genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.105.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36183377--36183908	235	2.3	232	83	7	630	26	16	22	34	1.95
36183752--36183913	73	2.2	74	87	2	227	24	17	21	36	1.94
36183901--36183928	14	2.0	14	100	0	56	14	21	7	57	1.61
36184039--36184233	71	2.7	71	84	6	221	29	14	21	34	1.93
36186198--36186242	3	14.7	3	95	4	81	64	2	0	33	1.06
36186254--36186287	15	2.3	15	90	5	52	64	0	5	29	1.17
36186747--36186792	23	2.0	23	83	8	58	56	0	43	0	0.99
36189337--36189375	16	2.5	16	80	19	55	48	2	5	43	1.38
36189908--36189962	18	2.9	19	94	5	103	36	10	16	36	1.84
36190254--36190287	18	1.9	17	88	5	50	29	0	0	70	0.87
36194297--36194357	30	2.0	30	96	0	113	36	9	32	21	1.86
36198841--36199056	78	2.8	78	85	2	281	32	18	22	26	1.97
36198996--36199314	45	7.1	45	78	7	270	31	15	26	26	1.96
36199068--36199308	89	2.7	90	82	3	281	32	14	26	25	1.95
36199655--36199732	19	4.4	19	87	10	94	37	12	12	37	1.82
36199663--36199734	19	3.9	19	91	8	123	37	11	15	36	1.83
36199663--36199744	19	4.3	21	82	14	67	37	9	15	36	1.81
36203099--36203203	26	4.0	26	91	2	158	32	8	21	37	1.84
36203099--36203203	52	2.0	52	92	0	174	32	8	21	37	1.84
36207286--36207918	126	5.0	126	99	0	1248	31	16	18	33	1.93
36212330--36212369	20	2.0	21	85	9	57	45	5	7	42	1.54
36213684--36213751	34	2.0	34	85	5	93	22	10	23	44	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36215849--36215911	32	1.9	32	83	3	81	33	34	17	14	1.90
36221476--36221512	19	1.9	19	88	0	56	37	2	21	37	1.68
36223310--36223374	21	3.1	21	73	6	60	21	16	23	38	1.93
36228115--36228155	19	2.1	20	86	4	57	53	0	2	43	1.13
36238825--36238878	26	2.1	27	82	6	67	24	14	24	37	1.93
36240365--36240446	26	3.2	26	91	0	137	36	24	6	32	1.80
36246414--36246514	50	2.0	50	100	0	202	13	13	7	64	1.49
36246478--36246527	20	2.5	19	77	9	55	12	6	10	72	1.28
36246742--36246904	3	53.7	3	71	17	88	30	6	1	61	1.32
36249122--36249151	14	2.1	14	93	0	51	50	23	0	26	1.50
36249269--36249326	21	2.9	21	80	10	59	15	3	37	43	1.64
36249772--36250011	90	2.6	91	88	2	338	30	12	16	40	1.85
36255891--36255915	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
36255915--36255966	21	2.4	22	87	6	70	19	5	5	69	1.30
36258401--36258454	20	2.6	20	80	13	56	51	0	1	46	1.11
36258401--36258442	21	2.0	21	86	13	59	54	0	2	42	1.13
36261104--36261132	14	2.1	14	100	0	58	37	6	13	41	1.72
36262360--36262413	26	2.1	26	100	0	108	48	25	5	20	1.71
36267837--36267876	21	1.9	21	84	0	53	45	0	0	55	0.99
36268045--36268103	31	1.9	31	85	0	82	40	11	11	35	1.79
36271071--36271108	19	2.0	19	94	0	67	36	13	21	28	1.91
36276602--36276642	21	2.0	21	95	4	75	39	9	19	31	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36280987--36281106	46	2.6	45	82	13	140	28	20	27	24	1.99
36282386--36282425	21	2.0	21	90	5	64	12	40	27	20	1.88
36283065--36283138	21	3.5	22	77	5	73	39	2	2	55	1.28
36283117--36283141	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
36284132--36284170	18	2.1	18	85	9	51	43	0	17	38	1.50
36284144--36284182	18	2.2	18	86	4	53	38	0	25	35	1.56
36285468--36285550	31	2.7	30	88	3	123	27	26	15	30	1.96
36285763--36285839	25	3.1	25	86	1	102	25	19	22	32	1.97
36286649--36286713	27	2.4	27	82	5	78	21	24	18	35	1.96
36286771--36286900	27	4.7	27	74	11	102	30	7	19	42	1.79
36286764--36286900	56	2.5	54	78	5	141	32	8	18	40	1.81
36286857--36286953	27	3.6	27	83	5	133	28	8	21	41	1.82
36286975--36287025	27	1.9	27	84	4	68	41	7	21	29	1.81
36286985--36287072	27	3.3	27	83	0	113	44	9	19	27	1.80
36290784--36290810	12	2.2	12	100	0	54	55	14	18	11	1.68
36290843--36290876	18	1.9	18	94	5	61	32	0	14	52	1.42
