genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.53.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65706892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  53  of  218  ( 26060 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16174556--16174594	18	2.1	19	85	4	53	66	0	2	30	1.05
16174563--16174624	25	2.5	25	81	7	72	69	1	1	27	1.07
16176698--16176761	29	2.3	28	80	15	78	28	3	1	67	1.15
16176884--16176919	18	2.0	18	88	0	54	33	5	13	47	1.67
16178212--16178267	29	2.0	28	82	10	69	28	7	3	60	1.40
16179643--16179677	13	2.8	13	86	4	54	0	0	28	71	0.86
16184279--16184315	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
16184529--16184588	30	2.0	31	86	3	86	20	40	0	40	1.52
16186223--16186315	44	2.1	46	85	4	127	36	21	6	35	1.79
16186297--16186351	16	3.4	16	87	0	83	29	23	9	38	1.85
16190032--16190103	13	5.5	13	81	3	90	38	8	18	34	1.80
16192309--16192378	27	2.6	26	82	6	77	55	11	0	32	1.36
16192309--16192372	13	4.8	13	76	5	56	56	10	0	32	1.34
16196753--16196890	63	2.2	62	75	6	134	28	7	32	31	1.84
16206164--16206196	17	1.9	17	100	0	66	42	6	27	24	1.78
16210785--16210817	17	1.9	17	100	0	66	42	6	27	24	1.78
16213375--16213406	17	1.9	16	93	6	55	68	6	0	25	1.12
16213519--16213553	15	2.4	15	85	4	54	65	0	14	20	1.26
16213639--16213670	14	2.3	15	84	15	50	34	0	34	31	1.58
16213643--16213681	14	2.8	13	85	11	51	38	0	33	28	1.57
16214682--16214752	35	2.0	35	100	0	142	30	8	11	49	1.68
16218037--16218099	30	2.2	29	82	5	74	22	12	17	47	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16218728--16218752	12	2.1	12	100	0	50	48	8	44	0	1.32
16219045--16219100	29	1.9	29	85	7	78	41	17	16	25	1.89
16228328--16228380	25	2.1	25	82	0	61	39	11	28	20	1.87
16231966--16232022	31	1.9	31	86	10	84	63	3	7	26	1.36
16232015--16232060	15	3.0	15	81	6	56	67	6	2	23	1.25
16233774--16234202	131	3.3	131	80	5	447	27	22	19	30	1.98
16234168--16234771	44	13.8	44	66	15	198	29	24	16	29	1.97
16233862--16235175	132	10.0	132	85	3	1544	29	23	17	30	1.97
16236499--16236528	7	4.4	7	91	8	53	13	13	0	73	1.10
16236499--16236528	13	2.2	14	94	5	53	13	13	0	73	1.10
16237437--16237475	14	2.7	15	88	4	53	15	0	7	76	0.99
16237436--16237477	21	2.0	21	86	9	59	16	0	9	73	1.08
16238230--16238288	25	2.3	25	85	8	75	59	6	13	20	1.57
16238415--16238566	79	1.9	79	97	0	286	31	20	15	32	1.93
16239316--16239354	7	5.6	7	100	0	78	74	0	0	25	0.82
16239445--16239576	59	2.2	59	97	0	246	59	7	15	17	1.59
16241899--16241955	29	2.0	29	89	0	87	28	3	8	59	1.44
16241894--16241955	13	4.6	13	71	15	54	29	3	9	58	1.46
16248649--16248698	26	1.9	25	84	8	64	40	6	12	42	1.67
16252802--16252878	29	2.7	29	87	0	109	28	10	12	48	1.75
16254102--16254136	18	1.9	18	88	0	52	48	0	0	51	1.00
16255636--16255662	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16255834--16255871	18	2.1	18	85	9	51	34	2	0	63	1.09
16256228--16256283	9	6.0	9	81	4	58	25	33	1	39	1.66
16256230--16256283	19	2.8	19	78	8	56	25	35	1	37	1.67
16259470--16259525	3	18.3	3	96	3	103	66	0	33	0	0.92
16260161--16260227	25	2.6	27	81	11	86	34	20	22	22	1.97
16265999--16266092	46	2.0	46	95	0	170	40	11	10	37	1.77
16267085--16267128	21	2.2	20	83	4	52	45	0	2	52	1.13
16268735--16269510	152	5.1	152	90	3	1206	51	6	9	31	1.61
16272074--16272146	21	3.4	21	80	1	83	1	28	17	52	1.54
16275042--16275087	23	2.0	23	95	0	83	56	19	10	13	1.66
16275470--16275648	30	6.1	30	93	3	303	51	0	10	37	1.40
16275470--16275648	61	3.0	59	92	6	301	51	0	10	37	1.40
16275582--16275637	28	2.2	23	82	17	67	51	0	10	37	1.37
16279196--16279244	21	2.3	21	92	0	80	28	38	10	22	1.87
16297592--16297650	25	2.3	27	82	11	70	37	1	3	57	1.25
16297716--16297806	45	2.0	47	91	4	150	45	7	2	45	1.44
