genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65706892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  71  of  218  ( 26060 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21202304--21202372	10	6.5	10	78	17	68	82	1	15	0	0.74
21202313--21202364	12	4.5	11	83	11	68	84	0	15	0	0.62
21203272--21203397	20	6.6	19	68	21	68	58	7	12	20	1.59
21203274--21203359	19	4.4	19	79	8	84	59	8	12	19	1.58
21203272--21203466	19	10.1	18	70	14	81	55	7	16	20	1.65
21203394--21203465	20	3.7	19	75	5	63	51	6	23	18	1.70
21203470--21203515	21	2.2	22	85	14	62	54	4	17	23	1.61
21203597--21203629	16	2.1	16	94	0	57	51	0	21	27	1.48
21203539--21203657	56	2.1	59	82	7	147	55	6	18	19	1.64
21203725--21203760	18	2.1	18	89	5	56	58	8	19	13	1.61
21203725--21203830	20	5.2	20	76	16	94	56	5	17	19	1.61
21214544--21214599	21	2.7	21	94	0	94	28	33	8	28	1.87
21216986--21217144	49	3.2	48	86	5	212	23	29	14	32	1.94
21219270--21219415	41	3.6	41	91	1	213	29	20	30	19	1.97
21220312--21220526	49	4.4	49	84	0	277	24	23	17	34	1.96
21224341--21224384	12	3.8	12	87	3	54	70	2	4	22	1.17
21232569--21232610	17	2.6	17	81	7	52	23	30	26	19	1.98
21236027--21236114	27	3.3	27	85	0	113	23	18	15	42	1.89
21236786--21236886	49	2.0	50	90	5	161	21	23	19	34	1.96
21251011--21251045	17	2.1	17	88	0	52	57	0	14	28	1.38
21251202--21251247	22	2.0	22	91	4	74	52	2	2	43	1.25
21253799--21253847	13	3.8	13	77	0	53	34	24	6	34	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21254381--21254428	20	2.5	19	83	10	62	70	6	10	12	1.32
21255044--21255155	36	3.0	37	77	7	111	48	8	23	19	1.77
21255024--21255103	20	4.1	20	77	9	74	48	11	20	20	1.79
21255125--21255201	19	4.1	18	73	15	57	55	7	16	19	1.65
21255133--21255169	17	2.1	18	90	5	58	54	5	24	16	1.63
21255123--21255208	20	4.4	20	75	10	79	56	9	15	18	1.64
21255098--21255387	154	1.9	151	83	6	379	50	8	20	21	1.74
21255365--21255400	19	1.9	19	88	5	56	61	8	19	11	1.54
21255318--21255408	20	4.6	20	71	17	66	54	7	16	20	1.66
21263805--21263846	19	2.2	19	86	4	57	61	4	11	21	1.48
21265288--21265368	20	4.2	19	73	10	83	34	2	0	62	1.08
21265315--21265374	11	5.9	11	72	21	51	40	1	0	58	1.08
21265306--21265390	39	2.1	40	93	4	145	35	1	0	63	1.02
21265362--21265410	22	2.2	21	86	10	71	36	0	4	59	1.17
21266053--21266087	15	2.4	15	90	4	54	34	8	0	57	1.29
21266350--21266374	4	6.2	4	100	0	50	52	24	0	24	1.48
21266729--21266934	107	1.9	107	90	0	331	30	18	18	32	1.95
21268123--21268272	76	2.0	76	97	0	282	37	12	13	36	1.83
21295237--21295266	12	2.4	12	94	5	51	80	3	16	0	0.85
21307901--21307965	33	2.0	33	87	6	96	26	12	21	40	1.88
21311254--21311287	17	2.0	17	100	0	68	29	17	11	41	1.85
21321639--21321685	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21326463--21326599	72	1.9	72	89	3	213	35	24	7	32	1.83
21335299--21335463	34	4.8	35	80	4	165	20	11	30	38	1.88
21345961--21346004	22	2.0	22	86	0	61	45	18	4	31	1.69
21350193--21350300	45	2.4	42	76	14	108	50	1	5	42	1.36
21354565--21354616	24	2.2	24	85	0	68	48	9	5	36	1.60
21360357--21360400	12	3.5	13	81	9	56	79	4	2	13	0.98
21366166--21366746	44	12.5	48	70	14	299	35	17	16	30	1.92
21366166--21366527	93	3.9	93	87	5	432	35	17	16	30	1.92
21366391--21366730	51	7.0	51	71	12	250	36	16	16	30	1.91
21366298--21366753	95	4.8	94	82	6	399	35	17	16	30	1.92
21368103--21368133	12	2.6	12	89	0	53	25	3	6	64	1.33
21369245--21369301	26	2.2	25	81	3	69	8	22	1	66	1.29
21382017--21382070	27	2.0	27	88	0	81	38	14	16	29	1.89
21383891--21383942	24	2.2	24	85	0	68	48	7	5	38	1.56
21390389--21390431	12	3.6	12	75	12	52	32	11	11	44	1.77
21390384--21390447	24	2.7	24	97	0	119	32	12	14	40	1.83
