genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65706892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  65  of  218  ( 26060 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19625599--19625645	22	2.1	22	84	7	60	38	21	23	17	1.93
19631185--19631215	15	2.1	15	100	0	62	19	16	6	58	1.59
19634416--19634486	36	2.0	36	85	0	97	26	15	22	35	1.94
19634531--19634586	25	2.2	25	96	0	103	37	21	16	25	1.93
19641266--19641332	26	2.5	26	83	7	82	20	13	5	59	1.55
19643465--19643866	44	9.1	44	76	6	321	29	14	26	30	1.95
19643465--19643866	132	3.0	131	89	1	606	29	14	26	30	1.95
19643852--19644304	88	5.1	88	89	0	663	27	26	24	20	1.99
19643852--19644304	177	2.6	176	88	1	667	27	26	24	20	1.99
19644315--19644477	44	3.7	44	81	4	204	25	18	26	28	1.98
19644679--19644870	101	1.9	101	81	2	233	28	22	22	26	1.99
19644880--19645001	44	2.8	44	81	3	131	30	18	20	31	1.96
19645580--19645635	21	2.8	19	84	10	85	35	10	17	35	1.85
19647348--19647413	17	3.9	17	76	4	71	25	16	28	28	1.97
19647349--19647437	33	2.7	33	91	0	133	22	16	29	31	1.96
19649637--19649686	26	1.9	26	87	0	73	52	0	14	34	1.42
19649830--19649878	3	16.3	3	87	8	73	63	0	2	34	1.06
19650854--19650908	28	1.9	29	82	10	69	16	9	23	50	1.73
19651804--19651974	88	1.9	88	84	0	225	24	24	19	31	1.98
19651809--19651994	88	2.1	88	81	0	210	25	24	18	31	1.98
19651804--19652153	44	7.9	43	69	7	182	27	24	18	30	1.98
19651721--19652153	221	2.0	222	91	1	699	28	24	18	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19651892--19652147	133	1.9	133	84	3	345	28	24	17	29	1.97
19658265--19658314	26	1.9	26	87	0	73	52	0	14	34	1.42
19658459--19658507	3	16.3	3	87	8	73	63	0	2	34	1.06
19659487--19659541	28	1.9	29	82	10	69	16	9	23	50	1.73
19660518--19660595	37	2.1	37	100	0	156	39	5	28	26	1.77
19661770--19661914	37	3.9	37	75	3	146	49	11	19	20	1.77
19661778--19661886	39	2.8	39	77	2	96	50	11	18	19	1.77
19663430--19663479	26	1.9	26	87	0	73	52	0	14	34	1.42
19663624--19663669	3	15.3	3	86	8	67	63	0	2	34	1.07
19664644--19664698	28	1.9	29	82	10	69	16	9	23	50	1.73
19665674--19665751	37	2.1	37	100	0	156	39	5	28	26	1.77
19666926--19667069	37	3.9	37	71	8	130	50	11	18	20	1.77
19672290--19672463	87	2.0	87	98	0	339	26	30	17	25	1.97
19672989--19673036	18	2.7	18	78	18	55	33	0	2	64	1.05
19673457--19673496	11	3.6	11	79	0	53	20	10	7	62	1.50
19674569--19674599	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
19674717--19674759	21	2.0	21	82	8	52	20	34	0	44	1.52
19675158--19675190	13	2.8	12	86	13	50	33	3	0	63	1.10
19675175--19675257	17	4.8	17	72	20	64	37	3	3	55	1.35
19675595--19675646	5	10.2	5	82	12	61	23	25	15	36	1.93
19677177--19677201	13	1.9	13	100	0	50	40	16	8	36	1.77
19689090--19689274	46	4.0	46	92	4	293	35	10	26	27	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19690467--19690513	17	2.8	17	83	0	58	17	4	4	74	1.14
19693540--19693580	10	4.0	10	83	3	55	82	2	9	4	0.89
19698240--19698294	24	2.2	24	90	3	83	36	3	36	23	1.73
19708520--19708554	15	2.3	15	90	0	52	51	2	8	37	1.47
19715491--19715515	13	1.9	13	100	0	50	48	0	8	44	1.32
19716700--19716728	11	2.6	11	100	0	58	62	0	0	37	0.96
19717596--19718317	106	6.7	107	88	5	1032	33	19	15	31	1.93
19717546--19718318	322	2.4	320	86	6	1067	33	19	15	31	1.93
19718942--19719056	54	2.1	54	95	0	203	25	16	27	30	1.97
19722816--19722858	21	2.0	21	100	0	86	51	4	16	27	1.64
19725738--19725766	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
19725886--19725938	22	2.4	22	76	20	56	20	3	5	69	1.25
19730106--19730172	32	2.1	31	83	8	82	38	7	0	53	1.29
19736643--19736738	26	3.7	26	94	0	165	13	23	26	36	1.92
19738220--19738244	6	4.2	6	100	0	50	16	16	0	68	1.22
