genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.46.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65706892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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This is table  46  of  218  ( 26060 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14324880--14324920	21	1.9	23	85	14	61	48	9	4	36	1.58
14325714--14325743	11	2.7	11	100	0	60	20	0	43	36	1.52
14325725--14325782	22	2.6	22	91	0	80	29	3	36	31	1.74
14333998--14334262	27	9.9	27	84	2	338	41	21	17	19	1.90
14340818--14340878	31	1.9	32	86	3	88	47	11	6	34	1.66
14340830--14340894	31	2.1	31	88	5	96	50	10	3	35	1.53
14346144--14346249	30	3.5	30	79	7	108	30	23	9	36	1.87
14346234--14346396	30	5.4	30	74	12	129	19	26	12	41	1.88
14349609--14349642	13	2.6	13	95	0	59	52	8	29	8	1.62
14350748--14350791	6	7.2	6	82	12	54	15	20	0	63	1.31
14354711--14354751	20	2.0	20	90	0	64	29	21	12	36	1.90
14354742--14354851	40	2.8	40	77	0	112	20	21	18	39	1.93
14362428--14362460	17	1.9	18	88	11	52	42	12	0	45	1.41
14363932--14363973	20	2.2	19	87	8	59	7	38	0	54	1.28
14364713--14364872	27	5.9	27	87	1	214	40	21	20	18	1.91
14365157--14365222	28	2.4	28	92	5	107	24	24	24	27	2.00
14365154--14365230	28	2.5	33	75	22	101	24	22	23	29	1.99
14370679--14370795	62	1.9	59	86	5	162	41	4	3	51	1.38
14371098--14371132	18	1.9	18	100	0	70	28	28	17	25	1.97
14375561--14375611	24	2.1	24	100	0	102	35	23	7	33	1.84
14377378--14377572	93	2.1	92	87	4	277	44	4	4	46	1.43
14377605--14377638	17	2.0	17	94	0	59	44	5	0	50	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14377605--14377643	17	2.4	16	87	8	53	43	5	0	51	1.24
14377609--14377648	17	2.3	18	83	12	57	47	5	0	47	1.24
14377728--14377779	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
14377604--14377895	120	2.4	120	91	5	459	41	2	5	50	1.40
14377677--14377860	59	3.1	59	65	21	148	41	2	7	49	1.42
14377857--14377898	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
14377848--14377889	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
14377832--14378145	154	2.0	156	95	1	569	46	5	3	44	1.41
14377998--14378032	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
14377833--14378068	75	3.1	75	65	16	203	46	2	3	47	1.34
14378265--14378303	16	2.4	16	86	0	51	28	33	2	35	1.71
14378278--14378334	16	3.6	16	95	0	87	33	36	0	29	1.58
14378602--14378653	16	3.2	16	86	0	68	26	0	36	36	1.57
14378634--14378724	45	2.0	44	85	6	121	32	5	26	35	1.80
14378869--14378910	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
14378878--14378919	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
14378867--14379077	107	2.0	108	96	0	388	49	5	1	44	1.33
14378972--14379017	16	2.9	16	78	12	51	52	2	0	45	1.13
14378972--14379026	15	3.7	15	79	13	53	52	1	0	45	1.11
14378872--14379132	107	2.5	106	88	6	338	50	4	1	43	1.32
14379880--14379906	13	2.1	13	100	0	54	22	0	29	48	1.51
14389068--14389095	14	2.0	14	100	0	56	28	28	7	35	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14398453--14398505	21	2.5	21	84	0	70	67	5	5	20	1.32
14398550--14398656	51	2.1	51	81	13	123	73	2	2	20	1.08
14398550--14398656	10	10.5	10	69	17	62	73	2	2	20	1.08
14398559--14398654	14	7.2	13	69	14	70	75	3	3	18	1.08
14404063--14404107	17	2.6	17	85	3	54	20	0	2	77	0.87
14409447--14409491	18	2.5	18	88	0	72	31	28	26	13	1.94
14410822--14410846	13	1.9	13	100	0	50	32	40	4	24	1.73
14412542--14412595	9	6.1	9	77	14	51	33	1	1	62	1.16
14412706--14412811	9	12.1	9	67	18	55	37	0	0	60	1.10
14412695--14412756	17	3.8	17	76	16	51	35	1	1	61	1.16
14412710--14412786	16	4.7	16	72	8	57	38	1	1	58	1.15
14412801--14412835	18	1.9	18	88	0	52	31	17	2	48	1.61
14412922--14412983	20	3.4	20	75	18	64	30	4	0	64	1.14
14413850--14413897	22	2.1	23	88	3	71	75	0	8	16	1.04
