
14666008--14666107	26	3.8	26	85	5	148	38	23	24	15	1.92
14666317--14666568	134	1.9	134	85	4	357	19	20	18	42	1.90
14666300--14666581	27	10.5	27	84	4	349	19	21	17	41	1.90
14674113--14674225	41	2.8	41	86	0	127	27	27	20	24	1.99
14674154--14674232	41	1.9	41	94	0	140	29	24	20	26	1.99
14678673--14678733	30	2.0	32	87	6	90	39	0	40	19	1.52
14680218--14680339	43	2.9	42	79	7	138	38	24	17	19	1.93
14680202--14680336	42	3.2	43	79	6	134	39	22	17	20	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14681384--14681417	15	2.3	15	94	0	59	38	0	0	61	0.96
14691847--14691948	41	2.5	41	88	3	143	28	19	25	26	1.99
14692243--14692296	27	2.0	27	96	0	99	48	3	12	35	1.60
14696223--14696318	49	2.0	49	83	4	122	35	18	11	34	1.87
14699323--14699355	13	2.3	15	85	15	52	3	18	0	78	0.87
14707128--14707176	25	2.0	25	88	8	73	40	0	2	57	1.10
14710017--14710074	25	2.3	25	87	0	89	13	36	31	18	1.90
14711980--14712046	25	2.7	24	80	17	75	23	29	19	26	1.98
14712039--14712142	24	4.3	24	69	18	81	18	26	21	33	1.96
14712039--14712142	48	2.2	48	79	10	115	18	26	21	33	1.96
14712100--14712213	25	4.6	25	77	7	108	22	25	22	28	1.99
14714130--14714178	18	2.6	19	83	6	64	20	20	2	57	1.51
14714152--14714239	43	2.1	42	85	6	115	20	21	2	55	1.54
14721853--14721901	20	2.5	19	81	15	55	42	2	0	55	1.11
14722078--14722119	6	6.5	6	89	10	57	28	0	4	66	1.12
14722078--14722119	13	3.2	12	90	6	57	28	0	4	66	1.12
14722078--14722119	19	2.2	20	95	4	77	28	0	4	66	1.12
14722245--14722326	14	5.6	14	72	11	65	23	52	7	17	1.69
14729016--14729045	13	2.3	13	100	0	60	43	0	6	50	1.28
14729556--14729607	3	17.3	3	100	0	104	67	0	32	0	0.91
14729773--14729901	60	2.2	60	94	0	231	31	0	13	55	1.39
14729811--14729902	27	3.2	27	67	21	78	29	0	17	53	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14730096--14730383	98	2.9	101	82	11	358	29	1	16	52	1.51
14732190--14732384	50	3.9	50	80	2	205	22	28	21	27	1.99
14737102--14737397	84	3.5	84	94	0	520	36	24	16	22	1.94
14737057--14737397	42	8.1	42	79	8	361	35	25	17	21	1.95
14737406--14737592	51	3.7	51	80	5	200	31	26	16	25	1.96
14742192--14742243	27	1.9	27	88	0	77	21	36	25	17	1.94
14748076--14748524	41	10.9	40	82	6	454	17	18	29	34	1.94
14748815--14749737	311	2.9	311	83	8	1060	29	2	27	41	1.68
14749573--14749608	15	2.5	14	91	8	63	22	0	50	27	1.50
14750922--14750975	24	2.3	25	81	12	78	33	40	0	25	1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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