genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65706892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  72  of  218  ( 26060 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21467333--21467371	19	2.1	19	90	0	60	25	2	0	71	0.98
21467953--21467994	21	2.0	21	86	13	59	35	11	9	42	1.74
21467978--21468011	16	2.1	16	88	0	50	47	5	8	38	1.59
21468102--21468247	53	2.8	52	73	18	133	33	16	10	39	1.82
21467960--21468549	18	33.3	18	66	18	113	32	14	10	43	1.79
21468424--21468529	16	6.2	16	76	11	95	28	12	13	46	1.79
21468335--21468535	53	3.8	50	74	13	147	29	11	11	47	1.75
21468457--21468550	35	2.6	36	79	3	100	31	10	11	45	1.75
21467892--21468550	17	36.7	18	66	16	221	31	13	10	44	1.79
21470132--21470234	9	11.4	9	87	0	134	44	25	8	21	1.80
21472693--21472725	12	2.8	12	95	0	57	15	21	39	24	1.91
21477035--21477070	17	2.1	17	100	0	72	47	27	8	16	1.75
21479037--21479596	77	7.3	75	85	6	631	30	15	19	34	1.93
21479037--21479561	235	2.3	228	85	4	669	30	15	19	34	1.93
21479840--21479940	30	3.4	29	86	5	132	36	23	2	36	1.70
21480118--21480191	24	3.0	24	81	14	73	71	5	18	4	1.21
21482784--21482817	15	2.5	13	90	9	50	17	0	2	79	0.86
21484973--21485006	3	11.3	3	93	0	59	64	0	2	32	1.08
21485584--21485615	15	2.3	15	89	10	50	56	0	0	43	0.99
21495865--21495924	3	20.0	3	100	0	120	33	0	33	33	1.58
21495923--21495949	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
21496018--21496070	18	2.9	17	72	10	52	62	0	11	26	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21497391--21497436	24	1.9	24	82	8	58	8	0	39	52	1.33
21497632--21498114	239	2.0	242	90	4	760	31	20	14	32	1.93
21498286--21498351	11	6.4	10	77	8	53	6	15	0	78	0.93
21498302--21498347	10	4.5	10	89	5	65	8	15	0	76	1.02
21498302--21498346	21	2.1	21	91	0	72	8	13	0	77	0.98
21498291--21498349	10	5.9	9	83	14	55	6	15	0	77	0.96
21498291--21498353	21	3.0	21	77	13	67	7	14	0	77	0.97
21505038--21505967	44	20.6	44	74	7	653	28	20	17	32	1.96
21505091--21505967	272	3.2	271	80	3	744	28	20	18	32	1.96
21505039--21505967	412	2.3	404	81	2	1036	28	20	17	32	1.96
21508924--21508966	23	2.0	23	86	9	63	27	16	11	44	1.82
21509383--21509508	43	3.0	42	85	2	180	25	16	15	42	1.88
21514163--21514216	19	2.8	20	83	5	67	44	9	18	27	1.80
21516321--21516380	30	2.0	31	86	3	86	40	0	40	20	1.52
21516595--21516629	18	1.9	18	88	0	52	25	11	14	48	1.77
21524993--21525140	41	3.6	41	85	5	183	50	8	21	19	1.73
21532155--21532214	29	2.1	29	100	0	120	33	10	20	36	1.86
21548160--21548208	14	3.5	14	89	8	73	26	12	0	61	1.31
21548169--21548213	14	3.2	14	87	0	63	24	11	0	64	1.26
21551900--21551935	15	2.5	15	90	4	56	22	0	2	75	0.94
21552252--21552290	3	13.3	3	89	5	62	30	0	2	66	1.05
21553465--21553528	6	9.8	6	77	15	56	15	0	6	78	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21553450--21553527	26	2.9	25	73	17	68	14	2	6	76	1.08
21567346--21567387	15	2.6	16	85	11	59	26	7	0	66	1.17
21571991--21572060	28	2.5	28	80	0	77	14	30	32	22	1.94
21576950--21576990	21	2.0	21	90	0	64	29	26	17	26	1.97
21578124--21578170	24	2.0	24	86	0	67	42	4	6	46	1.48
21579396--21579495	43	2.3	43	89	3	148	27	33	17	23	1.96
21579417--21579509	43	2.2	43	78	7	100	35	31	15	18	1.91
21583468--21583540	38	1.9	38	91	0	119	54	6	16	21	1.65
21584333--21584417	39	2.2	39	86	0	116	21	21	18	38	1.93
21584420--21584466	23	2.0	23	92	8	78	29	0	4	65	1.11
21584810--21584850	21	1.9	22	90	5	66	39	36	0	24	1.56
21584810--21584856	21	2.2	22	84	3	60	44	31	0	23	1.54
21585042--21585083	16	2.5	17	92	7	68	45	0	0	54	0.99
21585232--21585357	14	9.0	14	65	13	53	43	30	0	24	1.60
21585191--21585254	21	3.0	21	72	19	60	35	42	0	21	1.54
21585246--21585357	42	2.7	43	77	5	122	43	30	0	25	1.60
