genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.20.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5967002--5967049	22	2.1	22	84	3	60	29	0	20	50	1.49
5967090--5967371	41	6.9	41	89	6	396	20	23	24	32	1.98
5967090--5967371	81	3.5	81	86	7	394	20	23	24	32	1.98
5967090--5967371	122	2.3	123	86	6	403	20	23	24	32	1.98
5971249--5971727	48	10.0	48	78	1	503	29	27	16	26	1.97
5971253--5971725	96	4.9	96	92	0	723	28	27	16	27	1.97
5979931--5979958	14	2.0	14	100	0	56	7	28	35	28	1.84
5984955--5984991	18	2.1	18	89	0	56	16	16	13	54	1.72
5989545--5989583	20	2.0	20	85	10	53	66	2	2	28	1.18
5996083--5996117	15	2.2	16	95	5	63	37	0	0	62	0.95
5997437--5997476	19	2.0	21	90	9	66	45	2	0	52	1.14
6002357--6002394	18	2.1	18	90	0	58	36	10	15	36	1.82
6002439--6002475	18	2.1	18	89	0	56	51	13	8	27	1.69
6002811--6002871	16	3.4	18	69	15	54	24	26	0	49	1.51
6008630--6008796	43	3.9	43	77	6	169	30	25	16	28	1.96
6010193--6010260	32	2.1	32	83	5	84	57	2	25	14	1.52
6011869--6011919	26	2.0	26	88	0	75	35	21	19	23	1.96
6015298--6015353	27	2.1	27	96	0	103	30	19	5	44	1.73
6019926--6020008	28	3.0	28	98	0	157	22	32	8	36	1.85
6020948--6021438	243	2.0	243	99	0	964	44	16	11	27	1.82
6022956--6022989	18	1.9	17	88	5	50	35	8	0	55	1.31
6024962--6025107	20	7.3	20	70	6	89	30	15	33	19	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6024954--6025143	40	4.8	40	90	0	281	33	15	31	20	1.94
6028522--6028555	16	2.2	16	90	10	54	29	0	5	64	1.17
6029900--6030004	52	2.0	52	94	0	183	24	23	17	34	1.96
6031651--6031691	17	2.6	16	88	11	59	60	14	2	21	1.45
6031964--6032120	42	3.7	43	71	9	113	33	23	19	24	1.97
6034845--6035011	40	4.2	40	88	5	225	24	26	22	25	2.00
6034845--6035011	79	2.1	80	87	6	243	24	26	22	25	2.00
6036305--6036402	48	2.1	47	98	1	187	18	36	2	42	1.62
6046576--6046760	40	4.6	39	81	6	185	25	22	26	25	2.00
6046629--6046793	79	2.1	79	79	6	174	27	20	26	26	1.99
6049225--6049274	20	2.5	20	90	0	82	10	26	20	44	1.82
6049237--6049284	20	2.4	20	85	0	60	8	35	18	37	1.81
6051727--6051753	14	1.9	14	100	0	54	51	0	11	37	1.37
6052686--6053373	341	2.0	341	91	1	1103	30	14	20	34	1.93
6054721--6054751	16	1.9	16	93	0	53	48	25	19	6	1.72
6054967--6055069	28	3.7	28	82	0	125	24	15	33	27	1.95
6059564--6059685	28	4.3	28	78	2	118	28	15	29	26	1.96
6059564--6059674	56	2.0	57	83	5	145	27	15	30	27	1.96
6063505--6063534	16	1.9	16	93	6	53	30	0	20	50	1.49
6068774--6068937	42	3.9	41	83	4	202	29	15	25	29	1.96
6068774--6068937	85	1.9	84	85	6	224	29	15	25	29	1.96
6069121--6069145	11	2.3	11	100	0	50	20	16	28	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6079953--6079999	21	2.2	21	84	3	58	14	29	31	23	1.95
6083717--6083819	23	4.5	23	83	7	111	47	12	5	33	1.65
6084665--6084730	33	2.0	33	96	0	123	46	12	10	30	1.75
6087557--6087857	154	2.0	154	90	0	476	23	17	17	40	1.91
6091600--6091680	42	1.9	42	82	5	101	22	30	20	25	1.98
6093906--6093937	16	2.0	16	93	0	55	50	28	6	15	1.68
6095631--6096739	47	23.6	47	97	0	2002	31	29	7	32	1.84
6100449--6100555	29	3.8	28	75	8	108	27	16	32	23	1.96
6100441--6100553	58	2.0	57	80	5	129	29	15	30	23	1.96
6101550--6101597	20	2.3	20	82	3	51	27	2	16	54	1.54
6101716--6101811	45	2.1	45	86	3	131	35	26	15	22	1.94
6122998--6123027	15	2.1	15	93	6	53	30	6	26	36	1.82
6124965--6125098	41	3.2	41	70	12	119	28	18	26	26	1.98
6124909--6125142	84	2.8	84	89	0	362	28	17	26	26	1.98
6126304--6126347	22	2.0	22	95	0	79	13	29	9	47	1.74
6129268--6129297	15	2.1	15	93	6	53	30	6	26	36	1.82
6133276--6133374	28	3.5	28	83	9	121	31	26	15	27	1.95
