genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65706892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  81  of  218  ( 26060 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23971817--23971858	21	2.0	22	85	4	59	40	11	4	42	1.63
23972195--23972288	44	2.1	43	79	14	104	26	4	5	63	1.34
23978948--23979006	29	2.0	29	81	12	68	54	1	5	38	1.33
23978954--23979026	29	2.5	29	75	18	71	56	4	4	35	1.38
23986833--23987059	105	2.2	105	82	4	280	29	24	12	34	1.92
24002462--24002539	37	2.1	37	100	0	156	37	7	6	48	1.57
24004243--24004536	131	2.2	131	85	1	374	31	15	14	38	1.88
24012756--24013072	104	3.0	104	88	1	445	29	4	26	39	1.76
24014306--24014339	14	2.4	14	90	0	50	0	11	2	85	0.71
24015263--24015327	33	2.0	33	96	0	121	36	10	20	32	1.87
24016349--24016421	32	2.5	27	78	19	92	26	2	19	52	1.59
24016362--24016422	32	1.9	32	96	0	113	27	3	18	50	1.62
24020425--24020488	19	3.3	20	84	6	69	50	10	9	29	1.69
24021541--24021961	104	4.0	105	82	4	492	29	24	12	33	1.92
24042885--24042914	12	2.5	12	94	0	51	6	20	40	33	1.78
24048882--24049028	28	5.2	28	73	15	133	30	22	10	36	1.87
24048852--24049027	56	3.1	56	89	3	282	28	22	11	36	1.89
24059858--24060029	39	4.4	39	84	1	211	16	19	28	35	1.94
24059985--24060153	78	2.2	78	83	4	207	17	20	27	34	1.95
24060047--24060080	16	2.1	16	100	0	68	20	26	29	23	1.99
24060050--24060084	16	2.2	16	94	0	61	20	25	28	25	1.99
24060082--24060125	23	1.9	23	86	9	63	13	15	29	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24060105--24060181	39	2.0	39	85	10	104	16	18	29	35	1.93
24060117--24060193	39	2.0	39	82	5	93	18	19	28	33	1.95
24068219--24068256	7	5.3	7	87	6	58	15	0	36	47	1.46
24068219--24068256	15	2.6	15	91	4	60	15	0	36	47	1.46
24068477--24068540	28	2.4	26	89	7	94	67	0	0	32	0.91
24070158--24070197	7	5.7	7	100	0	80	57	15	0	27	1.38
24071352--24071464	11	10.5	11	71	15	85	43	2	30	23	1.68
24071392--24071464	33	2.2	34	85	7	96	43	2	31	21	1.67
24072083--24072118	16	2.2	16	100	0	72	25	0	36	38	1.56
24072267--24072553	153	1.9	153	93	0	493	45	5	3	45	1.42
24072487--24072528	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
24072496--24072537	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
24072703--24072750	26	1.9	25	84	16	64	52	2	0	45	1.12
24072658--24072886	92	2.5	92	82	8	227	48	3	3	44	1.38
24072799--24072832	16	2.1	17	88	5	52	58	0	0	41	0.98
24074300--24074333	12	2.8	12	100	0	68	61	20	8	8	1.52
24075281--24075441	77	2.1	77	96	0	295	41	14	8	34	1.77
24082355--24082414	10	6.4	9	73	19	52	33	1	1	63	1.14
24084904--24084952	24	2.0	24	100	0	98	57	0	4	38	1.18
24085070--24085125	21	2.7	21	86	5	78	28	33	8	28	1.87
24087347--24087388	14	2.9	15	78	7	50	50	7	2	40	1.43
24088158--24088198	17	2.3	18	87	8	57	56	2	0	41	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24088232--24088272	15	2.7	15	78	14	57	31	2	0	65	1.05
24088463--24088504	17	2.3	19	84	12	61	59	2	2	35	1.23
24099489--24099651	58	2.8	58	83	5	186	53	3	1	41	1.26
24100726--24100979	28	9.1	27	73	10	122	22	17	6	53	1.66
24100725--24100956	56	4.2	53	76	10	191	21	17	6	54	1.64
24100859--24100973	55	2.1	56	83	4	144	22	16	5	55	1.61
24101418--24101670	133	1.9	133	84	1	337	27	18	14	39	1.90
24101888--24102394	253	2.0	253	99	0	996	26	15	14	43	1.85
24104237--24104313	27	3.0	25	79	9	91	41	9	14	35	1.77
24106385--24106426	20	2.1	20	86	0	57	47	9	11	30	1.72
24106417--24106469	20	2.7	19	77	5	61	64	11	5	18	1.46
24106461--24106540	22	3.6	23	72	16	69	61	7	17	13	1.55
24109943--24109974	15	2.3	15	89	10	50	40	3	0	56	1.15
24110832--24110856	7	3.6	7	100	0	50	28	16	0	56	1.41
24111299--24111414	22	5.8	20	71	13	62	23	15	14	46	1.83
