genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.58.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65706892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17837504--17837576	19	3.8	19	92	0	128	35	16	10	36	1.84
17838088--17838467	45	8.7	44	72	12	194	26	21	21	31	1.98
17838220--17838610	217	1.8	217	90	0	629	27	21	19	30	1.98
17838088--17838594	44	11.6	44	70	11	235	26	21	20	31	1.98
17838959--17839080	44	2.8	43	88	5	165	27	23	19	29	1.98
17839091--17839657	88	6.4	88	89	0	866	20	23	27	27	1.99
17839118--17839344	44	5.2	44	61	8	111	22	24	27	25	2.00
17840989--17841021	14	2.3	15	89	5	50	27	33	12	27	1.92
17841847--17841913	26	2.6	25	83	7	80	59	4	13	22	1.52
17842991--17843063	22	3.1	23	76	18	87	47	13	9	28	1.74
17842982--17843048	22	2.8	24	74	19	68	47	14	8	28	1.75
17843998--17844094	28	3.5	28	77	2	97	29	26	12	30	1.93
17847817--17847863	25	1.9	25	82	4	60	53	8	4	34	1.51
17848919--17848948	13	2.2	14	94	5	53	66	0	0	33	0.92
17849419--17849472	19	2.8	19	85	0	81	37	16	9	37	1.81
17850762--17850802	19	2.2	19	86	8	57	4	12	14	68	1.36
17853489--17853525	13	2.7	14	88	12	51	24	0	0	75	0.80
17853496--17853524	12	2.5	12	94	5	51	20	0	0	79	0.74
17853494--17853526	12	2.8	12	82	17	50	24	0	0	75	0.80
17854434--17854543	58	1.9	58	83	3	141	24	13	11	50	1.75
17855608--17855647	17	2.4	17	95	0	71	30	5	5	60	1.40
17863752--17863792	18	2.3	18	82	0	55	17	34	4	43	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17866016--17866074	27	2.2	28	82	11	70	55	23	1	18	1.51
17867330--17867368	18	2.1	19	90	4	62	30	0	0	69	0.89
17867335--17867383	18	2.7	18	84	12	57	30	0	0	69	0.89
17874301--17874344	22	2.0	22	86	0	61	43	9	6	40	1.63
17878733--17878769	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
17878813--17878846	9	3.7	9	88	4	50	32	20	14	32	1.93
17880736--17880821	37	2.3	37	86	6	111	37	13	27	20	1.91
17883070--17883102	17	1.9	17	93	0	57	81	9	9	0	0.87
17883687--17884565	37	23.9	36	78	10	732	37	14	21	26	1.92
17883687--17884565	73	11.9	71	77	10	754	37	14	21	26	1.92
17883824--17884565	35	20.3	37	80	8	638	37	14	22	26	1.92
17884755--17884905	75	2.0	75	85	0	203	41	20	12	25	1.88
17885864--17885889	10	2.6	10	100	0	52	73	0	0	26	0.84
17888431--17888471	18	2.2	19	95	4	75	56	12	21	9	1.65
17889040--17889107	8	8.5	8	71	12	59	57	1	2	38	1.23
17889043--17889108	18	3.4	18	77	8	51	57	1	3	37	1.23
17889113--17889160	21	2.2	22	85	7	62	58	2	4	35	1.29
17889095--17889160	23	3.0	23	80	8	66	56	1	3	39	1.24
17894152--17894310	86	1.8	87	85	4	223	34	19	16	28	1.94
17894306--17894721	140	3.0	140	87	3	608	31	24	17	26	1.97
17895166--17895208	22	2.0	22	90	0	68	44	9	4	41	1.57
17895403--17895505	51	2.0	51	92	0	170	26	5	12	55	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17895560--17895598	18	2.2	18	86	9	53	56	5	5	33	1.43
17898600--17898643	18	2.6	16	80	13	52	54	2	0	43	1.12
17901360--17901428	26	2.7	26	80	8	79	14	18	24	42	1.88
17901407--17901512	24	4.4	24	70	13	74	17	24	22	34	1.96
17901502--17901587	25	3.5	25	76	7	95	19	20	20	38	1.94
17903576--17903739	61	2.7	60	80	6	181	39	6	16	37	1.75
17913864--17913975	20	5.6	20	76	9	93	15	30	18	35	1.92
17913864--17913996	40	3.3	39	78	8	133	14	30	18	37	1.90
17913866--17913995	20	6.4	21	76	6	88	14	30	17	37	1.90
17917691--17917730	4	10.0	4	94	0	71	50	22	0	27	1.50
17918726--17918849	51	2.4	52	88	6	173	39	4	6	50	1.47
17919659--17919698	20	2.1	19	86	9	55	25	0	2	72	0.97
17925926--17925994	31	2.3	31	97	2	131	39	14	2	43	1.60
17935977--17936039	5	12.6	5	71	18	51	77	3	15	3	1.02
17935978--17936039	25	2.5	24	75	15	63	77	3	16	3	1.03
17936430--17936806	133	2.8	134	82	7	471	33	13	22	31	1.92
