genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.114.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39095475--39095511	16	2.2	16	90	4	56	56	18	5	18	1.60
39098931--39098966	16	2.2	16	90	0	54	44	11	44	0	1.39
39100595--39100910	46	6.8	46	93	1	463	20	23	15	40	1.90
39106826--39106867	22	1.9	22	95	0	75	19	16	16	47	1.83
39108462--39108576	46	2.5	46	79	10	137	26	16	26	30	1.97
39111172--39111347	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
39111169--39111340	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
39115702--39115735	17	2.0	17	94	0	59	11	73	2	11	1.20
39115702--39115734	16	2.0	17	94	5	59	12	72	3	12	1.23
39121397--39121430	3	11.3	3	93	0	59	64	0	2	32	1.08
39122344--39122380	3	12.3	3	94	0	65	32	0	29	37	1.58
39125003--39125035	14	2.3	15	90	10	52	9	9	6	75	1.18
39131465--39131930	232	2.0	231	97	0	887	34	16	15	33	1.90
39132213--39132309	45	2.2	46	85	7	128	31	18	22	26	1.97
39132090--39132345	133	1.9	133	84	3	345	29	19	21	29	1.97
39132191--39133062	177	4.9	177	88	3	1148	30	18	22	27	1.98
39132191--39133120	355	2.6	354	87	4	1261	30	18	23	27	1.98
39133072--39133543	84	5.6	84	84	4	574	35	21	23	19	1.96
39133072--39133541	252	1.9	253	84	4	635	35	21	23	18	1.96
39133417--39133561	44	3.3	43	68	14	125	35	22	22	20	1.96
39133445--39133577	44	3.0	45	66	11	112	35	20	21	22	1.96
39134301--39134333	14	2.4	14	90	10	50	9	9	9	72	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39134327--39134362	10	3.6	10	92	7	56	19	8	0	72	1.10
39134460--39134498	21	1.9	20	84	5	51	30	5	7	56	1.49
39135155--39135388	125	1.9	125	82	1	299	31	17	16	35	1.92
39138297--39138334	19	2.0	19	94	0	67	34	10	23	31	1.89
39139216--39139254	19	2.1	19	90	9	62	74	2	7	15	1.15
39139499--39139537	20	2.0	20	84	0	51	12	5	0	82	0.83
39145411--39145509	52	2.0	52	80	11	118	45	6	2	46	1.39
39145466--39145499	17	2.0	17	94	0	59	44	5	0	50	1.26
39145471--39145518	17	3.0	16	79	17	55	45	6	2	45	1.40
39145515--39145693	54	3.1	54	65	22	137	41	2	7	49	1.43
39145511--39145698	61	3.1	61	68	14	190	41	2	6	49	1.41
39145559--39145593	18	2.0	17	88	5	52	40	0	0	60	0.97
39145508--39145730	120	1.9	120	97	0	419	42	2	6	49	1.40
39145679--39145713	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
39145542--39145727	54	3.2	54	66	21	142	43	1	4	50	1.33
39145667--39145938	144	1.9	147	94	3	487	47	2	3	46	1.34
39145823--39145857	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
39146019--39146113	45	2.1	45	88	1	138	32	27	5	34	1.79
39146092--39146124	16	2.1	16	94	0	57	30	36	0	33	1.58
39146105--39146147	21	2.0	21	95	0	77	34	37	0	27	1.57
39150577--39150615	19	2.0	20	85	14	55	33	2	12	51	1.54
39153825--39153872	23	2.1	23	92	3	80	50	10	16	22	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39155422--39155446	11	2.3	11	100	0	50	40	36	24	0	1.55
39161916--39161952	20	1.9	18	89	10	56	43	0	21	35	1.53
39162513--39162688	46	3.8	46	79	12	207	20	20	29	29	1.98
39162510--39162680	93	1.8	93	93	0	297	20	21	29	28	1.98
39180255--39180309	23	2.2	26	90	9	89	45	5	5	43	1.50
39181823--39181857	15	2.3	15	100	0	70	68	22	0	8	1.16
39184615--39184652	20	2.0	20	89	5	60	65	2	0	31	1.06
39186023--39186070	22	2.2	22	85	3	62	27	2	2	68	1.11
39186095--39186135	19	2.2	19	91	4	66	36	2	4	56	1.34
39186522--39186566	18	2.4	19	92	7	83	55	0	4	40	1.20
39186526--39186550	13	1.9	13	100	0	50	48	0	4	48	1.20
39192406--39192635	117	2.0	117	93	0	397	30	13	8	48	1.71
39205316--39205397	43	1.9	43	94	0	146	31	7	18	42	1.77
39207169--39207235	25	2.7	26	81	11	77	14	25	20	38	1.91
39207176--39207330	75	2.1	75	80	2	168	20	21	20	37	1.95
39215723--39215856	35	3.8	35	84	0	160	19	17	26	37	1.93