24111310--24111349	11	3.8	11	75	24	50	32	5	15	47	1.66
24111355--24111414	22	2.7	22	94	0	102	16	21	15	46	1.83
24113963--24114017	9	6.1	9	86	0	74	47	12	9	30	1.73
24114291--24114331	7	5.9	7	94	0	73	14	68	0	17	1.22
24115069--24115100	5	6.4	5	92	0	55	21	15	18	43	1.87
24129602--24129648	20	2.2	22	85	7	62	10	25	27	36	1.89
24136958--24137007	24	2.1	24	100	0	100	44	4	8	44	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24141426--24141469	21	2.1	21	95	0	79	13	40	20	25	1.89
24143032--24143446	207	2.0	207	91	1	681	33	18	17	30	1.94
24147746--24147786	21	2.0	21	85	0	55	78	2	7	12	1.06
24156186--24156244	20	3.2	18	81	9	75	25	28	6	38	1.81
24156186--24156245	18	3.2	18	79	6	75	25	28	6	40	1.80
24160326--24160387	29	2.1	31	82	11	76	41	8	17	32	1.79
24160861--24161045	51	3.7	50	80	6	221	28	14	25	31	1.95
24170297--24170585	153	1.9	153	91	0	479	36	12	20	31	1.89
24170892--24170933	21	2.0	21	85	4	57	42	21	2	33	1.66
24171470--24171558	25	3.1	30	74	21	91	26	24	5	42	1.77
24182125--24182167	21	1.9	24	86	13	65	46	2	11	39	1.53
24182313--24182363	20	2.5	21	84	9	70	25	15	15	43	1.86
24186428--24186568	40	3.5	40	90	0	221	10	14	29	45	1.78
24188070--24188117	20	2.4	20	89	6	71	29	14	14	41	1.85
24190062--24190101	7	5.7	7	100	0	80	57	30	0	12	1.36
24193155--24193185	15	2.1	15	100	0	62	19	0	38	41	1.51
24196418--24196469	14	3.4	15	76	17	54	46	5	3	44	1.45
24198518--24198549	16	2.0	16	93	0	55	34	9	0	56	1.32
24200509--24200555	18	2.6	18	93	0	76	48	17	0	34	1.47
24200509--24200558	10	5.2	10	88	9	68	48	18	0	34	1.48
24202352--24202408	27	2.0	29	90	6	91	45	7	24	22	1.77
24202459--24202495	13	2.9	13	84	15	51	21	0	8	70	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24206436--24206488	21	2.5	22	75	6	56	24	3	22	49	1.66
24206867--24206894	14	2.0	14	100	0	56	50	0	0	50	1.00
24206832--24206946	29	4.1	29	70	17	107	46	6	6	40	1.53
24207974--24208003	11	2.9	10	90	9	51	30	0	30	40	1.57
24208001--24208087	36	2.4	36	96	0	156	24	13	17	44	1.85
24210104--24210320	36	5.2	45	73	20	209	36	13	20	29	1.91
24210104--24210320	82	2.7	82	94	0	373	36	13	20	29	1.91
24211821--24211864	20	2.1	22	87	8	65	40	9	0	50	1.34
24212297--24212343	20	2.3	21	88	3	69	42	8	0	48	1.33
24211794--24212675	120	7.3	120	90	2	1353	40	8	3	47	1.50
24211805--24212675	242	3.6	242	94	1	1486	40	8	3	47	1.51
24212539--24212585	20	2.3	21	88	3	69	42	8	0	48	1.33
24212615--24212687	34	2.2	33	78	11	76	39	5	0	54	1.23
24212629--24212693	34	1.9	34	93	0	112	36	3	0	60	1.13
24212664--24212734	21	3.0	22	80	14	72	43	4	0	52	1.20
24212661--24212714	27	2.0	27	92	3	92	42	3	0	53	1.18
24212694--24212744	19	2.5	20	84	6	59	49	3	1	45	1.32
24212817--24213195	9	42.1	9	74	11	260	46	20	0	32	1.56
24212901--24213190	52	5.2	52	84	11	366	46	19	0	33	1.55
24218608--24218664	21	2.8	21	81	5	73	38	15	42	3	1.65
24218988--24219101	43	2.6	42	82	12	142	27	20	21	31	1.98
24219007--24219101	43	2.2	43	94	0	163	27	22	21	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24219074--24219127	26	2.0	26	89	3	81	25	24	22	27	2.00
24220284--24220350	34	1.9	35	87	3	100	44	14	8	31	1.76
24223863--24223951	42	2.1	42	95	0	160	6	28	16	48	1.72
24224489--24224648	26	6.2	26	88	1	214	40	16	16	26	1.90
24224816--24224880	27	2.4	27	85	7	89	18	21	23	36	1.95
24224875--24224924	26	1.9	26	91	0	82	22	20	20	38	1.94
24225412--24225456	18	2.4	18	88	3	63	42	20	4	33	1.72
24235110--24235151	12	3.4	13	81	18	54	57	0	26	16	1.40
24235110--24235151	18	2.3	19	84	12	52	57	0	26	16	1.40
24236746--24236782	9	4.1	9	89	0	56	45	10	10	32	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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