genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.48.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65706892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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This is table  48  of  218  ( 26060 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14751349--14751373	12	2.1	12	100	0	50	24	8	8	60	1.52
14751463--14751520	27	2.1	27	100	0	116	39	17	15	27	1.90
14752463--14752604	69	2.1	69	94	0	248	45	4	2	47	1.39
14752760--14752805	8	6.2	8	80	19	64	58	15	0	26	1.37
14752768--14752884	20	5.7	20	85	8	130	52	15	1	30	1.53
14752749--14752879	12	11.7	12	65	30	60	51	15	1	31	1.52
14752781--14752860	23	3.7	23	85	8	98	50	15	2	32	1.57
14752815--14753074	9	30.7	9	69	21	145	46	18	1	33	1.58
14752844--14753070	16	13.9	16	73	20	168	47	18	0	33	1.54
14754671--14754841	66	2.6	65	87	3	227	38	18	30	13	1.89
14755166--14755279	43	2.7	43	87	0	147	24	18	28	28	1.98
14755834--14755877	18	2.4	19	84	7	63	63	0	0	36	0.95
14757385--14757472	10	8.8	10	75	16	67	39	1	0	59	1.05
14757384--14757450	22	3.0	22	76	4	64	38	1	0	59	1.06
14757420--14757469	9	5.2	9	79	11	55	42	0	0	58	0.98
14764526--14764838	69	4.5	68	78	3	295	28	25	19	26	1.99
14764531--14764825	138	2.1	137	83	6	364	29	25	19	26	1.99
14764849--14764947	37	2.7	37	82	4	121	27	23	19	30	1.98
14765280--14765326	3	15.7	3	95	0	85	0	31	0	68	0.90
14766736--14766989	48	5.3	49	85	1	309	42	14	15	27	1.86
14766736--14766989	97	2.6	97	83	2	325	42	14	15	27	1.86
14766863--14766942	23	3.4	23	72	6	70	40	16	15	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14767531--14767650	42	2.8	43	84	2	154	32	22	15	29	1.95
14770914--14770977	34	1.9	33	87	3	92	26	9	1	62	1.35
14772539--14772615	14	5.0	15	71	20	52	42	14	9	33	1.77
14772555--14772594	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
14772543--14772609	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
14773414--14773520	3	36.3	3	93	3	128	59	0	39	0	1.04
14773871--14773899	3	9.7	3	100	0	58	0	31	0	68	0.89
14775637--14775661	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
14776041--14776094	3	18.7	3	77	7	58	59	0	3	37	1.15
14776136--14776164	12	2.4	12	100	0	58	51	6	13	27	1.66
14776875--14776911	15	2.5	16	83	16	53	78	0	5	16	0.93
14782377--14782466	19	4.7	19	94	0	162	38	15	8	36	1.79
14782377--14782466	38	2.4	38	100	0	180	38	15	8	36	1.79
14783718--14783800	24	3.4	25	75	6	73	18	22	21	37	1.94
14783765--14783860	25	3.9	25	70	6	61	23	22	18	34	1.96
14808485--14808561	38	2.0	38	92	0	127	15	16	19	48	1.82
14810621--14810665	22	2.0	23	86	4	65	44	6	0	48	1.29
14813288--14813334	24	1.9	24	86	4	67	48	12	4	34	1.61
14816421--14816467	21	2.2	21	88	7	69	65	4	4	25	1.29
14816405--14816476	21	3.3	22	78	20	64	66	2	4	26	1.23
14816560--14816606	10	4.5	11	82	12	64	72	0	6	21	1.07
14816560--14816605	20	2.3	20	96	0	83	71	0	6	21	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14816602--14816661	13	4.5	13	78	12	68	58	0	0	41	0.98
14816617--14816668	27	1.9	27	92	0	86	57	1	0	40	1.10
14816930--14816981	26	1.9	26	84	7	68	30	0	5	63	1.18
14819898--14820143	83	3.0	83	94	0	429	27	17	22	32	1.96
14820373--14820418	21	2.2	21	100	0	92	41	4	0	54	1.20
14820359--14820426	21	2.8	26	72	23	74	41	2	0	55	1.15
14821076--14821106	15	2.1	15	100	0	62	32	19	6	41	1.77
14821497--14821552	16	3.4	16	80	4	58	39	28	3	28	1.73
14821577--14821621	16	2.8	16	82	3	63	40	24	4	31	1.75
14822413--14822481	33	2.1	33	89	5	104	23	0	53	23	1.46
14825585--14825615	16	1.9	16	93	0	53	29	0	38	32	1.57
14826773--14826818	16	2.8	16	83	6	56	23	6	32	36	1.81
14832455--14832495	19	2.2	19	86	0	55	31	0	19	48	1.49
14834387--14834428	22	1.9	22	95	0	75	52	16	23	7	1.68
