genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65706892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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This is table  68  of  218  ( 26060 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20339138--20339190	5	10.8	5	84	11	74	60	0	0	39	0.97
20341148--20341215	32	2.1	32	94	0	118	19	22	11	47	1.81
20353700--20353739	20	2.0	20	95	0	71	25	32	5	37	1.77
20358348--20358390	20	2.2	20	83	8	52	23	4	0	72	1.04
20358380--20358442	26	2.4	26	86	5	83	47	0	1	50	1.10
20358423--20358466	18	2.5	18	85	10	56	40	0	4	54	1.21
20358428--20358499	20	3.7	20	87	7	103	37	0	5	56	1.22
20362349--20362391	19	2.3	19	84	15	54	65	0	4	30	1.13
20362349--20362408	10	6.3	9	76	16	59	63	0	5	31	1.16
20362349--20362405	29	2.0	29	86	6	80	61	0	5	33	1.18
20362368--20362414	18	2.5	19	75	6	51	61	0	4	34	1.15
20362507--20362589	20	4.2	20	73	15	57	56	1	6	36	1.32
20362560--20362634	9	8.1	9	73	15	64	61	0	2	36	1.10
20362559--20362596	19	2.0	20	94	5	69	65	0	5	28	1.14
20362560--20362633	19	3.9	19	72	15	64	60	0	2	36	1.11
20362743--20362821	41	2.0	38	82	7	95	41	5	1	51	1.31
20362862--20362905	20	2.3	19	84	4	52	31	2	2	63	1.19
20373449--20373492	22	2.0	22	100	0	88	18	18	18	45	1.86
20390365--20390588	45	5.0	45	90	1	324	50	9	18	20	1.75
20391909--20392217	109	2.8	108	86	6	419	33	18	16	31	1.93
20392664--20392703	3	13.3	3	89	0	62	62	0	5	32	1.17
20394560--20394942	126	3.0	126	97	0	712	29	21	19	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20394668--20394865	46	4.6	45	69	17	159	29	21	19	29	1.98
20394588--20394906	41	7.6	41	66	16	127	30	22	19	28	1.98
20394560--20395009	126	3.6	123	92	2	472	29	22	19	29	1.98
20395007--20395476	88	5.3	88	93	0	771	24	24	23	27	2.00
20395069--20395383	44	7.2	43	69	12	219	25	25	22	26	2.00
20395069--20395471	44	9.2	45	63	11	136	25	25	22	26	2.00
20396716--20396752	15	2.4	15	90	4	56	13	8	0	78	0.96
20397656--20397697	11	3.9	11	87	6	68	0	0	11	88	0.53
20401085--20401502	109	3.8	107	87	7	601	33	18	16	30	1.94
20401476--20401517	18	2.4	17	84	11	57	30	9	7	52	1.61
20403223--20403287	22	2.7	23	73	19	60	9	4	33	52	1.54
20422529--20422639	19	5.8	19	89	0	177	37	13	9	39	1.76
20422529--20422632	38	2.7	38	98	0	199	38	12	8	40	1.74
20427886--20427910	4	6.2	4	100	0	50	52	0	0	48	1.00
20432045--20432097	23	2.3	24	78	15	58	30	15	18	35	1.92
20434978--20435009	16	1.9	17	93	6	57	37	21	0	40	1.54
20435170--20435313	43	3.4	43	80	11	156	29	29	20	20	1.98
20438129--20438177	24	2.0	24	96	0	89	28	22	16	32	1.95
20442205--20442236	16	1.9	17	93	6	57	37	21	0	40	1.54
20442397--20442567	43	4.0	43	78	13	169	29	28	19	22	1.98
20442397--20442554	84	1.9	84	85	7	223	28	29	20	21	1.98
20447777--20447814	17	2.2	18	85	4	51	39	10	0	50	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20452402--20452444	21	2.0	21	86	0	59	30	0	16	53	1.43
20455192--20455444	123	2.1	122	90	3	400	29	16	23	30	1.96
20458681--20458858	23	7.0	23	77	19	176	31	0	21	47	1.51
20458648--20459754	28	40.7	28	81	13	1180	32	0	20	46	1.54
20458663--20459754	51	20.2	51	81	13	1124	32	0	20	46	1.53
20459371--20459478	35	3.1	35	89	1	155	27	0	29	42	1.56
20461900--20461933	15	2.3	15	90	5	52	67	5	0	26	1.13
20462129--20462170	22	1.9	22	90	0	66	33	0	33	33	1.58
20462142--20462200	30	2.0	30	93	0	100	33	0	33	32	1.58
20462171--20462232	22	2.8	23	92	4	101	37	1	25	35	1.66
20462172--20462241	22	3.2	21	88	11	97	37	1	27	34	1.66
20462416--20462508	42	2.3	40	80	14	102	16	32	29	22	1.95
20469449--20469494	21	2.1	21	84	4	56	58	8	10	21	1.58
20478870--20479094	121	1.9	121	97	0	423	30	25	20	23	1.99
20486687--20486730	21	2.1	21	91	0	70	31	34	22	11	1.90
