genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29899733--29900261	84	6.3	85	89	4	774	24	22	22	30	1.99
29901216--29901275	19	3.2	18	80	13	68	0	16	0	83	0.65
29901219--29901250	7	4.6	7	96	0	55	0	15	0	84	0.63
29906891--29906932	21	2.0	21	85	4	57	38	19	9	33	1.84
29906903--29907000	19	5.2	19	90	7	155	35	17	10	36	1.84
29906903--29907000	36	2.6	37	88	9	144	35	17	10	36	1.84
29912665--29912869	102	2.0	102	95	0	365	28	27	28	15	1.96
29913113--29913334	48	4.6	48	92	0	363	31	27	6	35	1.82
29920405--29920441	17	2.2	17	95	0	65	32	27	2	37	1.71
29923997--29924083	44	2.0	43	95	0	147	27	11	27	32	1.91
29925266--29925361	49	2.0	49	89	0	147	26	18	27	28	1.98
29930357--29930534	49	3.6	49	83	3	171	25	17	26	30	1.97
29930354--29930551	101	2.0	100	85	1	270	26	18	24	30	1.98
29935246--29936001	208	3.6	208	99	0	1496	34	18	18	29	1.94
29946227--29946256	9	3.4	9	95	4	53	33	13	30	23	1.93
29950163--29950226	23	2.7	24	78	9	69	56	4	7	31	1.49
29957962--29958101	37	3.8	37	94	0	244	25	32	18	23	1.97
29958242--29959653	48	29.9	48	97	0	2313	30	29	6	33	1.82
29958242--29959650	92	14.9	93	97	1	2272	30	30	6	33	1.83
29962755--29962814	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
29985240--29985311	36	2.0	36	83	0	90	38	13	23	23	1.91
29993565--29993589	12	2.1	12	100	0	50	60	16	8	16	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29996740--29996976	40	5.9	40	97	0	429	21	28	20	29	1.98
30000105--30000171	29	2.3	29	79	7	73	43	5	23	26	1.77
30011406--30011925	47	11.1	47	93	1	783	31	8	30	29	1.87
30012044--30012122	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
30017328--30017510	40	4.6	39	82	4	188	27	27	20	25	1.99
30029858--30029882	12	2.1	12	100	0	50	60	16	8	16	1.58
30037776--30037810	6	5.8	6	100	0	70	17	14	0	68	1.21
30042428--30042583	42	3.7	42	80	3	170	29	12	24	33	1.92
30047754--30047787	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
30052711--30053117	55	7.5	55	88	6	573	22	24	17	34	1.96
30052711--30053117	108	3.7	108	86	7	565	22	24	17	34	1.96
30052711--30053117	163	2.5	163	94	0	733	22	24	17	34	1.96
30053318--30053401	44	1.9	44	85	4	116	26	25	11	36	1.90
30057226--30057403	27	6.6	27	77	6	137	30	28	15	25	1.96
30057226--30057403	54	3.3	54	78	7	164	30	28	15	25	1.96
30065235--30065412	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
30065256--30065411	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
30073012--30073173	44	3.6	46	81	8	181	25	30	19	23	1.98
30073150--30073267	46	2.5	46	80	5	121	25	29	16	28	1.96
30077421--30077526	40	2.7	41	82	5	137	31	28	18	21	1.97
30084818--30085035	40	5.5	40	93	1	359	26	27	22	24	2.00
30090393--30090662	48	5.6	48	88	1	353	25	17	30	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30090396--30090701	48	6.4	48	80	9	162	26	18	28	26	1.98
30095163--30095395	49	4.7	50	83	2	299	26	18	26	29	1.98
30098499--30098531	15	2.2	15	94	0	57	18	12	12	57	1.64
30101280--30101472	48	3.9	48	76	6	181	24	20	24	30	1.99
30105882--30106088	48	4.3	48	83	4	220	25	16	29	27	1.97
30105927--30106103	48	3.7	48	87	3	223	25	18	28	27	1.98
30114218--30114397	47	3.8	47	94	2	315	30	28	8	32	1.88
30114218--30114397	96	1.9	94	94	2	315	30	28	8	32	1.88
30117722--30118162	40	11.1	40	90	2	663	24	27	22	25	2.00
30120375--30120684	47	6.6	47	92	2	487	28	30	8	32	1.87
30120378--30120685	143	2.2	141	90	2	483	28	30	8	32	1.87
30124179--30124204	12	2.2	12	100	0	52	7	30	38	23	1.83
30128135--30128179	23	1.9	24	86	4	65	28	0	15	55	1.41
