genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.212.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65706892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   

This is table  212  of  218  ( 26060 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63082873--63082952	36	2.2	36	82	8	101	52	1	8	37	1.41
63083083--63083167	3	28.3	3	88	4	127	63	1	3	31	1.19
63084192--63084227	15	2.4	15	100	0	72	8	0	47	44	1.33
63084738--63084793	15	3.7	15	77	17	71	48	30	3	17	1.65
63084741--63084800	30	2.0	30	100	0	120	46	30	3	20	1.66
63088056--63088101	24	2.0	23	82	4	56	60	2	8	28	1.38
63089676--63089735	23	2.6	23	100	0	120	30	8	0	61	1.25
63089987--63090026	20	2.0	20	85	0	53	50	15	10	25	1.74
63089975--63090041	34	1.9	35	87	3	100	46	14	8	29	1.76
63107940--63107985	24	1.9	24	81	0	56	36	2	2	58	1.22
63113942--63114011	31	2.4	28	79	11	70	41	17	7	34	1.76
63119508--63119545	17	2.2	18	90	4	60	60	0	21	18	1.36
63121124--63121175	15	3.4	15	75	15	61	50	1	1	46	1.23
63130421--63130461	19	2.2	19	100	0	82	31	21	17	29	1.96
63135753--63135781	14	2.1	14	100	0	58	10	6	41	41	1.66
63140861--63140892	14	2.3	14	100	0	64	6	15	46	31	1.71
63141543--63141583	17	2.2	20	80	20	54	82	7	0	9	0.83
63142217--63142314	19	5.3	19	80	4	128	38	12	0	48	1.41
63142217--63142314	37	2.6	37	100	0	196	38	12	0	48	1.41
63142342--63142630	37	7.8	37	94	0	508	48	0	10	40	1.38
63143986--63144021	18	1.9	19	88	5	56	30	0	8	61	1.26
63151330--63151379	25	2.0	25	100	0	100	28	20	16	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63151539--63151610	36	2.0	36	97	0	135	34	11	12	41	1.78
63156034--63156083	25	2.0	25	100	0	100	28	20	16	36	1.93
63156235--63156307	37	2.0	36	97	2	137	36	10	10	41	1.76
63158037--63158120	42	2.0	42	100	0	168	21	9	19	50	1.75
63160760--63160793	16	2.0	18	88	11	54	29	2	5	61	1.34
63163425--63164650	606	2.0	608	93	1	2075	37	14	10	38	1.80
63165336--63165360	12	2.1	12	100	0	50	40	16	8	36	1.77
63167122--63167148	14	1.9	14	100	0	54	37	14	18	29	1.91
63174746--63174804	25	2.4	25	82	0	73	32	16	22	28	1.96
63182473--63182543	21	3.4	20	67	19	56	59	14	5	21	1.55
63183731--63183755	8	3.1	8	100	0	50	36	0	12	52	1.39
63191550--63191592	11	4.0	11	84	3	61	30	2	46	20	1.63
63191550--63191592	21	2.0	21	90	4	68	30	2	46	20	1.63
63195632--63195724	18	5.2	18	80	0	105	33	12	22	31	1.92
63195633--63195724	36	2.6	36	83	0	121	33	13	21	31	1.92
63196257--63196298	10	4.1	10	81	6	57	28	2	47	21	1.63
63196257--63196298	21	2.0	21	95	0	75	28	2	47	21	1.63
63198162--63198189	13	2.2	13	100	0	56	21	14	7	57	1.61
63203540--63203574	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
63208387--63208445	25	2.4	25	79	0	73	22	16	22	38	1.93
63212186--63212210	12	2.1	12	100	0	50	40	16	8	36	1.77
63217949--63217979	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63218033--63218069	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
63224671--63224741	36	1.9	37	88	2	108	56	4	4	35	1.38
63225837--63225893	5	11.6	5	75	20	50	56	3	1	38	1.27
63225844--63225915	34	2.2	32	85	14	94	55	5	1	37	1.32
63234684--63234777	40	2.3	40	90	3	145	32	20	23	23	1.97
63234926--63234966	14	2.9	14	85	3	55	31	0	26	41	1.56
63234986--63235020	7	5.0	7	89	0	52	17	0	51	31	1.45
63238411--63238495	43	2.0	43	86	4	118	34	7	11	47	1.67
63238816--63239032	43	5.1	42	82	4	229	27	14	26	31	1.95
63238816--63239032	85	2.5	86	83	6	255	27	14	26	31	1.95
63239747--63239814	34	2.0	34	88	0	100	26	23	5	44	1.76
63248982--63249122	73	1.9	73	89	0	219	34	17	18	29	1.94
63249538--63249621	19	4.1	19	69	23	53	54	0	5	39	1.25
63252867--63252907	17	2.3	18	84	12	50	7	12	9	70	1.33
63252867--63252909	18	2.5	17	85	11	52	6	11	9	72	1.29