14840734--14840775	19	2.2	19	83	8	50	23	7	0	69	1.13
14844250--14844370	24	5.2	23	69	14	70	22	9	9	57	1.60
14844345--14844395	20	2.7	19	79	8	59	23	3	13	58	1.52
14846361--14846412	4	12.8	4	80	11	52	75	3	19	1	1.06
14846388--14846440	20	2.8	20	85	5	65	67	0	32	0	0.91
14847102--14847148	24	2.0	24	84	16	62	31	0	17	51	1.46
14847307--14847445	40	3.5	40	75	10	117	27	19	22	30	1.98
14855047--14855246	106	2.0	98	86	7	274	33	17	10	39	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14857882--14858094	114	1.9	114	94	0	381	37	23	12	26	1.91
14865686--14865829	41	3.5	41	90	0	207	29	22	22	25	1.99
14867897--14867960	26	2.5	26	82	5	85	40	12	14	32	1.83
14872757--14872797	22	1.9	21	85	5	55	56	19	4	19	1.60
14875442--14875470	15	1.9	15	100	0	58	13	13	27	44	1.82
14878477--14878555	39	2.0	39	97	0	149	45	5	26	22	1.73
14882835--14882948	56	2.0	56	96	0	210	44	5	12	37	1.64
14886396--14886449	24	2.2	24	100	0	108	20	38	25	14	1.91
14889279--14889310	15	2.1	15	94	0	55	68	9	6	15	1.36
14894037--14894122	42	2.0	42	97	0	163	45	17	20	16	1.86
14895415--14895588	50	3.4	50	78	9	138	24	28	20	26	1.99
14898125--14898188	31	2.1	31	100	0	128	21	12	39	26	1.89
14899259--14899302	14	2.9	15	90	6	63	15	4	0	79	0.89
14907944--14908006	16	4.3	14	76	9	56	69	0	4	25	1.07
14909673--14910733	44	24.0	44	84	4	1269	29	24	14	31	1.95
14909673--14910733	133	8.0	132	86	4	1151	29	24	14	31	1.95
14909671--14910728	221	4.8	217	84	5	1198	29	24	14	31	1.95
14915376--14915406	16	1.9	16	93	0	53	32	22	19	25	1.97
14920806--14921043	115	2.0	118	93	6	410	42	10	12	34	1.78
14924388--14924418	13	2.5	12	94	5	53	70	0	6	22	1.09
14924388--14924450	25	2.5	25	82	12	67	66	0	7	25	1.18
14924704--14924734	12	2.6	12	89	0	53	41	6	12	38	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14926446--14926755	129	2.4	128	87	4	426	27	21	20	30	1.98
14926541--14926743	44	4.7	42	69	16	130	28	20	20	30	1.98
14926492--14926692	41	4.8	40	71	16	118	29	22	20	27	1.98
14926750--14927658	131	6.9	131	90	0	1406	26	25	18	29	1.98
14933818--14933848	13	2.5	12	94	5	53	70	0	6	22	1.09
14933818--14933880	25	2.5	25	82	12	67	66	0	7	25	1.18
14934140--14934170	12	2.6	12	89	0	53	41	6	12	38	1.69
14937836--14937982	63	2.3	63	84	0	186	23	7	32	36	1.83
14939567--14939671	52	2.0	52	90	0	165	51	7	0	40	1.37
14940231--14940265	15	2.4	15	95	4	63	14	37	0	48	1.44
14943266--14943323	17	3.3	17	83	7	71	63	3	1	31	1.21
14943267--14943357	10	9.6	9	71	15	60	63	3	1	31	1.17
14943319--14943358	21	1.9	21	85	10	55	62	2	0	35	1.09
14948497--14948534	18	2.1	19	85	5	51	65	0	0	34	0.93
14948657--14948722	29	2.2	30	83	2	80	40	4	6	48	1.48
14948927--14948980	16	3.4	16	81	0	63	42	1	27	27	1.66
14951821--14951846	10	2.6	10	100	0	52	50	19	0	30	1.48
14951812--14951896	35	2.4	34	84	5	98	54	18	7	20	1.67
14951875--14951905	16	1.9	16	100	0	62	58	12	6	22	1.58
14954386--14954419	16	2.1	16	88	0	50	11	32	0	55	1.36
14955170--14955826	205	3.2	202	85	6	835	28	13	17	40	1.87
14956055--14956156	52	2.0	51	83	9	127	31	9	23	35	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14956240--14956322	40	2.1	40	86	0	112	53	8	22	15	1.69
14956828--14957052	74	3.0	72	86	6	317	12	25	7	54	1.64
14965596--14965632	12	3.0	13	84	11	51	29	40	18	10	1.85
14975251--14975450	68	3.2	59	77	16	206	50	6	3	40	1.45
14978572--14978705	56	2.4	55	81	12	148	35	19	11	32	1.88
14979888--14979955	24	2.8	24	68	16	68	39	22	10	27	1.86
14982343--14982371	13	2.2	13	100	0	58	34	31	27	6	1.83
14990075--14990123	24	2.0	24	100	0	98	38	0	20	40	1.53
14993270--14993324	26	2.1	26	86	10	76	20	12	12	54	1.70
14994169--14994231	33	1.9	33	90	0	99	38	19	17	25	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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