6134363--6134436	35	2.1	36	95	5	134	43	20	5	31	1.74
6136966--6137065	50	2.0	50	100	0	200	26	18	26	30	1.98
6141444--6141542	28	3.5	28	88	1	135	32	25	13	29	1.93
6148602--6148680	39	2.0	39	97	0	149	30	24	5	40	1.76
6151479--6151731	127	2.0	127	98	0	488	32	25	13	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6151814--6151991	27	6.6	27	81	3	160	30	27	14	27	1.95
6151814--6151991	54	3.3	55	80	3	182	30	27	14	27	1.95
6159906--6160083	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
6159927--6160082	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
6168511--6168667	47	3.3	46	90	1	224	34	9	29	26	1.88
6170675--6170856	40	4.6	40	89	2	260	26	26	21	24	2.00
6177699--6177755	29	2.2	26	81	15	64	31	22	19	26	1.98
6179482--6179515	18	1.9	18	94	5	61	55	5	11	26	1.58
6180231--6180278	10	4.8	10	85	10	71	68	2	8	20	1.26
6180231--6180290	20	3.0	19	85	9	75	68	3	6	21	1.28
6181421--6181489	29	2.4	29	92	0	120	20	17	27	34	1.95
6192559--6192587	14	2.1	14	100	0	58	41	13	24	20	1.89
6192513--6192634	61	2.0	60	90	6	192	36	8	26	29	1.85
6192573--6193518	47	20.1	47	98	0	1779	34	8	28	29	1.87
6195746--6195929	40	4.6	40	84	2	235	25	23	26	24	2.00
6196141--6196249	57	1.9	57	88	1	164	23	19	28	28	1.98
6209139--6209204	26	2.5	26	78	9	71	34	18	24	22	1.96
6209163--6209251	28	3.3	28	78	6	103	33	21	24	20	1.97
6211673--6211774	49	2.1	49	90	0	159	39	15	22	22	1.92
6214723--6214755	15	2.2	15	100	0	66	30	18	18	33	1.94
6222121--6222206	43	2.0	43	90	0	136	24	15	24	36	1.94
6225837--6225999	43	3.8	42	77	7	123	33	23	17	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6233198--6233281	42	2.0	42	83	6	107	33	23	19	23	1.97
6233175--6233336	43	3.8	43	75	4	132	32	23	17	26	1.97
6233999--6234023	8	3.1	8	100	0	50	64	12	0	24	1.27
6236163--6236425	40	6.6	40	87	3	309	26	28	20	23	1.99
6241039--6242166	564	2.0	564	97	0	2121	29	25	21	23	1.99
6244667--6244931	40	6.7	40	85	5	286	26	27	21	24	1.99
6244634--6244931	80	3.7	80	79	9	263	25	27	21	25	1.99
6244863--6244940	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
6257600--6257736	46	2.9	46	81	7	152	34	16	21	27	1.95
6257650--6257745	23	4.2	23	75	6	88	33	17	22	26	1.96
6259582--6259667	30	2.9	30	96	0	154	29	16	27	26	1.97
6260005--6260321	47	6.7	46	70	15	159	29	18	27	24	1.98
6260002--6260321	94	3.4	95	81	5	348	29	18	27	24	1.98
6260002--6260370	141	2.6	142	76	9	335	28	18	28	24	1.98
6263661--6263686	9	2.9	9	100	0	52	11	11	11	65	1.48
6277403--6277479	29	2.7	29	93	0	127	33	31	18	16	1.93
6281610--6281656	21	2.3	21	85	3	60	46	21	2	29	1.63
6286932--6286963	14	2.4	14	90	10	50	21	9	28	40	1.84
6286929--6287063	52	2.7	50	82	2	153	25	14	25	33	1.95
6288355--6288527	46	3.7	46	77	10	190	22	19	26	31	1.98
6288352--6288522	93	1.8	93	91	0	279	22	19	27	30	1.98
6289867--6289997	50	2.7	49	79	9	133	25	16	25	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6290198--6290227	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
6292205--6292294	29	3.1	29	91	1	146	28	31	13	26	1.94
6296080--6296257	27	6.6	27	81	3	178	25	15	29	30	1.95
6296081--6296236	82	1.9	81	86	3	224	25	15	29	30	1.96
6296077--6296257	82	2.2	81	82	2	220	25	15	28	30	1.96
6302108--6302164	29	1.9	30	82	10	73	49	12	8	29	1.70
6304674--6304698	13	1.9	13	100	0	50	28	16	24	32	1.96
6310247--6310467	46	4.8	45	78	10	205	23	30	18	27	1.97
6310601--6310630	10	3.1	10	95	4	53	50	20	0	30	1.49
6316357--6316406	24	2.1	24	92	0	82	50	10	6	34	1.60

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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