genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65706892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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This is table  4  of  218  ( 26060 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1250036--1250117	31	2.6	31	82	5	85	24	17	8	50	1.73
1250580--1250694	59	2.0	60	85	3	162	42	13	20	24	1.87
1258466--1258499	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
1263105--1263138	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
1265672--1265698	5	5.4	5	100	0	54	59	0	0	40	0.98
1266941--1266974	9	3.8	9	92	0	59	38	29	8	23	1.85
1267139--1267168	13	2.3	13	100	0	60	16	0	43	40	1.48
1273284--1273345	18	3.4	18	90	0	97	32	17	24	25	1.97
1278419--1278850	47	9.1	49	93	4	701	32	8	29	28	1.87
1278968--1279046	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
1280906--1281008	43	2.4	43	100	0	206	22	15	35	26	1.94
1280990--1281062	29	2.5	29	88	4	103	26	16	31	26	1.96
1281373--1281628	39	6.5	41	88	8	128	25	21	27	25	1.99
1281451--1281717	40	6.9	40	86	7	347	24	21	28	25	1.99
1281373--1281717	79	4.4	80	80	12	312	24	22	27	25	2.00
1281596--1281661	32	2.0	33	82	2	80	27	21	25	25	1.99
1281478--1281701	72	3.0	73	85	6	229	24	20	28	26	1.99
1285176--1285610	47	9.1	49	92	4	687	32	8	29	28	1.88
1285176--1285610	143	3.0	143	92	4	707	32	8	29	28	1.88
1285729--1285807	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
1292359--1292388	15	2.1	15	93	6	53	63	3	0	33	1.11
1292586--1292625	21	1.9	21	84	0	53	25	27	10	37	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1293673--1293706	9	3.8	9	88	11	52	52	0	0	47	1.00
1298770--1298862	18	5.2	18	85	0	132	33	16	22	27	1.95
1298771--1298862	36	2.6	36	91	0	148	33	16	21	28	1.95
1317829--1317870	18	2.2	20	83	8	52	57	9	0	33	1.31
1317897--1317929	12	2.8	12	95	0	57	63	3	6	27	1.32
1328564--1328617	19	2.8	20	80	11	67	55	5	1	37	1.34
1332588--1332628	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
1335242--1335475	36	5.6	44	79	19	279	34	15	22	27	1.95
1335242--1335475	82	2.9	82	95	1	420	34	15	22	27	1.95
1339743--1339794	15	3.4	15	72	15	52	40	0	0	59	0.97
1339731--1339814	31	2.8	31	87	3	118	35	0	3	60	1.14
1348477--1348518	20	2.1	20	100	0	84	33	19	14	33	1.91
1349082--1349123	18	2.2	20	83	8	52	57	9	0	33	1.31
1357064--1357101	19	2.0	20	85	15	53	57	13	10	18	1.63
1359559--1359705	79	1.9	80	82	4	190	42	5	4	46	1.47
1359677--1359741	17	3.6	17	75	17	60	43	1	3	52	1.26
1363538--1363577	20	2.0	21	85	5	55	57	0	5	37	1.21
1363672--1363715	17	2.6	17	74	0	52	59	0	2	38	1.10
1363648--1363724	34	2.2	35	82	15	88	58	1	1	38	1.15
1363741--1363778	18	2.1	19	90	5	60	60	0	0	39	0.97
1363891--1363957	17	3.9	16	74	12	62	53	1	1	43	1.19
1363931--1364064	70	2.0	69	84	12	179	50	4	4	41	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1367058--1367118	17	3.5	17	71	13	52	31	0	3	65	1.09
1367070--1367117	18	2.8	16	77	20	51	27	0	4	68	1.07
1367928--1367969	22	1.9	22	85	0	57	30	14	4	50	1.63
1370837--1370901	29	2.2	30	81	13	73	32	7	9	50	1.63
1382067--1382113	15	3.2	14	75	19	51	23	0	6	70	1.10
1382823--1382869	23	1.9	23	87	12	67	55	8	0	36	1.31
1383370--1383409	19	2.1	19	90	0	62	52	10	0	37	1.35
1399233--1399407	44	4.0	44	77	4	181	24	17	17	41	1.89
1399227--1399419	89	2.2	89	83	3	253	23	17	16	42	1.88
1402454--1402576	50	2.5	50	94	0	210	25	24	30	20	1.99
1403022--1403088	5	13.2	5	80	19	77	40	0	0	59	0.97
1403022--1403082	8	7.8	8	76	23	67	39	0	0	60	0.97
1403025--1403080	3	21.0	3	75	23	54	39	0	0	60	0.97
1403098--1403177	40	2.0	41	95	2	144	62	10	27	0	1.27
1404552--1404663	37	2.9	39	73	8	111	22	20	27	29	1.98
