genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.95.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65706892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  95  of  218  ( 26060 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27420897--27420978	41	2.0	41	92	0	137	47	14	8	29	1.74
27424760--27424840	41	2.0	41	92	0	135	48	13	8	29	1.72
27424761--27424854	41	2.3	41	87	3	127	48	13	6	30	1.68
27435493--27435988	165	3.0	165	95	0	920	40	14	20	23	1.90
27443013--27443047	18	1.9	18	94	0	61	51	2	2	42	1.31
27443224--27443277	24	2.2	26	83	6	67	18	0	22	59	1.38
27455936--27456144	40	5.2	40	84	2	267	33	17	25	22	1.96
27455946--27456006	20	3.0	20	68	0	59	37	18	26	18	1.93
27457490--27457539	25	2.0	25	88	7	75	36	24	18	22	1.95
27461650--27462127	27	17.8	27	78	9	356	20	16	20	42	1.89
27461650--27462127	54	8.9	54	76	9	395	20	16	20	42	1.89
27461659--27462114	107	4.2	105	79	5	355	20	16	20	42	1.89
27461662--27462130	134	3.5	133	80	5	552	20	16	19	43	1.88
27476472--27476522	23	2.3	23	93	3	86	49	17	0	33	1.47
27487105--27487153	14	3.3	14	73	15	53	26	40	6	26	1.79
27487116--27487167	17	3.2	17	73	15	65	26	42	5	25	1.77
27487105--27487167	31	2.0	31	100	0	126	26	41	6	25	1.79
27487619--27487691	36	2.0	36	89	0	110	32	8	15	43	1.76
27494373--27494414	21	2.0	21	90	0	66	21	33	7	38	1.81
27508894--27509136	50	4.8	51	78	8	239	29	27	16	25	1.97
27508895--27509132	101	2.4	102	85	1	300	29	27	17	25	1.97
27514787--27514851	27	2.4	27	79	2	78	44	10	0	44	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27514735--27515164	53	8.3	53	68	18	169	42	13	0	43	1.48
27514726--27515164	105	4.2	103	78	10	437	42	13	0	43	1.50
27515085--27515186	26	3.9	25	72	13	80	40	14	0	44	1.52
27514751--27515167	204	2.0	203	86	2	577	42	13	0	43	1.48
27516839--27516926	29	3.0	29	83	1	86	43	20	11	25	1.85
27516871--27516936	29	2.2	29	89	2	96	42	19	12	25	1.86
27519878--27519920	16	2.7	16	85	0	50	32	30	11	25	1.91
27521556--27521614	25	2.4	24	91	8	100	27	22	23	27	1.99
27529210--27529258	25	2.0	25	87	0	71	30	16	18	34	1.93
27530541--27530595	27	2.0	27	100	0	110	41	14	18	25	1.88
27530580--27530620	20	2.0	21	85	4	57	51	17	9	21	1.74
27539166--27539206	18	2.3	18	100	0	82	31	26	7	34	1.84
27546357--27546549	38	5.1	38	82	0	226	35	29	18	17	1.94
27546368--27546549	76	2.4	76	87	1	267	35	28	18	18	1.94
27549346--27549385	16	2.3	17	83	16	55	65	0	2	32	1.06
27549346--27549390	17	2.6	17	82	10	56	62	0	6	31	1.21
27549370--27549413	19	2.2	21	84	8	56	65	0	4	29	1.12
27555826--27556050	79	2.8	78	81	10	267	24	26	22	26	2.00
27555826--27556050	119	1.9	120	82	9	291	24	26	22	26	2.00
27555826--27556050	40	5.7	39	84	8	244	24	26	22	26	2.00
27563841--27563940	49	2.0	49	82	3	121	31	16	11	42	1.82
27564981--27565053	31	2.3	32	86	4	105	30	8	13	47	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27565876--27565916	19	2.0	20	86	13	57	34	0	4	60	1.18
27567907--27567939	3	11.0	3	100	0	66	0	33	33	33	1.58
27570541--27570651	49	2.4	46	79	11	129	45	8	18	27	1.77
27575441--27575503	22	2.7	22	73	22	58	44	3	3	49	1.34
27576690--27576739	20	2.5	20	83	0	55	32	8	6	54	1.54
27582969--27583006	15	2.5	15	87	8	51	63	0	21	15	1.31
27584368--27584465	46	2.1	46	81	3	108	31	12	12	43	1.79
27585671--27585714	21	2.0	21	86	4	61	68	4	2	25	1.20
27586855--27586896	10	3.7	12	81	18	54	69	2	16	11	1.29
27586888--27586955	36	1.9	34	82	11	84	63	4	19	13	1.46
27586945--27587020	12	6.3	12	68	17	50	61	1	25	11	1.38
27586968--27587001	15	2.3	15	89	0	50	67	0	29	2	1.05
27589475--27589660	72	2.6	72	90	0	282	25	16	27	30	1.97
27590408--27590618	43	4.8	42	73	13	142	36	27	11	24	1.91
27590411--27590548	45	3.1	45	74	15	169	38	26	10	25	1.87