21390401--21390442	12	3.5	12	75	12	50	30	14	14	40	1.85
21391297--21391339	19	2.3	19	84	4	52	16	2	25	55	1.53
21393590--21393616	11	2.5	11	100	0	54	40	0	0	59	0.98
21394141--21394192	21	2.5	21	90	0	77	32	7	28	30	1.85
21395703--21395749	3	15.7	3	82	8	60	63	2	2	31	1.18
21395715--21395754	17	2.4	17	95	0	71	65	2	0	32	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21395720--21395748	14	2.1	14	100	0	58	65	0	0	34	0.93
21399586--21399625	19	2.1	19	100	0	80	25	20	20	35	1.96
21399947--21400039	44	2.1	45	88	6	136	30	5	30	34	1.80
21400197--21400231	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
21400212--21400402	61	3.2	60	69	21	182	48	6	3	41	1.46
21400315--21400351	16	2.2	17	86	13	51	54	0	2	43	1.14
21400183--21400405	120	1.9	120	98	0	428	47	5	3	43	1.43
21403504--21403571	33	2.1	33	88	0	100	50	14	26	8	1.72
21403643--21403681	19	2.1	19	95	0	69	43	10	46	0	1.37
21404430--21404522	44	2.1	45	86	6	127	26	19	12	40	1.88
21405543--21405572	12	2.5	12	94	0	51	53	0	10	36	1.35
21415928--21416015	44	2.0	44	100	0	176	25	29	15	29	1.96
21417210--21417278	30	2.3	30	82	9	79	28	10	27	33	1.89
21417274--21417329	28	2.0	28	82	6	69	26	17	25	30	1.97
21421098--21421171	20	3.6	21	70	15	64	27	0	17	55	1.42
21428357--21428419	27	2.2	28	80	11	74	58	3	0	38	1.14
21428384--21428438	20	2.8	20	83	5	58	56	1	0	41	1.10
21428351--21428448	48	2.0	50	82	11	121	57	2	1	39	1.17
21430097--21430163	25	2.8	25	82	13	95	31	0	1	67	1.00
21430097--21430183	25	3.6	23	77	11	77	34	3	1	60	1.21
21430409--21430456	23	2.1	23	84	0	60	16	6	12	64	1.46
21430448--21430506	24	2.4	25	82	5	66	28	10	5	55	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21434549--21434595	13	3.8	12	81	18	53	80	8	0	10	0.89
21434553--21434600	18	2.4	22	70	25	52	79	6	0	14	0.92
21434633--21434695	6	11.8	5	79	14	56	74	0	19	6	1.02
21434650--21434695	11	4.3	10	81	13	56	76	0	21	2	0.90
21434650--21434695	5	8.6	5	81	13	56	76	0	21	2	0.90
21435631--21435718	45	2.0	45	86	0	122	42	20	22	14	1.89
21437195--21437708	44	10.9	45	66	14	223	29	19	23	27	1.98
21437041--21438306	143	8.9	143	86	2	1596	29	19	22	28	1.98
21439763--21439849	24	3.6	23	83	6	93	32	4	1	62	1.23
21439780--21439827	14	3.6	14	75	16	57	31	0	0	68	0.90
21440071--21440118	23	2.1	23	88	0	69	16	8	12	62	1.53
21446205--21446247	14	3.1	14	96	0	77	32	20	32	13	1.92
21448183--21448208	6	4.3	6	100	0	52	19	0	0	80	0.71
21448266--21448411	30	4.9	31	72	9	115	32	21	3	41	1.70
21448876--21448904	15	2.0	15	93	6	51	79	0	20	0	0.74
21448884--21448924	22	2.0	20	90	9	64	75	0	24	0	0.80
21449333--21449370	19	2.1	18	90	5	58	31	0	0	68	0.90
21449617--21449722	16	6.2	16	76	11	95	28	12	13	46	1.79
21449596--21449743	35	4.2	36	76	10	128	31	13	10	44	1.78
21449612--21449734	53	2.4	51	83	5	158	27	11	13	47	1.76
21449616--21449743	18	7.3	18	75	7	113	29	12	12	45	1.79
21464380--21464436	8	6.9	8	90	6	87	85	10	1	1	0.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21464380--21464436	17	3.4	16	90	7	87	85	10	1	1	0.73
21464369--21464448	1	80.0	1	74	0	61	86	7	3	2	0.78
21465319--21465889	79	7.4	77	79	7	527	29	16	18	35	1.93
21465319--21465889	160	3.7	154	77	9	531	29	16	18	35	1.93
21466181--21466210	6	5.0	6	100	0	60	16	0	0	83	0.65
21466181--21466219	18	2.2	18	85	0	51	23	0	0	76	0.78
21466268--21466413	30	4.9	31	74	9	133	32	21	4	41	1.72
21466882--21466911	14	2.1	14	93	0	51	76	0	23	0	0.78
21466880--21466924	21	2.1	22	88	12	67	75	0	24	0	0.80
21467032--21467074	12	3.4	12	87	6	50	79	0	13	6	0.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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