genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65706892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  82  of  218  ( 26060 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24236966--24237025	30	2.0	31	86	3	86	20	40	0	40	1.52
24244787--24244858	26	2.7	26	86	2	90	26	25	18	30	1.98
24244894--24244946	27	1.9	28	84	3	72	30	20	18	30	1.97
24244928--24245014	27	3.2	27	80	6	97	21	18	18	41	1.90
24248391--24248563	54	3.2	53	81	4	213	43	20	16	19	1.88
24248391--24248564	27	6.4	27	77	9	167	43	20	16	20	1.88
24251293--24251625	81	4.1	80	80	4	348	44	20	16	19	1.87
24251293--24251625	27	12.4	27	78	6	284	44	20	16	19	1.87
24264284--24264329	19	2.3	20	96	3	85	47	17	10	23	1.79
24264890--24264949	26	2.3	26	91	0	93	36	11	15	36	1.83
24265642--24265726	42	2.0	42	100	0	170	22	18	32	25	1.97
24266903--24266934	16	2.0	16	100	0	64	12	18	31	37	1.88
24267477--24267927	27	16.7	27	84	3	392	38	17	19	24	1.93
24267927--24267978	26	2.0	26	84	0	68	21	15	21	42	1.89
24267964--24268020	23	2.4	23	85	2	78	26	5	17	50	1.67
24268164--24268213	26	1.9	26	95	0	91	18	20	24	38	1.93
24268174--24268229	26	2.2	26	86	0	76	14	21	30	33	1.93
24268220--24268472	32	7.9	32	76	5	197	22	20	19	36	1.95
24281042--24281113	29	2.4	29	86	2	90	54	15	9	20	1.69
24281800--24282083	41	6.9	41	84	1	354	20	19	30	30	1.97
24282441--24282482	14	2.9	16	80	20	56	33	0	28	38	1.58
24282584--24282622	7	5.4	7	84	3	51	17	0	28	53	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24282578--24282622	14	3.1	14	90	3	63	20	0	31	48	1.49
24285098--24285123	6	4.3	6	100	0	52	0	15	0	84	0.62
24287958--24288048	43	2.1	43	87	2	130	34	10	9	45	1.73
24288443--24288685	43	5.7	42	86	5	337	25	18	30	25	1.98
24288443--24288678	85	2.8	86	89	5	363	25	19	30	25	1.98
24296461--24296517	27	2.2	26	83	3	69	36	22	0	40	1.55
24298307--24298352	21	2.2	20	85	11	58	4	13	32	50	1.61
24301357--24301399	17	2.4	18	84	7	52	51	6	2	39	1.42
24301356--24301399	19	2.3	19	88	0	61	50	6	2	40	1.42
24302031--24302097	3	23.3	3	74	8	59	62	1	2	32	1.19
24302035--24302068	16	2.1	17	88	5	52	55	0	5	38	1.24
24303619--24303747	45	2.9	45	84	4	163	22	24	24	28	1.99
24303581--24304086	44	11.6	44	72	14	264	25	21	22	30	1.99
24304452--24304573	44	2.8	43	80	12	149	27	22	18	31	1.97
24304637--24304771	44	3.1	43	68	4	126	18	25	28	27	1.98
24304584--24305149	88	6.4	88	90	0	873	21	25	26	27	1.99
24304606--24304837	44	5.3	44	64	5	119	23	25	25	26	2.00
24304831--24304969	44	3.2	44	63	4	118	20	22	31	25	1.98
24309130--24309160	16	1.9	16	100	0	62	25	22	19	32	1.97
24310518--24310573	26	2.2	24	84	6	67	37	5	16	41	1.71
24315172--24315207	17	2.1	17	100	0	72	22	36	16	25	1.94
24315983--24316021	14	2.8	14	81	14	53	28	0	5	66	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24316656--24316725	5	14.4	5	85	11	101	58	0	0	41	0.98
24316939--24316983	22	2.0	22	91	0	72	33	6	2	57	1.37
24317130--24317271	4	35.2	4	72	18	84	69	1	28	0	0.97
24317132--24317278	22	6.9	21	70	21	85	69	1	29	0	0.97
24317133--24317285	10	15.4	10	67	26	60	68	1	30	0	0.98
24317132--24317285	40	4.0	40	81	13	164	68	1	29	0	0.97
24321784--24321850	24	2.7	24	81	9	82	55	0	2	41	1.15
24344728--24344795	31	2.2	31	89	10	104	27	23	8	39	1.84
24344748--24344805	31	1.9	31	89	3	91	25	24	8	41	1.83
24356908--24356955	24	2.0	24	100	0	96	25	25	25	25	2.00
24360218--24360247	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
24360955--24361025	35	2.0	35	94	0	124	33	11	15	39	1.83
24363855--24363879	13	1.9	13	100	0	50	36	16	0	48	1.46
24366926--24366978	19	2.6	21	79	11	74	26	9	33	30	1.88
24367576--24367608	12	2.8	12	90	4	50	6	18	33	42	1.75
24374164--24374208	22	2.0	22	86	0	63	53	13	13	20	1.72