27590409--27590696	88	3.2	88	85	5	339	34	28	13	23	1.92
27590491--27590710	45	4.9	45	74	10	157	33	29	13	23	1.93
27590561--27590712	47	3.4	46	77	13	165	30	33	13	21	1.93
27595278--27595348	36	2.0	36	100	0	142	30	19	16	32	1.95
27596727--27596803	36	2.1	36	97	0	145	36	0	15	48	1.46
27604194--27604370	41	4.4	41	87	0	223	14	24	19	41	1.88
27604194--27604370	81	2.2	81	85	2	230	14	24	19	41	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27605616--27605646	16	1.9	16	93	0	53	51	0	0	48	1.00
27608172--27608206	17	2.1	17	88	0	52	65	0	8	25	1.21
27611264--27611332	17	3.9	17	68	20	52	75	4	1	18	1.05
27611918--27611975	22	2.7	21	79	10	62	43	15	5	36	1.69
27611933--27611975	22	1.9	22	90	4	68	41	13	6	37	1.72
27611931--27612028	19	4.8	19	83	13	106	37	16	9	36	1.80
27611964--27612028	19	3.3	20	93	6	107	35	18	9	36	1.83
27611957--27612038	19	4.3	18	86	8	67	36	17	10	35	1.85
27612338--27612670	44	7.6	44	71	10	200	27	22	20	29	1.98
27612331--27612670	174	1.9	176	84	8	462	27	22	20	29	1.98
27612373--27613237	44	19.9	43	69	16	387	27	23	20	29	1.99
27612379--27612849	217	2.2	219	85	2	635	27	22	20	29	1.98
27612466--27613228	217	3.5	214	81	8	701	27	23	19	29	1.98
27612383--27613237	390	2.2	391	87	3	1204	27	23	20	29	1.99
27612647--27613020	173	2.2	173	93	1	635	29	22	19	28	1.98
27612647--27613146	173	2.9	172	85	5	575	28	22	20	28	1.98
27612771--27613141	84	4.3	87	71	15	243	27	23	20	28	1.99
27613220--27613632	132	3.1	132	92	0	673	25	24	19	30	1.98
27627146--27629001	928	2.0	928	98	0	3577	29	20	24	25	1.99
27629856--27629990	41	3.3	41	89	0	216	25	27	17	29	1.98
27630160--27630254	41	2.3	41	98	0	181	23	27	21	28	1.99
27633760--27634030	23	11.8	23	92	0	452	27	6	21	44	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27634032--27634339	25	12.9	25	69	18	174	46	13	0	39	1.43
27634082--27634239	44	3.4	46	71	14	153	49	12	0	38	1.40
27634029--27634264	96	2.5	94	93	4	402	46	12	0	40	1.42
27634153--27634331	69	2.6	71	92	4	303	47	12	0	40	1.41
27634764--27634803	18	2.2	18	95	0	71	42	5	30	22	1.75
27635447--27635478	7	4.6	7	100	0	64	59	12	0	28	1.34
27636590--27636715	51	2.5	51	84	2	182	45	0	23	30	1.59
27636693--27636732	11	3.6	11	86	0	62	52	0	30	17	1.45
27638440--27638492	19	3.0	17	78	10	61	35	9	18	35	1.84
27638464--27638508	23	2.0	23	91	4	74	37	4	17	40	1.70
27638474--27638518	23	2.0	23	86	4	65	33	4	15	46	1.66
27639119--27639184	23	3.0	21	79	14	71	21	0	4	74	1.00
27639207--27639246	19	2.0	20	85	9	55	32	0	5	62	1.17
27644494--27644527	17	1.9	17	88	5	50	47	0	8	44	1.34
27650156--27650197	2	21.0	2	100	0	84	50	0	50	0	1.00
27652723--27652774	24	2.1	24	82	3	59	55	5	3	34	1.42
27652734--27652782	24	2.1	23	84	3	62	53	6	2	38	1.38
27657874--27657899	13	2.0	13	100	0	52	46	15	7	30	1.74
27659658--27659716	9	6.3	9	74	5	55	55	1	3	38	1.26
27663447--27663471	10	2.5	10	100	0	50	44	0	0	56	0.99
27663458--27663502	20	2.2	20	88	0	63	35	0	0	64	0.94
27664841--27664917	31	2.5	31	87	4	102	40	12	6	40	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27671374--27671403	15	2.0	15	93	0	51	30	0	10	60	1.30
27676529--27676575	24	2.0	24	91	0	76	25	4	14	55	1.58
27682298--27682344	18	2.6	18	80	6	51	40	19	2	38	1.63
27688785--27688827	21	2.0	22	90	4	70	44	34	4	16	1.68
27690419--27690466	10	4.9	10	80	14	55	35	6	0	58	1.23
27693123--27693208	41	2.1	41	100	0	172	39	16	22	22	1.92
27694545--27694617	25	2.9	25	82	13	80	68	9	9	12	1.39
27695457--27695505	20	2.5	20	93	6	84	89	0	6	4	0.57
27695460--27695505	19	2.3	21	88	11	78	89	0	6	4	0.60
27695461--27695514	16	3.3	15	82	12	54	85	0	9	5	0.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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