genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.31.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65706892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   

This is table  31  of  218  ( 26060 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9838582--9838621	14	2.6	16	88	11	57	60	2	0	37	1.11
9838582--9838629	14	3.2	14	82	8	51	60	2	0	37	1.09
9838653--9838700	9	5.6	9	85	12	57	68	6	2	22	1.23
9838653--9838701	17	2.9	17	85	14	66	69	6	2	22	1.21
9854689--9854730	15	2.6	16	82	17	52	61	2	0	35	1.09
9854688--9854734	17	2.8	16	83	6	58	63	2	0	34	1.06
9865972--9866064	48	2.0	47	89	6	143	18	25	21	34	1.96
9868077--9868109	6	5.5	6	100	0	66	0	15	33	51	1.43
9873158--9873209	25	2.1	25	82	10	63	9	7	1	80	0.97
9873734--9873785	21	2.5	20	81	6	59	32	5	11	50	1.62
9877023--9877085	29	2.2	29	80	5	74	46	6	12	34	1.68
9879171--9879250	22	3.6	22	69	21	60	45	1	1	52	1.16
9889619--9889661	11	4.0	11	82	11	54	18	30	0	51	1.47
9889632--9889676	20	2.2	20	84	7	56	24	26	0	48	1.51
9889643--9889763	51	2.4	51	84	5	158	30	21	1	46	1.61
9890876--9890914	7	5.6	7	96	0	69	25	0	12	61	1.31
9891565--9891604	18	2.2	18	95	0	71	22	30	5	42	1.75
9892029--9892550	25	21.9	24	65	22	185	39	0	13	46	1.45
9892037--9892429	71	5.6	71	96	1	720	38	0	13	48	1.42
9892316--9892550	121	1.9	121	96	0	434	40	0	14	44	1.48
9892555--9892644	23	3.9	23	91	0	144	46	21	4	27	1.70
9894595--9894835	125	1.9	125	88	3	369	33	21	15	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9899298--9899360	29	2.1	29	81	16	76	53	1	9	34	1.43
9899300--9899360	30	2.0	30	84	12	81	52	1	9	36	1.45
9899829--9899906	22	3.5	22	85	1	111	30	26	0	42	1.56
9900094--9900124	15	2.1	15	93	0	53	29	0	6	64	1.18
9901757--9901792	18	2.0	18	94	0	63	22	25	5	47	1.73
9902266--9902969	29	23.9	29	88	3	969	46	29	0	23	1.55
9902266--9902969	88	8.0	87	87	3	969	46	29	0	23	1.55
9902968--9903193	37	6.1	37	96	0	398	39	11	2	46	1.52
9906223--9906600	125	3.0	125	90	0	596	34	21	14	28	1.93
9907639--9907687	9	5.4	9	82	0	53	38	20	14	26	1.91
9907695--9907757	17	3.5	17	69	12	54	50	12	3	33	1.56
9907686--9907760	37	2.0	37	94	0	132	46	14	4	34	1.63
9907686--9907777	37	2.5	37	87	7	116	47	14	4	33	1.63
9907885--9907991	39	2.8	39	91	1	171	19	1	27	51	1.57
9907988--9908021	13	2.8	12	86	8	50	14	0	44	41	1.45
9907995--9908023	13	2.2	13	100	0	58	13	0	48	37	1.43
9909070--9909113	23	1.9	23	90	0	70	2	31	0	65	1.05
9911235--9911297	31	2.0	31	100	0	126	41	28	6	23	1.79
9911901--9912328	108	4.0	107	90	2	633	34	18	16	30	1.93
9911901--9912328	110	4.0	107	89	2	617	34	18	16	30	1.93
9914243--9914272	13	2.3	13	94	0	51	36	10	6	46	1.64
9919193--9919222	15	2.0	15	93	0	51	36	10	6	46	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9919810--9920008	80	2.5	81	79	4	204	15	22	26	35	1.94
9919788--9920025	41	5.9	40	75	7	176	15	22	26	34	1.95
9924198--9924235	13	2.9	13	100	0	76	23	0	13	63	1.30
9924714--9924766	21	2.5	21	84	9	72	39	1	1	56	1.21
9924787--9924972	55	3.4	55	78	13	188	48	15	0	36	1.46
9924883--9924921	20	1.9	21	94	5	71	48	20	0	30	1.50
9924848--9924964	59	1.9	62	89	5	186	48	15	0	35	1.45
9925000--9925326	9	37.8	9	72	13	222	46	20	1	31	1.61
9925029--9925322	25	11.5	25	72	11	186	46	20	1	31	1.60
9925049--9925159	43	2.6	41	83	10	134	47	21	0	30	1.51
9925047--9925238	105	1.8	105	80	7	228	46	21	1	30	1.58
9925070--9925337	61	4.4	62	77	12	220	45	19	1	32	1.60
9925263--9925337	34	2.3	32	88	4	105	46	18	1	33	1.58
9931291--9931563	85	3.2	84	83	9	313	25	20	21	32	1.98
9931292--9931563	43	6.4	41	83	7	280	25	20	21	32	1.98