30135067--30135153	27	3.2	27	80	6	104	36	26	21	14	1.93
30135043--30135153	54	2.1	53	84	1	141	36	25	22	15	1.93
30140851--30140978	46	2.8	46	86	0	184	20	21	28	29	1.98
30145576--30145686	27	4.1	27	83	5	136	37	22	23	16	1.93
30146884--30146916	16	2.1	16	94	0	57	54	6	33	6	1.50
30168811--30168992	40	4.6	40	90	2	278	24	23	25	26	2.00
30170119--30170160	14	3.0	14	100	0	84	57	14	7	21	1.61
30177054--30177229	46	3.8	46	75	12	189	21	19	28	30	1.98
30177051--30177222	93	1.8	93	92	0	290	21	20	28	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30179678--30179859	40	4.6	40	89	2	269	24	23	26	25	2.00
30203861--30203938	40	2.0	40	94	0	138	21	19	29	29	1.98
30223748--30223959	40	5.3	40	88	4	261	25	21	27	24	1.99
30223696--30223992	80	3.7	80	80	7	214	26	21	27	23	1.99
30231464--30231523	27	2.2	27	85	5	77	40	16	13	30	1.87
30232931--30232992	27	2.3	27	91	0	97	40	14	12	32	1.84
30236399--30236542	48	3.0	48	91	0	216	34	27	19	19	1.96
30236443--30236522	27	3.2	27	60	26	66	30	28	21	20	1.98
30240004--30240045	14	3.1	14	89	3	68	0	30	14	54	1.40
30253504--30253598	40	2.4	39	87	3	138	12	13	37	35	1.83
30256505--30256560	29	1.9	29	85	0	76	21	19	21	37	1.94
30261190--30261262	29	2.5	29	81	0	83	21	20	21	35	1.96
30264065--30264103	19	2.0	21	85	10	55	48	0	2	48	1.15
30264171--30264217	16	2.9	16	96	0	85	53	0	0	46	1.00
30264748--30264879	2	66.0	2	100	0	264	50	0	0	50	1.00
30266869--30266906	20	1.9	20	84	10	51	44	21	23	10	1.83
30272139--30272217	28	2.8	28	88	0	113	34	12	25	27	1.92
30273968--30274144	27	6.5	27	77	5	133	24	15	28	30	1.96
30273995--30274144	55	2.8	54	78	4	140	26	15	30	28	1.96
30273964--30274146	82	2.2	82	78	4	192	25	15	28	30	1.96
30282002--30282151	55	2.8	54	80	4	149	26	15	29	28	1.96
30281974--30282151	27	6.6	27	77	6	146	25	15	28	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30281975--30282130	82	1.9	81	81	6	190	25	16	28	30	1.96
30284447--30284597	43	3.5	43	75	12	157	34	23	15	26	1.94
30284960--30284991	16	2.0	16	93	0	55	34	9	0	56	1.32
30285842--30285889	24	1.9	26	87	8	73	25	0	20	54	1.45
30291009--30291037	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
30299599--30299728	56	2.4	55	80	2	145	20	15	33	30	1.94
30307093--30307249	56	2.8	54	80	5	163	20	17	33	29	1.95
30313447--30313503	27	2.1	27	83	3	71	33	24	15	26	1.95
30313456--30313508	27	2.0	27	88	0	79	35	22	15	26	1.93
30313754--30313796	22	2.0	22	86	9	61	9	20	25	44	1.81
30313937--30313996	28	2.2	28	88	8	88	15	23	26	35	1.94
30318974--30319089	46	2.4	46	82	5	133	28	22	13	35	1.92
30320365--30320477	6	18.5	6	68	17	54	46	12	20	20	1.82
30320389--30320477	25	3.6	25	86	3	117	46	12	20	21	1.83
30320594--30320674	27	3.0	27	80	5	76	38	20	20	19	1.94
30320745--30320805	22	2.8	22	85	9	88	36	24	21	18	1.95
30322743--30323278	47	11.4	47	96	0	957	28	27	8	36	1.86
30322669--30322821	80	1.9	80	89	0	234	28	28	6	36	1.82
30325729--30325844	27	4.3	27	84	4	153	24	20	18	36	1.95
30325872--30325923	27	1.9	27	84	0	68	25	5	28	40	1.78
30329392--30329421	15	2.1	15	93	6	53	6	26	0	66	1.16
30335318--30335361	19	2.3	20	81	18	58	63	13	18	4	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30338915--30338944	13	2.3	13	94	0	51	83	0	16	0	0.65
30338917--30338953	18	2.1	17	90	5	56	78	0	21	0	0.75
30342968--30343001	6	5.7	6	96	0	50	41	0	58	0	0.98
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Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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