Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   

This is table  1  of  235  ( 28198 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
909--1090
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46
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1
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0
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100
0
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10143--10198
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2.0
28
100
0
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14
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14850--14989
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3.0
46
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22
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146
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19
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2.0
26
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0
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3
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80
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3.0
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1
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1.38
22480--22552
30
2.4
30
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2
101
56
8
1
34
1.38
23294--23345
26
2.0
25
85
14
70
26
0
3
69
1.06
23288--23346
18
3.3
19
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11
61
27
0
3
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37018--37046
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2.5
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94
5
51
0
10
0
89
0.48
37058--37244
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1.9
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89
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15
27
1.96
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75
0
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10
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11
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1
8
21
1.25
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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27
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48848--49216
92
4.0
92
97
0
684
42
26
4
27
1.74
48984--49131
50
3.1
50
64
25
138
42
25
4
27
1.75
52784--52808
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12
100
0
50
40
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53737--53784
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53951--53992
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1.9
22
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0
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68574--68603
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2.1
15
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1.9
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14
32
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6
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76227--76287
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2.5
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12
70
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3
13
29
1.55
76416--76533
21
5.6
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102
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16
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12
0
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18
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2
6
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1.37
78277--78319
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2.0
21
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0
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17
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0
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84182--84218
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2.1
18
100
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100
0
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0
0
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2.2
22
100
0
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27
1.93
91426--91480
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2.3
23
78
12
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36
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2.1
16
94
0
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91982--92041
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2.1
29
100
0
120
50
10
16
23
1.75
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
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(0-2)
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0
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2.0
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0
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18
22
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0
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1.09
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17
79
10
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3
1
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2.1
21
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12
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0
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2.0
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13
44
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2.0
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111408--111506
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0
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0
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2.5
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11
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0
4
27
1.09
113807--113859
11
5.1
10
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1
9
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1.12
118441--118561
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1
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17
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123717--123811
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40
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0
100
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126
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20
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17
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5.7
7
100
0
80
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0
27
1.38
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
144021--144153
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2.8
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5
144
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6
8
31
1.55
155588--155680
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2.0
46
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2
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20
15
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155860--155900
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2.0
20
100
0
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14
24
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1.95
158019--158080
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1.9
32
96
0
115
17
33
12
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159618--159835
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1
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29
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2.9
14
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41
0
0
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0.98
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20
2.2
20
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52
37
0
2
60
1.10
167006--167052
20
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19
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7
58
29
6
0
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1.19
167011--167052
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52
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0
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166944--167072
12
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12
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0
11
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0
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1.20
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15
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1
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3.0
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0
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12
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140
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34
25
17
1.96
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16
2.1
16
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15
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2
110
10
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2.0
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16
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0
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12
34
1.56
204770--204822
27
2.0
27
100
0
106
41
7
7
43
1.61
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
204780--204837
27
2.1
27
80
0
62
44
6
6
41
1.58
206086--206213
31
4.3
31
69
16
99
23
20
18
37
1.94
206041--206182
57
2.4
59
83
10
182
21
17
17
43
1.88
211400--211441
21
2.0
22
90
4
68
33
4
0
61
1.17
215202--215249
16
3.1
15
90
6
69
64
2
2
31
1.16
215198--215253
24
2.3
24
81
6
69
66
1
1
30
1.12
215198--215249
8
6.5
8
82
8
61
65
1
1
30
1.14
215400--215464
25
2.8
24
83
6
80
52
6
7
33
1.55
215483--215616
25
5.6
25
68
15
77
57
2
4
35
1.34
216102--216276
30
5.8
30
94
0
305
21
3
49
25
1.65
216894--217268
75
4.9
75
83
5
452
32
21
17
29
1.96
216931--217287
152
2.4
149
84
7
479
32
21
16
29
1.95
217237--217342
54
1.9
54
83
9
135
37
18
15
28
1.91
217377--217482
54
1.9
54
85
9
144
37
19
15
27
1.92
217517--217622
54
1.9
54
85
9
144
37
19
15
27
1.92
217657--217762
54
1.9
54
85
9
144
37
19
15
27
1.92
217797--217902
54
1.9
54
85
9
144
37
19
15
27
1.92
217937--218042
54
1.9
54
83
9
135
37
18
15
28
1.91
218077--218182
54
1.9
54
85
9
144
37
19
15
27
1.92
218217--218322
54
1.9
54
85
9
144
37
19
15
27
1.92
217196--218380
140
8.5
140
99
0
2307
36
20
17
25
1.94
218319--218478
72
2.2
72
91
1
250
41
21
15
21
1.89
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
218353--218598
122
2.0
123
89
3
381
39
22
13
24
1.90
217233--218531
420
3.1
404
91
3
1342
37
20
16
25
1.93
218478--218652
70
2.5
70
86
2
228
33
23
14
29
1.94
229560--229607
16
3.1
15
90
6
69
64
2
2
31
1.16
229556--229607
8
6.5
8
82
8
61
65
1
1
30
1.14
229555--229611
24
2.4
24
79
5
71
64
1
3
29
1.20
229761--229825
25
2.8
24
83
6
80
52
6
7
33
1.55
229849--229982
25
5.6
25
71
11
93
58
2
3
35
1.28
230477--230620
30
4.8
30
86
1
216
22
4
47
25
1.69
230477--230620
61
2.4
61
95
1
254
22
4
47
25
1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235