39215715--39215856	70	2.0	70	86	0	194	18	16	27	37	1.92
39215968--39216032	22	3.0	22	88	6	89	30	4	20	44	1.71
39220968--39221071	40	2.6	40	85	0	127	36	22	13	27	1.92
39221058--39221084	12	2.2	12	100	0	54	33	7	18	40	1.78
39221868--39221909	6	6.8	6	79	15	50	0	16	0	83	0.65
39221869--39221908	5	7.8	5	86	13	55	0	17	0	82	0.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39222280--39222569	148	2.0	148	86	4	410	45	3	8	42	1.52
39222488--39222551	32	2.1	31	88	5	94	35	4	6	53	1.47
39225726--39225909	47	3.9	47	99	0	359	32	12	17	38	1.87
39227191--39227371	48	3.8	48	84	2	211	19	17	25	36	1.94
39227195--39227371	96	1.8	96	83	0	237	19	17	26	36	1.94
39233615--39233639	3	8.3	3	100	0	50	0	0	32	68	0.90
39241557--39241722	35	4.6	35	82	8	172	31	10	24	33	1.90
39241557--39241727	75	2.4	75	85	7	221	31	11	23	33	1.90
39251428--39251570	55	2.6	55	76	2	144	25	23	29	20	1.99
39252262--39252300	18	2.2	18	95	0	69	23	7	5	64	1.40
39254127--39254192	33	2.0	33	96	0	123	30	10	15	43	1.80
39269322--39269357	19	1.9	19	88	5	56	58	22	8	11	1.59
39272510--39272551	14	3.1	14	80	12	52	33	2	11	52	1.51
39277150--39277196	25	2.0	23	87	8	67	61	6	0	31	1.21
39277408--39277453	17	2.7	18	73	10	51	56	0	0	43	0.99
39279008--39279047	20	2.0	20	95	0	71	45	20	12	22	1.84
39280624--39280672	25	2.0	25	84	8	64	20	18	22	38	1.93
39282545--39282628	43	2.0	43	87	0	123	25	16	28	29	1.97
39290334--39290417	43	2.0	43	82	0	105	23	16	33	26	1.96
39296294--39296318	12	2.1	12	100	0	50	40	36	8	16	1.77
39296944--39297001	10	5.8	10	87	0	71	44	3	0	51	1.18
39296944--39297001	8	7.2	8	86	0	71	44	3	0	51	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39296941--39297008	10	6.5	11	83	8	65	42	2	1	52	1.25
39296944--39297001	14	4.3	14	78	8	66	44	3	0	51	1.18
39299196--39299242	19	2.5	19	89	6	69	27	21	8	42	1.81
39307970--39308240	68	4.0	68	90	0	409	26	22	22	28	1.99
39308594--39308618	12	2.1	12	100	0	50	40	36	8	16	1.77
39309114--39309199	3	28.3	3	73	19	65	30	3	1	65	1.17
39309113--39309199	27	3.4	27	71	19	78	29	3	1	65	1.16
39309114--39309203	18	4.7	18	80	13	92	31	3	1	64	1.17
39309405--39309466	17	3.4	19	78	13	67	32	0	6	61	1.21
39309551--39309580	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
39310557--39310584	13	2.2	13	100	0	56	32	32	7	28	1.84
39310665--39310689	13	1.9	13	100	0	50	40	16	28	16	1.89
39310925--39310990	28	2.4	28	94	0	114	25	9	27	37	1.86
39310925--39310990	14	4.7	14	80	0	78	25	9	27	37	1.86
39312872--39312898	7	3.9	7	100	0	54	14	0	0	85	0.61
39330937--39331016	26	3.0	26	75	12	83	33	1	6	58	1.31
39330907--39331016	53	2.1	53	86	6	152	33	3	5	57	1.39
39333199--39333382	72	2.6	72	99	0	359	41	23	6	27	1.79
39333383--39333417	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
39337747--39337880	3	44.7	3	100	0	268	67	0	0	32	0.91
39351775--39351815	21	2.0	21	81	18	50	31	19	26	21	1.97
39358576--39358630	28	2.0	28	88	0	83	47	12	20	20	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39359391--39359452	26	2.4	27	78	8	65	3	6	20	69	1.25
39362419--39362644	46	4.9	45	86	3	281	41	14	24	19	1.88
39363432--39363470	20	2.0	19	85	5	51	66	5	5	23	1.32
39363479--39363536	30	1.9	31	83	13	77	46	1	0	51	1.11
39363573--39363627	29	1.9	29	82	10	69	61	0	1	36	1.06
39363553--39363618	9	7.2	9	80	10	71	65	0	1	33	1.02
39370851--39370957	53	2.0	53	98	0	205	22	8	16	52	1.71
39383533--39383595	28	2.3	26	86	7	90	23	14	6	55	1.62
39386400--39386622	90	2.5	88	82	6	254	39	17	8	34	1.80
39386715--39386787	19	3.8	20	78	10	80	63	1	2	32	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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