63253504--63253549	19	2.4	19	100	0	92	50	28	8	13	1.70
63254532--63254785	46	5.6	46	96	1	433	28	22	14	33	1.94
63257863--63257914	26	2.0	26	85	7	70	34	3	0	61	1.14
63258086--63258128	3	14.0	3	85	4	50	37	4	0	58	1.19
63260729--63260753	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
63260912--63260962	9	5.8	9	88	4	68	39	29	7	23	1.83
63260912--63260956	17	2.6	17	85	3	54	40	28	8	22	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63262141--63262214	29	2.5	29	86	4	94	50	14	14	20	1.78
63265080--63265109	13	2.3	13	100	0	60	50	16	0	33	1.46
63265407--63265460	21	2.6	21	81	0	63	35	1	9	53	1.44
63281857--63281912	29	1.9	29	88	0	85	21	21	8	48	1.77
63286869--63286958	42	2.2	41	80	7	94	18	28	30	22	1.97
63291092--63291147	29	1.9	29	88	0	85	21	21	8	48	1.77
63292755--63292800	23	2.0	24	82	4	58	2	23	8	65	1.32
63292798--63292832	18	1.9	18	100	0	70	8	11	11	68	1.39
63293670--63293852	11	17.9	11	70	19	112	57	0	2	39	1.11
63293672--63293860	40	4.7	40	80	10	174	58	0	2	39	1.10
63296019--63296070	23	2.2	24	80	19	65	40	3	0	55	1.18
63304945--63304977	12	2.6	13	85	9	50	63	0	24	12	1.28
63309244--63309360	10	11.4	10	66	18	53	60	0	1	37	1.07
63309264--63309383	11	11.5	10	71	19	68	56	0	3	40	1.16
63309238--63309382	52	2.8	51	88	7	195	57	0	2	39	1.13
63309275--63309392	41	2.9	41	91	2	177	59	0	2	38	1.11
63318288--63318334	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
63319670--63320393	360	2.0	360	99	0	1430	23	26	14	35	1.93
63326553--63326620	34	2.0	34	88	0	100	26	23	5	44	1.76
63341296--63341336	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
63345880--63346022	72	2.0	72	91	0	232	34	18	19	27	1.95
63347683--63348003	131	2.4	131	86	3	446	26	24	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63347764--63347959	44	4.5	44	69	15	127	28	25	19	27	1.99
63348055--63348216	50	3.2	50	78	3	173	29	20	17	32	1.95
63348055--63348234	100	1.8	100	87	0	270	28	22	17	31	1.96
63349993--63350301	102	3.0	102	97	0	591	34	18	24	22	1.96
63353064--63353204	73	1.9	73	88	0	210	34	15	18	31	1.92
63354829--63354865	16	2.2	18	85	9	51	5	10	8	75	1.17
63356988--63357031	18	2.4	18	85	7	54	6	11	9	72	1.27
63358636--63358973	46	7.6	46	90	6	538	28	22	14	34	1.94
63358739--63358973	84	2.7	85	94	5	391	28	21	14	34	1.93
63358636--63358963	130	2.5	130	91	4	507	28	22	14	34	1.94
63361612--63361654	3	14.0	3	85	4	50	37	4	0	58	1.19
63364421--63364498	9	8.3	9	74	13	50	44	26	6	21	1.76
63364448--63364495	20	2.4	20	89	0	69	43	27	6	22	1.77
63365657--63365730	29	2.5	29	86	4	94	50	14	14	20	1.78
63368596--63368625	13	2.3	13	100	0	60	50	16	0	33	1.46
63368921--63368974	21	2.6	21	81	0	63	35	1	9	53	1.44
63383262--63383329	34	2.0	34	85	0	91	26	22	5	45	1.75
63383840--63383915	40	1.9	40	88	0	116	35	21	19	23	1.96
63383840--63383947	40	2.7	40	80	4	112	35	22	21	21	1.96
63384010--63384151	41	3.6	39	81	5	142	19	19	28	32	1.96
63384408--63384454	22	2.1	22	84	0	58	17	0	42	40	1.49
63384407--63384480	29	2.6	29	80	0	85	21	0	40	37	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63384403--63384480	7	10.9	7	75	5	66	20	0	39	39	1.53
63389959--63390014	29	1.9	29	85	0	76	23	21	8	46	1.79
63394758--63394847	42	2.2	41	80	7	94	18	28	30	22	1.97
63398980--63399035	29	1.9	29	88	0	85	21	21	8	48	1.77
63400684--63400718	18	1.9	18	100	0	70	8	11	11	68	1.39
63401556--63401729	11	16.9	11	69	18	90	58	0	2	39	1.13
63401593--63401657	30	2.2	30	94	0	112	60	0	0	40	0.97
63401558--63401730	40	4.2	42	79	11	180	57	0	2	39	1.13
63401606--63401678	30	2.4	30	88	4	103	64	0	1	34	1.02
63401556--63401742	82	2.3	81	85	8	245	59	0	2	37	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218