genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.52.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65706892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  52  of  218  ( 26060 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15879225--15879272	14	3.6	14	80	8	64	66	2	0	31	1.03
15881190--15881266	37	2.1	37	85	0	100	58	2	5	33	1.34
15882490--15882659	38	4.5	38	89	0	250	31	21	12	33	1.91
15882535--15882595	19	3.2	19	69	17	63	34	21	14	29	1.93
15884230--15884275	24	2.0	24	86	4	67	56	2	0	41	1.11
15886660--15886700	20	2.0	20	85	0	55	24	12	34	29	1.91
15886743--15886808	29	2.3	27	87	10	87	65	0	3	31	1.08
15887126--15887178	16	3.3	16	94	0	97	37	5	33	22	1.78
15887158--15887248	46	2.0	46	91	4	150	27	4	29	38	1.76
15887158--15887264	46	2.5	44	82	11	125	28	3	29	37	1.75
15887407--15887562	17	10.5	15	65	30	61	54	2	1	41	1.22
15887412--15887445	17	2.0	17	100	0	68	58	0	0	41	0.98
15887529--15887562	17	2.0	17	100	0	68	58	0	0	41	0.98
15887392--15887881	117	4.3	117	93	3	795	51	3	1	42	1.30
15887641--15887679	17	2.5	15	84	15	60	61	0	0	38	0.96
15887646--15887679	17	2.0	17	100	0	68	58	0	0	41	0.98
15887712--15887751	20	2.0	21	85	5	55	60	5	0	35	1.19
15887719--15887798	28	2.8	28	81	11	92	56	1	0	42	1.07
15887496--15887831	43	8.3	41	65	24	137	51	4	1	42	1.31
15887841--15887904	32	2.0	32	81	0	74	48	3	0	48	1.17
15890087--15890153	26	2.6	26	83	2	91	58	5	1	34	1.32
15894337--15894391	22	2.5	22	88	5	76	21	12	23	41	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15894561--15894590	14	2.1	14	93	0	51	16	6	23	53	1.66
15894570--15894708	52	2.8	52	89	6	200	25	7	20	46	1.76
15894654--15894848	70	2.9	70	93	4	330	26	9	21	43	1.82
15899483--15899674	92	2.1	93	86	5	268	45	4	4	46	1.41
15899617--15899664	26	1.9	25	84	16	64	45	0	2	52	1.12
15899743--15899951	66	3.3	63	66	23	163	44	3	6	46	1.45
15899779--15899964	56	3.1	59	65	23	152	44	2	6	46	1.41
15899948--15899982	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
15899948--15900002	15	3.4	16	80	16	53	47	0	1	50	1.11
15899704--15900004	122	2.5	120	90	5	455	45	2	4	46	1.39
15900147--15900237	45	2.0	44	85	2	119	37	28	4	29	1.77
15900218--15900253	16	2.2	16	100	0	72	38	36	0	25	1.56
15900799--15900832	6	5.7	6	100	0	68	50	35	0	14	1.44
15905294--15905325	4	8.2	4	93	6	57	50	0	0	50	1.00
15913394--15913428	17	2.1	16	89	5	52	88	0	11	0	0.51
15913394--15913431	13	3.1	13	88	7	53	86	0	13	0	0.56
15917898--15918007	21	5.0	23	74	8	111	28	23	16	31	1.96
15917895--15918063	44	3.8	44	84	0	203	30	22	15	31	1.95
15917905--15918085	21	8.3	21	70	8	101	29	22	16	31	1.95
15917895--15918009	23	5.2	23	75	8	121	27	23	16	32	1.96
15917932--15918099	89	1.9	88	81	6	205	29	22	16	32	1.95
15918071--15918114	23	1.9	23	95	0	79	29	25	11	34	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15922331--15922387	30	1.9	30	88	0	87	33	21	15	29	1.94
15924338--15924467	19	6.8	19	92	0	224	38	16	9	36	1.80
15924331--15924467	38	3.7	38	96	1	251	37	16	8	36	1.80
15924979--15925874	44	20.6	45	69	14	337	26	22	21	30	1.99
15925202--15925657	173	2.6	172	82	4	490	27	21	21	29	1.99
15925066--15925879	390	2.1	390	93	0	1371	26	22	21	29	1.99
15925161--15925876	217	3.3	215	81	5	617	27	22	20	30	1.98
15925333--15925693	173	2.1	173	87	1	508	27	22	20	29	1.98
15925498--15925891	217	1.8	217	92	0	671	26	23	20	29	1.99
15929085--15929370	87	3.3	87	75	5	258	35	10	11	42	1.75
15930585--15930612	14	2.0	14	100	0	56	50	7	21	21	1.72
15937721--15937816	30	3.2	30	87	1	138	34	42	1	21	1.60
15938249--15938303	27	2.0	27	100	0	110	29	18	21	30	1.97
15939972--15940120	78	1.9	78	84	0	199	29	20	16	32	1.95
15951388--15951448	31	2.0	29	84	9	77	47	1	0	50	1.10
15955975--15956005	16	1.9	16	93	0	53	32	0	35	32	1.58
