genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65706892

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  77  of  218  ( 26060 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22949396--22949848	159	2.9	157	76	13	368	47	19	1	32	1.57
22952382--22952696	43	7.3	43	84	2	368	28	17	28	25	1.97
22960788--22960824	19	1.9	20	94	5	67	56	8	0	35	1.29
22968350--22968380	15	2.1	15	94	5	55	45	0	9	45	1.36
22976144--22976197	21	2.5	22	82	5	67	35	0	3	61	1.14
22984916--22984984	25	2.7	26	80	8	63	56	10	4	28	1.51
22985611--22985658	25	1.9	25	83	8	62	68	0	10	20	1.18
22987486--22987511	13	2.0	13	100	0	52	46	0	7	46	1.31
22992692--22992725	18	1.9	18	88	5	52	35	2	5	55	1.39
22992693--22992782	44	2.0	44	89	0	135	36	10	3	50	1.53
22996180--22996242	31	2.1	30	82	8	74	61	0	7	30	1.24
22996312--22996360	16	3.1	16	93	0	89	36	4	36	22	1.73
22996573--22996802	120	1.9	120	98	0	442	49	5	1	43	1.35
22996615--22996794	56	3.0	59	68	20	174	48	5	1	43	1.36
22996904--22996936	14	2.3	15	89	5	50	75	6	0	18	1.00
22997282--22997420	59	2.4	58	87	2	197	36	21	18	23	1.95
23000413--23000477	27	2.3	28	82	10	71	43	10	7	38	1.68
23004398--23004433	16	2.2	16	95	0	63	27	0	33	38	1.57
23004669--23004703	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
23004556--23004872	157	2.0	157	96	0	589	44	3	5	47	1.41
23004806--23004847	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
23004815--23004856	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23004626--23004875	76	3.1	82	64	24	215	47	3	3	46	1.34
23004804--23005101	120	2.5	121	92	4	496	50	4	2	42	1.37
23004925--23004976	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
23005141--23005188	26	1.9	25	84	16	64	52	2	0	45	1.12
23005144--23005324	92	2.0	92	88	6	269	47	4	3	44	1.39
23008388--23008463	33	2.3	33	97	0	143	35	5	15	43	1.70
23008506--23008587	37	2.2	37	93	0	137	36	8	14	40	1.77
23011729--23011759	5	6.2	5	100	0	62	80	0	19	0	0.71
23014158--23014200	22	2.0	22	95	0	77	9	20	27	41	1.83
23014230--23014625	43	9.2	43	76	5	277	26	28	20	24	1.99
23014933--23015025	21	4.4	21	83	0	114	6	45	15	33	1.71
23014973--23015045	21	3.5	21	82	0	83	6	42	16	34	1.75
23015016--23015186	66	2.6	65	82	4	191	12	28	18	40	1.87
23020622--23020665	16	2.8	16	85	0	61	36	0	15	47	1.46
23020633--23020705	25	2.7	25	81	10	74	34	2	16	46	1.61
23020690--23021101	9	48.7	9	68	20	96	39	1	14	44	1.55
23020692--23020839	34	4.5	31	70	18	84	37	1	18	43	1.59
23020692--23020838	16	8.8	16	74	11	93	37	1	18	42	1.59
23020826--23021720	34	28.2	34	70	19	584	40	2	11	45	1.53
23020726--23021105	160	2.4	157	84	9	491	40	1	13	44	1.54
23020963--23021000	7	5.1	7	87	12	58	28	0	26	44	1.54
23020953--23021005	16	3.3	16	87	12	74	32	0	24	43	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23020954--23021000	23	2.0	23	100	0	94	29	0	25	44	1.54
23021026--23021128	22	4.9	22	68	21	76	38	1	11	47	1.51
23021142--23021378	9	25.8	9	66	23	52	38	2	10	48	1.51
23021144--23021227	22	4.1	22	75	17	99	41	0	9	48	1.35
23021166--23021572	56	6.7	56	77	18	381	41	2	10	45	1.51
23021238--23021401	22	7.7	22	67	24	75	38	3	11	46	1.56
23020853--23021634	277	2.8	280	83	10	956	40	2	11	45	1.52
23021204--23021606	128	3.2	128	86	10	546	41	2	10	45	1.52
23021449--23021618	90	1.9	94	92	5	294	41	1	11	46	1.47
23021640--23021692	16	3.3	16	79	12	56	32	1	22	43	1.64
23021643--23021689	23	2.0	23	95	0	85	31	2	21	44	1.64
23026523--23026924	41	9.8	41	82	4	436	34	26	23	15	1.95
23026540--23026924	82	4.7	82	87	2	488	35	26	23	14	1.94
23026982--23027097	40	2.9	40	76	5	119	19	25	21	33	1.97
23047236--23047313	36	2.2	36	90	0	120	26	24	5	43	1.75
23055195--23055615	111	3.9	110	90	2	607	34	18	16	30	1.93
