genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.54.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65706892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  54  of  218  ( 26060 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16484353--16484379	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
16489727--16489805	13	6.0	13	72	8	52	41	17	0	40	1.50
16489727--16489798	27	2.7	25	76	16	65	43	18	0	38	1.50
16489781--16489847	13	5.0	13	77	13	73	35	10	1	52	1.45
16489778--16489847	28	2.6	27	74	14	81	34	11	1	52	1.46
16489763--16489850	41	2.1	41	91	0	140	35	15	1	47	1.53
16497148--16497284	40	3.5	38	74	10	114	40	19	18	21	1.91
16499459--16499506	23	2.1	23	96	0	87	37	0	18	43	1.51
16501497--16501670	43	4.0	43	89	0	240	21	15	31	31	1.95
16503613--16503681	27	2.7	25	84	4	75	21	27	23	27	1.99
16505467--16505498	13	2.5	13	94	0	55	0	18	46	34	1.49
16511806--16511881	30	2.5	30	91	0	125	28	22	7	40	1.82
16511805--16512147	60	5.7	59	77	9	236	24	25	12	38	1.90
16511866--16512147	30	9.4	30	84	5	286	23	25	12	38	1.90
16511836--16512147	90	3.5	89	76	6	324	23	25	12	38	1.90
16514758--16514799	21	2.0	21	90	9	68	54	14	2	28	1.52
16518622--16518858	48	4.8	48	84	6	269	29	27	17	25	1.97
16524129--16524222	41	2.3	41	84	0	125	26	21	21	30	1.98
16524801--16524870	23	3.0	23	80	12	56	50	12	1	35	1.50
16537773--16537799	13	2.1	13	100	0	54	29	0	14	55	1.40
16547352--16547385	14	2.4	14	95	0	59	58	0	0	41	0.98
16557452--16557483	16	2.0	16	93	0	55	40	25	6	28	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16558100--16558320	60	3.7	60	76	7	234	23	26	13	36	1.92
16558158--16558320	90	1.8	89	90	1	263	23	26	12	36	1.91
16558069--16558320	30	8.4	31	75	7	173	23	25	13	36	1.92
16558590--16558640	23	2.2	23	92	0	84	41	21	9	27	1.84
16558799--16558856	30	1.9	31	85	3	82	50	5	18	25	1.68
16580998--16581092	33	2.9	33	84	4	113	21	11	46	21	1.82
16582618--16582740	16	7.4	16	64	25	60	64	13	1	21	1.36
16582611--16582740	50	2.6	49	95	2	224	62	14	2	20	1.43
16594932--16594980	11	4.5	11	81	0	62	67	10	4	18	1.36
16599864--16599928	33	2.0	33	96	0	121	43	24	10	21	1.84
16610534--16610776	50	4.7	51	83	7	269	26	20	28	23	1.99
16632896--16633144	41	6.1	41	84	0	264	36	14	27	21	1.92
16633002--16633062	20	3.0	21	67	13	54	36	13	29	21	1.91
16632985--16633047	20	3.1	20	70	4	54	38	14	31	15	1.88
16632920--16633056	21	6.7	20	65	10	62	38	14	28	18	1.90
16632896--16633144	123	2.0	123	82	3	295	36	14	27	21	1.92
16633053--16633118	21	3.2	21	66	12	55	34	10	28	25	1.89
16637414--16637451	20	2.0	20	89	5	60	42	5	13	39	1.66
16640196--16640301	36	2.9	35	81	14	110	40	17	0	41	1.50
16645202--16645241	20	2.0	20	85	0	53	70	7	7	15	1.33
16647860--16647990	3	43.7	3	95	0	235	0	30	0	69	0.89
16649322--16649348	14	1.9	14	100	0	54	29	3	7	59	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16652028--16652100	35	2.1	36	94	2	130	45	16	1	36	1.56
16652195--16652267	6	12.2	6	100	0	146	50	16	0	32	1.45
16653430--16653479	17	2.9	17	82	14	66	2	22	0	76	0.89
16653443--16653479	13	2.8	13	95	0	65	2	18	0	78	0.87
16654928--16655011	43	2.0	43	85	4	116	44	23	14	17	1.86
16661285--16661339	22	2.5	22	88	5	76	21	12	23	41	1.88
16661518--16661654	52	2.8	50	85	10	176	26	8	19	45	1.78
16661548--16661845	116	2.6	116	98	0	569	27	9	20	42	1.83
16662928--16662983	24	2.3	24	100	0	112	42	0	3	53	1.18
16666703--16666998	122	2.4	120	91	5	463	44	3	4	47	1.39
16666778--16666963	56	3.1	59	65	23	152	44	2	6	46	1.41
16666947--16666981	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
16666947--16667001	15	3.4	16	80	16	53	47	0	1	50	1.11
16667147--16667237	45	2.0	44	85	2	119	37	28	4	29	1.77