20492010--20492064	18	3.1	18	79	10	67	27	16	14	41	1.87
20494573--20494598	10	2.6	10	100	0	52	42	7	7	42	1.62
20496978--20497190	90	2.4	90	85	1	275	32	12	26	28	1.93
20497029--20497248	90	2.4	90	83	3	255	34	13	22	29	1.93
20502573--20502650	29	2.6	29	81	4	75	29	8	17	43	1.80
20507231--20507270	20	2.0	20	90	9	64	27	25	5	42	1.75
20508312--20508367	28	2.0	28	96	0	103	48	17	12	21	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20511647--20511719	36	2.0	36	94	0	128	28	30	19	21	1.98
20513264--20513677	44	9.4	44	83	3	404	29	17	22	30	1.96
20513303--20513728	89	4.8	88	80	5	414	29	17	23	30	1.97
20513264--20513639	176	2.1	176	83	2	470	30	17	21	30	1.96
20513527--20513694	45	3.8	45	84	3	196	27	16	26	30	1.96
20515620--20515713	3	30.7	3	79	12	84	36	2	2	59	1.21
20517355--20517400	19	2.4	19	85	7	58	23	21	8	45	1.80
20520241--20520289	21	2.3	22	82	6	57	69	0	18	12	1.19
20520248--20520291	14	3.1	14	81	12	54	65	0	22	11	1.24
20521600--20522783	44	26.7	44	77	8	930	31	13	23	31	1.93
20521566--20522792	133	9.2	133	83	5	1084	31	14	22	31	1.93
20521600--20522783	177	6.7	175	84	5	1154	31	13	23	31	1.93
20522626--20522815	89	2.1	89	85	0	254	33	13	22	30	1.92
20523285--20523325	22	1.9	21	85	5	55	70	17	7	4	1.28
20528566--20528618	22	2.3	24	80	12	74	45	0	0	54	0.99
20530094--20530123	13	2.3	13	94	0	51	80	0	3	16	0.85
20532962--20533004	21	2.1	20	86	4	59	46	2	0	51	1.13
20532962--20533007	20	2.3	20	82	13	60	45	2	0	52	1.13
20532962--20533011	22	2.3	20	80	12	55	46	2	0	52	1.12
20534151--20534191	12	3.3	12	86	6	55	36	9	9	43	1.71
20534773--20534837	22	2.6	24	77	17	62	64	0	26	9	1.23
20536372--20536443	10	7.4	10	74	22	64	36	2	1	59	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20541676--20541733	7	7.7	7	80	16	55	81	0	18	0	0.70
20541677--20541733	13	4.4	13	80	6	71	80	0	19	0	0.71
20541783--20542718	312	3.0	312	96	0	1678	31	17	21	30	1.96
20543554--20543901	46	7.5	46	90	0	516	24	15	26	33	1.95
20543936--20544366	132	3.3	132	92	0	711	29	17	24	27	1.98
20544112--20544524	220	1.9	220	91	2	686	29	17	24	28	1.98
20544259--20544396	44	3.2	42	67	22	113	31	15	26	26	1.96
20544251--20544445	88	2.2	88	92	1	329	30	16	25	26	1.97
20544798--20544842	18	2.3	19	85	11	56	66	26	0	6	1.16
20546589--20546689	25	4.2	24	73	16	100	31	0	10	57	1.33
20546560--20546700	73	1.9	75	89	2	223	31	0	11	56	1.40
20561678--20561718	2	20.5	2	89	0	64	0	43	0	56	0.99
20564405--20564452	16	2.9	17	71	6	53	29	2	0	68	1.01
20576358--20576484	35	3.6	35	84	2	148	31	27	16	24	1.96
20577770--20577856	25	3.5	24	83	9	104	41	17	10	31	1.83
20582618--20582690	25	3.0	24	77	4	83	39	16	8	35	1.78
20591071--20591112	10	4.0	10	84	9	57	83	0	14	2	0.75
20592312--20592339	8	3.5	8	100	0	56	64	0	35	0	0.94
20592423--20592475	17	3.0	18	83	5	63	60	0	35	3	1.15
20592407--20592469	22	3.0	22	77	9	60	60	0	34	4	1.18
20596380--20596557	27	6.6	27	83	3	196	26	14	29	29	1.95
20596380--20596557	54	3.3	55	84	4	236	26	14	29	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20604454--20604630	27	6.6	27	84	3	205	27	14	28	29	1.95
20606327--20606447	33	3.7	33	78	3	127	15	38	14	31	1.88
20606701--20606809	48	2.3	48	88	3	157	44	9	11	34	1.72
20608713--20608930	111	2.0	111	98	1	420	44	26	5	24	1.75
20612684--20612723	21	1.9	21	89	0	62	50	0	27	22	1.50
20614812--20614901	7	12.3	7	67	21	51	80	3	2	14	0.95
20614848--20614922	13	5.4	14	74	19	68	81	2	4	12	0.93
20614823--20614927	27	3.9	27	79	16	94	79	3	3	13	1.01
20614823--20614927	28	3.8	28	78	14	87	79	3	3	13	1.01
20614845--20614908	8	7.9	8	77	18	62	82	1	3	12	0.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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