23055195--23055615	221	1.9	216	86	3	601	34	18	16	30	1.93
23056144--23056182	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
23057436--23057489	14	3.5	14	73	22	54	9	9	5	75	1.17
23057355--23057506	65	2.3	63	76	13	155	9	8	6	75	1.20
23057470--23057523	24	2.2	24	83	6	65	18	1	3	75	1.03
23057467--23057516	11	4.6	11	76	18	52	14	2	4	80	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23057531--23057580	22	2.3	22	82	3	66	44	0	0	56	0.99
23057626--23057686	22	2.7	22	82	10	70	40	1	0	57	1.08
23057663--23057698	13	2.7	13	91	4	54	41	0	0	58	0.98
23057663--23057701	12	3.1	12	88	7	51	41	0	0	58	0.98
23060403--23061375	485	2.0	485	100	0	1946	34	10	18	36	1.86
23064531--23064605	30	2.6	29	80	4	98	26	21	25	26	1.99
23069609--23069646	19	2.0	19	90	10	60	36	0	10	52	1.36
23069638--23069681	22	1.9	24	86	9	65	52	4	4	38	1.42
23075595--23075690	40	2.4	41	87	5	133	34	25	19	20	1.96
23075710--23075853	75	2.0	73	84	12	194	33	15	24	27	1.95
23076031--23076074	14	3.1	14	87	6	63	18	0	29	52	1.46
23076031--23076082	21	2.5	21	80	0	59	17	0	32	50	1.47
23076043--23076083	14	2.9	14	88	0	64	14	0	34	51	1.43
23076056--23076119	22	2.9	21	79	11	58	17	3	28	51	1.60
23081887--23081947	16	3.9	16	75	14	56	70	0	3	26	1.02
23088905--23088940	17	2.1	17	89	0	54	66	16	0	16	1.25
23089915--23090054	43	3.3	43	88	0	208	22	14	29	33	1.94
23091447--23091880	110	4.0	109	89	3	649	33	18	16	31	1.93
23092383--23092441	31	2.0	31	86	6	86	49	1	8	40	1.43
23092620--23092648	12	2.3	13	94	5	51	82	3	0	13	0.79
23097181--23097211	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
23105655--23105696	20	2.1	20	86	0	57	47	0	7	45	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23110732--23110774	21	2.0	21	100	0	86	20	13	27	37	1.91
23111332--23111371	11	3.3	13	76	20	50	35	0	0	65	0.93
23111546--23111586	11	3.7	11	86	0	64	56	2	14	26	1.51
23121491--23121582	45	2.0	46	85	2	123	34	13	28	23	1.92
23126028--23126096	21	3.3	21	81	0	84	18	24	26	30	1.98
23130796--23131341	219	2.5	218	84	6	746	29	13	13	43	1.81
23131833--23131928	47	2.0	47	93	0	165	42	7	16	33	1.76
23132660--23132854	98	2.0	98	94	0	345	36	24	10	28	1.89
23133927--23134001	19	3.8	19	91	3	114	33	16	12	38	1.85
23134186--23134643	44	10.6	45	72	14	304	27	22	20	29	1.98
23134218--23134507	84	3.4	84	77	11	318	27	21	20	29	1.98
23134167--23134647	173	2.8	172	85	4	565	27	22	20	29	1.98
23134634--23134888	132	1.9	132	96	0	474	24	26	20	28	1.99
23140185--23140379	98	2.0	98	93	0	336	37	25	9	27	1.87
23141408--23141539	19	6.8	19	91	3	219	36	15	10	37	1.82
23141401--23141538	59	2.4	59	91	4	221	36	14	10	38	1.80
23143849--23143874	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
23143863--23143982	40	3.0	40	79	4	109	35	20	21	21	1.96
23143880--23143982	40	2.6	40	81	4	129	38	21	19	20	1.93
23144050--23144334	41	7.0	41	93	0	471	19	24	29	27	1.98
23144771--23144803	14	2.3	15	94	5	59	30	0	33	36	1.58
23145559--23145585	13	2.1	13	100	0	54	55	7	7	29	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23145612--23145651	19	2.1	19	100	0	80	42	0	0	57	0.98
23149504--23149594	43	2.1	43	87	2	130	35	10	9	43	1.73
23149863--23150029	43	3.9	41	82	9	201	24	16	29	29	1.97
23149862--23150029	86	2.0	85	85	7	232	25	16	29	29	1.97
23150099--23150143	22	2.1	21	91	4	72	42	28	17	11	1.84
23157727--23157829	35	2.9	35	91	0	179	38	32	12	16	1.86
23160771--23160806	17	2.1	18	90	10	58	50	11	0	38	1.38
23161043--23161078	17	2.1	18	90	10	58	50	11	0	38	1.38
23160373--23161188	270	3.0	270	95	0	1436	37	15	5	42	1.70
23164418--23164448	15	2.1	15	93	0	53	16	6	9	67	1.39

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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