19744092--19744141	22	2.3	23	86	6	68	30	24	18	28	1.97
19758561--19758883	27	12.0	27	83	3	373	43	17	20	18	1.88
19758561--19758922	54	6.7	54	82	5	358	43	17	19	19	1.89
19758561--19758920	81	4.4	82	81	6	337	43	17	19	20	1.88
19759119--19759195	26	3.0	26	86	0	91	18	20	20	40	1.92
19759315--19759398	30	2.9	30	83	3	100	27	23	20	28	1.99
19766366--19766751	27	14.3	27	80	6	383	44	19	18	18	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19766366--19766750	54	7.1	54	82	4	422	44	18	18	18	1.87
19766366--19766750	81	4.8	81	81	4	429	44	18	18	18	1.87
19766945--19766997	26	2.0	26	85	0	70	18	16	24	39	1.91
19767150--19767236	28	3.0	28	88	6	129	22	25	22	28	1.99
19767150--19767233	30	2.9	30	91	3	127	23	26	22	27	2.00
19782919--19782956	19	2.0	19	100	0	76	31	31	21	15	1.94
19783253--19783298	7	6.4	7	82	12	58	30	2	0	67	1.03
19783259--19783298	13	3.0	13	86	13	55	30	0	0	70	0.88
19783259--19783298	21	1.9	21	94	0	71	30	0	0	70	0.88
19783253--19783298	15	3.2	14	85	11	58	30	2	0	67	1.03
19785066--19785157	30	3.1	29	72	20	84	32	21	23	21	1.98
19791365--19791499	40	3.4	38	77	8	128	38	23	19	18	1.93
19791535--19791652	41	2.9	41	90	0	182	22	22	26	28	1.99
19792517--19792659	7	20.6	7	71	17	77	22	1	39	37	1.63
19792517--19792597	33	2.5	33	83	4	101	18	2	41	37	1.64
19792580--19792656	30	2.6	30	82	10	97	28	0	37	33	1.58
19792578--19792651	23	3.4	22	78	14	73	28	0	35	36	1.58
19792700--19792739	13	3.2	13	82	7	55	42	0	0	57	0.98
19793326--19793363	19	2.0	19	89	0	58	78	2	2	15	0.97
19800483--19800753	129	2.1	129	80	2	303	25	18	23	32	1.97
19800481--19800753	43	6.3	43	79	4	246	25	18	23	32	1.97
19809725--19809771	3	15.7	3	82	8	60	29	4	0	65	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19811784--19811830	22	2.2	20	82	10	58	44	0	0	55	0.99
19816166--19816211	15	3.1	15	83	0	56	13	2	2	82	0.85
19823345--19823567	46	4.9	46	82	2	243	32	21	17	27	1.97
19823348--19823562	92	2.3	92	87	0	295	32	21	17	28	1.96
19834177--19834211	18	1.9	18	94	0	61	25	0	0	74	0.82
19834418--19834489	26	2.8	26	77	8	74	37	0	5	56	1.22
19837655--19837681	13	2.1	13	100	0	54	29	0	22	48	1.51
19848003--19848069	32	2.1	32	100	0	134	29	25	11	32	1.92
19850812--19850836	12	2.1	12	100	0	50	24	32	8	36	1.84
19851430--19851564	44	3.1	44	89	5	193	28	17	23	30	1.97
19851589--19852057	169	2.8	169	90	0	731	31	17	25	26	1.97
19851842--19851964	51	2.4	51	79	2	122	29	20	22	27	1.98
19852068--19852248	100	1.8	100	91	0	299	30	22	20	26	1.98
19852264--19852420	44	3.7	43	78	5	142	26	19	24	30	1.98
19860337--19860453	58	2.1	55	80	4	126	29	6	14	49	1.69
19860416--19860487	34	2.1	34	86	0	99	31	8	12	47	1.71
19862250--19862277	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
19881128--19881167	21	1.9	21	100	0	80	37	0	12	50	1.41
19895314--19895359	20	2.3	20	81	7	58	6	8	6	78	1.10
19901250--19901297	22	2.2	22	85	3	71	25	10	27	37	1.88
19906664--19906727	25	2.6	26	83	11	73	37	1	4	56	1.30
19906664--19906707	13	3.8	12	82	11	56	38	0	2	59	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19909092--19909142	26	2.0	26	84	7	68	27	11	15	45	1.81
19920625--19920700	28	2.6	28	73	17	75	46	0	2	51	1.15
19920637--19920695	28	2.1	27	87	3	82	49	0	0	50	1.00
19924891--19925048	54	2.9	54	76	6	131	21	27	26	24	1.99
19926089--19926146	15	3.7	15	71	13	53	12	3	10	74	1.19
19926086--19926148	33	1.9	33	100	0	126	11	3	9	76	1.13
19926086--19926164	33	2.4	33	89	8	108	13	3	7	74	1.17
19930241--19930882	44	13.5	50	63	18	162	30	20	22	27	1.98
19930231--19930417	94	2.0	94	92	0	311	31	21	21	25	1.98
19930284--19930876	143	4.2	143	82	1	624	29	20	22	27	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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