36295929--36295953	13	1.9	13	100	0	50	68	0	0	32	0.90
36308854--36308929	23	3.3	23	87	1	100	26	18	25	30	1.98
36308854--36308952	23	4.3	23	81	6	87	29	18	24	28	1.98
36308826--36308954	46	2.8	45	80	6	143	31	17	22	27	1.97
36308805--36308961	46	3.4	45	75	15	131	31	18	22	28	1.97
36310216--36310271	27	2.1	27	96	0	103	35	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36312754--36312839	25	3.4	25	80	0	100	32	17	25	24	1.97
36316458--36316498	16	2.5	17	88	4	57	63	2	0	34	1.08
36316894--36316920	1	27.0	1	100	0	54	100	0	0	0	0.00
36316903--36316987	38	2.2	38	95	0	152	58	20	4	16	1.55
36323605--36323662	19	3.1	19	73	9	64	51	0	1	46	1.11
36324597--36324652	26	2.2	26	87	6	78	39	1	1	57	1.20
36324614--36324661	12	3.8	12	81	10	60	39	0	2	58	1.10
36324674--36324720	18	2.6	17	78	18	51	48	0	0	51	1.00
36328863--36328939	38	2.0	38	100	0	154	23	18	25	32	1.97
36329597--36329634	12	3.2	12	82	10	51	52	2	0	44	1.14
36329597--36329646	26	2.0	24	84	7	64	54	6	0	40	1.25
36329770--36329835	31	2.2	30	84	7	82	56	4	9	30	1.51
36329780--36329841	31	2.0	31	96	0	115	50	9	9	30	1.67
36335638--36335750	45	2.5	45	86	2	165	38	19	21	20	1.93
36336886--36336957	26	2.8	26	81	8	85	58	1	1	38	1.15
36336894--36336948	20	2.7	20	81	16	67	56	1	1	40	1.21
36342312--36342368	20	2.8	20	82	15	71	54	1	1	42	1.21
36342685--36342789	54	2.0	53	96	1	192	19	26	25	28	1.98
36349859--36349922	29	2.2	29	91	0	101	34	3	14	48	1.59
36350578--36350622	23	2.0	23	86	0	63	37	6	17	37	1.76
36351150--36351199	17	2.9	17	82	8	57	36	6	16	42	1.72
36351191--36351226	17	2.1	17	94	0	63	30	13	13	41	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36351191--36351246	17	3.2	17	82	7	60	28	16	12	42	1.84
36362084--36362115	12	2.7	12	95	0	55	21	0	28	50	1.49
36362359--36362390	2	16.0	2	93	0	55	50	46	0	3	1.17
36371950--36371974	13	1.9	13	100	0	50	64	0	16	20	1.30
36374196--36374525	37	9.0	37	82	1	358	41	25	13	18	1.88
36377952--36377985	17	2.0	17	88	0	50	35	8	26	29	1.87
36385627--36385678	26	2.0	26	100	0	104	26	19	19	34	1.95
36396550--36396749	98	2.1	96	87	6	284	27	17	29	25	1.97
36396452--36396765	49	6.5	49	73	12	231	27	18	29	25	1.98
36396451--36396721	142	1.9	142	85	3	375	26	18	29	25	1.98
36402875--36402915	21	2.0	21	85	9	57	80	0	12	7	0.90
36404354--36404407	24	2.3	23	84	12	65	51	3	5	38	1.43
36406501--36406537	20	1.9	20	88	5	58	40	0	8	51	1.32
36408702--36409020	46	7.0	46	89	1	399	39	15	23	21	1.91
36408702--36409043	137	2.5	137	83	2	393	40	15	23	21	1.91
36410894--36410947	24	2.2	24	87	9	74	79	0	14	5	0.90
36410888--36410940	18	2.8	18	85	8	61	77	1	16	3	1.01
36410894--36410948	25	2.2	25	84	12	69	80	0	14	5	0.89
36410894--36410948	13	4.4	13	84	11	71	80	0	14	5	0.89
36421753--36421780	11	2.5	11	100	0	56	71	0	0	28	0.86
36421754--36421829	19	3.7	21	79	10	77	60	6	0	32	1.22
36428895--36428926	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36429631--36429696	27	2.4	27	85	10	80	34	0	40	24	1.55
36437844--36437911	28	2.4	30	73	14	72	17	2	26	52	1.58
36438692--36438725	10	3.3	10	87	4	50	67	11	0	20	1.21
36439358--36439454	36	2.8	35	89	4	135	49	0	7	43	1.30
36439513--36439549	12	3.5	11	86	13	51	45	0	8	45	1.32
36439639--36439667	3	10.0	3	92	7	51	31	0	0	68	0.89
36443231--36443294	28	2.3	28	83	0	83	18	15	35	29	1.92
36443616--36444453	27	31.4	27	82	4	921	38	20	10	30	1.87
36443608--36444453	53	15.8	54	83	4	927	38	19	10	30	1.86
36443616--36444453	80	10.5	80	84	4	953	38	20	10	30	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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