9931316--9931546	128	1.8	128	85	5	333	23	19	21	35	1.96
9932541--9932579	9	4.0	9	87	9	51	74	0	2	23	0.94
9932719--9932751	17	2.0	17	88	5	50	18	3	3	75	1.06
9936481--9936669	88	2.1	90	84	5	249	38	14	7	39	1.75
9936708--9936745	20	1.9	20	84	10	51	36	18	13	31	1.89
9936808--9936917	10	11.4	9	73	12	69	66	2	1	29	1.16
9936807--9936914	20	5.5	19	70	12	76	65	2	1	29	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9936837--9936917	21	4.2	18	70	19	56	69	2	2	25	1.14
9936847--9936918	28	2.5	28	80	8	74	68	2	1	27	1.12
9937187--9937231	11	4.4	11	76	23	53	57	0	0	42	0.98
9937197--9937289	18	5.7	17	75	18	90	62	0	1	36	1.03
9937217--9937290	30	2.4	29	86	10	103	66	0	1	32	1.00
9937218--9937290	16	4.6	16	68	14	53	65	0	1	32	1.01
9937500--9937544	11	4.2	11	82	2	56	68	0	4	26	1.08
9937500--9937544	22	2.1	21	87	4	63	68	0	4	26	1.08
9937566--9937645	20	3.8	20	81	6	79	28	6	1	63	1.26
9937565--9937645	40	1.9	42	82	9	103	28	6	1	64	1.25
9937656--9937700	19	2.5	17	80	13	54	35	2	4	57	1.31
9937662--9937705	19	2.3	19	88	0	61	36	2	4	56	1.32
9937619--9937714	46	2.1	46	80	7	106	30	5	3	61	1.33
9937697--9937776	29	2.8	28	79	11	90	38	3	0	57	1.17
9941163--9941206	22	1.9	24	81	9	56	47	0	11	40	1.39
9941380--9941464	44	1.9	44	92	0	143	38	23	7	30	1.81
9943546--9943579	17	2.0	17	94	0	59	11	55	17	14	1.68
9968734--9968786	23	2.3	23	83	3	61	39	15	15	30	1.87
9970704--9970737	17	2.0	17	88	0	50	73	8	11	5	1.24
9970980--9971005	11	2.4	11	100	0	52	61	0	0	38	0.96
9974409--9974494	3	28.7	3	92	4	138	36	0	1	62	1.03
9975267--9975358	36	2.5	38	77	10	93	45	1	21	31	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9979460--9979485	11	2.4	11	100	0	52	50	7	42	0	1.31
9980197--9980284	39	2.2	40	84	9	110	36	7	18	37	1.80
9980459--9980634	45	4.2	40	81	15	173	19	19	21	39	1.92
9980486--9980636	45	3.3	45	91	0	230	19	19	20	41	1.91
9986922--9986947	11	2.4	11	100	0	52	50	7	42	0	1.31
9987659--9987746	39	2.2	40	84	9	110	36	7	18	37	1.80
9987921--9988095	45	4.2	39	78	17	122	20	20	20	39	1.93
9987948--9988098	45	3.3	45	91	0	230	19	19	20	41	1.91
9989173--9989268	41	2.3	41	96	0	174	30	20	26	22	1.99
9989444--9989578	41	3.3	41	89	0	216	29	18	27	24	1.98
9990733--9990797	32	2.0	32	100	0	130	33	18	16	30	1.94
10001978--10002002	12	2.1	12	100	0	50	52	8	0	40	1.31
10003278--10003312	16	2.2	16	90	10	54	45	2	0	51	1.16
10003915--10003962	19	2.5	19	75	0	51	62	0	0	37	0.95
10007419--10007456	14	2.6	15	83	8	51	42	15	0	42	1.47
10009032--10009081	20	2.5	19	77	6	55	30	0	18	52	1.46
10012136--10012301	58	2.8	58	81	6	201	22	17	13	46	1.83
10012817--10012929	60	1.9	60	82	10	142	49	13	15	22	1.78
10012816--10012943	60	2.1	60	78	8	136	52	12	15	19	1.74
10018588--10018633	19	2.3	20	88	3	67	60	2	0	36	1.09
10019138--10019177	19	2.1	19	86	9	55	30	2	0	67	1.04
10020044--10020153	52	2.1	51	89	1	166	30	10	13	45	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10021863--10021905	21	2.0	21	82	8	52	23	20	4	51	1.66
10022950--10023042	39	2.5	37	80	7	98	27	29	22	20	1.98
10023395--10023424	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
10024132--10024166	16	2.2	16	89	0	52	2	14	8	74	1.17
10024169--10024232	31	2.2	29	80	8	76	48	1	1	48	1.20
10027124--10027187	21	3.0	20	72	19	58	57	1	0	40	1.08
10027136--10027182	23	2.0	25	83	8	62	61	2	0	36	1.08
10027161--10027272	55	2.0	55	86	3	154	41	8	14	35	1.77
10027577--10027695	60	2.0	60	91	0	193	52	12	0	35	1.40
10029260--10029297	19	2.0	20	90	10	62	47	0	0	52	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218