17937153--17937205	21	2.6	20	79	5	61	20	3	37	37	1.71
17938155--17938202	15	3.3	14	88	5	69	16	0	33	50	1.46
17938155--17938193	7	5.4	7	87	6	60	15	0	35	48	1.45
17941131--17941211	39	2.1	39	95	0	144	39	9	8	41	1.69
17941451--17941500	17	3.2	17	78	21	72	36	6	6	52	1.51
17941469--17941496	13	2.2	13	100	0	56	39	7	7	46	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17941492--17941530	16	2.5	15	88	8	60	41	0	5	53	1.23
17941462--17941611	62	2.4	61	83	2	210	35	5	8	50	1.56
17941614--17941664	16	3.1	16	81	10	57	49	19	0	31	1.49
17941676--17941733	12	5.2	12	76	16	54	53	12	0	34	1.38
17941647--17941819	95	1.8	95	94	2	312	46	13	4	36	1.62
17941771--17941795	12	2.1	12	100	0	50	52	16	0	32	1.44
17941644--17941849	95	2.2	92	86	10	297	45	12	5	36	1.65
17941929--17942351	18	24.5	17	77	15	367	50	14	1	33	1.52
17941929--17942493	27	21.5	26	81	10	371	49	16	1	33	1.54
17941932--17942493	36	16.3	35	78	12	449	49	16	1	33	1.54
17942266--17942492	66	3.4	65	77	14	201	46	19	0	33	1.54
17942420--17942482	18	3.7	18	79	12	71	42	20	1	34	1.62
17942456--17942492	7	5.0	7	87	12	56	54	16	0	29	1.43
17942413--17942492	23	3.6	22	75	21	55	46	18	1	33	1.58
17948296--17948346	21	2.4	21	86	0	66	35	17	43	3	1.68
17948732--17948968	42	5.6	42	85	4	309	35	19	20	24	1.95
17954204--17954324	42	2.9	41	86	1	152	35	18	19	26	1.95
17954292--17954494	42	4.9	41	88	1	262	23	22	21	33	1.98
17954254--17954494	126	1.9	126	82	3	306	26	20	21	31	1.98
17954809--17954858	21	2.4	21	82	0	64	2	38	18	42	1.61
17960354--17960687	16	20.5	16	71	21	191	32	0	16	51	1.47
17960365--17960472	9	12.3	9	74	20	95	34	0	17	48	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17960354--17960678	7	42.1	7	70	23	137	32	0	16	51	1.47
17960503--17960708	21	9.4	21	71	20	136	33	0	15	50	1.48
17960457--17960708	133	1.9	132	90	5	402	32	0	15	51	1.47
17960430--17960627	51	4.0	49	67	26	64	31	0	15	52	1.47
17960602--17960719	44	2.5	51	79	18	178	32	0	15	52	1.43
17960375--17960620	44	5.8	44	69	24	122	32	0	16	50	1.48
17961262--17961352	18	4.9	18	80	18	107	42	1	12	43	1.49
17961264--17961338	39	1.9	40	89	10	120	44	1	12	42	1.50
17964039--17964117	7	10.4	7	72	14	50	31	45	1	21	1.60
17964037--17964125	45	2.0	45	80	12	103	34	42	1	21	1.60
17964058--17964142	38	2.3	37	82	13	95	36	42	1	20	1.60
17964338--17964666	114	2.9	114	96	0	604	25	28	22	23	1.99
17965376--17965400	7	3.6	7	100	0	50	60	0	16	24	1.36
17973943--17974151	42	5.0	42	87	7	293	22	20	20	36	1.95
17973901--17974145	83	2.9	83	83	3	206	25	20	20	33	1.97
17973943--17974145	83	2.4	83	88	2	291	22	20	20	35	1.96
17974491--17974540	21	2.4	21	90	6	75	2	44	18	36	1.61
17980048--17980320	9	31.4	9	72	14	216	31	1	21	45	1.59
17980037--17980141	25	4.2	25	81	11	133	33	1	20	44	1.62
17980052--17980319	34	8.0	34	73	17	190	31	1	21	46	1.59
17980156--17980194	19	2.1	19	85	9	53	30	0	17	51	1.46
17980241--17980310	25	2.8	25	93	0	113	27	0	22	50	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17980336--17980384	26	1.9	26	87	4	73	40	0	6	53	1.26
17981313--17981412	31	3.3	30	90	6	157	42	21	18	19	1.90
17981313--17981425	31	3.7	30	90	5	156	43	21	16	18	1.88
17983662--17983747	38	2.2	39	87	4	120	37	39	2	20	1.66
17984396--17984932	113	4.8	111	76	8	430	28	23	21	26	1.99
17984396--17984913	225	2.3	226	79	5	559	27	23	22	26	1.99
17986639--17986768	40	3.3	40	76	7	149	27	15	23	33	1.95
17987708--17987912	43	4.8	43	86	3	270	28	31	17	22	1.96
17987708--17987912	86	2.4	85	89	2	304	28	31	17	22	1.96
17987933--17987980	20	2.4	19	80	13	53	37	2	4	56	1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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