genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65706892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  84  of  218  ( 26060 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24696463--24696676	41	5.2	41	91	1	338	34	21	21	21	1.97
24696648--24696766	42	2.9	41	86	8	177	21	21	22	34	1.97
24696463--24696766	84	3.7	83	82	6	312	30	21	21	26	1.98
24698297--24698343	23	2.0	23	100	0	94	29	17	17	36	1.92
24698543--24698582	10	3.9	10	86	3	53	65	2	0	32	1.06
24702470--24702510	21	2.0	21	81	18	50	21	26	19	31	1.97
24710928--24711092	59	2.8	59	81	8	212	30	26	4	38	1.77
24710929--24711109	29	6.2	30	79	13	191	32	24	4	38	1.75
24710942--24711130	59	3.2	60	74	17	164	30	25	4	38	1.77
24711528--24711567	14	2.9	15	82	14	50	55	0	42	2	1.13
24711644--24711694	12	4.4	11	81	18	59	72	0	27	0	0.85
24711653--24711707	13	4.4	12	76	17	58	78	0	21	0	0.76
24711650--24711709	29	2.1	30	84	6	79	78	0	21	0	0.75
24711644--24711692	24	2.0	25	88	7	75	73	0	26	0	0.83
24712436--24712481	17	2.6	17	87	12	67	32	15	6	45	1.71
24712539--24712591	18	3.0	18	72	10	56	28	15	13	43	1.84
24712715--24712753	17	2.2	18	86	4	53	38	15	7	38	1.76
24712764--24712888	19	6.7	19	68	16	75	34	15	8	42	1.76
24712764--24712898	57	2.4	54	85	4	171	32	15	9	42	1.80
24712825--24712922	37	2.6	38	90	3	146	36	14	10	38	1.80
24712943--24713000	15	3.4	16	75	17	55	39	6	8	44	1.62
24712958--24713038	19	4.5	17	73	14	65	39	9	11	39	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24712943--24713045	16	5.8	17	73	13	59	36	9	10	42	1.73
24712965--24713038	39	1.9	37	86	5	103	39	9	12	39	1.75
24712958--24713038	17	4.4	18	73	14	69	39	9	11	39	1.74
24718912--24719011	1	100.0	1	67	0	56	84	10	6	0	0.79
24718948--24719011	14	4.3	15	84	8	69	84	7	7	0	0.78
24718912--24718988	6	12.8	6	83	14	97	84	12	2	0	0.73
24718936--24719013	22	3.6	22	80	13	81	83	8	7	0	0.82
24719873--24721204	81	16.8	80	81	10	1385	27	16	20	34	1.95
24719873--24721204	163	8.4	162	83	9	1542	27	16	20	34	1.95
24721004--24721166	87	1.9	87	90	2	265	31	14	21	32	1.94
24721092--24721241	76	2.0	76	82	6	187	29	16	19	35	1.93
24721593--24721780	29	6.4	29	81	8	186	31	24	3	40	1.71
24721594--24721779	59	3.2	58	80	10	202	32	24	3	39	1.71
24722190--24722218	15	2.0	15	93	6	51	65	0	34	0	0.93
24722314--24722363	6	8.3	6	78	8	57	76	0	24	0	0.80
24722308--24722359	12	4.3	12	83	9	70	71	0	28	0	0.87
24723090--24723135	17	2.6	17	87	12	67	32	15	6	45	1.71
24723365--24723598	17	12.6	18	65	22	76	31	13	10	44	1.78
24723543--24723581	18	2.2	17	86	4	51	46	2	7	43	1.46
24723556--24723636	19	4.5	17	73	14	65	39	9	11	39	1.74
24723541--24723643	16	5.8	17	73	13	59	36	9	10	42	1.73
24723563--24723636	39	1.9	37	86	5	103	39	9	12	39	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24723556--24723636	17	4.4	18	73	14	69	39	9	11	39	1.74
24725675--24725707	16	2.1	16	100	0	66	36	6	36	21	1.78
24725924--24726336	120	3.4	120	92	2	679	49	5	2	42	1.40
24726036--24726082	16	3.0	16	78	12	53	51	2	0	46	1.13
24726181--24726215	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
24726207--24726236	16	1.9	15	93	6	51	50	10	0	40	1.36
24725969--24726276	61	5.1	60	65	12	200	49	6	2	41	1.43
24726273--24726365	26	3.5	26	71	16	91	54	2	2	40	1.24
24726316--24726460	47	3.1	46	68	17	129	50	2	2	44	1.31
24726274--24726390	54	2.2	54	85	3	155	52	2	2	41	1.28
24726427--24726465	17	2.5	15	84	12	51	58	0	0	41	0.98
24727892--24727918	11	2.5	11	100	0	54	51	18	7	22	1.70
24736067--24736092	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
24736886--24736922	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
24737121--24737180	30	2.0	31	86	3	86	20	40	0	40	1.52