15961519--15961559	21	2.0	22	90	9	68	48	9	9	31	1.69
15961714--15961751	20	1.9	20	88	0	58	55	13	2	28	1.51
15962486--15962518	16	2.1	16	94	0	57	33	12	3	51	1.54
15964392--15964445	23	2.3	23	100	0	108	31	16	12	38	1.87
15967336--15967455	49	2.4	49	95	0	213	15	17	38	28	1.91
15968293--15968334	21	2.0	21	90	0	66	21	7	19	52	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15974064--15974093	15	2.0	15	100	0	60	46	6	26	20	1.75
15976522--15976552	15	2.1	15	100	0	62	38	6	32	22	1.80
15986224--15986250	6	4.5	6	100	0	54	0	62	0	37	0.95
15986872--15986936	30	2.1	31	97	2	123	63	0	13	23	1.30
15987126--15987160	18	1.9	18	94	0	61	28	14	11	45	1.79
15990197--15990341	27	5.4	27	80	7	161	42	17	21	18	1.90
15990197--15990344	54	2.8	54	85	3	201	41	17	21	19	1.91
15992437--15992490	18	2.9	18	77	2	54	68	5	5	20	1.30
15999907--16000028	28	4.0	33	80	15	129	29	22	25	22	1.99
15999927--16000018	28	3.3	28	93	1	150	31	23	23	20	1.98
16000344--16000592	27	9.3	27	82	4	290	16	18	21	44	1.87
16002609--16002648	15	2.7	15	85	11	55	12	50	0	37	1.41
16013359--16013397	15	2.6	15	84	11	53	12	51	0	35	1.40
16015365--16015413	25	1.9	26	83	4	64	38	2	30	28	1.68
16019672--16019716	14	3.2	13	79	14	54	77	2	15	4	1.02
16020512--16020540	12	2.3	13	94	5	51	13	0	10	75	1.04
16021275--16021315	19	2.2	19	100	0	82	34	26	14	24	1.94
16023768--16023805	19	2.0	20	84	5	51	63	13	2	21	1.42
16037115--16037187	29	2.5	29	88	2	101	17	15	26	41	1.89
16037938--16037977	20	2.1	19	86	9	55	60	2	32	5	1.32
16039783--16039820	16	2.4	16	91	4	60	23	2	5	68	1.23
16039797--16039847	22	2.3	22	83	9	68	21	3	3	70	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16045916--16045960	13	3.2	14	81	9	56	64	0	24	11	1.26
16046042--16046145	42	2.5	42	91	1	163	34	14	27	23	1.93
16047244--16047381	43	3.2	42	68	11	107	26	25	24	23	2.00
16047287--16047424	44	3.1	45	63	12	104	28	23	25	21	1.99
16047243--16048166	88	10.5	88	84	3	1083	27	23	25	24	2.00
16048129--16048400	128	2.1	128	88	1	411	31	21	23	23	1.98
16049769--16049820	3	17.0	3	84	4	68	28	1	3	65	1.21
16050378--16050405	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
16060611--16060670	30	2.0	31	83	9	79	41	0	38	20	1.52
16060884--16060920	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
16081485--16081947	232	2.0	232	96	0	845	32	13	14	39	1.85
16090016--16090048	17	2.0	17	88	5	50	45	9	12	33	1.73
16092684--16092752	16	4.2	16	96	3	129	24	0	37	37	1.56
16092684--16092752	33	2.1	32	97	2	129	24	0	37	37	1.56
16092733--16092823	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
16092875--16093190	156	2.0	157	93	1	546	43	3	5	47	1.42
16093124--16093165	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
16093133--16093174	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
16093127--16093419	120	2.4	121	94	2	502	50	4	3	41	1.39
16093253--16093294	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
16096955--16096983	6	4.8	6	100	0	58	31	0	68	0	0.89
16097530--16097577	17	2.8	17	83	3	51	33	2	2	62	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16104715--16104859	54	2.7	54	91	0	227	24	17	15	41	1.89
16105254--16105338	24	3.6	24	74	3	82	28	16	11	43	1.83
16105224--16105333	47	2.3	47	84	4	132	29	17	11	41	1.85
16127257--16127321	28	2.3	28	91	0	112	33	23	21	21	1.97
16141799--16141831	17	1.9	18	88	11	52	45	0	12	42	1.41
16145216--16145254	21	1.9	20	84	5	51	15	7	23	53	1.67
16155779--16155826	24	2.0	25	95	4	89	18	25	2	54	1.55
16163781--16163806	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
16170094--16170126	13	2.7	12	90	9	57	36	15	12	36	1.84
16172621--16172719	49	2.0	49	94	0	171	39	17	9	34	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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