16307084--16307124	19	2.2	19	86	8	57	51	0	2	46	1.14
16315772--16315811	5	8.0	5	91	8	64	0	60	0	40	0.97
16316450--16316765	157	2.0	157	96	0	587	39	21	12	26	1.88
16320620--16320696	40	1.9	41	84	7	104	16	12	1	68	1.27
16320688--16320742	28	2.0	29	89	7	87	32	9	1	56	1.41
16326075--16326120	11	4.1	11	83	5	56	13	4	4	78	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16332982--16333016	12	2.9	12	91	0	52	8	25	40	25	1.84
16362302--16362410	47	2.3	47	91	0	173	48	22	12	16	1.80
16363722--16363772	25	2.0	25	96	0	93	35	23	13	27	1.93
16368309--16368351	18	2.4	18	84	7	52	39	11	9	39	1.74
16369790--16369842	19	2.9	17	76	13	52	45	3	0	50	1.19
16370187--16370251	26	2.5	25	76	16	60	35	7	1	55	1.38
16388110--16388184	19	3.8	19	87	6	105	37	6	16	40	1.74
16388111--16388173	21	3.1	21	90	4	94	38	6	14	41	1.71
16388163--16388230	23	3.0	23	95	2	120	36	4	17	41	1.70
16393725--16393983	44	5.9	45	80	8	277	28	14	26	30	1.95
16393936--16394426	132	3.7	132	93	0	822	32	19	23	24	1.97
16393946--16394394	44	10.2	44	64	9	117	32	19	22	24	1.98
16394939--16395015	19	3.8	19	80	11	91	36	5	16	41	1.71
16394981--16395025	23	2.0	23	86	4	65	33	4	15	46	1.66
16397554--16397711	44	3.6	44	76	4	133	30	21	20	27	1.98
16397984--16398106	44	2.8	46	77	11	125	30	22	17	28	1.97
16398081--16398559	181	2.6	181	87	2	683	30	20	18	30	1.96
16398308--16398416	44	2.4	45	83	4	132	27	27	19	25	1.99
16400181--16400292	57	2.0	57	85	0	152	9	20	16	53	1.70
16400177--16400304	57	2.2	57	80	9	143	8	21	14	55	1.65
16415840--16415947	19	5.6	20	72	16	59	64	2	1	30	1.18
16415899--16415950	10	5.3	10	76	4	61	71	1	3	23	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16415899--16415950	19	2.7	20	85	11	72	71	1	3	23	1.13
16416648--16416697	22	2.3	22	80	12	59	60	0	38	2	1.09
16416636--16416713	27	2.8	27	81	14	88	61	0	35	2	1.10
16417280--16417344	21	3.1	21	72	12	71	55	0	3	41	1.15
16427129--16427175	21	2.2	22	88	3	69	23	36	19	21	1.95
16430109--16430378	43	6.3	43	77	4	249	35	24	14	25	1.94
16430122--16430379	86	3.0	86	83	4	342	35	24	14	25	1.93
16436858--16436903	16	2.9	16	78	12	51	45	0	2	52	1.13
16436798--16437008	107	2.0	108	96	0	388	43	1	6	49	1.36
16436965--16437006	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
16436956--16436997	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
16437151--16437241	45	2.0	44	87	6	130	34	27	5	32	1.80
16437222--16437289	16	4.2	16	92	0	109	35	38	0	26	1.57
16438507--16438773	104	2.6	104	92	2	455	18	20	30	29	1.97
16445979--16446244	104	2.6	104	92	4	448	18	20	30	30	1.97
16448488--16448647	14	11.2	14	73	8	72	46	30	0	23	1.57
16448487--16448598	7	15.7	7	77	7	64	45	33	0	20	1.51
16448488--16448598	50	2.2	50	81	0	123	45	33	0	20	1.51
16448510--16448647	21	6.5	21	72	9	82	48	26	0	23	1.56
16449058--16449162	40	2.6	40	87	0	147	29	20	20	30	1.97
16448950--16449426	147	3.2	145	84	6	598	27	21	19	30	1.98
16448961--16449426	149	3.1	146	85	6	589	28	21	19	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16449211--16449426	40	5.6	39	71	12	151	29	22	19	28	1.98
16449250--16449520	114	2.4	114	90	0	418	29	21	17	32	1.96
16451745--16451789	12	3.4	12	78	21	54	75	2	8	13	1.13
16451832--16451900	32	2.2	32	94	2	122	39	5	10	44	1.62
16452710--16452969	96	2.7	97	85	5	348	50	1	6	40	1.40
16453134--16453181	22	2.2	22	85	7	62	20	2	2	75	1.02
16458020--16458051	14	2.3	14	94	0	55	37	0	15	46	1.46
16458275--16458341	22	2.9	22	78	12	71	19	2	4	73	1.14
16463158--16463211	27	2.0	27	100	0	108	22	11	11	55	1.66
16472732--16472775	9	4.8	9	77	5	52	72	2	2	22	1.07

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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