24738524--24738578	24	2.2	24	78	9	58	36	9	1	52	1.44
24746018--24746097	23	3.5	23	82	3	99	15	3	35	46	1.63
24748013--24748075	24	2.6	24	97	0	117	41	20	15	22	1.90
24748655--24748699	16	2.6	18	77	19	51	24	11	22	42	1.86
24749707--24749761	18	3.3	18	66	23	57	43	3	12	40	1.60
24749704--24749766	31	2.0	31	100	0	126	41	3	12	42	1.59
24752434--24752480	17	2.6	17	83	12	51	25	6	0	68	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24762641--24762716	29	2.5	30	81	16	95	39	7	6	46	1.59
24765615--24765689	30	2.5	29	82	6	96	42	20	1	36	1.60
24765617--24765724	30	3.6	30	79	1	92	37	24	2	36	1.70
24771374--24771448	9	8.1	9	73	15	64	77	0	22	0	0.77
24771374--24771448	6	12.2	6	76	9	71	77	0	22	0	0.77
24771374--24771435	19	3.4	18	86	6	81	79	0	20	0	0.74
24771374--24771448	18	4.1	18	84	8	89	77	0	22	0	0.77
24771643--24771684	22	2.0	21	86	13	59	21	40	26	11	1.88
24771792--24771842	22	2.3	22	82	0	66	76	1	21	0	0.88
24771801--24771825	13	1.9	13	100	0	50	88	0	12	0	0.53
24771807--24771840	15	2.2	16	89	5	52	82	0	17	0	0.67
24772344--24772430	44	2.0	44	86	4	122	34	14	5	44	1.70
24772454--24772548	35	2.7	35	81	14	115	34	16	8	40	1.79
24772443--24772548	17	6.1	17	72	16	83	31	16	9	42	1.80
24774177--24774214	16	2.4	16	90	0	58	44	2	31	21	1.66
24774186--24774222	16	2.3	16	95	0	65	37	5	32	24	1.78
24774453--24774487	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
24774598--24774649	18	2.9	18	88	8	79	59	1	0	38	1.08
24774596--24774728	16	8.2	16	71	17	64	56	2	1	39	1.21
24774379--24774640	145	1.8	145	93	0	398	49	2	2	45	1.30
24782233--24782288	13	4.2	13	75	11	51	78	7	5	8	1.08
24782231--24782345	33	3.4	33	73	14	99	72	7	9	10	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24782266--24782329	29	2.3	26	84	10	83	70	9	10	9	1.35
24782703--24782750	15	3.3	15	77	14	55	75	0	12	12	1.06
24783932--24784367	87	5.0	87	90	1	622	29	22	23	25	1.99
24784035--24784249	45	4.9	43	64	19	122	27	21	24	25	1.99
24784079--24784215	43	3.2	43	66	17	120	29	24	21	24	1.99
24785189--24785229	19	2.2	19	86	4	57	17	51	24	7	1.70
24788417--24788477	30	2.0	31	90	6	99	34	9	9	45	1.70
24791517--24791546	15	2.0	15	93	0	51	76	0	0	23	0.78
24792298--24792327	15	2.0	15	93	0	51	76	0	0	23	0.78
24798428--24798470	21	2.0	21	90	0	68	18	23	39	18	1.92
24798570--24798654	21	4.0	21	90	0	134	24	31	28	15	1.95
24798532--24798654	63	2.0	63	85	6	169	26	30	27	16	1.97
24801194--24801263	35	2.0	35	82	2	86	30	10	20	40	1.85
24803979--24804007	6	4.8	6	100	0	58	65	0	0	34	0.93
24804247--24804300	20	2.7	20	77	11	65	33	0	3	62	1.12
24804243--24804307	10	6.5	10	71	13	53	32	0	3	64	1.09
24804724--24804762	18	2.2	17	86	8	60	30	0	7	61	1.24
24808561--24808591	15	2.1	15	100	0	62	54	12	19	12	1.70
24813920--24813971	25	2.1	25	85	7	70	46	3	1	48	1.31
24815935--24815978	23	1.9	23	86	9	63	22	9	6	61	1.50
24823054--24823102	17	2.9	17	90	0	71	24	20	8	46	1.77
24824948--24824992	3	15.0	3	95	0	81	66	2	0	31	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24825170--24825212	22	2.0	22	86	9	61	58	2	6	32	1.38
24825174--24825231	26	2.3	25	82	14	66	58	1	8	31	1.38
24832686--24832830	29	5.0	29	77	7	141	24	23	11	40	1.88
24833841--24833894	16	3.4	16	72	27	60	27	0	20	51	1.47
24833833--24833895	32	2.0	32	100	0	126	26	0	22	50	1.49
24834828--24834867	9	4.7	9	79	20	50	47	10	0	42	1.37
24834822--24834877	20	2.8	21	78	10	64	44	10	0	44	1.38
24835857--24835976	41	3.0	41	93	1	206	31	21	20	26	1.98
24835857--24835976	40	3.0	40	93	3	197	31	21	20	26	1.98
24836424--24836477	21	2.6	21	88	5	74	5	42	18	33	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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