1405344--1405391	17	2.8	17	87	0	69	37	12	16	33	1.86
1408481--1408589	56	1.9	56	92	0	182	33	15	20	31	1.94
1409724--1409749	4	6.5	4	100	0	52	26	0	23	50	1.50
1413072--1413179	21	5.1	21	83	5	110	34	24	24	17	1.96
1413369--1413459	36	2.5	36	82	10	105	30	19	1	48	1.56
1413509--1413548	16	2.5	16	88	11	64	25	25	0	50	1.50
1414715--1414774	27	2.1	27	84	9	75	43	0	1	55	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1414740--1414776	16	2.3	17	81	13	51	48	0	0	51	1.00
1416774--1416819	21	2.2	21	96	3	85	63	0	26	10	1.27
1440116--1440299	58	3.1	56	82	9	215	22	16	17	42	1.88
1440115--1440313	61	3.3	60	81	6	226	23	16	17	42	1.88
1453798--1453867	32	2.1	34	80	12	85	42	2	2	51	1.31
1454196--1454252	31	2.0	30	86	13	84	43	0	1	54	1.10
1481291--1481364	34	2.3	32	84	11	89	35	8	14	41	1.76
1484475--1484513	18	2.2	18	85	0	51	51	10	10	28	1.68
1500691--1500729	20	1.9	20	89	5	60	38	2	5	53	1.37
1506781--1506805	4	6.2	4	100	0	50	52	0	0	48	1.00
1510163--1510211	26	1.9	26	88	12	75	55	2	6	36	1.37
1517298--1517325	8	3.5	8	100	0	56	60	0	0	39	0.97
1527765--1527792	11	2.5	11	100	0	56	57	0	10	32	1.33
1528251--1528289	2	19.5	2	100	0	78	0	48	0	51	1.00
1534322--1534394	31	2.4	31	100	0	146	30	16	20	32	1.95
1549732--1549772	3	13.3	3	84	5	55	31	2	0	65	1.05
1549728--1549772	19	2.4	19	85	3	65	31	2	0	66	1.04
1549740--1549765	13	2.0	13	100	0	52	38	0	0	61	0.96
1550532--1550728	98	2.0	98	94	0	349	29	8	23	38	1.85
1553754--1553976	104	2.2	103	92	2	367	17	18	31	31	1.95
1553896--1554046	71	2.1	72	91	2	243	23	16	29	30	1.96
1564178--1564217	3	13.3	3	84	10	55	32	2	0	65	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1564186--1564211	13	2.0	13	100	0	52	38	0	0	61	0.96
1564174--1564213	19	2.1	19	90	0	62	32	2	0	65	1.06
1564956--1565134	96	1.9	96	90	4	290	29	7	25	37	1.84
1568081--1568281	105	2.0	100	86	8	280	19	18	29	32	1.96
1581738--1581793	26	2.2	26	90	0	85	26	5	28	39	1.78
1587675--1587721	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
1591497--1591521	13	1.9	13	100	0	50	32	24	8	36	1.84
1591998--1592046	18	2.7	17	78	12	53	38	22	0	38	1.54
1595803--1595850	17	2.8	17	84	9	62	14	8	2	75	1.13
1602224--1602248	12	2.1	12	100	0	50	0	16	16	68	1.22
1612436--1612523	18	4.9	18	83	2	115	32	14	23	28	1.94
1612434--1612528	35	2.7	35	86	1	136	33	14	23	28	1.94
1620522--1620549	6	4.7	6	100	0	56	82	0	0	17	0.68
1623875--1624118	50	4.7	52	82	5	248	21	28	25	25	1.99
1623874--1624123	100	2.4	106	86	6	343	21	28	24	25	1.99
1624218--1624249	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
1624461--1624518	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
1625728--1625873	37	4.0	37	93	1	242	24	21	16	36	1.94
1625837--1626045	46	4.3	46	87	9	249	26	22	14	35	1.93
1625880--1626044	51	3.2	52	92	2	269	26	23	13	36	1.92
1625837--1626044	103	2.1	99	86	7	285	26	22	14	36	1.93
1644209--1644241	14	2.4	14	85	14	50	0	12	0	87	0.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1651561--1651597	17	2.1	18	90	5	58	67	0	0	32	0.91
1656842--1656933	32	2.6	35	81	13	118	29	14	17	39	1.89
1657336--1657403	20	3.1	22	70	18	61	38	20	5	35	1.77
1659299--1659342	21	2.1	21	82	0	52	34	31	6	27	1.83
1661015--1661062	23	2.1	23	100	0	96	29	12	20	37	1.90
1661833--1661867	15	2.3	15	95	0	61	17	14	28	40	1.88
1661320--1662378	535	2.0	535	96	0	1951	29	19	18	32	1.95
1669563--1669602	20	2.0	20	90	0	62	65	0	0	35	0.93
1681336--1681369	13	2.6	13	85	0	50	23	11	11	52	1.70
1682763--1682822	31	1.9	32	83	10	79	48	18	8	25	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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