16667218--16667253	16	2.2	16	100	0	72	38	36	0	25	1.56
16667858--16667906	18	2.7	18	77	0	62	28	12	20	38	1.89
16704487--16704571	9	9.4	9	78	10	84	40	22	9	28	1.85
16704487--16704571	27	3.1	27	81	3	100	40	22	9	28	1.85
16704610--16704638	6	4.8	6	100	0	58	17	0	17	65	1.27
16704610--16704651	18	2.2	20	87	8	61	21	0	11	66	1.23
16705757--16705815	22	2.7	21	80	12	73	32	3	20	44	1.68
16710901--16710959	22	2.7	21	80	12	73	32	3	20	44	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16716044--16716089	22	2.1	22	83	0	56	56	13	10	19	1.66
16716109--16716264	82	1.9	82	90	0	249	42	16	17	23	1.89
16718755--16718855	50	2.0	50	94	0	175	28	19	14	36	1.92
16726676--16726729	18	2.9	18	81	5	72	1	20	1	75	0.98
16726676--16726726	19	2.8	18	84	3	66	1	19	1	76	0.98
16732656--16732763	57	1.9	57	94	0	189	29	15	12	42	1.83
16733084--16733653	189	3.0	189	95	1	1009	35	9	21	33	1.86
16743243--16743343	50	2.0	50	84	3	132	23	19	12	43	1.86
16743293--16743436	69	2.1	69	85	5	193	23	22	14	38	1.91
16745347--16745406	23	2.8	22	82	9	70	60	8	3	28	1.42
16745372--16745415	23	1.9	23	81	9	54	54	9	2	34	1.44
16745691--16745735	23	2.0	23	81	0	54	62	15	0	22	1.33
16745946--16746021	21	3.7	21	89	7	120	38	14	10	36	1.81
16745959--16746022	19	3.3	19	86	4	83	39	15	9	35	1.80
16746224--16746294	36	2.0	36	94	0	124	40	28	5	25	1.78
16748900--16749189	51	5.6	51	92	5	465	28	23	15	32	1.95
16755174--16755550	203	1.9	203	93	1	657	33	20	13	32	1.92
16779361--16779391	15	2.1	14	94	5	53	64	0	0	35	0.94
16781548--16781583	18	2.0	18	88	0	54	66	8	2	22	1.31
16782106--16782170	23	2.7	25	77	15	66	43	3	1	52	1.26
16783284--16783343	32	2.0	31	83	9	79	43	3	0	53	1.17
16784795--16785077	93	3.0	92	83	5	338	34	17	8	38	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16794880--16794950	36	2.0	36	91	0	115	26	11	14	47	1.77
16799940--16800010	36	2.0	36	91	0	115	26	11	14	47	1.77
16801435--16801465	14	2.2	14	94	0	53	38	0	41	19	1.51
16802015--16802062	22	2.3	22	85	7	64	60	8	4	27	1.44
16809832--16809880	20	2.6	19	80	6	55	34	4	16	44	1.66
16812096--16812145	17	2.9	17	93	0	91	42	6	26	26	1.78
16813659--16814061	200	2.0	200	99	0	788	34	17	22	24	1.96
16815832--16815864	17	1.9	17	100	0	66	42	6	27	24	1.78
16818596--16818637	7	5.9	7	97	2	75	28	0	30	40	1.57
16825693--16825750	29	2.0	30	96	3	109	39	10	3	46	1.55
16833155--16833201	24	2.0	24	82	0	58	21	25	19	34	1.96
16833154--16833280	49	2.6	50	76	16	124	18	24	19	37	1.94
16835244--16835286	14	3.1	14	80	6	61	37	9	0	53	1.33
16835221--16835385	13	12.5	13	65	10	75	35	15	3	45	1.63
16835231--16835286	27	2.1	26	93	3	94	37	12	0	50	1.41
16835394--16835418	13	1.9	13	100	0	50	24	24	12	40	1.88
16838390--16838470	26	3.1	26	76	3	83	34	20	20	23	1.97
16842787--16842881	31	3.0	31	77	11	93	46	4	2	47	1.33
16846368--16846393	6	4.3	6	100	0	52	0	15	34	50	1.45
16847537--16847573	18	2.1	18	89	0	56	70	8	2	18	1.25
16847606--16847669	27	2.4	27	83	0	83	23	32	35	7	1.84
16847699--16847741	20	2.2	20	91	0	68	65	0	32	2	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16847713--16847772	15	4.0	15	81	12	70	68	0	31	0	0.90
16847705--16847766	30	2.1	29	90	3	97	69	0	29	1	0.98
16847705--16847749	20	2.3	19	84	3	54	71	0	26	2	0.98
16847735--16847775	21	2.0	21	81	13	50	65	0	34	0	0.93
16847699--16847849	48	3.1	49	77	7	121	61	1	34	2	1.18
16847855--16847892	20	1.9	20	94	0	67	18	2	5	73	1.14
16848126--16848994	161	5.6	158	83	9	1133	53	8	9	28	1.62
16848436--16848731	145	2.1	143	87	5	429	53	8	8	29	1.61
16848436--16848885	154	3.1	140	78	15	446	53	9	8	28	1.61
16851309--16851354	8	5.9	8	82	12	60	50	28	0	21	1.49

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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