14420402--14420454	19	2.8	18	85	5	70	39	0	7	52	1.30
14422888--14422936	20	2.5	20	96	0	89	44	12	16	26	1.82
14440182--14440221	21	1.9	21	100	0	80	20	10	27	42	1.83
14440774--14440862	28	3.2	28	90	0	133	31	24	21	22	1.98
14441059--14441125	22	3.1	21	71	23	66	44	23	19	11	1.84
14441290--14441380	27	3.4	27	79	8	96	20	16	17	45	1.86
14441291--14441434	54	2.6	55	81	8	152	22	15	16	45	1.85
14441344--14441459	27	4.3	27	78	2	108	22	15	17	44	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14441344--14441459	54	2.1	54	82	3	135	22	15	17	44	1.86
14443416--14443457	21	2.0	21	95	0	75	16	14	30	38	1.89
14443972--14444037	28	2.4	28	92	0	105	30	25	22	21	1.99
14444450--14444504	27	2.1	26	87	12	78	20	20	20	40	1.92
14444465--14444771	27	11.3	27	78	7	167	16	17	20	44	1.86
14444465--14444771	54	5.7	55	77	6	252	16	17	20	44	1.86
14444465--14444771	81	3.8	81	81	4	278	16	17	20	44	1.86
14451353--14451395	19	2.1	21	87	8	63	37	9	0	53	1.33
14457480--14457510	15	2.1	15	93	0	53	35	9	9	45	1.70
14459750--14459776	11	2.5	11	100	0	54	22	7	18	51	1.70
14461189--14461381	91	2.1	92	87	2	273	44	4	4	46	1.45
14461210--14461349	47	3.0	46	69	17	128	43	2	5	47	1.41
14461399--14461473	27	2.8	27	70	22	68	41	2	0	56	1.13
14461413--14461446	17	2.0	17	88	11	52	44	2	0	52	1.16
14461449--14461659	66	3.4	64	68	18	183	41	2	6	48	1.44
14461536--14461587	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
14461412--14461708	120	2.5	120	93	3	501	42	2	5	49	1.37
14461665--14461706	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
14461809--14461843	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
14461938--14462032	45	2.1	44	88	1	136	34	27	5	32	1.79
14463225--14463417	40	4.9	39	83	3	215	14	15	25	44	1.85
14464889--14464988	31	3.2	31	61	8	76	25	9	30	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14464871--14464995	63	2.0	63	95	0	223	28	8	28	34	1.86
14473859--14474458	301	2.0	301	100	0	1200	46	17	14	21	1.84
14476195--14476219	13	1.9	13	100	0	50	84	0	0	16	0.63
14478081--14478123	21	2.0	23	82	17	56	46	9	9	34	1.68
14482365--14482568	39	5.2	39	69	10	137	44	15	5	34	1.70
14482320--14482568	79	3.2	79	86	1	331	45	14	5	34	1.67
14482398--14482516	40	3.0	40	73	11	127	46	17	4	31	1.67
14482321--14482540	39	5.6	39	69	13	137	44	14	5	35	1.68
14486624--14486785	51	3.2	51	96	0	288	33	14	22	30	1.93
14491279--14491504	39	5.8	38	72	11	188	42	15	7	34	1.76
14491234--14491492	78	3.3	78	86	2	349	42	15	7	35	1.74
14503323--14503379	24	2.3	25	83	16	75	45	0	1	52	1.11
14508844--14508887	13	3.5	13	78	12	56	70	0	2	27	0.99
14512517--14512546	13	2.4	13	94	5	53	70	0	0	30	0.88
14513025--14513154	19	6.8	19	93	0	224	37	16	8	37	1.79
14513002--14513154	38	3.9	38	94	3	252	38	16	7	37	1.78
14513002--14513154	57	2.6	57	88	4	225	38	16	7	37	1.78
14513700--14514689	44	22.8	44	68	12	414	26	22	20	30	1.98
14513703--14514295	217	2.7	217	91	0	918	26	23	21	29	1.99
14513980--14514515	173	3.1	173	79	7	665	27	21	21	29	1.98
14514181--14514300	40	2.9	42	76	9	129	26	20	23	29	1.99
14514058--14514471	84	4.8	87	71	14	275	26	21	21	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14514184--14514424	129	1.9	129	84	1	322	25	21	21	30	1.99
14513967--14514590	346	1.8	346	92	0	1050	26	22	20	30	1.98
14514266--14514701	217	2.0	217	86	2	606	27	21	19	30	1.98
14514060--14514590	173	3.1	173	77	6	642	26	22	20	30	1.98
14513967--14514688	346	2.1	346	87	1	1045	26	21	21	30	1.98
14515057--14515157	44	2.3	44	86	6	134	31	27	12	27	1.93
14515080--14515173	44	2.1	44	88	3	136	32	23	15	27	1.95
14515175--14515752	88	6.6	88	89	0	859	20	24	27	27	1.99
14515211--14515509	44	6.8	45	65	9	159	21	25	25	27	1.99
14516951--14516996	23	2.0	23	91	0	74	2	21	0	76	0.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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