21585206--21585315	21	5.2	21	67	13	66	40	34	0	24	1.62
21585332--21585382	22	2.3	23	77	16	63	45	25	1	27	1.64
21585673--21585718	20	2.4	20	82	7	51	63	4	4	28	1.33
21585725--21585917	41	4.7	41	90	0	305	31	27	22	18	1.97
21585928--21586005	40	1.9	40	87	7	113	25	23	15	35	1.94
21587218--21587278	23	2.6	23	84	2	86	39	4	8	47	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21599924--21600030	24	4.5	24	73	17	91	70	3	5	20	1.24
21599943--21600025	9	9.3	9	68	19	50	69	3	4	21	1.22
21599987--21600033	15	3.3	14	77	14	51	72	2	2	23	1.06
21599924--21600043	24	5.1	24	75	14	81	69	4	5	20	1.27
21606602--21606635	18	1.9	17	88	5	50	76	2	0	20	0.92
21614047--21614085	16	2.4	16	87	8	53	41	2	0	56	1.13
21614014--21614127	42	2.7	41	73	15	115	36	5	3	54	1.40
21614014--21614137	40	3.0	38	72	18	115	36	5	3	54	1.40
21629992--21630035	18	2.4	18	88	0	70	47	20	4	27	1.69
21635624--21635675	25	2.1	25	81	0	59	51	3	19	25	1.63
21637114--21637146	16	2.1	16	100	0	66	45	6	18	30	1.73
21639347--21639489	19	7.4	19	77	5	126	19	21	25	32	1.97
21639347--21639488	58	2.5	57	83	4	160	19	21	26	33	1.97
21639331--21639505	77	2.3	77	80	0	188	20	22	25	32	1.98
21639356--21639489	39	3.5	39	79	2	144	19	21	26	32	1.97
21640649--21640705	27	2.1	27	96	0	105	31	15	31	21	1.94
21642679--21642722	11	3.8	11	80	11	52	34	0	2	63	1.07
21642872--21642898	13	2.1	13	100	0	54	37	40	7	14	1.74
21643181--21643243	21	3.2	20	74	24	55	42	19	1	36	1.61
21643253--21643290	15	2.3	18	82	17	55	34	15	7	42	1.76
21643400--21643542	50	2.8	50	80	5	164	29	27	18	23	1.98
21647642--21647679	12	3.1	13	81	11	53	15	23	0	60	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21647680--21647769	45	2.0	46	86	2	128	31	16	6	45	1.73
21650652--21650692	20	2.0	20	100	0	82	43	4	26	24	1.74
21651947--21651988	18	2.4	18	84	4	50	26	0	7	66	1.17
21652543--21652582	20	1.9	22	90	10	66	47	0	2	50	1.14
21652680--21652719	20	2.0	20	95	0	71	50	7	5	37	1.53
21658375--21658486	44	2.7	43	83	8	124	30	22	18	28	1.97
21658423--21658526	44	2.4	44	81	3	111	30	25	19	25	1.98
21673988--21674044	28	2.1	27	90	3	87	29	29	19	21	1.97
21680438--21680463	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
21688827--21688944	59	2.0	59	88	1	173	36	14	8	40	1.76
21691843--21691918	38	2.0	38	89	0	116	32	22	22	22	1.98
21702691--21702719	12	2.3	13	94	5	51	20	10	0	68	1.18
21722192--21722244	23	2.5	20	78	9	52	45	3	5	45	1.45
21722552--21722577	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
21722844--21722927	11	8.4	10	68	22	52	36	1	2	59	1.18
21722845--21722927	20	4.2	20	68	20	66	37	1	2	59	1.19
21727947--21728046	46	2.2	46	81	10	109	25	21	19	35	1.96
21730209--21730247	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
21730465--21730540	23	3.3	23	75	14	75	26	21	22	30	1.99
21737625--21737663	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
21737882--21737957	23	3.3	23	81	0	107	22	17	28	31	1.96
21739668--21739743	23	3.3	23	88	5	109	31	26	18	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21742548--21742588	16	2.6	16	85	11	50	24	4	0	70	1.06
21754899--21755074	87	2.0	87	95	0	316	38	18	18	25	1.93
21755171--21755210	16	2.5	16	84	11	55	17	5	20	57	1.58
21755649--21755673	12	2.1	12	100	0	50	8	16	44	32	1.76
21763353--21763382	6	5.0	6	100	0	60	66	0	0	33	0.92
21763572--21763626	21	2.5	22	77	14	60	18	7	5	69	1.32
21781655--21781742	46	1.9	45	82	17	110	34	2	3	60	1.26
21782600--21782655	28	2.0	28	82	6	69	51	0	3	44	1.18
21782671--21782714	5	8.8	5	100	0	88	40	0	0	59	0.98
21784043--21784110	31	2.1	33	83	5	86	36	2	22	38	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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