24374879--24374999	63	1.9	63	85	6	165	27	28	20	23	1.99
24374981--24375042	24	2.6	25	82	7	74	25	40	19	14	1.90
24377910--24377977	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
24378079--24378157	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
24388284--24388349	22	3.0	22	80	8	71	51	7	6	34	1.55
24388721--24388760	20	2.0	20	85	0	53	47	22	0	30	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24390076--24390183	44	2.4	44	85	3	135	30	24	12	33	1.91
24402571--24402620	22	2.4	21	78	18	52	32	6	6	56	1.48
24406299--24406362	33	1.9	33	100	0	128	34	32	12	20	1.90
24407327--24407367	8	5.1	8	81	18	50	73	0	2	24	0.96
24407319--24407367	24	2.1	23	88	11	73	75	0	2	22	0.90
24416473--24416942	210	2.2	211	94	0	825	26	29	21	22	1.99
24417264--24417462	92	2.2	92	93	0	335	45	23	9	22	1.80
24422523--24422548	12	2.2	12	100	0	52	30	23	0	46	1.53
24434045--24434073	12	2.4	12	100	0	58	34	17	10	37	1.84
24440555--24440608	25	2.2	25	93	0	90	48	9	9	33	1.67
24441163--24441192	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
24445956--24446040	21	3.9	22	70	10	75	40	14	21	24	1.90
24446126--24446206	34	2.4	34	87	0	108	43	14	9	32	1.79
24446142--24446212	34	2.1	34	94	0	124	42	15	11	30	1.82
24446150--24446223	34	2.2	34	90	4	114	41	17	10	29	1.83
24450578--24450612	16	2.2	16	89	0	52	40	2	31	25	1.70
24450590--24450686	44	2.2	44	87	5	133	34	3	28	34	1.73
24450838--24450879	15	2.7	15	92	3	66	50	0	0	50	1.00
24450875--24451013	47	3.0	46	71	16	144	46	4	2	46	1.34
24450977--24451010	16	2.1	16	89	10	52	50	5	0	44	1.26
24451251--24451381	66	2.0	66	93	0	226	35	20	10	32	1.87
24457735--24457771	14	2.6	15	79	12	51	75	2	21	0	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24461284--24461404	47	2.5	48	83	1	127	26	23	14	35	1.94
24461313--24461404	48	1.9	47	86	2	130	26	22	16	34	1.95
24465181--24465205	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
24468875--24468911	16	2.3	16	95	0	65	37	5	32	24	1.78
24468891--24468976	46	1.9	44	83	4	109	27	5	26	39	1.79
24469120--24469718	120	5.0	120	94	1	992	50	4	2	42	1.36
24471855--24471898	6	7.2	6	86	2	61	0	59	0	40	0.98
24471855--24471898	18	2.4	18	96	3	79	0	59	0	40	0.98
24475009--24475207	59	3.3	59	72	14	210	40	1	3	54	1.24
24475129--24475263	18	8.0	17	70	19	95	40	0	1	57	1.13
24474987--24475229	120	2.0	120	97	0	459	42	1	4	51	1.30
24475144--24475202	26	2.3	25	85	8	82	40	0	1	57	1.09
24475157--24475212	15	4.0	15	73	17	57	44	0	0	55	0.99
24475065--24475248	41	4.6	40	67	23	118	41	1	3	53	1.29
24475427--24475478	21	2.5	21	87	9	79	32	34	7	25	1.84
24478549--24478734	50	3.7	49	77	6	185	26	16	24	32	1.96
24478549--24478732	101	1.8	101	87	4	273	26	16	24	32	1.96
24478741--24478828	45	2.0	45	90	0	140	23	19	23	32	1.97
24483822--24483951	51	2.5	51	87	2	181	23	16	27	32	1.96
24483872--24483953	26	3.2	26	64	27	66	23	14	30	31	1.94
24484093--24484136	23	1.9	22	82	17	54	38	0	25	36	1.56
24489341--24489383	17	2.5	18	81	7	54	44	20	4	30	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24490404--24490612	43	4.9	43	84	0	274	29	29	17	23	1.97
24490988--24491117	66	2.0	65	86	6	181	14	27	16	41	1.87
24497813--24497998	99	1.9	99	88	2	284	43	13	6	36	1.71
24497923--24498141	72	3.1	72	72	4	217	47	12	5	34	1.66
24500176--24500310	41	3.4	38	84	5	137	14	22	19	42	1.88
24500196--24500310	41	2.8	41	89	0	167	16	22	19	41	1.90
24501672--24501699	14	2.0	14	100	0	56	42	28	0	28	1.56
24506235--24506468	63	3.8	63	75	6	199	34	32	6	26	1.83
24510023--24510060	20	2.0	20	89	5	60	28	7	7	55	1.57
24510028--24510069	19	2.2	20	82	4	50	30	7	11	50	1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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